genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  21  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7321867--7322217	86	4.1	86	88	1	461	23	19	31	25	1.98
7321867--7322217	129	2.7	129	85	0	461	23	19	31	25	1.98
7323304--7323351	17	2.7	17	81	15	53	39	2	2	56	1.23
7323304--7323358	19	3.0	18	76	17	51	36	3	1	58	1.26
7327899--7327938	21	1.9	21	90	10	64	55	10	2	32	1.47
7333142--7333193	24	2.1	25	86	10	72	25	3	1	69	1.16
7333829--7333864	17	2.0	19	89	10	58	19	0	2	77	0.88
7334327--7334378	23	2.2	24	93	3	88	46	7	19	26	1.77
7336555--7336607	21	2.5	21	87	3	79	62	0	3	33	1.13
7337780--7337832	16	3.3	16	78	0	61	37	7	32	22	1.82
7338065--7338099	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
7338261--7338467	91	2.3	90	89	6	294	45	3	3	46	1.39
7338330--7338467	44	3.0	46	67	21	126	44	4	4	47	1.43
7338989--7339087	43	2.3	43	85	3	146	40	17	15	27	1.89
7339806--7339838	17	1.9	17	100	0	66	54	18	15	12	1.71
7341941--7341982	15	2.9	15	86	6	52	47	7	7	38	1.58
7342230--7342267	18	2.2	18	85	4	51	55	2	0	42	1.14
7342303--7342344	18	2.4	17	81	14	50	47	0	2	50	1.14
7350756--7350914	51	3.1	51	65	20	141	28	8	9	53	1.63
7350725--7350930	102	2.0	103	99	0	405	26	9	10	53	1.65
7362109--7362157	21	2.3	20	80	13	53	40	0	8	51	1.32
7363264--7363312	21	2.3	20	80	13	53	40	0	8	51	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7363848--7363896	21	2.3	20	80	13	53	40	0	8	51	1.32
7362860--7364028	584	2.0	584	100	0	2338	27	13	22	37	1.91
7376347--7376372	11	2.4	11	100	0	52	0	11	0	88	0.52
7377181--7377215	13	2.8	13	87	12	56	28	0	0	71	0.86
7377181--7377214	11	2.8	12	91	8	52	29	0	0	70	0.87
7378215--7378249	3	11.7	3	93	0	61	34	2	0	62	1.10
7376809--7378677	933	2.0	930	89	4	2831	30	14	13	40	1.84
7386621--7386651	12	2.7	11	90	9	53	74	0	25	0	0.82
7388207--7388246	20	2.0	21	85	5	55	40	2	10	47	1.50
7391975--7392027	23	2.3	23	96	0	97	30	28	20	20	1.98
7392253--7392291	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
7398945--7399011	29	2.3	29	78	2	71	41	19	7	31	1.79
7399724--7399766	21	2.0	21	100	0	86	25	13	4	55	1.58
7400449--7400779	165	2.0	166	99	0	655	35	15	10	38	1.81
7451200--7451224	12	2.1	12	100	0	50	60	24	8	8	1.52
7461151--7461193	21	2.0	23	81	9	54	44	11	11	32	1.77
7461214--7461269	20	2.7	21	81	13	53	69	7	12	10	1.36
7461225--7461269	21	2.1	23	88	12	69	68	8	8	13	1.38
7464411--7464448	14	2.8	13	88	7	58	39	10	5	44	1.61
7472373--7472553	89	2.0	90	98	1	355	35	7	7	49	1.59
7473820--7473882	31	2.0	31	87	0	90	20	11	14	53	1.70
7477135--7477181	18	2.6	18	86	0	67	38	27	6	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7477135--7477193	9	6.9	9	75	11	52	40	25	5	28	1.77
7485297--7485321	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
7486181--7486239	20	2.8	21	77	12	59	57	5	3	33	1.37
7486640--7486694	28	1.9	29	85	3	76	27	0	5	67	1.12
7486796--7486852	19	3.1	19	82	12	73	47	0	1	50	1.11
7487051--7487173	40	3.1	39	82	6	165	27	26	23	22	2.00
7487344--7488004	95	6.9	95	97	1	1209	42	2	17	37	1.65
7490243--7490286	19	2.5	17	80	20	54	45	0	6	47	1.29
7490988--7491027	7	5.6	7	90	3	53	60	10	0	30	1.30
7512062--7512124	31	2.0	32	87	9	94	47	12	0	39	1.42
7516833--7516891	31	1.9	32	86	6	86	54	11	5	28	1.58
7522768--7522798	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
7524460--7524525	33	1.9	35	87	6	100	25	10	18	45	1.81
7528261--7528292	6	5.3	6	100	0	64	34	0	34	31	1.58
7539741--7539765	13	1.9	13	100	0	50	80	0	8	12	0.92
7541006--7542100	87	12.6	87	97	0	1967	29	23	22	25	1.99
7544572--7544630	3	19.7	3	100	0	118	33	0	0	66	0.92
