genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  38  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13613615--13613670	20	2.9	19	76	7	60	41	0	3	55	1.17
13632714--13632773	30	1.9	32	83	6	79	46	1	3	48	1.28
13632700--13632773	35	2.2	33	77	15	80	48	1	2	47	1.24
13633133--13633872	370	2.0	370	100	0	1480	38	5	19	36	1.76
13641410--13641519	41	2.7	42	87	2	152	54	3	1	40	1.28
13641440--13641512	24	3.4	22	75	21	82	52	4	0	43	1.20
13641450--13641519	18	3.6	18	76	22	70	55	2	0	41	1.14
13641971--13642009	21	2.0	20	90	10	62	35	0	0	64	0.94
13641971--13642009	19	2.1	19	85	9	53	35	0	0	64	0.94
13649582--13649638	29	2.0	29	89	0	87	21	17	22	38	1.93
13653248--13653282	15	2.4	15	85	4	54	48	11	8	31	1.69
13654449--13654473	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
13663414--13663459	16	2.9	16	72	15	51	54	0	10	34	1.36
13680302--13680439	69	2.0	69	83	5	172	24	15	18	41	1.89
13694605--13694658	27	2.0	26	86	10	74	29	12	0	57	1.36
13695451--13695480	13	2.3	13	94	0	51	33	30	0	36	1.58
13697742--13697767	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
13698394--13698436	18	2.3	19	84	11	54	72	2	0	25	0.97
13698653--13698717	9	6.6	10	73	15	55	61	3	3	32	1.27
13698635--13698717	20	4.2	19	75	9	60	60	3	3	32	1.31
13698654--13698736	20	4.2	19	73	16	62	66	3	2	27	1.21
13714180--13714805	28	22.4	28	99	0	1243	46	21	0	32	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13716034--13716300	124	2.1	124	85	3	358	32	23	14	28	1.94
13718263--13718481	29	8.0	29	82	10	273	25	1	27	45	1.62
13718278--13718333	23	2.4	23	90	0	85	25	1	28	44	1.64
13718263--13718481	52	4.0	57	82	10	269	25	1	27	45	1.62
13718263--13718472	81	2.6	81	90	0	330	25	1	27	45	1.62
13718960--13718994	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
13719645--13719669	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
13719836--13719874	20	2.0	20	85	10	53	53	10	2	33	1.48
13720669--13720733	30	2.2	30	94	0	112	61	0	0	38	0.96
13720734--13720846	51	2.2	51	93	0	190	41	0	28	29	1.62
13720821--13720868	22	2.2	22	88	7	71	43	0	31	25	1.55
13721621--13722293	114	5.9	114	90	2	1041	22	20	26	29	1.99
13722772--13722825	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
13722820--13722862	9	4.7	9	83	16	61	58	0	9	32	1.30
13722815--13722859	19	2.6	18	89	10	67	57	0	8	33	1.30
13722815--13722848	8	4.2	8	89	10	52	55	0	8	35	1.31
13722828--13722870	19	2.3	19	88	8	61	65	2	6	25	1.30
13722856--13722902	11	4.2	11	86	13	53	80	2	2	14	0.89
13722896--13722993	47	2.1	47	84	3	126	44	8	2	44	1.45
13724215--13724243	6	4.8	6	100	0	58	34	0	13	51	1.42
13724349--13724425	6	12.8	6	94	0	100	0	7	49	42	1.31
13724349--13724425	18	4.3	18	93	0	118	0	7	49	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13724738--13724817	7	11.3	7	83	2	106	3	13	12	70	1.31
13730324--13730374	21	2.4	21	93	0	84	33	17	47	1	1.59
13730755--13730882	42	3.0	42	88	0	184	32	22	21	23	1.98
13731850--13731886	19	1.9	19	88	0	56	35	2	10	51	1.51
13732316--13732353	18	2.2	18	86	13	53	50	5	0	44	1.24
13733107--13733181	37	2.0	37	94	5	134	30	0	16	53	1.43
13741872--13742497	155	4.1	155	90	3	897	30	10	7	51	1.64
13742570--13742649	27	3.0	27	94	0	133	27	28	30	13	1.94
13746965--13747014	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
13747296--13747375	27	3.0	27	94	0	133	13	30	28	27	1.94
13747437--13747499	27	2.4	27	89	2	101	47	1	9	41	1.45
13748602--13748639	20	1.9	20	88	0	58	28	7	13	50	1.69
13748588--13748653	34	1.9	34	87	6	98	31	6	13	48	1.67
13749722--13749756	14	2.6	14	90	4	54	31	2	0	65	1.07
13759634--13759669	15	2.5	14	86	8	54	47	8	0	44	1.33
13761811--13761844	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
