genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  81  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28275723--28275820	17	5.4	17	66	13	61	32	3	14	50	1.58
28275738--28275829	17	5.0	18	68	15	71	34	3	15	46	1.62
28275718--28275829	37	3.0	37	93	0	188	33	3	15	47	1.62
28275830--28275908	9	8.2	10	81	16	96	16	8	30	44	1.78
28275830--28275909	20	4.1	20	88	6	119	16	8	30	45	1.77
28275827--28275909	29	2.9	30	82	13	111	18	8	28	44	1.78
28275970--28276031	29	2.1	29	82	5	72	43	8	14	33	1.75
28276148--28276237	39	2.3	39	86	7	119	54	5	2	37	1.36
28285399--28285435	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
28285468--28285524	15	3.5	15	71	17	51	50	3	0	45	1.18
28286947--28286971	6	4.2	6	100	0	50	0	20	16	64	1.30
28289291--28289373	33	2.5	33	75	7	78	28	21	15	33	1.94
28294550--28294593	20	2.1	21	87	8	63	13	9	13	63	1.51
28307788--28307820	5	6.4	5	93	6	57	78	18	0	3	0.87
28308903--28308955	11	4.6	12	73	17	58	26	30	0	43	1.55
28308911--28308954	11	3.8	12	85	8	65	25	29	0	45	1.54
28311414--28311489	15	5.1	15	77	7	66	57	28	0	13	1.36
28311414--28311495	7	11.4	7	75	13	69	58	28	0	13	1.36
28311351--28311876	44	12.2	44	76	10	410	49	28	0	20	1.54
28311758--28311897	29	4.8	29	73	13	92	50	28	0	20	1.54
28311801--28311890	15	6.2	14	72	16	51	51	26	1	21	1.55
28311845--28311897	15	3.6	15	79	5	63	50	28	0	20	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28311772--28311883	7	15.3	7	71	15	66	50	28	0	19	1.53
28311348--28311876	22	24.6	22	75	10	312	49	28	0	20	1.54
28311839--28311904	29	2.3	29	86	2	98	46	31	0	21	1.51
28314828--28315391	125	4.5	125	84	2	722	30	22	17	29	1.96
28314826--28315359	250	2.1	249	91	2	863	30	22	17	29	1.97
28320282--28320324	12	4.1	11	80	20	56	72	0	0	27	0.85
28321535--28321682	79	1.9	79	87	2	217	33	8	14	43	1.75
28330941--28330982	16	2.6	16	88	11	59	54	2	0	42	1.13
28330967--28331409	214	2.1	213	88	5	671	44	6	7	41	1.59
28338862--28338897	17	2.1	17	100	0	72	22	25	11	41	1.86
28342229--28342262	17	2.0	17	100	0	68	58	11	0	29	1.33
28345234--28345270	13	2.8	14	80	16	51	45	0	0	54	1.00
28345388--28345472	31	2.8	30	81	15	104	32	14	4	48	1.64
28345942--28346026	31	2.8	30	81	15	104	32	14	4	48	1.64
28345249--28346359	554	2.0	556	99	0	2208	39	12	9	38	1.76
28347830--28347889	26	2.3	26	91	0	93	20	23	20	36	1.95
28351270--28351323	25	2.2	24	80	9	65	27	0	1	70	0.98
28368687--28368732	21	2.1	21	88	8	65	34	4	2	58	1.30
28375602--28375772	72	2.4	71	85	2	216	26	21	24	27	1.99
28375786--28375961	73	2.4	72	88	1	253	26	19	28	25	1.98
28375602--28376072	186	2.5	185	84	5	594	26	21	26	26	1.99
28375859--28376186	113	2.9	111	85	2	442	26	21	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28376086--28376257	71	2.4	71	90	3	256	28	20	25	25	1.99
28375972--28376444	185	2.5	186	88	1	680	27	21	26	25	1.99
28376157--28376371	114	1.9	114	91	0	349	26	21	26	25	1.99
28375673--28376371	299	2.3	299	92	1	1161	26	20	26	25	1.99
28376271--28376510	73	3.4	69	83	8	290	28	20	27	23	1.99
28376694--28376798	14	7.4	14	69	12	61	20	1	30	47	1.61
28376752--28376799	22	2.2	21	81	3	60	20	0	31	47	1.50
28376942--28376993	26	2.0	26	88	7	79	32	11	19	36	1.87
28377164--28377217	21	2.5	21	80	11	65	24	0	42	33	1.55
28377163--28377225	14	4.4	14	75	11	56	23	0	41	34	1.55
28377161--28377251	22	4.3	21	74	8	87	23	0	41	35	1.54
28377481--28377554	30	2.5	29	82	10	96	51	2	4	41	1.35
28377502--28377538	19	1.9	19	88	0	56	51	2	2	43	1.30
28377486--28377539	10	5.3	10	76	10	56	57	1	1	38	1.20
28378982--28379023	20	2.1	20	90	0	66	40	11	16	30	1.85
28379032--28379062	15	2.1	15	100	0	62	22	12	25	38	1.90
