genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  42  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14782118--14782181	27	2.5	27	80	12	73	42	0	23	34	1.55
14786881--14786934	12	4.3	12	78	17	56	59	1	18	20	1.47
14786878--14786929	13	4.1	13	78	14	63	61	3	17	17	1.49
14788019--14788059	20	2.0	20	100	0	82	65	4	14	14	1.42
14788302--14788350	23	2.1	23	96	0	89	34	4	51	10	1.55
14788274--14788505	115	2.0	116	97	1	439	38	5	31	25	1.78
14788417--14788465	23	2.1	23	96	0	89	34	4	51	10	1.55
14794154--14794202	25	1.9	25	87	4	71	38	16	4	40	1.67
14794313--14794368	24	2.3	24	90	0	85	1	21	30	46	1.62
14795566--14795620	9	6.1	9	84	0	74	34	10	40	14	1.81
14800649--14800747	40	2.5	40	93	1	164	26	7	15	51	1.68
14800753--14800794	17	2.4	17	92	4	66	28	9	26	35	1.88
14824253--14824411	52	3.1	52	66	20	150	39	15	6	38	1.74
14831998--14832063	25	2.6	26	80	9	73	46	1	1	50	1.20
14831997--14832076	24	3.3	24	77	8	72	51	1	1	46	1.17
14838419--14838464	23	2.0	24	82	4	58	50	0	6	43	1.28
14851435--14851483	18	2.8	18	82	11	57	32	0	2	65	1.04
14851421--14851483	18	3.6	16	78	16	54	33	0	3	63	1.10
14855756--14855807	24	2.3	22	80	12	61	46	3	9	40	1.55
14856218--14856258	15	2.7	15	88	3	55	51	2	0	46	1.14
14858033--14858068	8	4.5	8	86	13	56	36	0	0	63	0.94
14861765--14861796	13	2.5	13	94	0	55	53	3	6	37	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14874043--14874107	30	2.1	31	86	8	89	33	1	1	63	1.13
14877633--14877667	15	2.2	16	90	5	54	51	0	2	45	1.16
14877670--14877720	16	3.2	16	67	10	50	37	0	9	52	1.34
14885682--14885803	27	5.0	24	71	17	101	30	0	13	54	1.45
14885682--14885797	47	2.4	46	85	8	144	31	0	14	53	1.47
14885846--14885883	19	2.0	19	89	0	58	36	5	7	50	1.54
14886103--14886179	27	2.9	28	90	3	115	19	38	24	16	1.92
14886927--14886970	23	2.0	22	81	4	52	54	4	2	38	1.33
14889463--14889504	3	14.0	3	84	0	57	26	33	0	40	1.56
14901112--14901146	17	2.1	18	89	10	56	57	0	0	42	0.99
14901107--14901746	317	2.0	318	99	0	1273	41	15	16	26	1.88
14903447--14903487	20	2.0	20	95	0	73	34	39	19	7	1.80
14908462--14908500	18	2.2	18	85	0	51	56	2	10	30	1.46
14908776--14908904	2	64.5	2	100	0	258	50	0	0	49	1.00
14910191--14910216	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14910868--14911043	83	2.1	85	96	2	329	37	2	4	55	1.35
14911932--14911972	21	1.9	22	85	5	57	46	12	4	36	1.63
14912098--14912144	24	1.9	25	86	4	69	46	2	2	48	1.25
14912124--14912173	20	2.5	20	87	12	68	36	0	8	56	1.29
14922815--14923026	105	2.0	106	99	0	417	44	3	7	44	1.50
14931043--14931292	49	5.1	49	73	6	193	21	26	19	32	1.97
14931043--14931291	98	2.6	98	83	1	313	20	26	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14938293--14938336	22	2.0	23	82	8	56	65	0	11	22	1.24
14942113--14942245	66	2.0	66	92	0	221	39	6	17	37	1.74
14945583--14945635	25	2.0	26	82	14	63	30	13	16	39	1.87
14947767--14947815	24	2.0	24	100	0	98	46	8	12	32	1.71
14952673--14952731	30	2.0	30	82	0	73	42	0	5	52	1.23
14954010--14954426	126	3.3	126	91	0	672	32	18	21	27	1.97
14958093--14958135	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
14959962--14960007	11	4.2	11	78	18	51	43	0	32	23	1.54
14959968--14960010	10	4.0	10	82	14	50	46	0	30	23	1.52
14967210--14967276	21	3.2	20	75	10	53	10	11	2	74	1.17
14977601--14977638	20	1.9	20	100	0	76	60	0	0	39	0.97
14994325--14994380	20	2.8	20	77	2	58	48	0	1	50	1.11
14994325--14994376	21	2.5	20	76	11	52	48	0	1	50	1.12
14995004--14995043	16	2.5	15	88	11	62	50	0	25	25	1.50
14995095--14995192	36	2.6	37	87	7	128	46	1	19	32	1.57
14995129--14995190	18	3.4	18	72	16	65	43	0	20	35	1.53
14995373--14995459	21	4.1	20	77	7	66	22	21	19	35	1.96
