genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  17  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5699723--5700217	42	11.7	42	79	5	381	25	21	24	29	1.99
5710338--5710372	18	1.9	18	94	0	61	20	22	14	42	1.88
5715949--5715985	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
5717320--5717374	16	3.3	16	75	9	56	32	7	7	52	1.56
5718849--5719022	86	2.0	87	98	1	341	37	9	5	47	1.59
5720187--5720262	37	2.1	37	97	0	143	47	19	5	27	1.71
5720970--5721115	79	1.8	79	86	5	215	24	22	18	34	1.96
5721405--5721444	19	2.2	18	86	8	55	22	12	15	50	1.77
5726534--5726942	102	4.0	102	96	0	728	41	9	17	32	1.81
5733379--5733422	23	1.9	23	81	9	54	45	27	9	18	1.79
5736536--5736566	14	2.2	14	94	0	53	48	22	22	6	1.73
5739963--5739989	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
5741479--5741558	40	2.0	40	100	0	160	17	22	7	52	1.69
5744618--5744661	20	2.2	21	80	12	56	45	0	9	45	1.35
5747821--5747883	18	3.5	18	76	8	65	53	0	4	41	1.22
5747824--5747887	27	2.4	27	86	0	83	54	0	4	40	1.21
5747821--5747887	9	7.4	9	74	0	53	53	0	4	41	1.21
5750164--5750543	96	4.0	96	88	2	543	47	18	14	20	1.83
5750166--5750543	189	2.0	192	88	2	566	47	17	14	20	1.83
5751067--5751156	19	4.7	19	67	20	53	58	3	4	33	1.34
5752884--5752947	12	5.2	12	83	7	83	54	0	4	40	1.21
5752882--5752962	25	3.2	25	91	3	119	53	0	4	41	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5757502--5757806	152	2.0	153	99	0	603	23	26	22	27	1.99
5757770--5757950	84	2.2	84	85	2	247	19	29	25	25	1.98
5765304--5765484	84	2.2	84	84	2	238	19	29	24	25	1.98
5768938--5768991	27	2.0	27	92	0	90	44	11	14	29	1.80
5769626--5769651	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
5769897--5769983	26	3.4	25	81	7	93	41	18	3	36	1.67
5769905--5769980	26	3.0	25	86	9	100	39	19	3	36	1.71
5783316--5783344	13	2.2	13	100	0	58	58	6	0	34	1.25
5787101--5787169	22	3.1	22	97	0	129	46	17	31	4	1.68
5791609--5791633	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
5794889--5794957	29	2.4	29	100	0	138	43	8	13	34	1.74
5795539--5795598	30	2.0	31	90	6	97	48	1	0	50	1.11
5800687--5800716	5	6.0	5	100	0	60	20	40	0	40	1.52
5802405--5802444	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
5802533--5802584	18	2.7	20	74	17	56	36	3	0	59	1.16
5810090--5810156	31	2.2	29	86	5	89	56	5	4	32	1.43
5813027--5813051	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
5813070--5813100	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
5816625--5816665	11	3.8	11	93	3	66	63	4	0	31	1.15
5816625--5816665	21	1.9	21	90	5	64	63	4	0	31	1.15
5816695--5816749	23	2.4	23	96	0	101	29	14	12	43	1.82
5816708--5816760	23	2.3	23	86	3	70	30	16	7	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5816850--5816895	20	2.2	20	84	3	56	30	0	10	58	1.32
5816885--5816932	8	5.5	8	77	18	51	16	0	12	70	1.16
5816864--5816944	28	2.9	28	98	0	153	23	0	13	62	1.30
5819417--5819441	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
5824965--5825023	28	2.1	28	100	0	118	47	16	11	23	1.80
5829086--5829676	295	2.0	295	97	0	1110	37	14	22	25	1.92
5831004--5831094	23	4.1	23	72	11	100	45	6	27	20	1.76
5831024--5831107	42	2.0	42	97	0	159	45	9	22	22	1.81
5832653--5832706	26	2.1	26	86	6	74	27	9	24	38	1.86
5836241--5836323	41	2.0	42	90	2	132	44	8	21	25	1.80
5841812--5841902	23	4.1	23	69	11	91	45	6	28	19	1.76
5841832--5841915	42	2.0	42	95	0	150	45	9	23	21	1.81
5843471--5843519	26	1.9	26	87	4	73	26	10	22	40	1.86
5845903--5845940	19	2.0	19	89	0	58	36	13	0	50	1.42
5848248--5848334	19	4.4	18	71	18	66	59	0	1	39	1.05
