genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  41  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14519052--14519163	42	2.7	42	84	0	125	42	20	21	15	1.88
14519094--14519174	21	3.9	21	66	0	54	44	18	18	18	1.87
14534917--14534973	28	2.0	29	96	3	107	49	12	7	31	1.67
14535346--14535466	21	5.8	21	72	0	98	17	24	17	40	1.90
14535340--14535480	42	3.4	42	82	0	147	18	25	17	39	1.92
14537079--14537128	24	2.0	26	84	7	68	38	22	22	18	1.94
14537089--14537140	25	2.1	24	82	10	61	36	25	23	15	1.93
14537168--14537225	24	2.3	26	76	5	66	43	22	20	13	1.87
14538221--14538251	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
14538303--14538339	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
14540861--14540918	25	2.2	26	79	14	66	29	24	27	18	1.98
14540875--14541016	24	5.8	25	72	8	114	32	18	28	21	1.96
14544184--14544208	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
14545701--14545749	6	7.8	6	84	6	62	44	16	20	18	1.86
14545729--14545857	45	2.9	44	89	2	186	41	22	17	18	1.91
14547274--14547338	21	3.1	21	79	0	85	36	23	23	16	1.94
14548320--14548390	5	14.6	5	72	21	62	59	0	0	40	0.98
14548320--14548390	34	2.1	34	82	15	85	59	0	0	40	0.98
14550716--14550750	16	2.2	16	94	0	61	51	8	0	40	1.33
14553572--14553639	25	2.8	24	75	4	57	60	7	8	23	1.52
14559356--14559424	26	2.7	26	80	8	86	66	1	1	30	1.09
14559379--14559440	7	8.3	7	78	18	54	77	0	0	22	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14559365--14559425	25	2.3	26	86	5	79	67	0	1	31	1.01
14569189--14569250	31	2.0	32	96	3	117	30	9	16	43	1.80
14569555--14569585	4	8.0	4	92	7	55	25	0	0	74	0.82
14586794--14586818	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14587559--14587590	15	2.1	16	88	11	50	68	0	0	31	0.90
14587627--14587667	22	1.9	22	90	5	66	58	4	12	24	1.53
14592928--14593283	177	2.0	178	98	1	696	39	11	9	39	1.75
14598986--14599019	13	2.5	14	90	4	52	35	44	8	11	1.72
14600166--14601666	800	1.9	797	96	1	2776	30	11	11	45	1.77
14602807--14602937	52	2.6	50	82	9	144	41	5	2	50	1.37
14602930--14602981	25	2.0	27	88	7	81	38	0	7	53	1.30
14605405--14605488	43	2.0	42	81	9	98	25	2	54	17	1.55
14607445--14607496	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
14608806--14610330	762	2.0	762	100	0	3050	32	15	22	29	1.95
14612604--14612654	24	2.1	24	85	0	66	37	3	7	50	1.50
14615412--14615461	3	17.0	3	80	12	59	64	0	4	32	1.12
14617658--14617706	18	2.7	18	87	0	71	38	22	10	28	1.87
14617649--14617706	9	6.4	9	80	7	64	41	22	8	27	1.83
14617649--14617706	27	2.1	27	87	6	82	41	22	8	27	1.83
14617714--14617776	17	3.5	17	69	12	54	49	12	3	34	1.57
14617705--14617779	37	2.0	37	94	0	132	45	14	4	36	1.64
14623981--14624006	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14638284--14638328	23	2.0	23	86	0	63	40	8	4	46	1.55
14640419--14640587	84	2.0	85	98	1	331	35	4	8	51	1.53
14644949--14645100	32	4.8	32	81	0	160	42	15	9	32	1.80
14646923--14646965	23	1.9	23	85	4	61	65	2	2	30	1.18
14663234--14663281	15	3.2	15	79	5	53	58	2	0	39	1.10
14668419--14668448	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
14671482--14671521	20	2.0	20	85	4	55	42	2	0	55	1.13
14675811--14675843	7	4.7	7	100	0	66	27	0	0	72	0.85
14677005--14677171	21	8.0	21	68	0	109	15	19	17	47	1.83
14676983--14677165	42	4.4	42	86	3	217	15	19	16	48	1.81
14685551--14685612	31	2.1	30	82	11	74	37	6	9	46	1.62
14685634--14685668	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
14687608--14687751	43	3.4	42	72	9	112	27	29	18	24	1.98
14687584--14687747	86	1.9	87	80	1	195	31	29	18	20	1.96
14687981--14688061	21	3.9	21	80	0	90	9	43	12	34	1.76
14696584--14696627	9	4.6	9	83	13	52	11	6	0	81	0.86
