genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  59  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20605397--20605577	90	2.0	91	98	1	355	41	12	5	40	1.65
20610372--20610418	24	2.0	24	95	0	85	34	27	8	29	1.87
20629804--20629828	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
20630480--20630514	18	1.9	18	88	0	52	28	34	8	28	1.87
20630984--20631341	28	14.0	26	82	13	353	46	20	1	32	1.58
20631342--20631449	56	1.9	56	83	7	139	36	15	8	39	1.78
20635337--20635607	124	2.2	124	87	6	388	33	21	15	29	1.94
20639566--20639809	121	2.0	121	100	0	488	28	20	17	34	1.95
20640075--20640108	15	2.3	15	90	5	52	44	20	2	32	1.67
20647926--20647959	18	1.9	17	88	5	50	47	0	2	50	1.16
20659089--20659139	24	2.2	22	83	13	66	70	0	0	29	0.87
20659101--20659134	16	2.2	16	89	5	52	73	0	0	26	0.83
20659420--20659640	110	2.0	111	98	0	426	45	8	4	41	1.54
20664610--20664660	24	2.2	22	83	13	66	70	0	0	29	0.87
20664622--20664655	16	2.2	16	89	5	52	73	0	0	26	0.83
20667173--20667261	38	2.3	39	84	7	117	52	3	2	41	1.30
20671336--20671423	29	3.0	29	79	11	99	35	23	2	38	1.68
20671598--20671646	20	2.7	18	81	9	55	73	14	10	2	1.18
20671877--20671928	18	3.2	17	82	17	67	67	0	32	0	0.91
20671884--20671963	19	4.5	17	73	14	54	72	0	26	1	0.92
20672251--20672299	7	7.1	7	76	19	50	73	0	26	0	0.83
20672253--20672298	11	4.5	10	82	15	58	73	0	26	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20672256--20672325	7	9.1	7	77	14	50	74	0	22	2	0.95
20672266--20672313	20	2.5	20	83	10	64	70	0	27	2	0.98
20672397--20672442	16	2.8	16	83	3	65	63	17	15	4	1.47
20672608--20672649	16	2.6	16	79	20	52	78	0	21	0	0.75
20672607--20672652	15	3.1	15	87	3	67	73	0	26	0	0.83
20672805--20672859	27	2.0	27	86	6	76	38	3	0	58	1.16
20672806--20672839	5	6.6	5	90	6	50	32	2	0	64	1.08
20673135--20673233	20	5.2	20	74	15	93	38	10	9	42	1.70
20673129--20673308	38	4.5	38	71	17	132	35	12	9	43	1.75
20673118--20673233	18	6.4	17	76	17	92	38	9	9	42	1.70
20673136--20673330	19	10.9	18	70	17	86	34	12	8	44	1.73
20673297--20673383	36	2.3	36	80	5	84	36	9	9	44	1.68
20697536--20697925	196	2.0	197	89	1	604	40	19	13	26	1.89
20700851--20700952	46	2.1	48	91	5	163	43	17	10	28	1.83
20709420--20709661	105	2.3	106	89	3	382	36	14	20	28	1.92
20715731--20715763	11	2.8	12	86	13	50	75	0	0	24	0.80
20720187--20720336	34	4.4	34	99	0	291	46	11	11	30	1.75
20722329--20722363	15	2.3	15	90	0	52	34	8	0	57	1.29
20737168--20737199	12	2.8	12	90	9	50	34	0	0	65	0.93
20742310--20742368	30	2.0	30	93	0	100	45	16	3	33	1.64
20747313--20747365	19	2.8	19	83	8	63	45	1	3	49	1.31
20748797--20748833	2	18.5	2	88	0	56	45	0	5	48	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20748797--20748833	16	2.3	16	100	0	74	45	0	5	48	1.25
20759295--20759333	18	2.1	19	90	4	62	46	0	0	53	1.00
20797521--20797575	23	2.4	22	80	14	67	25	3	1	69	1.15
20807176--20807241	27	2.4	29	74	18	70	42	3	10	43	1.54
20809863--20809916	26	2.1	26	100	0	108	37	7	24	31	1.83
20827001--20827052	26	2.0	26	92	0	86	50	7	11	30	1.67
20830371--20830431	28	2.3	28	75	16	67	62	1	1	34	1.15
20834184--20834316	66	2.0	66	97	0	248	21	24	18	35	1.96
20835967--20835995	14	2.1	14	100	0	58	13	34	13	37	1.85
20839307--20839347	15	2.5	17	80	11	59	65	0	0	34	0.93
20843124--20843192	31	2.3	30	76	16	70	30	5	18	44	1.73
20844599--20844659	29	2.1	29	81	6	70	36	19	4	39	1.74
20845230--20845258	6	4.8	6	100	0	58	65	17	0	17	1.27
20845298--20845355	9	6.4	9	85	0	80	25	10	24	39	1.87
20845298--20845355	18	3.2	18	95	0	107	25	10	24	39	1.87
20847017--20847044	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
20847752--20847800	24	2.0	24	100	0	98	8	8	20	63	1.48
