genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   

This is table  168  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56196547--56196678	43	3.1	42	79	8	117	20	31	28	19	1.97
56196611--56196730	43	2.8	42	83	9	152	19	31	34	15	1.92
56196728--56196885	75	2.1	75	93	0	271	23	17	29	29	1.97
56197073--56197118	25	1.9	24	86	8	67	39	17	19	23	1.92
56207065--56207355	43	6.8	43	90	3	394	21	33	27	17	1.96
56207055--56207956	129	7.1	126	75	8	465	20	31	28	20	1.97
56207341--56207448	43	2.5	42	85	5	135	20	30	28	20	1.97
56207526--56207610	42	2.0	42	84	6	111	20	30	27	22	1.98
56207593--56207990	43	9.3	43	66	9	163	19	30	29	21	1.97
56207550--56207950	212	1.9	212	80	6	472	19	29	29	21	1.97
56207587--56207990	85	4.8	84	69	13	288	19	29	29	21	1.97
56207854--56208129	137	2.0	138	80	3	306	17	30	28	23	1.97
56208110--56208301	43	4.5	44	77	8	166	20	33	27	18	1.96
56208108--56208301	86	2.3	85	78	4	194	20	33	27	19	1.96
56208281--56208447	43	3.9	43	70	9	126	19	31	29	19	1.97
56208369--56210992	43	61.4	41	65	15	289	20	29	29	20	1.97
56208610--56210315	85	19.8	86	69	10	376	20	30	28	20	1.97
56208896--56209029	42	3.2	42	74	10	121	17	31	30	20	1.96
56208613--56209718	477	2.3	476	76	6	1097	20	30	28	20	1.97
56209334--56210987	43	38.9	43	67	6	396	20	29	29	20	1.97
56209568--56210348	128	6.1	128	78	3	653	20	30	29	19	1.97
56209553--56210283	383	1.9	383	81	1	883	20	31	28	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56209691--56211014	85	15.6	85	71	9	541	20	29	29	20	1.97
56210635--56211007	127	2.9	127	77	9	373	20	28	30	20	1.97
56213146--56213305	75	2.1	75	92	0	266	30	30	15	24	1.95
56213303--56213388	43	2.0	43	88	0	127	16	34	31	17	1.92
56224167--56224207	6	6.5	6	86	8	55	78	0	21	0	0.76
56224160--56224210	12	4.1	13	83	14	54	74	0	23	1	0.92
56224160--56224210	19	2.8	17	85	14	66	74	0	23	1	0.92
56225802--56226301	87	5.7	87	89	0	750	27	22	25	24	2.00
56226423--56226538	43	2.7	42	73	6	117	31	20	22	25	1.98
56226548--56226654	44	2.4	45	81	7	130	27	24	24	24	2.00
56231701--56231849	42	3.5	40	76	12	138	18	29	34	17	1.94
56231683--56232405	43	16.9	43	73	9	493	19	30	31	18	1.96
56231683--56232408	85	8.5	85	76	8	550	19	30	31	18	1.96
56231754--56232380	128	4.9	127	78	7	601	19	31	30	18	1.96
56231683--56232229	213	2.6	212	81	4	611	19	31	31	18	1.95
56231739--56232408	256	2.6	252	81	7	699	20	31	31	17	1.96
56248640--56248800	75	2.1	75	90	2	261	29	29	14	25	1.95
56248798--56248959	43	3.8	42	82	4	180	19	31	29	20	1.97
56248798--56248960	86	1.9	86	83	2	211	19	31	29	20	1.97
56249105--56249142	14	2.9	13	84	7	51	7	21	42	28	1.81
56255545--56255747	107	1.9	107	79	6	232	20	33	28	17	1.96
56255659--56255929	128	2.1	128	87	1	382	19	32	29	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56255805--56256098	85	3.4	85	84	0	372	19	28	30	21	1.98
56256077--56256678	85	7.1	82	76	7	503	18	30	31	19	1.96
56255652--56256561	42	21.4	42	74	8	644	19	30	30	19	1.97
56256196--56256653	169	2.7	168	84	4	458	18	31	31	18	1.95
56258655--56259410	43	17.8	42	71	7	456	18	29	32	19	1.96
56258669--56259410	85	8.8	84	73	8	337	18	29	32	19	1.96
56258789--56259161	169	2.2	170	84	4	468	17	30	32	18	1.95
56258881--56259455	211	2.7	211	79	5	640	18	29	32	18	1.95
56259093--56259499	126	3.2	125	76	7	383	19	29	32	19	1.96
56259392--56259528	43	3.2	42	80	10	136	18	27	32	21	1.96
56260308--56260664	179	2.0	179	90	0	561	25	22	23	28	2.00
56266895--56266956	31	2.0	31	100	0	124	32	16	19	32	1.94
56267336--56267494	85	1.9	85	81	7	198	21	29	28	20	1.98
56267430--56269917	43	58.5	43	68	7	865	20	29	30	19	1.97
56267489--56269159	85	19.6	85	72	5	588	20	30	29	19	1.97
56267349--56267622	128	2.1	128	80	1	334	21	31	29	17	1.96