28383707--28383749	20	2.2	20	91	0	68	41	11	16	30	1.83
28383749--28383779	15	2.1	15	100	0	62	22	12	25	38	1.90
28385883--28385948	23	2.9	23	82	13	82	33	7	22	36	1.83
28388028--28388106	23	3.6	23	76	20	80	25	3	0	70	1.03
28388027--28388102	26	3.0	25	75	14	68	25	3	0	71	1.03
28388959--28389011	23	2.3	24	87	12	76	26	3	0	69	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28390834--28390886	23	2.3	23	83	3	61	35	7	5	50	1.54
28390888--28390963	2	39.5	2	70	12	52	42	6	1	50	1.37
28390881--28390963	27	3.0	27	73	18	73	42	6	1	50	1.34
28395483--28395602	41	2.9	41	78	3	116	38	24	18	19	1.93
28395483--28395634	83	1.8	82	80	9	184	38	24	18	19	1.93
28396041--28396073	15	2.1	17	88	11	52	30	6	21	42	1.77
28401436--28401578	73	2.0	72	92	1	241	30	20	15	34	1.93
28408249--28408325	40	1.9	40	97	0	145	25	14	22	37	1.92
28413421--28413985	44	12.6	44	69	10	263	30	18	22	29	1.97
28413788--28414050	129	2.0	129	91	2	431	28	16	22	31	1.96
28413832--28414105	129	2.1	129	81	4	311	31	17	22	29	1.96
28415952--28416095	73	2.0	73	97	0	270	27	19	18	34	1.95
28417120--28417163	22	2.2	19	84	12	52	9	20	13	56	1.64
28418876--28419043	40	4.2	40	84	7	161	33	20	23	22	1.97
28418893--28419043	40	3.8	40	88	2	207	35	20	22	21	1.96
28418934--28419068	40	3.4	39	88	5	121	37	20	22	20	1.95
28419109--28419277	41	4.1	41	89	0	239	16	20	31	31	1.95
28420604--28420891	109	2.7	109	92	1	472	34	21	15	28	1.94
28421866--28421901	12	3.0	12	91	0	54	38	0	11	50	1.38
28422873--28422935	20	3.1	20	77	11	74	50	1	4	42	1.32
28422876--28422935	10	5.8	10	78	11	59	48	1	5	45	1.34
28427169--28427202	16	2.1	16	94	0	59	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28427759--28427809	17	3.2	16	73	15	52	72	7	3	15	1.23
28428511--28428563	26	2.0	26	96	0	97	22	18	5	52	1.66
28429031--28429129	44	2.2	44	78	3	101	26	24	17	32	1.97
28429139--28429368	44	5.4	43	70	8	157	25	22	22	30	1.99
28429126--28429380	128	2.0	129	89	2	388	25	20	21	32	1.98
28429398--28429893	50	10.0	50	72	2	172	26	22	21	30	1.99
28429413--28429902	99	4.9	100	88	1	689	25	23	21	29	1.99
28436691--28436715	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
28436781--28436871	26	3.4	25	81	13	103	57	6	3	32	1.41
28436798--28436877	25	3.2	24	76	20	83	60	5	3	31	1.36
28440956--28440998	21	2.0	21	100	0	86	30	13	18	37	1.90
28441522--28441581	30	2.0	30	100	0	120	23	30	6	40	1.80
28442358--28442442	3	28.3	3	95	0	152	1	31	0	67	0.99
28443563--28443603	20	2.0	20	90	0	64	46	19	4	29	1.71
28444877--28444931	25	2.2	26	83	3	67	34	3	1	60	1.25
28455391--28455416	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
28455962--28456119	69	2.3	71	77	11	166	34	2	12	50	1.53
28457415--28457444	15	2.0	15	93	0	51	66	10	0	23	1.21
28457411--28457451	19	2.2	19	90	0	64	65	9	0	24	1.22
28459859--28459888	15	2.0	15	93	0	51	66	10	0	23	1.21
28459855--28459895	19	2.2	19	90	0	64	65	9	0	24	1.22
28459503--28460284	388	2.0	388	100	0	1564	50	13	10	25	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28460247--28460276	15	2.0	15	93	0	51	66	10	0	23	1.21
28460243--28460283	19	2.2	19	90	0	64	65	9	0	24	1.22
28462717--28462746	15	2.0	15	93	0	51	66	10	0	23	1.21
28462713--28462753	19	2.2	19	90	0	64	65	9	0	24	1.22
28463576--28463628	20	2.7	19	75	18	54	77	3	9	9	1.11
28466976--28467027	17	3.0	17	91	5	86	46	11	13	28	1.78
28467423--28467469	8	5.5	8	81	18	51	0	17	0	82	0.66
28467775--28467853	7	11.0	7	82	15	90	0	18	0	81	0.70
28467757--28467878	37	3.3	37	77	16	112	0	22	0	77	0.83
28467766--28467859	44	2.1	46	88	7	140	0	20	0	79	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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