genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  64  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22673209--22673269	32	1.9	32	90	3	97	59	1	1	37	1.17
22673209--22673343	42	3.2	41	90	6	218	60	0	2	37	1.15
22673209--22673348	11	13.5	11	70	18	70	58	0	2	38	1.15
22677127--22677217	18	4.9	18	73	14	60	62	5	3	28	1.33
22677744--22677811	31	2.2	31	78	5	75	22	19	20	38	1.94
22680746--22680824	21	3.9	21	93	3	126	13	24	17	44	1.85
22683216--22683277	29	2.1	29	85	5	81	8	19	11	61	1.54
22683299--22683364	3	22.3	3	86	9	91	34	1	0	63	1.04
22683350--22683384	18	1.9	18	88	0	52	37	8	2	51	1.47
22693969--22694011	23	2.0	21	82	13	52	48	11	9	30	1.71
22694580--22694632	21	2.5	21	90	0	79	30	7	30	32	1.85
22695094--22695152	31	1.9	30	82	3	73	35	13	10	40	1.78
22695188--22695233	22	2.0	22	83	8	56	39	0	2	58	1.10
22700066--22700105	20	2.1	20	86	9	57	32	12	2	52	1.52
22712650--22712677	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
22713930--22713972	19	2.2	20	80	16	54	0	39	2	58	1.11
22719305--22719755	225	2.0	226	99	0	895	37	13	7	41	1.74
22720259--22721776	772	2.0	772	100	0	3036	43	6	7	42	1.58
22723415--22723474	32	2.0	31	83	9	79	36	1	3	58	1.25
22726961--22727033	25	2.9	25	82	10	94	32	16	12	38	1.86
22762619--22762658	20	2.0	20	100	0	80	50	10	15	25	1.74
22771429--22771471	21	2.0	21	86	9	59	30	9	20	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22775316--22775355	20	2.0	20	85	9	55	35	10	12	42	1.76
22786539--22786671	40	3.4	39	74	13	121	32	24	17	26	1.97
22787573--22787698	50	2.5	51	88	1	191	29	26	13	30	1.94
22787573--22787698	51	2.5	50	85	3	182	29	26	13	30	1.94
22790180--22790245	7	8.6	7	78	18	53	53	1	1	43	1.19
22790167--22790245	27	2.8	31	76	20	91	49	2	1	46	1.23
22790177--22790242	8	8.4	8	70	21	50	51	1	1	45	1.19
22790265--22790325	33	1.9	31	96	0	95	29	24	6	39	1.80
22802712--22802742	8	3.9	8	100	0	62	12	0	0	87	0.55
22802786--22802874	45	2.0	45	93	2	153	32	5	6	55	1.50
22808658--22808715	29	2.0	29	83	10	73	41	5	1	51	1.34
22808898--22808969	36	2.0	35	91	2	117	31	8	27	31	1.86
22813505--22813574	35	2.0	35	88	5	106	31	8	27	32	1.87
22813872--22813966	48	2.0	48	93	0	163	20	15	21	43	1.88
22814700--22815527	413	2.0	414	99	0	1649	29	30	12	28	1.92
22818269--22818319	19	2.8	19	82	11	54	39	0	0	60	0.97
22818290--22818329	18	2.2	18	86	8	55	37	0	2	60	1.11
22818900--22818937	14	2.7	14	88	8	51	34	10	7	47	1.67
22837707--22837930	119	1.9	117	82	7	283	44	12	11	31	1.78
22844092--22844117	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
22845404--22845456	18	2.9	18	77	8	54	60	1	1	35	1.19
22845535--22845601	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22847482--22847526	19	2.4	19	85	7	56	28	20	8	42	1.82
22849408--22849462	25	2.2	25	87	9	78	21	10	7	60	1.55
22857523--22857577	28	2.0	27	92	3	92	54	5	0	40	1.23
22857618--22857696	27	2.9	27	92	0	131	27	22	32	16	1.96
22858080--22858138	19	3.2	19	82	4	84	49	0	13	37	1.43
22858801--22858871	28	2.5	28	86	4	90	45	0	7	47	1.30
22858809--22858874	28	2.4	28	89	0	96	46	0	9	43	1.35
22859497--22859555	29	2.0	29	100	0	118	30	10	16	42	1.82
22872441--22872479	20	2.0	20	100	0	78	20	20	17	41	1.91
22874743--22874867	62	2.0	62	96	0	232	18	46	6	28	1.73
22883832--22883933	41	2.5	40	87	6	141	27	25	19	27	1.99
22883832--22883948	41	2.9	41	82	5	112	28	25	20	25	1.99
22884332--22884389	2	30.0	2	73	13	50	48	3	3	44	1.36
22884891--22884960	28	2.4	29	83	4	88	34	28	4	32	1.77
22885023--22885047	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
22889364--22889519	77	2.0	78	98	1	305	32	12	5	50	1.63
