genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  72  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25320215--25320355	74	1.9	72	92	2	237	34	23	10	31	1.89
25321483--25321574	39	2.5	38	79	11	93	75	3	16	5	1.13
25322432--25322487	27	2.1	26	93	3	94	42	7	0	50	1.30
25322546--25322622	27	2.9	27	92	0	118	25	27	31	15	1.96
25322946--25322985	3	13.7	3	94	5	73	35	0	0	65	0.93
25323469--25323513	18	2.5	18	77	0	54	28	6	46	17	1.73
25325860--25325900	21	2.0	21	85	9	57	14	0	7	78	0.96
25325896--25325962	28	2.4	28	87	7	91	49	1	10	38	1.46
25326028--25326125	5	20.2	5	72	14	53	2	34	0	63	1.06
25326030--25326148	10	12.5	10	67	17	58	1	32	0	65	1.03
25326029--25326138	38	2.8	38	87	2	148	1	32	0	65	1.03
25326205--25326273	27	2.5	28	81	6	79	20	26	28	24	1.99
25326230--25326281	27	1.9	27	88	7	79	15	28	25	30	1.96
25326330--25326399	28	2.5	28	95	2	124	48	0	10	41	1.36
25333083--25333144	25	2.5	26	73	26	62	41	1	3	53	1.27
25341584--25341636	25	2.2	25	78	18	60	52	7	3	35	1.48
25344873--25345126	43	5.7	43	81	11	312	20	17	32	29	1.95
25345000--25345104	55	1.9	55	92	0	174	24	19	31	24	1.98
25347051--25347108	18	3.0	18	75	10	53	34	22	17	25	1.96
25347208--25347315	45	2.4	45	82	4	137	44	18	15	21	1.87
25347284--25347333	24	2.1	24	96	0	91	46	16	16	22	1.84
25347457--25347521	34	1.9	34	87	0	94	30	13	13	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25354469--25354506	18	2.1	18	95	0	67	21	7	15	55	1.66
25367333--25367371	19	2.0	21	90	10	64	43	0	5	51	1.24
25367321--25367380	19	3.2	19	75	17	61	38	1	3	56	1.26
25371866--25371909	22	2.0	22	100	0	88	54	13	9	22	1.67
25379245--25379385	43	3.3	43	82	3	176	28	15	23	32	1.95
25379693--25379717	12	2.1	12	100	0	50	8	32	16	44	1.76
25381371--25381429	29	2.0	30	86	6	84	42	6	11	38	1.68
25381377--25381440	31	2.2	27	76	15	65	42	9	10	37	1.73
25382124--25382168	14	3.4	14	90	6	67	37	15	24	22	1.93
25390400--25390434	7	5.0	7	86	13	54	14	17	0	68	1.21
25390400--25390434	13	2.5	15	86	13	56	14	17	0	68	1.21
25391166--25391224	30	2.0	30	82	0	73	45	10	6	37	1.65
25399062--25399175	37	3.1	37	96	0	201	61	3	6	28	1.37
25409165--25409291	40	3.2	39	83	4	155	29	22	22	26	1.99
25409165--25409321	40	3.9	39	79	5	154	29	20	21	28	1.98
25409156--25409325	80	2.1	79	81	5	191	30	20	21	28	1.98
25409381--25409473	40	2.3	40	84	0	114	33	20	17	29	1.95
25409525--25409643	40	3.0	40	82	2	114	27	17	25	29	1.98
25409217--25409627	153	2.7	153	81	4	456	30	18	20	30	1.97
25409582--25409672	40	2.3	41	77	9	98	31	20	19	27	1.97
25410047--25410188	7	20.0	7	79	8	126	19	0	30	49	1.53
25410739--25410819	42	2.0	41	90	2	126	30	20	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25411124--25411162	15	2.6	14	84	11	51	23	30	5	41	1.76
25411102--25411190	39	2.2	39	82	9	108	22	35	3	38	1.71
25416761--25416990	50	4.5	51	77	9	202	23	29	20	26	1.99
25420553--25420604	25	2.1	25	85	0	68	48	15	15	21	1.81
25424681--25424898	85	2.6	85	88	2	303	27	18	24	28	1.98
25424679--25424901	43	5.2	43	84	3	297	27	18	24	29	1.98
25429053--25429208	39	4.0	39	79	5	181	44	20	3	31	1.67
25429031--25429208	78	2.3	78	82	5	218	43	19	3	33	1.69
25434607--25434635	14	2.1	14	100	0	58	27	13	13	44	1.82
25435654--25435708	27	2.0	27	100	0	110	30	14	3	50	1.60
25437254--25437289	18	2.0	18	100	0	72	11	11	11	66	1.45
25438180--25438260	20	4.1	19	80	6	81	11	30	20	37	1.88
25438183--25438276	40	2.3	41	79	3	109	14	30	19	35	1.92
25441537--25441646	56	2.0	56	100	0	220	30	14	25	30	1.95
25444469--25444496	7	4.0	7	100	0	56	0	14	0	85	0.59
25460947--25461180	78	3.0	78	100	0	468	24	26	11	37	1.90
