genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  83  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28771030--28771075	23	2.0	23	86	0	65	39	4	2	54	1.32
28772457--28772610	21	7.3	21	66	5	87	43	14	25	16	1.85
28772451--28772603	42	3.6	42	88	0	216	43	15	24	16	1.86
28778634--28778669	15	2.4	16	90	9	58	5	2	47	44	1.41
28784633--28784663	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
28794998--28795100	21	5.0	22	73	15	76	42	15	18	23	1.88
28802372--28802489	59	2.0	60	83	5	150	41	16	12	29	1.85
28803199--28803239	21	2.0	21	90	0	64	14	24	0	60	1.34
28805166--28805744	295	2.0	295	100	0	1158	31	13	14	40	1.85
28811043--28811086	14	3.2	13	84	12	52	29	2	2	65	1.16
28811337--28811378	10	4.2	10	79	11	50	42	4	0	52	1.22
28819889--28819922	17	2.1	17	94	5	61	20	5	26	47	1.73
28835289--28835322	17	1.9	18	88	5	52	41	0	8	50	1.34
28835921--28836497	150	3.8	150	88	3	838	29	8	7	53	1.61
28836902--28837428	151	3.5	150	89	3	785	30	8	7	52	1.61
28837874--28838422	147	3.7	147	92	1	810	50	6	12	30	1.66
28839199--28839231	17	1.9	17	100	0	66	48	3	0	48	1.17
28842071--28842121	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
28842242--28842318	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
28842258--28842297	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
28842246--28842312	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
28842281--28842320	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28843713--28843769	28	2.0	28	100	0	114	17	17	22	42	1.89
28848641--28848814	43	4.0	43	100	0	348	27	16	18	37	1.92
28849637--28849802	82	2.0	83	98	1	325	50	6	8	35	1.58
28852737--28852782	19	2.4	19	79	13	51	65	0	4	30	1.12
28859376--28859408	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
28860939--28860966	14	2.0	14	100	0	56	42	28	21	7	1.79
28862143--28862216	22	3.4	21	73	17	55	21	4	1	72	1.08
28862567--28862596	15	2.0	15	93	0	51	16	0	16	66	1.25
28874438--28875164	44	16.6	43	74	13	454	30	20	22	27	1.98
28874440--28874654	45	4.8	44	77	13	192	30	19	23	26	1.98
28874529--28875132	217	2.8	218	90	0	933	30	20	22	27	1.98
28874440--28875214	89	8.9	88	74	12	450	30	20	22	27	1.98
28874443--28875163	218	3.3	218	85	4	936	30	20	22	27	1.98
28875056--28875215	88	1.8	87	81	6	198	30	20	21	26	1.98
28875201--28875247	24	2.0	24	91	0	76	31	19	23	25	1.98
28876819--28877074	132	1.9	132	100	0	512	42	5	13	38	1.66
28877168--28877215	18	2.7	18	80	0	51	62	6	2	29	1.31
28878925--28878950	10	2.6	10	100	0	52	15	0	15	69	1.20
28879483--28879533	20	2.4	21	83	9	68	29	0	5	64	1.17
28883229--28883290	22	2.7	22	87	5	79	46	1	1	50	1.20
28883264--28883320	16	3.6	16	92	0	96	45	3	5	45	1.43
28884275--28884311	6	6.2	6	93	0	65	35	0	64	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28884279--28884319	18	2.3	18	87	8	57	41	0	58	0	0.98
28885576--28885606	16	1.9	16	93	0	53	29	29	3	38	1.73
28892233--28892358	37	3.3	37	73	10	119	26	15	18	40	1.89
28892233--28892378	77	1.9	77	86	0	211	26	16	17	39	1.90
28893605--28893699	36	2.5	38	80	10	104	31	22	1	45	1.59
28896499--28896596	42	2.3	42	91	0	151	23	25	13	37	1.91
28896704--28896735	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
28901609--28901647	19	2.1	19	85	9	53	25	2	5	66	1.25
28907974--28908078	31	3.6	29	79	14	110	42	5	20	30	1.75
28908004--28908078	27	2.7	27	80	13	89	44	5	21	29	1.74
28908351--28908392	11	3.6	11	81	12	57	35	0	4	59	1.19
28927576--28927618	17	2.4	18	78	17	54	55	0	0	44	0.99
28928032--28928064	16	2.0	17	88	5	50	63	0	0	36	0.95
28929971--28930006	17	2.1	17	100	0	72	11	11	11	66	1.45
28931319--28931642	23	14.1	23	88	0	477	19	8	29	41	1.81
28931319--28931642	46	7.0	46	99	0	630	19	8	29	41	1.81