22890031--22890079	14	3.4	14	77	8	53	59	0	6	34	1.22
22894300--22894343	23	1.9	23	85	0	61	25	0	6	68	1.14
22897013--22897176	82	2.0	83	98	1	321	25	7	18	48	1.74
22900712--22900741	13	2.3	13	94	0	51	33	0	6	60	1.23
22901103--22901218	42	2.8	42	89	3	175	34	2	0	62	1.09
22901193--22901222	11	2.9	10	90	9	51	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22901193--22901232	21	1.9	21	85	10	55	55	2	0	42	1.13
22904063--22904161	23	4.5	22	81	9	89	20	8	22	49	1.74
22904089--22904161	23	3.2	22	90	7	103	19	8	23	49	1.75
22910207--22910244	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
22927834--22927873	5	8.2	5	88	5	64	20	2	0	77	0.88
22927834--22927870	19	1.9	19	94	0	65	18	2	0	78	0.87
22928531--22928580	20	2.4	20	84	15	66	74	12	14	0	1.09
22928663--22928729	7	8.7	7	75	23	55	76	1	22	0	0.87
22928665--22928737	11	6.3	11	77	12	74	75	1	23	0	0.88
22928663--22928730	18	3.7	19	83	13	88	75	1	23	0	0.89
22928665--22928730	4	17.8	4	72	20	54	75	1	22	0	0.88
22928853--22928910	21	2.6	22	86	10	75	68	6	24	0	1.13
22928871--22928906	13	2.6	14	82	8	56	72	2	25	0	0.98
22928844--22928910	23	3.0	23	79	14	77	70	5	22	1	1.18
22929092--22929121	14	2.2	14	94	5	53	20	13	3	63	1.43
22929497--22929542	17	2.6	17	83	12	58	30	15	8	45	1.76
22929600--22929691	16	5.3	18	68	18	52	39	13	11	35	1.81
22929599--22929690	36	2.6	34	84	6	105	39	13	11	35	1.81
22929724--22930011	18	15.4	19	66	21	103	31	12	11	44	1.78
22929727--22929805	36	2.2	36	88	4	115	26	15	10	48	1.76
22929779--22929831	27	2.0	25	85	7	70	20	13	13	52	1.73
22929802--22929860	19	3.1	19	81	11	66	38	8	10	42	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22929863--22930011	17	8.3	17	67	15	77	30	12	12	44	1.79
22929922--22929961	20	1.9	22	90	10	66	40	12	10	37	1.77
22929802--22930011	37	5.7	37	69	20	104	32	11	11	43	1.77
22930744--22930812	34	2.0	34	94	0	120	34	17	20	27	1.95
22932501--22932913	140	3.0	140	85	3	530	30	19	20	29	1.97
22933220--22933285	8	8.4	8	73	18	50	45	0	3	51	1.16
22933217--22933282	7	8.6	7	76	18	53	43	0	3	53	1.16
22933227--22933295	32	2.2	32	79	7	79	47	0	4	47	1.21
22934066--22934115	15	3.2	15	76	20	57	36	0	14	50	1.43
22934098--22934161	29	2.2	28	83	10	76	39	0	17	43	1.49
22934196--22934326	41	3.3	38	71	14	99	25	16	23	35	1.95
22936963--22937156	96	2.0	96	87	4	275	33	17	13	35	1.89
22941829--22942026	42	4.7	42	85	2	245	42	14	24	18	1.88
22941913--22942028	21	5.5	21	67	6	81	43	17	22	16	1.87
22942252--22942339	45	1.9	46	83	4	115	44	7	2	45	1.45
22944098--22944182	31	2.6	32	76	14	86	56	7	0	36	1.27
22949195--22949225	3	10.3	3	92	0	53	32	0	3	64	1.09
22951657--22952917	170	7.4	169	88	3	1801	28	19	23	28	1.98
22951657--22952917	341	3.7	339	88	3	1837	28	19	23	28	1.98
22960513--22960709	100	2.0	95	90	4	304	35	20	15	29	1.93
22963991--22964086	48	2.0	49	97	2	185	47	14	4	33	1.63
22965955--22965995	20	2.0	20	85	0	55	41	17	26	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22975286--22975385	26	3.8	26	85	4	130	28	24	16	32	1.96
22975532--22975584	20	2.7	20	84	0	79	35	5	18	39	1.75
22976277--22976325	15	3.1	17	72	21	52	34	2	26	36	1.68
22976277--22976340	32	2.0	32	96	0	119	35	3	23	37	1.71
22976287--22976343	17	3.5	17	71	26	59	38	3	21	36	1.70
22979050--22979137	44	2.0	42	87	8	124	50	4	7	37	1.52
22987308--22987339	8	3.9	8	95	4	55	75	0	3	21	0.95
22987292--22987337	9	5.2	9	80	19	53	73	2	2	21	1.04
22987292--22987338	16	2.7	17	78	21	53	72	2	2	23	1.06
23003522--23003567	24	2.0	23	83	12	58	26	6	10	56	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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