25461615--25461946	28	11.9	28	88	2	418	26	25	12	35	1.92
25465223--25465249	11	2.5	11	100	0	54	37	7	0	55	1.28
25472462--25472496	3	11.7	3	93	0	61	31	2	0	65	1.07
25474230--25474321	41	2.3	40	83	5	105	42	14	23	19	1.88
25474706--25474753	25	1.9	25	91	8	80	31	10	0	58	1.32
25477535--25477752	71	3.1	72	74	9	205	34	6	12	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25478144--25478192	25	1.9	26	84	12	66	32	2	4	61	1.26
25478159--25478347	88	2.1	87	94	5	344	33	3	7	55	1.46
25478803--25478829	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
25478841--25478955	54	2.1	54	95	1	205	53	13	4	28	1.58
25478936--25479064	9	14.8	9	74	11	81	46	17	0	35	1.53
25478945--25479089	43	3.3	43	86	3	209	47	16	0	35	1.52
25490862--25490904	17	2.5	17	100	0	86	32	41	6	18	1.77
25493854--25493900	11	4.1	11	78	10	58	65	2	0	31	1.04
25496743--25496859	43	2.7	43	90	0	171	33	25	17	23	1.96
25501737--25501820	35	2.4	34	82	7	98	39	2	32	26	1.69
25502947--25503111	82	2.0	82	97	0	312	38	17	13	30	1.88
25507269--25507337	36	1.9	36	90	0	111	30	13	10	46	1.75
25516111--25516189	39	2.0	39	92	0	131	27	17	12	41	1.86
25523657--25523696	21	1.9	21	84	0	53	50	20	5	25	1.68
25524450--25524558	37	2.8	40	77	9	125	33	22	18	25	1.97
25527141--25527170	10	3.0	10	90	0	51	36	40	23	0	1.55
25527132--25527170	20	2.0	20	94	0	69	33	38	25	2	1.70
25528333--25528387	24	2.2	26	83	6	69	40	5	1	52	1.35
25529424--25529455	11	3.1	11	82	17	50	46	0	9	43	1.35
25530429--25530542	22	5.2	22	77	8	106	14	28	16	40	1.88
25530432--25530555	66	1.9	66	84	3	169	14	25	17	41	1.88
25530436--25530555	22	5.5	21	79	5	105	14	26	18	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25530429--25530555	44	2.9	43	75	4	119	14	26	17	40	1.88
25536900--25536924	13	1.9	13	100	0	50	56	8	4	32	1.47
25537271--25537302	16	2.0	16	93	0	55	43	25	21	9	1.82
25540399--25540481	25	3.3	25	80	6	96	21	19	24	34	1.96
25540386--25540501	50	2.3	50	83	2	153	24	18	23	34	1.96
25542501--25542532	16	2.0	16	100	0	64	37	18	6	37	1.76
25544198--25544291	49	1.9	49	95	0	170	35	7	21	36	1.81
25544604--25544632	10	2.9	10	100	0	58	58	0	0	41	0.98
25545099--25545216	63	2.0	61	83	8	152	43	3	4	49	1.39
25547615--25547664	20	2.5	20	75	15	59	60	6	22	12	1.53
25551287--25551458	42	4.1	42	100	0	344	30	2	19	47	1.62
25551821--25551892	4	18.2	4	97	2	137	25	0	26	48	1.51
25554877--25554925	24	2.0	24	100	0	98	36	10	20	32	1.86
25565109--25565162	25	2.2	25	83	12	67	57	0	1	40	1.09
25565779--25565814	16	2.2	16	90	9	56	0	16	0	83	0.65
25572189--25572358	43	4.0	42	79	9	175	24	17	26	31	1.97
25585089--25585144	21	2.7	21	71	15	53	28	39	12	19	1.88
25586352--25586407	17	3.1	18	76	7	69	48	28	5	17	1.69
25586445--25586498	17	3.2	16	76	5	54	55	27	0	16	1.42
25586454--25586503	17	3.0	17	79	2	57	54	30	0	16	1.42
25588076--25588137	30	2.1	30	85	11	83	33	0	3	62	1.11
25591393--25591504	56	2.0	56	87	0	161	20	23	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25598923--25599043	56	2.2	56	86	0	161	21	24	28	25	1.99
25600104--25600150	23	2.0	23	100	0	94	31	12	21	34	1.91
25600277--25600327	26	2.0	26	96	0	93	37	1	9	50	1.47
25601780--25601822	22	1.9	23	86	13	63	9	27	18	44	1.80
25607321--25607405	46	1.9	43	85	7	116	23	16	27	32	1.96
25607828--25607867	20	1.9	21	85	10	55	62	2	2	32	1.22
25610470--25610509	9	4.4	9	93	0	62	40	25	10	25	1.86
25635084--25635125	22	1.9	22	85	9	59	28	2	0	69	1.01
25641485--25641532	24	2.0	24	95	0	87	35	6	8	50	1.58
25642737--25642784	24	2.0	24	95	0	87	35	6	8	50	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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