28938090--28938157	16	4.2	16	92	0	109	39	32	1	26	1.65
28944249--28944726	261	1.8	261	83	4	642	39	10	14	35	1.80
28944497--28945287	308	2.6	295	79	6	813	40	9	13	36	1.78
28945880--28945912	17	2.0	17	88	5	50	42	0	0	57	0.98
28947240--28947277	18	2.1	18	90	0	58	42	7	36	13	1.73
28965253--28965406	78	2.0	78	100	0	308	43	15	30	10	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28970629--28970671	22	2.0	22	85	0	59	32	2	6	58	1.38
28973122--28973189	20	3.4	20	70	8	66	30	25	14	29	1.95
28973109--28973196	40	2.2	40	97	0	167	28	26	15	29	1.96
28973138--28973201	20	3.2	20	67	6	58	25	26	18	29	1.98
28973944--28974074	40	3.3	39	75	11	124	40	19	18	21	1.92
28976319--28976669	181	2.0	174	86	5	488	29	19	13	37	1.89
28978671--28978730	21	2.8	21	77	12	59	43	25	16	15	1.86
28992278--28992321	22	2.0	22	86	0	61	40	13	20	25	1.89
29001674--29002038	177	2.1	178	87	5	524	36	18	9	35	1.83
29002267--29002296	3	10.0	3	92	0	51	63	0	33	3	1.11
29003590--29003880	144	2.0	143	94	0	510	19	15	10	54	1.69
29004357--29004423	33	2.0	33	100	0	134	23	20	17	37	1.94
29005183--29005269	24	3.6	24	69	1	66	35	13	12	37	1.83
29005299--29005349	13	4.0	13	71	5	50	35	9	25	29	1.88
29006909--29006950	22	1.9	22	100	0	84	35	23	16	23	1.95
29008263--29008316	19	2.8	20	83	5	67	33	5	20	40	1.76
29014136--29014249	21	5.5	21	77	1	113	46	15	20	17	1.84
29014157--29014306	42	3.6	42	81	1	140	44	14	22	20	1.86
29014197--29014264	21	3.3	20	72	4	64	42	16	23	17	1.88
29016455--29016502	17	2.8	18	81	9	64	31	12	4	52	1.58
29026162--29026217	28	1.9	29	82	13	71	55	0	1	42	1.10
29026201--29026359	78	2.0	78	96	0	255	45	6	4	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29029083--29029156	27	2.8	26	73	8	69	63	2	2	31	1.22
29036758--29036794	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
29046763--29046825	28	2.3	26	83	5	72	46	26	3	23	1.68
29056731--29056878	72	2.0	73	98	1	289	35	5	9	49	1.58
29056762--29056884	39	3.3	39	64	17	107	37	6	7	48	1.57
29057153--29057197	23	2.0	23	81	0	54	60	4	4	31	1.37
29062615--29062647	16	2.1	16	100	0	66	42	27	0	30	1.56
29076426--29076473	22	2.2	22	85	7	62	35	10	4	50	1.56
29078636--29078676	20	2.0	21	85	4	57	65	4	2	26	1.25
29079481--29079515	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
29080933--29081065	66	2.0	66	86	2	187	36	19	9	33	1.85
29084847--29084881	1	35.0	1	100	0	70	0	0	0	100	0.00
29089132--29089176	19	2.4	19	100	0	90	37	13	4	44	1.64
29094751--29094880	34	3.9	32	77	10	127	40	2	13	44	1.56
29094967--29095614	126	5.2	126	86	2	847	38	16	16	29	1.90
29105647--29105682	18	1.9	18	88	5	54	38	16	11	33	1.84
29106378--29106456	13	6.2	13	73	5	54	43	18	3	34	1.69
29106347--29106443	50	1.9	50	91	0	158	39	18	4	38	1.70
29107218--29107267	22	2.3	22	92	0	82	8	24	36	32	1.84
29112008--29112060	16	3.4	16	71	10	56	66	3	5	24	1.31
29114820--29114954	46	2.9	46	94	0	234	31	20	15	32	1.94
29115023--29115069	19	2.3	21	85	7	62	42	12	0	44	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29117091--29117120	13	2.3	13	94	0	51	66	0	3	30	1.07
29123124--29123174	22	2.4	21	80	6	59	33	3	7	54	1.47
29124640--29124666	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
29127870--29127960	41	2.2	41	98	0	173	34	28	12	25	1.92
29131546--29131585	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
29137323--29137426	45	2.3	45	91	0	163	32	16	12	38	1.86
29143853--29143980	60	2.2	54	80	16	166	34	1	5	53	1.33
29159096--29159231	44	3.1	44	69	4	121	28	19	25	26	1.98
29159093--29159264	88	2.0	88	85	2	238	29	20	25	25	1.99
29159271--29159388	50	2.4	50	84	2	157	27	24	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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