56267284--56268605	213	6.2	210	73	8	769	20	30	29	19	1.97
56267290--56267921	298	2.1	298	84	1	827	20	30	29	19	1.97
56267648--56268166	128	4.1	128	84	4	584	20	30	29	19	1.97
56268114--56268366	128	2.0	128	86	3	357	22	28	28	20	1.99
56268349--56269712	128	10.7	128	71	7	646	20	29	30	20	1.97
56267870--56269264	682	2.0	681	87	2	1989	20	29	29	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56267433--56268935	554	2.7	547	78	7	1462	20	30	30	19	1.97
56268581--56269159	213	2.7	212	78	1	577	19	30	30	19	1.97
56269661--56269877	42	5.2	41	72	7	141	18	30	32	18	1.95
56269728--56269920	85	2.3	84	81	2	226	20	30	31	18	1.96
56275080--56275250	43	4.0	43	80	1	218	17	30	32	19	1.95
56275025--56275226	85	2.4	85	87	0	278	17	29	34	18	1.94
56276153--56276575	43	9.9	43	72	7	326	18	29	32	19	1.96
56276153--56276354	85	2.4	85	87	0	278	17	29	34	18	1.94
56276208--56276497	128	2.3	128	84	1	368	18	31	31	18	1.95
56276299--56276576	85	3.3	85	80	4	301	19	30	31	18	1.96
56276153--56276575	213	2.0	213	85	2	582	18	29	32	19	1.96
56285047--56285821	42	18.3	43	70	10	306	20	30	30	19	1.97
56285027--56285223	85	2.3	85	85	5	247	18	29	32	19	1.96
56285080--56285861	85	9.2	84	75	5	434	20	30	30	19	1.97
56285046--56285350	127	2.4	128	83	6	354	19	30	32	18	1.95
56285080--56285861	170	4.6	168	74	5	513	20	30	30	19	1.97
56285174--56285698	255	2.1	255	80	5	598	21	31	29	18	1.97
56303435--56303607	42	4.1	43	81	3	208	15	27	35	21	1.94
56303443--56303599	85	1.8	85	86	2	226	15	26	36	21	1.93
56303435--56303614	85	2.1	85	80	4	211	16	26	34	22	1.95
56303914--56304026	57	2.0	58	89	5	176	30	30	17	20	1.96
56304076--56304601	43	12.6	42	78	9	495	18	27	31	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56304084--56304601	85	6.2	85	80	8	564	18	27	31	21	1.97
56304076--56304601	128	4.2	129	78	10	545	18	27	31	21	1.97
56304297--56304363	34	2.0	34	88	8	102	17	31	28	22	1.97
56304254--56304409	76	2.0	77	91	1	251	16	29	33	21	1.95
56304122--56304601	204	2.3	207	87	4	696	18	27	31	22	1.97
56309815--56310125	157	2.0	156	96	0	568	29	19	23	27	1.98
56311932--56311964	15	2.2	15	94	0	57	18	27	33	21	1.96
56317156--56318127	43	22.9	43	72	9	571	19	29	31	19	1.96
56317171--56317369	85	2.3	85	82	5	240	20	30	31	18	1.96
56317208--56318211	128	7.9	126	74	9	549	19	29	31	19	1.97
56317336--56318081	85	8.8	84	78	7	591	19	29	31	19	1.96
56317343--56318081	170	4.4	169	77	6	708	19	30	31	19	1.96
56317156--56317617	213	2.2	213	82	5	558	19	29	32	18	1.96
56317523--56318084	212	2.7	211	77	7	616	20	30	29	19	1.97
56338689--56338732	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
56344353--56346424	43	48.6	42	68	10	493	20	28	31	19	1.97
56344313--56346424	85	24.8	85	71	9	520	20	28	31	19	1.97
56344365--56346383	128	15.8	128	71	9	638	20	28	30	19	1.97
56344312--56346383	298	7.0	298	74	7	1452	20	28	31	19	1.97
56345570--56346415	170	5.0	168	73	8	602	19	29	31	19	1.96
56344353--56346289	213	9.1	209	72	8	1025	20	28	31	19	1.97
56351573--56351661	43	2.1	43	84	0	115	17	30	32	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56352132--56352467	43	7.9	43	78	5	290	17	26	33	22	1.96
56352130--56352467	85	4.0	85	79	8	364	17	26	33	22	1.96
56352132--56352467	128	2.6	127	83	1	402	17	26	33	22	1.96
56361153--56361210	24	2.4	24	79	0	71	12	39	31	17	1.86
56361244--56361378	42	3.2	42	70	6	110	19	31	31	17	1.95
56361215--56361420	85	2.4	84	85	4	261	17	30	32	18	1.95
56361398--56361906	85	6.0	85	78	2	484	19	31	31	17	1.96
56361270--56361590	128	2.5	128	82	4	364	18	31	31	18	1.95
56361275--56361898	43	14.7	43	65	10	228	19	31	30	17	1.96
56361215--56361603	213	1.8	213	84	2	530	18	31	31	18	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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