genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   

This is table  54  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19017728--19017772	23	2.0	23	86	4	65	48	15	4	31	1.65
19017725--19017782	22	2.6	22	84	7	73	44	17	5	32	1.70
19017738--19017782	23	2.0	23	91	4	74	40	17	6	35	1.76
19018726--19018772	17	2.8	17	87	3	60	63	6	4	25	1.36
19029109--19029138	6	4.8	6	95	4	51	50	0	0	50	1.00
19031513--19031563	26	2.0	26	88	7	77	49	7	7	35	1.61
19031514--19031570	26	2.2	26	84	6	71	49	10	7	33	1.64
19031726--19031776	27	2.0	25	84	7	66	39	3	0	56	1.18
19033434--19033517	33	2.5	33	77	7	89	28	21	16	33	1.95
19039267--19039571	149	2.0	150	98	1	596	41	9	11	38	1.73
19040973--19041001	14	2.0	15	93	6	51	68	0	3	27	1.05
19047135--19047257	60	2.0	60	96	0	228	33	17	27	21	1.96
19052853--19052902	24	2.1	24	88	0	73	16	28	22	34	1.95
19065767--19065791	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
19071244--19071285	17	2.5	17	100	0	84	21	0	40	38	1.53
19071384--19071613	94	2.4	96	84	5	297	39	3	18	38	1.68
19071716--19071744	13	2.2	13	100	0	58	31	13	20	34	1.92
19074712--19074749	12	3.1	13	85	7	53	76	0	10	13	1.02
19074853--19074905	26	2.0	26	82	7	63	49	3	22	24	1.66
19081590--19081662	31	2.4	30	84	9	85	30	12	12	45	1.78
19082843--19082904	17	3.6	17	78	8	63	25	0	22	51	1.48
19083648--19083834	46	4.1	45	84	4	223	37	9	24	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19085647--19085705	27	2.2	27	84	6	75	47	3	0	49	1.18
19085797--19085838	22	1.9	22	85	9	59	57	4	0	38	1.20
19086868--19086900	16	2.1	16	94	0	57	33	6	24	36	1.80
19086874--19086905	16	2.0	16	93	0	55	31	9	25	34	1.87
19098108--19098169	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
19108997--19109025	13	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
19110344--19110407	20	3.2	20	77	4	67	43	28	4	23	1.73
19116110--19116194	9	9.4	9	90	0	107	43	25	7	23	1.79
19116109--19116194	27	3.2	27	88	0	127	44	25	6	23	1.78
19117585--19117627	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
19118575--19118604	8	3.8	8	90	0	51	40	0	0	60	0.97
19118569--19118609	16	2.6	16	92	0	73	39	0	0	60	0.96
19120656--19120713	29	2.0	29	80	12	66	41	25	1	31	1.66
19120858--19120923	25	2.5	25	79	16	71	1	28	4	65	1.21
19121069--19121113	15	2.9	15	81	15	56	64	4	0	31	1.13
19123332--19123434	42	2.5	41	88	4	152	20	25	15	38	1.92
19124312--19124375	32	2.1	31	88	11	96	31	10	10	46	1.74
19125371--19125468	48	2.0	48	98	0	187	25	20	25	28	1.99
19130181--19130235	27	2.1	26	83	10	67	54	3	0	41	1.18
19133707--19133798	45	2.0	45	100	0	184	40	4	13	42	1.63
19141793--19141961	42	4.0	43	79	6	159	40	18	21	19	1.91
19143570--19143627	17	3.4	17	65	25	50	44	29	8	17	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19148328--19148462	42	3.2	40	83	5	144	42	17	22	17	1.89
19148334--19148497	21	7.9	21	69	6	102	42	16	21	19	1.89
19152781--19153307	270	1.9	271	82	3	655	43	15	10	30	1.81
19156455--19156585	46	2.8	46	90	0	199	30	27	7	34	1.85
19157804--19157834	15	2.1	15	100	0	62	45	0	6	48	1.28
19161850--19161884	18	1.9	18	88	0	52	31	0	2	65	1.07
19161846--19161885	20	1.9	20	85	10	53	32	0	2	65	1.06
19165445--19165602	71	2.2	71	95	0	280	32	11	25	29	1.91
19165407--19165658	71	3.5	71	85	2	274	33	12	23	30	1.92
19179872--19179922	26	1.9	27	84	4	68	31	13	15	39	1.87
19185583--19185607	13	1.9	13	100	0	50	48	20	8	24	1.76