5848670--5848702	17	1.9	17	88	11	50	36	3	0	60	1.12
5850158--5850206	26	1.9	25	91	4	80	40	24	10	24	1.86
5854479--5854545	21	3.2	21	93	0	116	10	19	29	40	1.85
5854900--5855289	209	1.9	207	87	3	577	50	17	12	19	1.78
5856205--5856303	14	7.3	14	85	4	123	45	7	6	41	1.56
5856202--5856303	27	3.8	27	82	6	127	45	7	6	40	1.60
5856212--5856315	27	4.0	27	80	8	99	48	7	5	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5856212--5856307	40	2.4	41	91	3	142	47	8	6	37	1.59
5857701--5857866	83	2.0	83	96	0	305	29	20	11	38	1.88
5865687--5865714	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
5867239--5867273	16	2.2	16	90	10	54	62	2	0	34	1.10
5867255--5867315	15	3.9	15	73	14	52	57	6	0	36	1.25
5873679--5873715	15	2.3	17	86	9	51	32	2	8	56	1.43
5873900--5873925	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
5873934--5873988	24	2.3	24	78	6	58	32	0	5	61	1.19
5874179--5874273	45	2.1	46	88	4	138	14	6	13	65	1.45
5878164--5878226	15	4.1	15	75	21	51	41	3	0	55	1.16
5878164--5878204	16	2.6	16	82	14	50	41	0	0	58	0.98
5891968--5892044	27	2.9	27	68	27	72	20	9	7	62	1.50
5892693--5892761	25	2.8	25	80	2	86	52	14	13	20	1.74
5896774--5896941	24	6.9	24	72	6	97	35	22	25	16	1.95
5896901--5896953	25	2.1	25	89	0	79	37	20	22	18	1.94
5897260--5897298	19	2.1	19	85	9	53	48	17	0	33	1.48
5912178--5912231	5	10.8	5	82	7	56	16	20	22	40	1.91
5912183--5912232	15	3.3	15	83	10	66	16	20	24	40	1.91
5912534--5912584	26	2.0	25	85	11	68	25	0	11	62	1.29
5917091--5917798	353	2.0	354	99	0	1409	34	8	12	43	1.73
5918062--5918093	17	1.9	16	93	6	55	46	6	9	37	1.61
5920611--5920650	12	3.3	12	85	0	53	40	0	10	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5924659--5924721	24	2.4	26	84	10	76	73	4	6	15	1.21
5927589--5928188	299	2.0	299	99	0	1191	39	6	13	40	1.71
5931591--5931661	20	3.5	20	74	11	65	46	5	2	45	1.41
5931673--5931726	28	1.9	28	96	0	99	55	9	3	31	1.49
5935107--5935178	31	2.3	32	88	7	103	36	2	0	61	1.11
5935265--5935289	11	2.3	11	100	0	50	16	56	28	0	1.41
5939987--5940032	20	2.3	19	82	10	56	54	2	4	39	1.32
5939999--5940040	20	2.1	20	100	0	84	50	4	4	40	1.45
5948312--5948338	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
5948323--5948506	92	2.0	92	97	2	352	38	9	8	44	1.67
5951831--5951878	21	2.3	21	75	7	53	72	4	14	8	1.23
5955972--5956096	41	3.0	41	100	0	250	31	9	19	40	1.83
5959021--5959050	12	2.5	12	88	0	51	6	30	6	56	1.51
5975045--5975086	21	2.0	21	100	0	84	38	14	14	33	1.86
5977725--5977780	21	2.8	20	81	10	69	66	1	1	30	1.12
5977728--5977780	19	2.6	20	82	11	63	64	1	1	32	1.15
5982050--5982088	3	13.0	3	88	0	60	33	0	28	38	1.57
5982050--5982088	15	2.6	15	100	0	78	33	0	28	38	1.57
5984540--5984583	11	3.3	15	73	26	53	47	11	6	34	1.66
5984694--5984750	30	1.9	30	85	7	80	47	3	12	36	1.58
5989010--5989059	18	2.8	18	74	14	59	2	24	6	68	1.23
5995593--5995654	28	2.2	28	85	2	79	59	3	4	32	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5995983--5996151	85	2.0	85	80	6	191	39	18	8	34	1.81
5996522--5996576	19	2.8	20	78	5	60	34	3	3	58	1.33
5996650--5996675	12	2.2	12	100	0	52	30	0	0	69	0.89
5996689--5996859	88	1.9	90	88	4	258	35	10	20	33	1.87
5998630--5998678	16	3.1	17	77	11	50	48	0	4	46	1.20
6001559--6001588	3	10.0	3	92	0	51	36	0	33	30	1.58
6008470--6008515	12	3.3	14	82	17	60	65	2	0	32	1.05
6010682--6010715	12	2.9	12	91	4	52	26	20	0	52	1.46
6012084--6012547	225	2.1	225	95	1	833	28	22	20	29	1.98
6014958--6015004	24	2.0	24	82	0	58	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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