genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  69  of  210  ( 25174 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24431438--24431511	21	3.5	21	94	0	130	28	29	21	20	1.98
24431790--24431818	15	1.9	15	100	0	58	27	20	13	37	1.91
24437075--24437116	21	2.0	21	85	0	57	45	0	14	40	1.45
24437444--24437512	23	2.9	23	70	19	61	17	24	20	37	1.93
24437682--24437774	25	3.8	24	75	13	73	20	24	19	35	1.96
24445317--24445367	27	2.0	25	84	7	66	23	23	17	35	1.95
24445407--24445461	24	2.3	24	84	6	67	16	25	20	38	1.92
24445426--24445510	25	3.4	24	79	12	82	18	25	20	35	1.95
24451090--24451136	20	2.3	20	81	0	58	40	23	23	12	1.89
24452483--24452522	19	2.1	19	85	0	53	35	2	7	55	1.42
24456159--24456337	86	2.1	87	91	2	288	33	18	8	39	1.82
24472995--24473031	14	2.6	14	91	4	56	35	0	2	62	1.10
24473002--24473042	19	2.2	18	86	4	55	36	2	4	56	1.34
24475426--24475553	50	2.6	50	80	0	148	31	13	14	41	1.84
24476567--24476616	22	2.3	22	86	6	66	62	4	14	20	1.47
24477557--24477623	21	3.3	22	74	12	63	73	0	17	8	1.09
24477620--24477660	15	2.5	17	80	11	59	53	0	31	14	1.41
24483065--24483098	16	2.1	16	100	0	68	32	11	11	44	1.77
24486326--24486491	90	1.8	91	92	3	282	13	28	31	27	1.94
24490229--24490269	21	2.0	22	85	9	59	34	9	0	56	1.32
24490241--24490301	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
24497919--24497978	27	2.2	27	78	0	66	30	21	30	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24503641--24503895	127	2.0	128	96	3	469	48	10	13	27	1.76
24510530--24510577	21	2.3	21	100	0	96	54	4	18	22	1.61
24512974--24513007	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
24524108--24524165	27	2.1	27	90	0	89	20	27	10	41	1.85
24524248--24524336	27	3.3	28	78	13	98	25	25	11	37	1.89
24529336--24529536	102	2.0	102	89	0	312	20	19	27	31	1.97
24536340--24536459	42	3.3	34	74	17	125	18	17	28	35	1.93
24537392--24537701	33	8.8	33	67	22	141	21	19	26	32	1.97
24537392--24537562	75	2.3	74	91	4	274	21	19	26	33	1.97
24537464--24537651	101	1.9	102	91	5	310	22	18	27	31	1.97
24537360--24537691	176	1.9	176	92	1	558	21	19	27	31	1.97
24539242--24539426	51	3.7	49	81	5	201	24	17	27	29	1.98
24539350--24539430	26	3.2	26	61	22	62	24	14	28	32	1.95
24543885--24543980	40	2.4	40	91	0	147	34	20	25	19	1.96
24543958--24544165	35	5.7	35	67	18	136	30	18	24	26	1.98
24543909--24544205	40	7.8	39	67	19	137	31	18	23	26	1.97
24543923--24544321	75	5.3	75	90	0	537	32	20	23	24	1.98
24547670--24547711	22	1.9	22	85	0	57	21	35	4	38	1.75
24547771--24547795	12	2.1	12	100	0	50	8	16	8	68	1.38
24551946--24551990	23	2.0	23	100	0	90	42	8	17	31	1.80
24552312--24552545	50	4.7	49	81	3	261	22	29	21	26	1.99
24552312--24552545	100	2.3	100	85	0	288	22	29	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24553776--24553812	18	2.0	20	84	10	51	8	32	13	45	1.73
24559811--24559993	50	3.6	50	85	0	231	22	29	22	25	1.99
24564802--24564848	22	2.2	21	88	3	67	46	0	2	51	1.13
24573032--24573076	19	2.4	19	78	14	56	15	8	2	73	1.18
24573482--24573539	20	3.0	19	77	10	55	55	0	5	39	1.22
24573994--24574049	20	2.8	20	70	20	53	35	8	3	51	1.51
24573985--24574069	40	2.1	41	89	6	129	34	8	4	52	1.52
24573993--24574080	40	2.2	40	82	8	99	35	7	4	52	1.51
24576415--24576519	30	3.5	30	82	0	93	28	26	17	27	1.97
24581909--24581938	15	2.0	15	93	0	51	36	20	0	43	1.52
24589927--24590027	47	2.1	48	92	1	168	42	15	19	21	1.89
24591374--24591467	46	2.0	46	97	0	179	23	20	22	34	1.97
24598634--24598673	18	2.2	18	100	0	80	10	0	10	80	0.92
24598704--24598733	15	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
24600441--24600475	16	2.2	16	89	0	52	25	14	14	45	1.82
