genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  61  of  210  ( 25174 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21472777--21472821	21	2.1	21	83	0	54	82	2	8	6	0.93
21474051--21474087	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
21477893--21477930	20	1.9	20	88	0	58	52	0	0	47	1.00
21477889--21477957	29	2.3	29	85	7	86	50	4	0	44	1.21
21480008--21480078	32	2.2	32	97	0	133	14	0	26	59	1.36
21486520--21486698	41	4.5	41	69	10	136	39	7	10	42	1.67
21486606--21486698	38	2.4	39	81	5	107	41	6	8	43	1.61
21491603--21491675	32	2.3	32	84	11	89	36	0	0	63	0.95
21494866--21494898	16	2.1	16	94	0	57	42	6	15	36	1.71
21495964--21495998	11	3.1	11	91	4	52	34	0	0	65	0.93
21503238--21503294	3	19.0	3	100	0	114	66	0	0	33	0.92
21503819--21504183	3	121.7	3	100	0	730	66	0	0	33	0.92
21505462--21505495	17	2.0	17	88	0	50	17	29	0	52	1.45
21508595--21508646	20	2.5	20	81	9	61	21	1	17	59	1.47
21512123--21512167	19	2.4	17	80	20	54	60	4	0	35	1.17
21512314--21512550	118	2.0	118	97	0	447	28	22	18	30	1.97
21516583--21516643	31	2.0	31	83	6	79	57	0	4	37	1.20
21523797--21523826	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
21524870--21524927	27	2.1	27	81	12	66	36	17	12	34	1.87
21527652--21527771	59	2.0	59	100	0	240	42	18	18	20	1.89
21530585--21530637	23	2.3	23	80	9	54	37	7	11	43	1.69
21532691--21532732	19	2.3	18	80	16	50	26	16	4	52	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21534013--21534235	111	2.0	112	99	0	439	43	8	6	40	1.61
21534112--21534153	21	1.9	23	90	9	70	45	0	7	47	1.30
21539714--21539816	51	2.0	52	83	12	133	39	8	27	24	1.84
21539709--21539911	111	1.8	111	81	4	257	35	9	31	23	1.87
21550411--21550526	60	1.9	59	84	1	151	27	17	10	44	1.81
21554182--21554238	21	2.9	19	75	12	53	35	7	7	50	1.56
21566608--21566641	16	2.1	16	94	0	59	20	32	8	38	1.84
21570253--21570290	19	2.0	19	100	0	76	52	5	15	26	1.64
21570481--21570527	23	2.1	22	96	4	85	48	17	12	21	1.79
21574561--21574597	18	2.1	18	89	0	56	43	0	10	45	1.39
21577563--21577707	78	1.9	78	89	2	229	26	26	20	27	1.99
21580306--21580593	109	2.7	109	90	1	429	35	17	15	31	1.91
21580669--21580699	15	2.1	15	93	0	53	64	6	9	19	1.45
21581178--21581592	219	1.9	217	88	4	631	59	5	11	23	1.53
21582690--21582833	78	1.8	78	89	2	227	28	24	19	27	1.98
21584926--21585082	78	2.0	78	95	2	280	28	25	19	26	1.99
21589772--21589916	78	1.9	78	94	0	254	29	22	19	28	1.98
21594437--21594591	78	2.0	78	87	5	224	28	23	20	28	1.98
21596816--21596970	78	2.0	78	89	2	240	29	22	20	27	1.98
21599038--21599199	78	2.1	78	88	4	238	27	25	20	27	1.99
21601420--21601566	75	2.0	75	84	2	197	29	22	20	27	1.98
21614351--21614446	31	3.1	31	84	0	111	28	22	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21617836--21617894	31	1.9	31	85	0	82	16	20	13	49	1.80
21620354--21620450	11	9.3	11	74	18	75	59	0	3	37	1.13
21620376--21620440	33	2.0	31	91	5	103	64	0	3	32	1.09
21620612--21620636	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21622805--21623359	127	4.4	128	73	8	339	27	14	18	39	1.90
21622805--21623340	255	2.1	254	79	5	564	27	15	18	38	1.91
21627229--21627276	20	2.6	17	77	22	53	33	2	0	64	1.05
21640035--21640138	41	2.5	41	87	6	147	37	2	0	59	1.12
21640077--21640138	32	2.0	31	90	3	97	38	1	0	59	1.07
21647928--21648038	54	2.1	54	98	0	213	33	12	20	33	1.90
21650085--21650667	194	3.0	194	90	4	873	42	10	17	28	1.83
21650142--21650714	189	3.0	189	90	3	859	41	11	18	28	1.85
21657740--21657829	37	2.5	37	80	5	94	44	27	11	16	1.82
21663960--21663988	10	3.0	10	95	5	51	31	0	0	68	0.89
21666844--21666878	17	2.0	18	94	5	63	60	0	0	40	0.97
21667832--21667905	29	2.5	29	86	4	94	51	14	13	20	1.76