15003260--15003288	15	1.9	15	100	0	58	37	0	6	55	1.27
15004704--15004729	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
15005606--15005636	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
15007928--15007954	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
15010408--15010481	26	2.8	26	93	0	121	17	24	31	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15010457--15010605	43	3.6	41	79	12	133	22	16	25	34	1.95
15011589--15011969	36	10.6	36	100	0	762	33	5	24	35	1.80
15013393--15013453	26	2.3	27	91	5	97	40	11	14	32	1.82
15019007--15019039	12	2.6	13	85	4	50	45	6	3	45	1.43
15028973--15029034	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
15032245--15032454	50	4.2	50	86	1	267	21	30	21	26	1.98
15037085--15037119	15	2.2	17	90	10	56	40	0	8	51	1.33
15037964--15038072	57	1.9	57	87	7	159	29	18	26	25	1.98
15041846--15041881	18	2.1	16	90	10	54	61	2	5	30	1.33
15043794--15043824	15	2.0	16	93	6	55	19	0	12	67	1.22
15047028--15047089	27	2.3	26	82	17	67	54	4	3	37	1.38
15051420--15051447	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
15066735--15066771	11	3.2	12	85	14	51	78	0	21	0	0.75
15073715--15073781	29	2.3	30	94	2	118	44	23	7	23	1.79
15078540--15078577	19	2.0	20	94	5	69	55	10	10	23	1.65
15080767--15080809	2	21.5	2	95	0	68	51	44	0	4	1.22
15082222--15082276	22	2.5	22	81	0	65	54	1	1	41	1.21
15082294--15082413	59	2.1	59	90	1	197	41	5	9	44	1.58
15082479--15082524	24	1.9	24	91	8	76	60	2	0	36	1.09
15095431--15095480	12	4.1	12	76	23	59	34	0	0	66	0.92
15095429--15095483	13	4.1	15	73	21	52	38	0	0	61	0.96
15095538--15095602	27	2.4	27	97	0	121	29	24	33	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15096249--15096289	19	2.2	19	95	0	73	51	17	0	31	1.46
15096313--15096380	27	2.5	27	92	0	118	23	39	20	16	1.91
15100418--15100451	16	2.1	16	89	10	52	79	0	17	2	0.86
15109140--15109216	41	1.9	40	83	2	100	37	19	18	24	1.94
15109268--15109555	41	7.0	41	85	0	344	20	17	29	32	1.96
15109261--15109555	123	2.4	123	86	3	380	21	18	28	31	1.96
15113828--15113852	10	2.5	10	100	0	50	56	16	0	28	1.41
15118021--15118103	43	1.9	43	85	4	114	34	9	12	43	1.75
15118894--15118991	49	2.0	49	91	0	160	27	22	6	43	1.76
15119372--15119543	45	3.8	45	85	1	229	28	19	16	34	1.94
15119375--15119584	90	2.3	90	79	6	246	27	19	16	36	1.93
15120868--15120893	12	2.2	12	100	0	52	46	15	15	23	1.83
15121061--15121087	13	2.1	13	100	0	54	40	7	0	51	1.30
15122068--15122131	27	2.3	27	91	2	101	32	37	15	14	1.87
15123310--15123356	12	3.9	12	100	0	94	23	25	0	51	1.49
15133468--15133515	24	2.0	24	95	0	87	31	14	29	25	1.95
15142228--15142304	38	2.0	38	100	0	154	24	12	20	41	1.88
15143223--15143324	41	2.5	42	80	4	118	13	17	22	46	1.83
15143260--15143359	42	2.4	42	83	1	112	17	17	23	43	1.88
15145653--15145699	22	2.1	22	84	0	58	17	23	19	40	1.91
15152216--15152257	20	2.1	20	100	0	84	40	4	19	35	1.72
15154608--15154663	28	2.0	28	96	0	103	55	7	10	26	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15156133--15156176	22	2.0	22	86	0	61	59	0	2	38	1.10
15166489--15166584	49	2.0	49	81	8	115	22	20	17	38	1.93
15175438--15175473	18	2.0	18	100	0	72	38	16	27	16	1.90
15196863--15196961	36	2.8	36	82	3	128	41	15	14	29	1.86
15197996--15198033	17	2.2	18	95	4	69	47	5	13	34	1.65
15198921--15199006	43	2.0	43	86	4	120	25	22	1	51	1.55
15200136--15200291	27	5.8	27	77	3	143	30	22	11	35	1.90
15200138--15200291	81	1.9	81	79	2	175	31	22	11	35	1.89
15200599--15200633	18	1.9	18	88	11	54	45	28	2	22	1.67
15209420--15209481	31	2.0	31	87	6	90	38	6	14	40	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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