24603273--24603314	16	2.6	16	85	7	59	80	0	16	2	0.81
24603361--24603505	56	2.7	54	82	7	161	42	17	26	13	1.87
24604625--24605753	89	12.8	89	82	4	1180	28	22	22	25	1.99
24605267--24605421	79	2.0	79	89	2	240	29	23	23	23	1.99
24605929--24606203	51	5.6	50	73	13	212	29	20	24	25	1.99
24605929--24606211	97	2.9	96	84	3	381	28	20	24	25	1.99
24606214--24606306	44	2.1	44	87	0	132	31	19	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24607828--24607904	30	2.6	30	78	0	91	23	27	12	36	1.91
24607887--24607961	30	2.5	30	88	0	114	20	30	12	37	1.89
24607859--24608079	60	3.7	59	71	10	187	24	28	13	33	1.93
24607859--24608079	90	2.5	90	80	3	241	24	28	13	33	1.93
24607947--24608021	30	2.5	30	84	4	89	30	29	9	30	1.88
24630473--24630544	21	3.3	21	72	16	56	68	1	23	6	1.22
24632401--24632758	119	3.0	119	97	1	682	19	13	21	45	1.85
24636807--24636871	21	3.2	21	78	8	64	70	0	24	4	1.06
24636820--24636857	13	3.0	13	80	3	51	71	0	23	5	1.07
24636902--24636984	36	2.3	37	76	15	86	67	2	22	7	1.27
24642123--24642890	387	2.0	387	95	0	1385	30	25	11	32	1.91
24646248--24646440	50	3.7	51	81	4	183	26	21	27	23	1.99
24646304--24646489	50	3.8	49	75	9	146	27	23	26	23	2.00
24646691--24646739	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
24650553--24650590	19	2.0	20	84	5	51	42	2	13	42	1.57
24654530--24654572	16	2.6	16	81	3	50	60	6	2	30	1.35
24665760--24665927	62	2.7	62	82	1	203	24	24	24	26	2.00
24666059--24666094	10	3.7	10	92	3	56	33	22	13	30	1.93
24667349--24667393	16	2.7	17	89	3	65	82	2	6	8	0.93
24669833--24669897	27	2.4	27	86	2	85	64	3	21	10	1.38
24669851--24669891	21	2.0	21	90	0	64	70	0	19	9	1.14
24672686--24672729	21	2.1	21	95	0	79	29	36	2	31	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24680906--24681001	37	2.6	36	82	11	97	22	7	4	65	1.35
24680908--24681001	36	2.5	37	79	11	102	21	7	4	67	1.33
24683886--24683975	40	2.2	40	76	3	92	27	26	27	17	1.98
24684211--24685154	126	7.5	125	91	1	1439	30	16	22	29	1.96
24684263--24685154	248	3.6	249	94	1	1527	30	16	22	30	1.96
24686448--24686491	18	2.4	18	84	0	61	47	9	27	15	1.76
24687150--24687180	7	4.4	7	95	0	53	61	12	0	25	1.32
24688280--24688305	11	2.4	11	100	0	52	57	0	0	42	0.98
24688302--24688401	51	2.0	51	90	4	157	46	3	25	26	1.67
24688361--24688429	22	3.0	22	77	14	68	43	2	30	23	1.68
24688369--24688425	11	5.0	11	84	4	69	43	1	31	22	1.64
24694516--24694545	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
24696922--24697035	53	2.1	54	93	1	194	32	9	15	42	1.80
24696941--24697032	19	5.1	19	72	15	86	32	8	14	44	1.75
24697230--24697267	20	1.9	19	94	5	67	47	13	18	21	1.82
24705504--24705537	16	2.1	16	88	0	50	47	8	2	41	1.50
24707077--24707132	20	2.8	20	83	0	67	23	28	10	37	1.88
24708345--24708379	17	2.0	18	88	5	54	25	20	20	34	1.96
24709044--24709308	132	2.0	132	95	0	476	31	16	15	36	1.91
24711957--24712169	28	7.7	28	83	7	215	37	11	23	26	1.90
24711957--24712197	56	4.4	56	81	6	237	36	12	24	26	1.92
24714221--24714267	20	2.3	20	85	0	58	25	29	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24717264--24717320	29	2.0	29	100	0	114	22	3	28	45	1.69
24718508--24718536	14	2.1	14	100	0	58	44	13	6	34	1.71
24731737--24731809	37	2.0	37	81	7	87	54	23	6	15	1.64
24757578--24758345	384	2.0	384	96	0	1421	24	21	17	37	1.94
24763054--24763095	18	2.3	18	80	8	50	40	4	9	45	1.58
24769566--24769807	50	4.7	50	78	8	195	28	20	26	23	1.99
24774975--24775061	33	2.7	32	82	8	97	28	12	8	50	1.68
24776770--24776820	22	2.4	22	87	6	70	31	0	13	54	1.39
24777514--24777539	9	2.9	9	100	0	52	19	0	11	69	1.18
24778435--24779289	447	1.9	447	92	0	1442	27	24	13	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210