genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  75  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26263116--26263160	21	2.0	21	83	8	54	40	0	4	55	1.20
26264332--26264378	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
26264356--26264432	15	5.0	16	71	23	58	35	0	15	49	1.45
26264383--26264407	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
26266329--26266448	63	1.9	63	86	3	170	20	32	12	35	1.90
26267170--26267257	9	9.4	9	71	7	68	62	3	3	30	1.28
26267169--26267257	19	4.7	19	83	6	101	62	3	3	30	1.27
26267175--26267248	38	1.9	38	88	0	112	58	4	4	33	1.36
26267424--26267475	19	2.7	19	80	16	63	25	5	1	67	1.23
26267419--26267503	38	2.3	37	78	11	93	28	5	3	62	1.35
26268490--26268532	18	2.6	16	79	13	50	27	6	9	55	1.57
26269812--26269856	22	2.0	22	87	8	65	11	13	11	64	1.50
26269867--26269901	17	1.9	19	88	11	56	20	2	11	65	1.37
26277822--26277861	6	6.5	6	82	5	53	2	22	0	75	0.93
26277813--26277890	25	3.1	25	78	10	88	7	21	2	67	1.28
26277854--26277900	21	2.2	22	85	7	62	8	23	6	61	1.48
26284588--26284681	6	15.2	6	77	12	84	76	6	1	15	1.04
26286252--26286295	21	2.0	21	91	4	70	59	0	2	38	1.10
26291194--26291283	46	2.0	46	86	4	128	42	8	1	47	1.42
26291265--26291290	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
26295952--26295980	14	2.1	14	100	0	58	58	13	6	20	1.58
26298267--26298533	129	2.1	127	85	6	365	27	19	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26310121--26310162	14	3.0	14	83	10	50	59	2	0	38	1.10
26312797--26312848	26	2.0	26	100	0	104	26	11	19	42	1.85
26314166--26314190	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
26325938--26325963	13	2.0	13	100	0	52	46	7	23	23	1.78
26326465--26326507	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
26326468--26326511	23	1.9	23	90	0	70	31	2	4	61	1.28
26333859--26333896	19	2.1	18	85	14	51	36	0	10	52	1.36
26334383--26334510	29	4.4	29	89	0	193	34	10	27	28	1.89
26334470--26334582	59	1.9	59	83	3	147	35	14	27	23	1.93
26334383--26334583	29	6.9	29	79	7	122	34	12	27	25	1.92
26335832--26335908	33	2.3	33	95	0	136	14	10	29	45	1.78
26341834--26341959	45	2.8	45	78	4	112	19	20	15	44	1.86
26345989--26346019	16	1.9	16	93	0	53	51	9	6	32	1.60
26363995--26364025	3	10.3	3	92	0	53	32	32	3	32	1.74
26365739--26365780	18	2.3	18	83	0	57	30	0	0	69	0.89
26373799--26373843	22	2.0	22	83	8	56	51	0	4	44	1.21
26373966--26374006	22	1.9	22	90	5	66	58	2	2	36	1.24
26386686--26386736	9	6.1	9	78	17	65	54	11	0	33	1.37
26386695--26386736	16	2.6	16	96	0	75	54	11	0	33	1.37
26386685--26386739	25	2.3	23	90	6	83	54	10	0	34	1.36
26386743--26386784	16	2.6	16	88	0	57	42	4	2	50	1.36
26386758--26386819	22	2.7	23	85	5	81	46	0	1	51	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26394880--26394922	21	2.0	21	91	8	70	62	4	0	32	1.15
26397608--26397632	3	8.3	3	100	0	50	0	68	0	32	0.90
26416269--26416325	25	2.3	24	84	3	69	31	1	3	63	1.22
26416979--26417005	5	5.4	5	100	0	54	37	0	0	62	0.95
26419963--26420115	41	3.7	41	84	5	193	31	26	19	22	1.98
26419961--26420115	82	1.9	82	85	5	215	30	27	20	21	1.98
26420210--26420285	40	1.9	40	88	0	116	19	21	23	35	1.96
26421218--26421244	11	2.5	11	100	0	54	74	0	0	25	0.83
26421218--26421251	16	2.1	17	88	5	52	70	0	0	29	0.87
26421237--26421275	19	2.1	19	85	0	51	51	5	0	43	1.24
26426972--26427106	37	3.5	37	68	19	112	60	5	4	28	1.40
26426977--26427151	82	2.1	82	96	0	323	62	6	4	26	1.39
26427026--26427155	39	3.2	39	69	19	104	63	6	3	26	1.34
26430858--26430901	13	3.5	13	84	9	56	52	0	2	45	1.13
26434138--26434206	31	2.3	30	82	5	86	57	4	1	36	1.27
26434138--26434197	21	2.8	22	80	14	63	58	5	1	35	1.30