14696584--14696627	20	2.2	20	84	15	56	11	6	0	81	0.86
14697982--14698283	112	2.7	112	85	6	401	29	24	23	21	1.99
14699600--14699801	43	4.7	43	93	0	334	25	35	18	20	1.95
14704727--14704794	19	3.3	19	72	21	64	48	5	22	23	1.72
14705342--14705422	21	3.8	22	71	12	62	37	33	0	29	1.58
14705357--14705387	14	2.2	14	94	0	53	35	29	0	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14705650--14705778	15	8.9	15	73	13	65	45	32	0	21	1.52
14705650--14705783	14	9.3	14	75	12	83	46	31	0	22	1.52
14705723--14705783	7	8.6	7	83	3	77	50	31	0	18	1.47
14705723--14705835	21	5.3	21	73	12	86	48	30	1	18	1.58
14706015--14706147	41	3.3	39	78	12	144	31	26	20	21	1.98
14706198--14706312	40	2.9	40	83	2	153	23	25	19	32	1.97
14716982--14717021	9	4.4	9	90	0	62	27	7	22	42	1.80
14729065--14729090	13	2.0	13	100	0	52	92	0	7	0	0.39
14729696--14729720	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14732703--14732836	30	4.5	30	68	7	92	48	3	14	33	1.61
14737807--14737839	15	2.2	15	100	0	66	36	6	6	51	1.51
14738574--14738607	15	2.3	15	94	0	59	79	0	20	0	0.73
14741962--14742000	20	2.0	20	100	0	78	35	23	0	41	1.55
14744112--14744156	11	4.1	11	88	0	63	60	0	11	28	1.31
14746058--14746141	36	2.5	35	78	14	88	44	0	3	52	1.18
14747240--14747292	22	2.4	22	87	0	70	13	30	18	37	1.89
14749033--14749130	50	2.0	50	97	0	187	32	5	19	42	1.73
14753296--14753355	29	2.1	29	81	6	68	45	3	0	51	1.17
14755554--14755613	29	2.1	29	84	6	77	51	5	1	41	1.33
14756694--14756754	32	1.9	32	83	12	81	49	1	4	44	1.33
14756713--14756754	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
14757342--14757648	109	2.8	108	91	2	483	33	19	17	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14758062--14758152	47	1.9	47	86	4	130	56	4	5	34	1.43
14758084--14758148	19	3.5	19	75	10	62	61	3	4	30	1.31
14758170--14758245	31	2.5	31	82	6	93	47	1	7	43	1.40
14759762--14759879	44	2.7	44	81	0	137	29	22	18	29	1.97
14759809--14760181	85	4.3	86	71	11	255	27	22	20	28	1.99
14759809--14760178	44	8.6	42	70	10	178	27	22	21	28	1.99
14759809--14760183	129	2.9	128	89	1	545	27	22	21	29	1.99
14760191--14760384	100	1.9	100	88	2	291	26	22	21	29	1.99
14760219--14760384	50	3.3	50	69	0	134	27	22	21	28	1.99
14760386--14760733	44	8.0	42	71	16	174	27	24	18	29	1.98
14760446--14760732	132	2.2	132	95	0	511	28	24	19	28	1.98
14760784--14760940	45	3.5	45	76	14	189	24	22	25	27	2.00
14760833--14760984	44	3.4	44	76	15	186	25	23	26	25	2.00
14760767--14760993	89	2.6	89	97	0	418	22	23	25	28	1.99
14762236--14762310	11	6.6	11	81	14	66	0	17	0	82	0.67
14762241--14762290	14	3.7	14	85	15	70	0	18	0	82	0.68
14762236--14762310	23	3.3	23	78	12	75	0	17	0	82	0.67
14762233--14762310	14	5.8	14	69	23	60	0	19	0	80	0.71
14762234--14762307	32	2.3	34	86	13	104	0	18	0	81	0.70
14766066--14766381	109	2.9	107	89	4	492	34	18	17	29	1.94
14766407--14766451	20	2.2	21	84	11	58	57	2	11	28	1.45
14766449--14766500	24	2.2	24	100	0	104	55	15	15	13	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14766807--14766897	47	1.9	47	86	4	130	56	4	5	34	1.43
14766829--14766893	19	3.5	19	75	10	62	61	3	4	30	1.31
14766915--14766990	31	2.5	31	82	6	93	47	1	7	43	1.40
14772572--14772611	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
14774157--14774206	20	2.5	20	78	12	50	40	4	2	54	1.31
14779844--14780095	134	1.9	133	95	0	459	29	17	13	40	1.87
14781594--14781639	10	4.8	10	82	17	62	73	2	10	13	1.17
14781686--14781721	13	2.6	14	82	8	56	75	0	25	0	0.81
14781915--14781950	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
14781949--14781973	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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