genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  8  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2503649--2503733	42	2.0	42	93	0	143	30	12	30	25	1.93
2503993--2504068	33	2.3	33	90	0	116	36	11	27	23	1.90
2505558--2505585	14	2.0	14	100	0	56	35	21	21	21	1.96
2506210--2506236	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2507478--2507507	15	1.9	16	93	6	53	63	0	3	33	1.11
2507494--2507608	57	2.0	58	98	1	223	54	6	10	27	1.60
2523507--2523565	22	2.6	23	74	15	59	71	5	11	11	1.30
2530192--2530235	19	2.3	19	81	14	54	56	6	2	34	1.38
2530194--2530235	20	2.1	20	86	8	59	54	7	2	35	1.41
2533722--2533786	13	5.0	13	73	0	58	36	21	6	35	1.79
2542592--2542624	12	2.8	12	90	9	50	72	15	12	0	1.12
2545070--2545134	33	2.0	33	90	0	103	20	4	30	44	1.71
2549938--2550616	205	3.3	205	88	4	1007	27	13	18	40	1.88
2569414--2569481	31	2.2	30	80	14	77	38	10	10	41	1.73
2578121--2578150	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
2601823--2601886	31	2.1	31	85	11	87	39	15	4	40	1.68
2602689--2602751	27	2.3	28	78	15	69	34	6	1	57	1.34
2603743--2603787	21	2.1	22	83	4	56	35	0	4	60	1.17
2604364--2604724	43	8.4	43	84	4	478	26	30	17	24	1.97
2604364--2604713	130	2.7	130	87	7	491	27	31	17	23	1.97
2604922--2604959	19	2.0	19	94	0	67	57	2	10	28	1.45
2606251--2606283	17	1.9	17	100	0	66	27	12	24	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2606536--2606587	11	4.9	11	73	17	56	55	0	1	42	1.10
2606536--2606617	31	2.7	31	87	9	107	58	1	2	37	1.19
2607431--2607511	34	2.4	34	82	12	87	30	2	20	45	1.64
2607339--2607768	16	25.4	16	66	18	144	31	2	19	46	1.63
2607500--2607548	25	2.0	25	91	0	80	34	0	18	46	1.49
2607591--2607774	34	5.7	32	73	20	152	31	1	19	47	1.59
2607583--2607818	21	11.0	21	74	18	159	31	3	18	45	1.67
2607599--2607786	12	17.1	12	64	26	62	31	1	18	48	1.58
2607675--2607720	7	6.6	7	78	16	51	28	0	10	60	1.30
2607675--2607720	15	3.3	15	79	17	62	28	0	10	60	1.30
2607624--2607777	56	2.9	57	77	11	166	31	1	16	49	1.57
2607345--2607774	9	50.4	9	67	17	190	31	2	19	46	1.63
2607758--2607828	21	3.4	22	83	11	87	35	7	14	43	1.72
2607855--2607954	45	2.2	45	94	1	173	49	7	4	40	1.49
2607920--2607947	13	2.2	13	100	0	56	46	7	7	39	1.59
2607888--2608012	17	7.2	17	71	21	100	50	5	4	39	1.47
2611070--2611102	14	2.3	15	94	5	59	36	30	0	33	1.58
2611458--2611495	20	2.0	18	90	10	58	63	5	5	26	1.37
2611507--2611732	41	5.5	41	75	3	186	28	24	19	26	1.99
2611506--2611732	123	1.8	123	81	1	285	28	24	19	26	1.99
2612714--2612749	16	2.2	17	90	5	56	66	11	5	16	1.40
2621901--2621961	20	3.0	20	73	4	61	63	3	4	27	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2623098--2623140	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
2630179--2630209	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
2630323--2630351	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2635402--2635485	31	2.8	32	75	12	88	34	5	13	46	1.67
2635613--2635673	31	2.0	30	93	6	106	57	13	0	29	1.36
2635870--2635896	7	3.9	7	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2636492--2636558	35	1.9	34	82	8	82	67	4	23	4	1.28
2637855--2637931	32	2.2	37	79	20	96	42	1	18	37	1.58
2642262--2642297	18	1.9	19	94	5	65	47	16	2	33	1.61
2647535--2647744	104	2.0	105	99	0	413	33	8	6	50	1.59
2661545--2661589	24	2.0	23	86	8	65	55	0	2	42	1.12
2673616--2673649	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2674132--2674194	22	3.0	22	75	22	64	47	4	41	6	1.50
2680850--2680893	22	2.0	22	81	0	52	52	2	4	40	1.34
2699771--2699845	29	2.5	29	79	12	80	38	4	2	54	1.33
2704161--2704195	2	17.5	2	93	0	61	54	0	0	45	0.99