20853625--20853650	11	2.4	11	100	0	52	0	0	7	92	0.39
20854347--20854379	16	2.1	16	100	0	66	24	27	12	36	1.91
20855388--20855449	5	12.2	5	79	20	67	40	0	0	59	0.97
20855388--20855443	8	6.8	8	81	18	62	39	0	0	60	0.97
20855391--20855441	3	19.0	3	75	22	51	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20855458--20855553	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
20860778--20861056	139	2.0	140	99	0	551	39	16	5	38	1.72
20870895--20870921	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
20874544--20874673	61	2.1	61	81	2	145	40	4	10	44	1.58
20881393--20881437	13	3.5	13	90	6	74	53	0	13	33	1.40
20881696--20881734	15	2.6	16	84	12	55	74	0	2	23	0.94
20881994--20882031	16	2.3	17	81	9	51	28	0	2	68	1.03
20881998--20882044	22	2.0	22	84	15	60	31	0	2	65	1.04
20882485--20882524	10	3.6	11	86	10	55	70	0	0	30	0.88
20885291--20885327	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
20887266--20887334	31	2.2	31	89	0	102	21	17	15	44	1.86
20887745--20887782	9	4.2	9	83	10	51	76	2	0	21	0.91
20887741--20887782	17	2.5	17	77	14	50	71	4	0	23	1.05
20889521--20890605	547	2.0	546	87	3	1590	33	14	17	34	1.90
20895215--20895257	21	2.1	21	82	4	52	25	16	2	55	1.53
20895787--20896044	139	1.9	139	91	1	428	34	5	15	45	1.68
20901415--20901440	3	8.7	3	100	0	52	34	34	0	30	1.58
20904277--20904309	15	2.4	14	90	10	50	42	0	9	48	1.35
20907886--20907927	20	2.0	21	81	9	50	71	2	16	9	1.23
20908293--20908659	134	2.7	134	90	1	563	37	25	15	21	1.93
20912388--20913146	314	2.4	312	81	5	899	28	13	21	36	1.91
20913515--20913588	31	2.4	32	77	6	80	28	20	9	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20913529--20913587	31	1.9	31	85	0	82	28	15	10	45	1.78
20913789--20913818	4	7.5	4	92	0	51	43	0	0	56	0.99
20918805--20918873	23	2.8	25	78	6	79	21	10	15	52	1.73
20927750--20927790	10	4.1	10	83	0	55	19	2	29	48	1.61
20928835--20928978	63	2.3	60	80	12	150	50	4	9	35	1.55
20928942--20929010	32	2.2	32	89	5	104	60	5	8	24	1.48
20928927--20929010	32	2.6	33	79	11	102	58	5	9	26	1.53
20934954--20934987	17	2.0	17	100	0	68	47	5	11	35	1.65
20942822--20942974	76	2.0	77	98	1	299	39	13	11	35	1.81
20947457--20947483	10	2.7	10	100	0	54	81	0	0	18	0.69
20967372--20967481	58	1.9	58	92	0	184	44	1	1	51	1.22
20967367--20967492	58	2.2	56	84	9	171	44	3	1	50	1.27
20971657--20971771	57	2.0	57	100	0	230	30	12	17	40	1.86
20974191--20974341	61	2.5	60	77	10	148	49	13	11	25	1.75
20974528--20974574	5	9.2	5	93	6	53	0	25	0	74	0.82
20974530--20974574	3	15.3	3	82	17	51	0	26	0	73	0.84
20975024--20975058	12	2.9	12	88	12	54	60	0	2	37	1.12
20979814--20979870	10	5.6	10	79	4	69	56	19	1	22	1.51
20979829--20979873	21	2.1	21	91	0	72	53	20	2	24	1.57
20979840--20979873	11	3.2	11	91	8	61	55	20	0	23	1.43
20979835--20979881	21	2.2	21	88	0	67	63	14	2	19	1.40
20981942--20981985	17	2.4	20	75	21	51	65	2	0	31	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20982207--20982236	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
20982513--20982564	26	2.0	26	81	7	61	38	17	7	36	1.78
20983563--20983596	14	2.5	13	90	4	50	79	0	0	20	0.73
20987270--20987318	23	2.1	25	85	11	68	69	0	6	24	1.11
20987419--20987473	26	2.1	26	86	6	76	38	3	20	38	1.70
20998893--20998920	14	2.0	14	100	0	56	50	14	0	35	1.43
21001313--21001353	18	2.3	18	86	0	55	63	0	0	36	0.95
21009176--21009703	239	2.2	237	87	5	744	38	15	15	30	1.88
21011530--21011599	29	2.3	30	78	4	79	31	4	5	58	1.41
21018113--21018171	30	2.0	28	87	6	82	25	15	3	55	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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