21668120--21668286	89	1.8	90	83	11	225	25	19	17	37	1.94
21668314--21668430	60	2.0	58	83	3	144	42	17	17	21	1.89
21676337--21676376	3	13.3	3	100	0	80	67	32	0	0	0.91
21676676--21676720	6	7.2	6	85	9	63	53	17	0	28	1.44
21676676--21676720	20	2.4	19	88	7	65	53	17	0	28	1.44
21679298--21679324	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21681277--21681319	18	2.4	18	80	7	52	44	2	2	51	1.27
21689004--21689374	123	3.0	123	96	0	679	21	20	24	33	1.97
21690655--21690682	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21700008--21700074	31	2.2	31	88	0	98	34	8	8	47	1.66
21704393--21704440	20	2.3	20	78	7	51	66	0	2	31	1.03
21705700--21705735	6	6.0	6	96	0	54	5	50	11	33	1.61
21709498--21709877	123	3.2	119	80	12	404	42	22	14	20	1.89
21709605--21709841	116	2.1	114	86	6	327	42	22	13	21	1.88
21717410--21717494	41	2.1	41	93	2	145	40	15	12	31	1.85
21717846--21717914	31	2.2	31	80	12	79	53	11	1	33	1.46
21720509--21720743	78	3.0	78	91	0	371	22	24	24	29	1.99
21720880--21720945	33	2.0	33	84	0	87	19	30	28	21	1.98
21722045--21722197	82	1.9	82	91	0	252	36	13	14	35	1.85
21729722--21729767	22	2.0	23	83	4	58	30	23	8	36	1.85
21740084--21740116	17	2.0	17	88	5	50	42	0	9	48	1.35
21791944--21792238	121	2.4	121	87	2	412	35	22	17	23	1.95
21794284--21794351	19	3.5	19	76	15	77	63	1	1	33	1.13
21794290--21794340	9	5.6	9	76	4	57	72	1	0	25	0.95
21799073--21799190	59	2.0	59	100	0	236	45	11	11	30	1.77
21801547--21801742	30	7.0	29	75	17	164	19	16	29	33	1.94
21801575--21801736	54	2.9	54	87	5	198	19	18	29	32	1.96
21801595--21801808	78	2.6	81	82	5	256	17	19	31	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21803130--21803372	27	9.0	27	76	10	219	20	17	29	32	1.96
21803125--21803375	111	2.3	108	88	4	364	21	18	29	31	1.97
21812215--21812251	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
21812464--21812523	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
21813697--21813721	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
21819325--21819390	22	3.0	22	78	8	80	42	18	24	15	1.88
21820263--21820313	26	1.9	27	88	11	79	0	31	1	66	1.03
21820365--21820409	5	9.0	5	100	0	90	60	0	0	40	0.97
21821373--21821483	57	1.9	57	96	0	204	34	23	26	16	1.95
21824133--21824165	16	2.0	17	94	5	59	42	18	0	39	1.50
21827089--21827145	29	1.9	30	85	3	80	14	33	33	19	1.91
21854879--21855399	132	4.0	132	85	2	697	40	16	20	22	1.91
21854879--21855400	264	2.0	263	89	4	793	40	16	20	22	1.91
21859765--21859791	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21860129--21860167	20	2.1	18	86	13	53	71	2	0	25	0.98
21860129--21860175	18	2.5	19	83	10	53	70	2	0	27	0.99
21868003--21868051	14	3.1	16	78	21	66	51	8	12	28	1.68
21875675--21875704	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21876747--21877001	127	2.0	127	96	0	465	33	21	17	27	1.96
21881659--21881683	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
21883730--21883795	31	2.1	31	88	0	96	48	10	3	37	1.53
21886618--21886648	16	1.9	16	93	0	53	32	6	12	48	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21890953--21890997	22	2.0	22	86	0	63	68	0	2	28	1.01
21896200--21896233	13	2.6	13	90	9	52	8	11	11	67	1.42
21899048--21899118	29	2.4	30	79	9	76	23	14	18	43	1.86
21907111--21907178	30	2.3	30	100	0	136	19	33	26	20	1.96
21910772--21910865	46	2.0	46	93	0	161	30	21	9	38	1.85
21914545--21914873	175	1.9	172	84	4	437	20	20	16	42	1.89
21914733--21915168	192	2.3	187	78	8	434	19	20	17	42	1.90
21914996--21915307	166	1.8	171	83	7	413	21	21	18	38	1.93
21919475--21919542	31	2.2	31	91	0	109	44	8	8	38	1.67
21922610--21922650	19	2.2	18	86	4	55	21	2	4	70	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210