13771197--13771232	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
13787396--13787421	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
13787477--13787502	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
13795945--13796101	30	5.3	30	73	10	108	41	10	24	23	1.86
13795961--13796143	30	6.2	30	76	5	133	40	12	23	22	1.88
13795945--13796162	119	1.8	119	90	0	355	41	11	25	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13798379--13798444	33	2.0	33	100	0	132	39	15	24	21	1.91
13807103--13807572	41	11.5	41	84	4	626	17	24	23	35	1.95
13807101--13807572	82	5.8	82	99	0	926	16	24	23	35	1.95
13814099--13814308	85	2.5	86	86	7	279	26	22	19	31	1.98
13814099--13814326	43	5.3	43	84	5	268	26	22	20	30	1.98
13821927--13822000	29	2.5	29	82	4	85	25	14	13	45	1.82
13827365--13827806	237	1.9	237	85	0	625	29	20	17	33	1.95
13828389--13828612	110	2.1	109	96	2	416	27	16	11	44	1.82
13829821--13829847	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
13829840--13830671	416	2.0	416	99	0	1646	35	13	15	36	1.86
13831180--13831244	11	5.8	12	84	12	77	41	4	29	24	1.75
13832311--13832358	21	2.5	19	78	21	55	60	2	0	37	1.09
13832305--13832362	29	2.2	25	81	12	62	63	3	1	31	1.21
13832323--13832396	19	4.0	18	70	21	55	58	5	2	33	1.35
13832923--13832968	21	2.1	22	84	4	58	28	4	2	65	1.23
13832800--13833465	205	3.2	205	82	7	778	34	9	11	44	1.72
13836049--13836091	5	9.2	5	80	14	56	34	0	2	62	1.08
13836054--13836091	15	2.7	15	92	8	62	34	0	2	63	1.09
13839096--13839304	115	1.8	115	96	0	391	26	12	24	36	1.91
13844883--13844915	12	2.8	12	90	0	57	66	0	3	30	1.06
13845013--13845051	12	3.2	12	81	3	51	69	0	10	20	1.17
13847410--13847453	22	2.0	22	86	4	61	25	4	18	52	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13848933--13848958	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
13850850--13851015	82	2.0	82	98	0	323	50	12	15	22	1.76
13851014--13851130	3	39.0	3	96	0	216	64	0	1	33	1.03
13852710--13852941	129	1.8	128	85	2	331	26	21	21	30	1.98
13852937--13853127	88	2.2	89	92	1	314	25	26	20	26	1.99
13853169--13853319	44	3.4	44	84	1	151	26	23	19	29	1.98
13853338--13853407	31	2.3	31	97	0	131	24	21	25	28	1.99
13853468--13853841	6	62.3	6	99	0	694	51	0	14	33	1.43
13855342--13855573	129	1.8	128	85	2	331	26	21	21	30	1.98
13855800--13855950	44	3.4	44	84	1	151	26	23	19	29	1.98
13855969--13856038	31	2.3	31	97	0	131	24	21	25	28	1.99
13856025--13856177	44	3.5	44	70	13	127	23	26	23	26	2.00
13856000--13856146	45	3.3	45	70	14	124	20	27	24	27	1.99
13859005--13859126	60	2.0	60	98	0	235	36	13	20	28	1.91
13860338--13860422	39	2.3	37	89	6	127	40	20	14	25	1.90
13860338--13860429	36	2.5	37	82	12	116	42	19	14	23	1.88
13860413--13860462	22	2.3	22	89	0	73	54	14	24	8	1.66
13860435--13860472	14	2.8	13	84	7	58	50	15	26	7	1.72
13862711--13862764	18	3.0	18	86	0	72	12	24	33	29	1.92
13862711--13862764	6	9.0	6	87	0	54	12	24	33	29	1.92
13868687--13868738	20	2.6	20	81	0	59	51	13	3	30	1.58
13873246--13873291	20	2.3	20	92	0	74	52	15	4	28	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13873254--13873297	20	2.2	20	83	0	52	52	9	4	34	1.54
13874804--13874966	43	3.8	43	81	1	211	31	31	15	21	1.95
13875160--13875218	18	3.3	18	63	13	50	40	10	6	42	1.65
13876738--13876773	18	2.0	18	94	0	63	47	11	25	16	1.79
13878429--13878487	3	19.7	3	100	0	118	67	0	0	32	0.91
13883007--13883042	15	2.4	15	95	0	63	55	16	11	16	1.68
13883571--13883683	41	2.8	40	85	6	147	30	22	21	25	1.98
13883724--13883856	39	3.4	39	79	9	130	22	21	21	35	1.96
13883863--13883888	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
13884674--13884733	29	2.1	27	82	14	68	25	5	18	51	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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