7544709--7544734	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
7553957--7554047	42	2.2	40	79	11	96	18	30	26	24	1.98
7567721--7567749	7	4.1	7	100	0	58	41	13	17	27	1.87
7572313--7572490	88	2.0	90	97	2	342	41	6	15	36	1.73
7572331--7572521	88	2.2	88	88	5	282	46	4	14	34	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7594265--7594312	12	3.9	12	78	5	60	62	16	4	16	1.48
7595681--7595724	22	2.0	22	100	0	88	31	13	9	45	1.75
7597664--7597757	46	2.0	46	97	0	179	19	15	29	35	1.93
7600597--7600628	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
7603200--7603258	21	2.8	21	94	0	100	37	5	20	37	1.75
7603220--7603286	18	3.6	17	86	13	80	35	5	22	35	1.79
7603442--7603493	18	2.9	18	85	5	70	15	13	44	26	1.84
7607284--7607337	23	2.4	23	78	12	58	64	5	0	29	1.16
7609224--7609401	88	2.0	89	98	1	349	26	16	24	32	1.96
7614758--7614784	14	1.9	14	100	0	54	0	40	0	59	0.98
7615256--7615299	22	2.0	23	81	4	54	65	0	15	18	1.27
7619579--7619629	26	2.0	26	88	3	77	35	1	5	56	1.35
7621754--7621832	39	2.0	39	97	0	149	26	17	16	39	1.91
7632305--7632348	22	1.9	22	81	9	52	54	4	11	29	1.56
7634086--7634156	35	2.0	34	83	10	88	50	0	2	46	1.16
7634170--7634196	6	4.5	6	100	0	54	37	14	0	48	1.45
7636473--7636499	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
7638624--7638660	17	2.1	19	85	10	51	24	0	10	64	1.25
7639447--7639481	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
7648796--7648862	20	3.1	21	76	10	64	50	2	0	46	1.16
7650143--7650182	19	2.1	19	90	0	62	30	20	0	50	1.49
7660174--7660213	19	2.1	19	90	0	62	30	20	0	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7660407--7660639	45	5.2	45	85	3	310	40	19	18	21	1.92
7660839--7660924	39	2.2	40	85	6	113	39	20	8	31	1.82
7668789--7668840	20	2.4	22	84	9	63	67	3	1	26	1.18
7672221--7672256	17	2.2	16	90	5	54	55	0	0	44	0.99
7679114--7679152	20	2.0	19	90	5	60	66	2	0	30	1.05
7682127--7682181	27	2.0	27	83	13	69	43	10	20	25	1.84
7701946--7701989	22	2.0	22	100	0	88	18	27	9	45	1.79
7712317--7712351	12	2.8	13	91	8	63	65	5	14	14	1.44
7726982--7727013	5	6.4	5	100	0	64	62	0	18	18	1.33
7726997--7727043	23	2.0	23	84	8	60	63	4	12	19	1.44
7730516--7730620	52	2.0	52	94	0	183	43	32	0	22	1.60
7740996--7741043	24	2.0	24	84	8	62	20	25	16	37	1.93
7740804--7742030	410	3.0	410	95	0	2170	27	17	19	35	1.94
7742842--7742875	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
7743833--7743944	25	4.7	24	83	6	122	42	20	21	15	1.88
7745032--7745073	15	2.7	15	88	3	57	4	19	2	73	1.12
7745082--7745153	5	14.4	5	75	20	62	56	4	0	38	1.18
7745083--7745125	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
7745089--7745154	24	2.7	25	81	9	73	59	4	0	36	1.18
7745871--7745912	21	1.9	22	85	9	59	11	19	26	42	1.85
7747297--7747355	29	2.1	29	83	3	75	28	11	6	52	1.63
7756921--7756989	21	3.4	21	75	11	56	55	1	4	39	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7756914--7756984	29	2.4	29	79	9	81	54	1	4	39	1.28
7792686--7792710	11	2.3	11	100	0	50	80	12	8	0	0.92
7793761--7793795	7	4.9	7	96	3	61	14	28	17	40	1.88
7795832--7795870	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
7806411--7806680	133	2.0	134	99	0	533	50	8	5	34	1.58
7815574--7815604	3	10.3	3	100	0	62	67	32	0	0	0.91
7825332--7825398	32	2.1	32	88	0	98	32	8	19	38	1.83
7834117--7834155	18	2.1	18	85	9	51	66	2	2	28	1.18
7834231--7834307	31	2.4	32	77	10	86	37	3	1	57	1.26
7835542--7835594	23	2.4	21	81	12	61	60	0	5	33	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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