genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  48  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16863617--16863676	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
16863890--16863926	9	4.1	9	89	0	56	29	10	10	48	1.72
16863909--16864023	62	1.9	60	84	12	155	39	18	13	28	1.89
16871425--16871503	40	2.0	40	85	5	106	45	2	16	35	1.61
16874590--16874784	50	3.9	50	82	4	198	22	27	21	28	1.99
16901340--16901366	14	1.9	14	100	0	54	22	0	14	62	1.31
16902358--16902390	17	1.9	17	100	0	66	18	3	24	54	1.57
16904959--16905010	24	2.2	24	85	0	68	51	5	3	38	1.44
16910376--16910895	259	2.0	259	91	2	848	40	19	11	28	1.86
16913227--16913261	17	2.1	17	89	5	54	37	2	2	57	1.29
16914031--16914096	31	2.1	31	85	0	87	27	22	13	36	1.92
16914577--16914623	13	3.6	13	72	11	51	42	10	14	31	1.80
16914577--16914627	26	2.0	26	88	0	75	45	11	13	29	1.79
16920668--16920702	18	1.9	18	88	0	52	40	0	42	17	1.49
16922977--16923018	19	2.1	19	86	8	57	38	0	9	52	1.34
16924272--16924449	28	6.5	27	77	7	137	31	27	11	29	1.91
16929241--16929267	12	2.2	12	100	0	54	33	14	25	25	1.95
16929641--16929679	20	2.0	20	85	10	53	33	0	10	56	1.33
16930098--16930144	23	2.1	22	84	11	60	25	2	2	70	1.10
16932088--16932265	29	6.3	29	84	7	206	36	21	16	25	1.94
16932228--16932292	26	2.5	26	82	5	78	44	18	15	21	1.86
16938663--16938702	20	2.0	20	95	0	71	45	17	0	37	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16941684--16941734	19	2.8	17	81	18	59	43	1	11	43	1.52
16942816--16942943	19	6.7	19	74	0	94	19	21	26	32	1.97
16942804--16942880	38	2.1	37	82	2	91	22	22	24	31	1.98
16942822--16942943	38	3.2	38	74	4	120	18	20	26	34	1.96
16946102--16946274	45	3.8	45	85	0	229	33	24	16	25	1.96
16951432--16951522	29	3.1	30	85	6	89	31	14	18	35	1.91
16951443--16951604	29	5.6	29	85	5	159	26	13	22	37	1.92
16951443--16951625	58	3.2	57	77	6	181	26	14	23	34	1.94
16953772--16953816	11	4.3	11	76	18	51	66	2	0	31	1.04
16953784--16953816	7	4.7	7	100	0	66	69	0	0	30	0.88
16960430--16960471	23	1.9	21	85	9	57	40	19	0	40	1.51
16962131--16962164	15	2.3	15	89	0	50	26	2	2	67	1.19
16962942--16962970	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
16968195--16968219	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
16968581--16968630	22	2.3	22	76	16	59	58	4	6	32	1.41
16968868--16968926	3	19.3	3	83	10	75	62	0	3	33	1.12
16970352--16970510	79	2.0	79	93	0	273	27	23	22	27	1.99
16970698--16971540	101	8.5	100	87	5	1162	23	23	21	30	1.99
16970698--16971540	198	4.2	198	91	2	1295	23	23	21	30	1.99
16976263--16976325	21	3.0	21	72	17	60	68	4	0	26	1.10
16976767--16976825	3	19.3	3	83	10	75	62	0	3	33	1.12
16977865--16977927	21	3.0	21	72	17	60	68	4	0	26	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16979214--16979256	22	1.9	23	90	4	70	65	4	11	18	1.42
16979433--16979490	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
16982392--16982429	20	2.0	20	89	5	60	7	10	0	81	0.87
16982873--16983005	70	1.9	70	92	0	221	29	15	21	34	1.93
16988645--16988700	24	2.3	24	96	0	103	33	12	25	28	1.92
16988835--16989012	62	2.9	62	94	0	320	31	22	11	34	1.90
16989137--16990182	44	23.8	44	71	8	520	31	19	21	27	1.97
16989139--16989705	133	4.3	133	77	9	473	31	19	21	26	1.98
16989140--16990170	177	5.9	177	73	7	735	31	19	21	27	1.97
16989136--16990182	88	11.9	88	71	8	601	31	19	21	27	1.97
16990184--16990472	89	3.3	89	80	1	312	28	22	22	27	1.99
16990436--16990843	132	3.1	131	83	6	508	28	18	26	26	1.98
16990459--16990826	124	2.9	123	82	10	411	28	19	24	26	1.99
16997459--16997554	22	4.4	22	86	0	102	41	14	29	14	1.85
17020324--17020430	41	2.6	40	82	5	115	30	27	22	19	1.98
17028251--17028362	41	2.7	40	79	5	125	29	23	25	21	1.99