2704161--2704200	10	4.0	10	93	0	53	57	0	0	42	0.98
2710916--2710963	11	4.5	11	76	2	53	56	8	4	31	1.48
2710916--2710963	22	2.2	21	85	3	60	56	8	4	31	1.48
2712131--2712242	20	5.7	20	75	7	95	53	9	9	26	1.65
2712129--2712242	40	2.9	39	83	6	140	52	9	10	27	1.67
2715222--2715354	27	5.0	26	76	7	99	33	5	0	60	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2715296--2715357	23	2.6	23	80	12	63	37	4	0	58	1.20
2715222--2715357	54	2.5	53	82	9	143	33	5	0	61	1.24
2715382--2715455	25	2.9	26	73	4	78	24	4	6	64	1.35
2715523--2715581	29	2.0	29	100	0	118	13	16	10	59	1.61
2716841--2716865	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2716971--2716995	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2718133--2718277	72	2.0	73	98	1	283	43	6	5	44	1.54
2723208--2723233	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2730916--2730957	3	14.3	3	80	5	50	30	0	4	64	1.14
2732584--2732805	110	2.0	109	93	5	376	39	15	20	24	1.91
2739355--2739385	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2739385--2739417	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2745241--2745292	21	2.5	21	81	6	61	17	3	9	69	1.31
2749242--2749283	21	1.9	23	85	9	61	61	4	11	21	1.48
2749904--2749941	3	12.7	3	89	10	60	0	34	0	65	0.93
2758305--2758435	41	3.2	41	70	10	140	41	9	1	47	1.44
2758288--2758455	83	2.0	84	98	1	329	40	10	1	48	1.45
2759031--2759072	22	2.0	21	85	4	57	54	14	4	26	1.59
2760685--2760729	23	2.0	23	82	8	56	42	6	0	51	1.28
2768254--2768298	23	2.0	22	86	4	63	28	4	6	60	1.42
2768253--2768303	23	2.4	20	75	15	57	27	3	5	62	1.36
2768813--2768875	32	1.9	33	83	3	83	58	9	9	22	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2769759--2769788	15	2.0	15	100	0	60	40	13	13	33	1.83
2769843--2769911	26	3.0	21	80	16	66	62	0	5	31	1.19
2770877--2771007	37	3.5	37	88	3	181	22	19	28	29	1.98
2775024--2775099	18	4.2	17	70	20	64	55	5	0	39	1.23
2775024--2775096	9	7.9	9	76	8	58	56	5	0	38	1.23
2775042--2775125	38	2.2	38	83	10	100	53	4	0	41	1.22
2775102--2775146	21	2.1	22	83	4	56	48	6	4	40	1.49
2775608--2775876	135	2.0	134	91	0	439	34	12	17	35	1.87
2776638--2776686	25	2.0	26	92	8	84	22	2	0	75	0.90
2776965--2777034	19	3.8	18	72	23	65	38	1	2	57	1.23
2776965--2777036	37	2.0	36	84	13	94	40	1	2	55	1.23
2777212--2777269	20	3.2	19	76	11	59	37	1	0	60	1.07
2777975--2778010	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2779188--2779226	14	2.7	15	88	8	62	58	0	0	41	0.98
2779835--2779909	37	2.0	37	97	0	141	40	13	29	17	1.87
2792177--2792276	31	3.4	29	71	27	86	48	11	15	26	1.77
2792176--2792301	57	2.2	56	81	8	155	48	11	14	25	1.78
2804347--2804400	15	3.7	15	80	5	65	35	1	9	53	1.44
2804817--2804877	32	1.9	32	83	12	81	62	0	1	36	1.05
2813319--2813343	8	3.1	8	100	0	50	52	12	24	12	1.72
2815767--2815847	31	2.6	31	81	9	87	51	7	3	37	1.48
2837910--2837935	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2839378--2839403	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2853653--2854141	249	2.0	249	98	0	951	37	13	19	29	1.91
2854313--2854343	1	31.0	1	100	0	62	100	0	0	0	0.00
2854977--2855022	22	2.1	22	100	0	92	34	19	0	45	1.51
2856912--2857028	60	2.0	60	98	0	225	25	11	28	34	1.91
2861367--2861394	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
2870782--2870806	4	6.2	4	100	0	50	24	0	48	28	1.52
2872610--2872650	20	2.0	20	85	0	55	63	2	2	31	1.20
2873121--2873171	19	2.8	18	79	11	59	25	3	9	60	1.45
2876055--2876150	3	32.0	3	100	0	192	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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