genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  47  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16608932--16609002	27	2.6	27	70	0	70	25	22	9	42	1.84
16614582--16614700	27	4.4	27	73	10	100	23	26	11	38	1.89
16614580--16614701	54	2.3	54	85	2	156	22	26	12	38	1.90
16623197--16623221	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
16639006--16639034	15	1.9	15	100	0	58	34	3	41	20	1.69
16640350--16640404	27	2.0	27	100	0	110	3	29	3	63	1.28
16640359--16640405	14	3.4	14	70	5	51	4	23	4	68	1.26
16648865--16648898	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
16656626--16656665	18	2.2	18	86	4	53	40	12	25	22	1.89
16659023--16659051	11	2.6	11	100	0	58	31	0	31	37	1.58
16660143--16660217	11	6.7	11	70	27	52	50	1	2	45	1.24
16669355--16669417	33	1.9	33	90	0	99	39	19	36	4	1.72
16675914--16675949	19	1.9	19	94	5	65	30	5	0	63	1.17
16676471--16676867	50	7.8	50	83	2	402	21	28	21	27	1.99
16683375--16683771	50	7.8	50	84	2	409	22	27	22	27	1.99
16685260--16685553	50	5.9	50	82	1	295	22	29	21	26	1.99
16685260--16685536	150	1.9	149	80	5	326	22	29	21	26	1.99
16685260--16685606	150	2.3	149	78	7	324	23	28	20	27	1.99
16689089--16689128	20	2.0	20	90	5	62	50	10	15	25	1.74
16689791--16689835	19	2.4	19	96	0	81	22	28	17	31	1.97
16689879--16689911	17	1.9	17	93	0	57	57	9	12	21	1.62
16690023--16690052	14	2.1	15	93	6	53	0	43	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16690364--16690418	21	2.6	21	77	8	58	20	38	7	34	1.80
16694563--16694879	44	7.2	44	63	12	139	25	24	19	29	1.99
16694506--16694991	132	3.7	132	93	0	837	24	25	20	29	1.99
16696873--16697225	180	2.0	180	96	0	652	32	28	12	27	1.92
16703383--16703514	19	6.8	19	86	3	192	37	15	10	36	1.82
16703376--16703513	59	2.4	59	87	4	194	37	15	10	36	1.81
16713284--16713380	48	2.0	48	89	0	149	30	3	21	44	1.68
16713332--16713520	91	2.1	91	79	4	202	27	7	20	44	1.78
16714495--16714588	43	2.2	43	86	1	125	19	19	27	34	1.96
16716226--16716304	27	2.9	27	88	0	104	34	18	25	21	1.96
16717299--16717328	12	2.4	13	94	5	53	56	0	36	6	1.26
16719661--16719829	43	4.0	43	74	9	148	22	17	27	32	1.96
16719987--16720078	36	2.6	36	91	1	141	32	7	18	41	1.79
16722412--16722482	33	2.2	33	94	0	124	43	12	38	5	1.66
16728138--16728256	59	2.0	60	98	1	231	47	21	11	20	1.81
16732348--16732411	32	2.0	33	93	3	112	51	9	4	34	1.55
16732315--16732465	81	1.9	81	98	0	293	47	9	8	34	1.66
16734244--16734400	40	3.9	40	81	5	122	37	17	28	17	1.92
16736966--16737013	19	2.5	20	83	13	64	52	6	0	41	1.27
16736954--16737013	20	3.0	20	80	9	70	50	6	0	43	1.28
16736992--16737044	26	2.0	26	82	7	63	50	3	0	45	1.19
16737092--16737152	23	2.6	24	81	5	79	63	21	0	14	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16737093--16737119	14	1.9	14	100	0	54	66	22	0	11	1.22
16737117--16737141	13	1.9	13	100	0	50	64	20	0	16	1.30
16737579--16737679	4	24.8	4	71	15	73	66	0	33	0	0.92
16737585--16737679	38	2.6	35	79	12	102	66	0	33	0	0.92
16737623--16737684	22	2.8	24	73	14	69	69	0	30	0	0.89
16742944--16742988	18	2.5	18	96	0	81	15	51	4	28	1.63
16743679--16743717	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
16743843--16743943	27	3.7	27	84	5	107	18	27	27	25	1.98
16743996--16744037	21	2.0	21	100	0	84	52	0	9	38	1.34
16746427--16746496	35	2.0	35	86	5	97	47	4	0	48	1.21
16746437--16746493	23	2.5	22	80	8	60	43	5	0	50	1.24
16752776--16752914	27	5.1	27	90	3	190	38	22	17	21	1.94
16752763--16752914	54	2.8	54	90	3	225	38	21	17	22	1.93
16753082--16753147	26	2.5	26	80	2	60	24	21	19	34	1.96
16753157--16753234	32	2.4	32	93	0	129	20	19	20	39	1.92
16753426--16753479	28	1.9	28	88	0	81	20	25	22	31	1.98