26435089--26435137	24	2.0	24	100	0	98	36	20	12	30	1.89
26435218--26435390	95	1.8	95	83	6	235	34	15	8	42	1.76
26441365--26441569	101	2.0	102	99	0	403	41	8	5	43	1.60
26442452--26442490	19	2.1	19	85	9	53	33	2	0	64	1.08
26442808--26442862	21	2.6	22	81	16	71	36	3	3	56	1.34
26447768--26448074	99	3.1	99	98	0	587	12	15	40	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26449340--26449372	16	2.1	16	88	5	50	9	0	33	57	1.30
26449357--26449466	33	3.4	33	80	13	122	27	0	24	48	1.52
26449491--26449616	34	3.7	33	84	6	162	36	0	16	46	1.53
26451600--26451647	18	2.5	20	77	22	57	41	12	0	45	1.42
26459263--26459292	14	2.2	13	94	5	51	46	0	6	46	1.29
26460998--26461055	26	2.2	26	87	6	82	31	15	13	39	1.86
26464943--26464997	24	2.3	24	87	0	83	16	29	5	49	1.68
26468549--26468604	26	2.3	26	84	9	73	16	8	14	60	1.57
26471954--26472055	24	4.3	24	71	15	63	23	25	20	30	1.99
26475154--26475195	20	2.0	21	90	4	68	19	4	4	71	1.22
26475963--26475988	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
26477974--26478010	17	2.1	18	90	5	58	45	10	5	37	1.62
26485289--26485331	22	2.0	22	85	0	59	13	20	23	41	1.88
26485400--26485648	43	5.8	43	80	3	252	26	30	20	23	1.98
26485401--26485639	129	1.9	129	83	3	320	27	31	19	22	1.98
26487898--26487940	12	4.0	11	77	17	54	41	0	11	46	1.40
26487908--26487951	22	2.0	21	91	4	70	36	0	15	47	1.46
26487908--26488012	52	2.0	51	84	14	135	33	0	18	47	1.55
26487990--26488101	25	4.5	25	79	8	111	30	1	21	46	1.62
26487998--26488079	16	5.0	16	75	11	76	29	1	20	48	1.57
26487991--26488101	50	2.2	49	85	6	143	29	1	21	46	1.61
26488093--26488169	32	2.3	34	80	17	97	41	0	15	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26488118--26488160	12	4.0	11	77	17	54	41	0	11	46	1.40
26487991--26488156	9	19.2	9	70	18	88	34	1	19	45	1.58
26488128--26488232	52	2.0	51	82	14	126	34	0	18	46	1.55
26488121--26488244	61	2.0	62	81	10	148	34	0	17	46	1.54
26487898--26488302	220	1.8	220	96	1	758	33	1	19	45	1.60
26488220--26488293	16	4.5	16	76	6	76	28	1	22	47	1.60
26497644--26497673	14	2.1	15	93	6	53	33	46	0	20	1.51
26498019--26498051	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
26505607--26506161	158	3.5	157	93	2	929	36	21	18	23	1.95
26508121--26508159	19	2.1	18	85	9	51	46	0	0	53	1.00
26513017--26513078	26	2.3	26	83	2	70	32	12	12	41	1.81
26515415--26515489	24	3.1	24	77	7	71	36	22	26	14	1.93
26515459--26515533	24	3.1	24	67	5	71	37	20	22	20	1.94
26515695--26515740	24	1.9	24	86	0	65	21	19	28	30	1.98
26522132--26522236	55	1.9	54	86	1	147	31	16	13	39	1.87
26522217--26522646	218	2.0	219	96	1	801	33	9	20	36	1.85
26525485--26525512	14	2.0	14	100	0	56	71	0	21	7	1.09
26528525--26528567	21	2.0	21	86	0	59	37	23	23	16	1.94
26529442--26529635	97	2.0	97	98	0	379	40	18	11	28	1.86
26530951--26530992	18	2.3	18	91	0	66	45	21	11	21	1.84
26530959--26530994	18	2.0	18	100	0	72	38	22	11	27	1.88
26531124--26531245	44	2.6	46	84	11	142	44	31	2	21	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26531152--26531245	44	2.1	45	92	2	154	42	31	3	22	1.69
26534485--26534596	37	3.0	37	92	2	181	33	6	13	47	1.68
26534490--26534550	17	3.4	17	68	12	50	31	4	13	50	1.62
26534598--26534686	9	9.9	9	91	0	142	30	11	23	34	1.90
26535677--26535787	51	2.2	51	90	4	170	28	18	7	45	1.76
26542154--26542221	29	2.4	29	92	2	111	45	0	11	42	1.40
26542147--26542281	34	4.3	31	82	10	148	42	0	14	43	1.45
26542147--26542286	33	4.5	31	75	15	112	42	0	13	44	1.44
26542341--26542861	126	4.1	126	89	2	751	38	17	16	27	1.91
26546406--26546442	18	2.1	18	94	0	65	40	8	27	24	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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