17037237--17037299	31	2.0	32	93	3	110	30	9	17	42	1.81
17040357--17040402	24	1.9	24	86	0	65	56	2	2	39	1.24
17052452--17052488	9	4.1	9	89	0	56	54	18	2	24	1.57
17059785--17059888	18	5.6	17	73	13	73	8	22	1	67	1.28
17059858--17059899	18	2.3	18	88	8	59	9	19	2	69	1.28
17073250--17073281	15	2.1	15	100	0	64	34	12	6	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17078915--17078966	26	2.0	26	85	7	70	38	17	9	34	1.82
17082213--17082442	50	4.6	50	86	0	289	20	31	22	25	1.98
17082779--17082835	30	1.9	30	88	0	87	33	22	1	42	1.64
17082874--17082915	19	2.2	19	95	0	75	28	11	14	45	1.80
17097672--17097864	64	3.0	64	100	0	386	44	7	10	37	1.69
17100392--17100435	20	2.1	21	87	4	63	31	2	0	65	1.05
17100514--17100694	88	2.0	89	86	3	249	33	9	18	38	1.84
17100525--17100722	88	2.2	87	84	6	238	32	9	16	41	1.80
17105805--17105863	17	3.5	18	76	19	56	35	0	3	61	1.13
17110636--17110917	50	5.7	50	82	5	351	27	20	31	20	1.97
17110640--17110917	97	2.8	98	84	4	353	28	20	31	20	1.97
17110636--17110917	147	1.9	147	92	0	474	27	20	31	20	1.97
17111516--17112660	46	25.6	46	93	5	1965	32	19	14	33	1.93
17112432--17112660	82	2.9	81	90	5	355	30	20	13	34	1.92
17114272--17114413	50	2.8	50	85	5	198	28	19	30	21	1.97
17119644--17119760	35	3.3	35	84	3	155	42	29	14	12	1.83
17122396--17122442	24	2.0	23	84	12	60	29	14	4	51	1.62
17122674--17122717	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
17123089--17123123	17	2.0	18	88	5	54	57	0	0	42	0.99
17128769--17128878	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
17128859--17128910	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
17128958--17128997	20	2.0	20	100	0	80	15	20	25	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17129454--17129490	17	2.2	17	100	0	74	37	10	10	40	1.75
17129471--17129813	170	2.0	170	98	1	670	40	13	4	42	1.63
17143845--17143902	30	1.9	30	85	0	80	20	36	29	13	1.91
17148763--17148866	45	2.3	47	85	5	142	20	4	2	72	1.16
17150590--17150632	6	7.5	6	86	2	54	16	0	4	79	0.90
17150590--17150632	18	2.5	17	88	7	61	16	0	4	79	0.90
17172131--17172171	20	2.1	19	86	13	57	19	9	48	21	1.77
17173139--17173235	48	2.0	48	95	0	176	32	14	23	28	1.94
17180165--17180210	21	2.1	22	84	4	58	56	0	4	39	1.19
17185521--17185560	20	1.9	20	85	10	53	20	22	27	30	1.98
17189745--17189773	14	2.1	14	100	0	58	65	0	13	20	1.26
17190059--17190115	22	2.5	22	91	5	87	63	7	0	29	1.21
17190059--17190117	26	2.3	25	85	2	73	64	6	0	28	1.19
17190411--17190448	19	2.0	19	94	0	67	34	15	13	36	1.87
17190783--17190977	44	4.4	44	66	14	114	29	25	15	28	1.96
17190657--17191182	132	4.0	132	91	1	761	30	24	17	26	1.97
17199705--17199762	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
17199718--17199834	19	5.8	19	86	8	126	37	16	9	36	1.81
17199741--17199834	19	4.8	19	90	5	152	36	15	10	37	1.83
17206520--17206606	33	2.7	32	77	7	95	45	18	9	26	1.79
17206597--17206636	20	2.0	20	100	0	80	45	15	10	30	1.78
17213109--17213159	26	2.0	26	88	3	77	25	25	7	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17244691--17244791	27	3.7	27	78	0	112	21	25	14	37	1.92
17244863--17245024	45	3.6	45	81	6	150	22	21	12	43	1.86
17246216--17246273	26	2.2	26	84	0	71	25	24	22	27	2.00
17246787--17246814	14	2.0	14	100	0	56	21	7	28	42	1.79
17262626--17262655	15	1.9	16	93	6	53	20	0	26	53	1.46
17264210--17264416	103	2.0	103	98	0	396	20	17	29	32	1.95
17274416--17274470	27	2.0	27	100	0	110	36	10	7	45	1.67
17284709--17284799	29	3.2	28	78	9	96	53	1	12	32	1.45
17284832--17284870	16	2.4	16	82	0	51	76	5	0	17	0.96
17284836--17284888	28	1.9	27	88	3	79	73	5	0	20	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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