16755346--16755390	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
16764183--16764730	27	20.7	27	80	8	407	43	19	19	17	1.88
16764183--16764836	54	12.1	54	83	9	726	44	19	19	16	1.88
16764183--16764815	81	7.8	81	84	7	718	44	19	19	17	1.87
16764363--16764398	16	2.2	16	100	0	72	44	13	30	11	1.79
16764336--16764421	43	2.0	43	93	4	147	43	17	25	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16764379--16764730	27	13.0	27	85	3	449	44	19	18	17	1.88
16764694--16764768	38	2.0	38	91	0	123	46	25	10	17	1.80
16764667--16764795	65	2.0	65	93	0	222	44	22	14	17	1.85
16764732--16764836	27	3.9	27	89	2	149	43	20	20	16	1.88
16764640--16764820	92	2.0	92	91	2	292	44	22	17	16	1.86
16764613--16764836	119	1.9	119	88	1	342	44	20	18	16	1.87
16765209--16765282	28	2.6	28	85	4	96	28	20	24	27	1.99
16769142--16769229	43	2.0	43	97	0	167	11	7	27	53	1.64
16772386--16772472	20	4.3	20	72	7	77	8	28	24	39	1.83
16773160--16773198	21	1.9	20	84	5	51	23	15	41	20	1.90
16775281--16775368	38	2.3	37	77	13	90	29	5	29	35	1.80
16779322--16779436	20	5.8	20	77	8	99	38	20	30	10	1.86
16779821--16779869	25	2.0	25	92	8	82	24	24	8	42	1.81
16782223--16782307	32	2.6	33	77	5	93	45	18	10	24	1.81
16782284--16782320	15	2.5	15	91	4	58	48	16	8	27	1.74
16782288--16782354	34	1.9	35	90	3	109	49	10	8	31	1.68
16786055--16786102	24	2.0	23	88	4	69	10	47	4	37	1.57
16793764--16793804	11	3.6	11	81	18	57	14	0	7	78	0.96
16793764--16793804	12	3.5	12	81	18	59	14	0	7	78	0.96
16793764--16793816	22	2.3	23	90	3	81	15	1	9	73	1.17
16814488--16814594	51	2.1	51	89	0	160	21	16	41	20	1.91
16821168--16821368	51	4.0	50	82	7	133	51	14	10	22	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16821194--16821368	51	3.5	51	84	3	219	52	16	9	22	1.72
16822713--16823209	114	4.2	115	87	5	651	26	22	26	24	2.00
16822963--16823209	130	1.9	131	94	0	442	27	22	25	24	2.00
16823465--16823505	14	2.9	14	88	3	55	29	0	34	36	1.58
16823497--16823537	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
16823507--16823562	15	3.9	14	76	6	58	23	1	39	35	1.65
16823936--16824275	96	3.5	96	98	0	653	45	12	13	28	1.79
16824352--16824634	97	2.9	96	95	1	494	44	13	13	28	1.81
16825094--16825315	113	2.0	113	100	0	444	41	9	12	36	1.76
16826871--16826929	31	1.9	31	96	0	109	27	15	23	33	1.95
16827817--16827863	21	2.2	21	84	0	58	40	12	0	46	1.42
16829024--16829362	43	7.9	42	91	2	462	30	22	25	21	1.99
16829024--16829363	129	2.6	129	88	1	511	30	22	25	21	1.98
16833488--16833531	18	2.4	18	88	0	70	47	4	15	31	1.66
16835720--16835759	18	2.3	18	91	4	64	57	17	5	20	1.58
16836955--16836990	17	2.2	17	90	5	56	77	5	8	8	1.11
16837997--16838100	51	2.0	51	83	3	129	32	23	15	28	1.95
16838049--16838176	44	2.9	44	77	5	132	28	24	20	26	1.99
16837911--16838294	194	2.0	194	87	2	556	29	23	19	27	1.98
16838196--16838472	51	5.5	51	83	1	351	28	24	16	29	1.97
16838196--16838460	100	2.6	102	83	3	338	28	23	16	30	1.97
16838196--16838471	151	1.8	151	86	0	399	28	25	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16848332--16848383	27	1.9	27	92	0	86	25	23	25	26	2.00
16849816--16849932	51	2.4	48	78	8	130	33	23	17	25	1.96
16850798--16850943	52	2.8	52	84	7	188	10	27	19	41	1.85
16851283--16851320	17	2.2	17	86	9	51	2	5	13	78	1.02
16851300--16851340	19	2.2	19	91	4	66	0	7	12	80	0.90
16854071--16854117	19	2.5	20	86	6	62	44	6	19	29	1.75
16855957--16855996	18	2.3	18	91	4	64	57	17	5	20	1.58
16856060--16856100	21	2.0	21	85	0	55	60	21	4	12	1.50
16858927--16859004	27	2.9	27	92	0	138	43	20	16	19	1.88
16863121--16863146	10	2.6	10	100	0	52	42	11	19	26	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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