19185839--19185916	41	1.9	41	86	0	111	32	20	16	30	1.95
19190908--19190937	13	2.3	13	100	0	60	23	6	23	46	1.75
19192939--19193080	76	1.9	76	85	2	196	41	12	6	39	1.69
19193100--19193163	22	2.9	23	74	6	69	51	1	6	40	1.36
19194828--19194920	29	3.2	26	71	22	69	35	2	2	60	1.21
19194889--19194934	20	2.4	19	81	3	56	36	0	4	58	1.18
19207203--19207253	23	2.3	22	77	16	59	23	3	7	64	1.37
19207637--19207695	31	1.9	30	83	10	75	23	8	0	67	1.17
19207809--19207838	13	2.3	13	94	0	51	33	16	3	46	1.64
19207865--19207891	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
19211068--19211118	19	2.6	19	88	11	77	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19213506--19213532	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
19213499--19213532	15	2.3	15	89	0	50	79	0	2	17	0.86
19222785--19222829	18	2.5	18	77	0	54	37	20	2	40	1.65
19233834--19233878	16	2.8	16	89	0	72	31	26	4	37	1.76
19236493--19236533	21	1.9	22	85	5	57	51	7	0	41	1.30
19242236--19242261	8	3.2	8	100	0	52	76	0	23	0	0.78
19244607--19244730	67	1.9	67	90	6	200	41	8	4	44	1.57
19245091--19245223	69	1.9	68	86	1	185	42	6	17	33	1.73
19247208--19247244	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
19254948--19254995	19	2.5	18	83	12	60	66	0	2	31	1.03
19254948--19254999	20	2.7	19	88	8	70	65	0	3	30	1.10
19256999--19257027	9	3.0	10	90	10	51	62	0	17	20	1.33
19256999--19257050	17	3.0	16	83	16	52	67	1	13	17	1.32
19257303--19257363	26	2.4	26	88	2	88	44	13	11	31	1.79
19258017--19258098	43	1.9	43	87	0	119	24	21	26	26	2.00
19258101--19258355	86	3.0	86	86	2	352	26	31	17	23	1.97
19258124--19258375	129	2.0	129	82	6	314	28	31	17	23	1.97
19258103--19258375	43	6.3	43	78	4	273	28	31	17	22	1.97
19258716--19258857	66	2.2	66	88	5	207	14	28	17	40	1.88
19258716--19258880	66	2.5	66	85	3	190	13	27	18	40	1.88
19267963--19268005	15	2.8	16	85	3	52	30	11	2	55	1.48
19268319--19268447	22	6.0	22	69	20	78	71	4	0	23	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19268409--19268462	7	7.7	7	75	8	56	81	1	0	16	0.78
19268355--19268504	49	3.3	49	67	29	150	70	5	1	22	1.15
19268409--19268465	8	6.9	8	75	13	53	80	1	0	17	0.79
19268367--19268505	42	3.3	42	75	15	169	71	5	1	22	1.14
19268324--19268505	84	2.1	86	95	4	341	71	4	1	21	1.11
19269345--19269374	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
19271298--19271346	22	2.2	22	78	7	55	40	12	6	40	1.67
19286948--19287029	41	2.0	41	81	9	98	40	1	14	43	1.53
19292414--19292452	7	5.4	7	84	6	51	17	0	35	46	1.49
19292423--19292452	14	2.1	14	100	0	60	20	0	33	46	1.51
19296585--19296610	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
19298949--19298995	24	1.9	25	86	4	69	46	0	6	46	1.28
19309153--19309196	12	3.7	13	80	17	51	40	0	0	59	0.98
19309152--19309196	24	1.9	23	86	4	63	40	0	0	60	0.97
19311903--19312058	29	5.2	29	78	11	156	35	18	5	40	1.73
19311904--19312082	90	2.0	90	86	3	254	34	18	6	40	1.77
19312399--19312435	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
19312425--19312484	21	2.8	21	85	10	68	80	5	13	1	0.96
19312422--19312476	27	2.1	27	86	10	78	80	5	14	0	0.89
19312404--19312469	23	3.1	22	83	10	75	75	3	21	0	0.93
19312576--19312608	12	2.8	12	90	4	50	81	12	3	3	0.91
19312710--19312763	24	2.2	24	83	6	65	24	46	29	0	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19312794--19312843	24	2.1	23	85	10	66	80	6	14	0	0.90
19313211--19313252	17	2.4	18	88	8	68	26	9	11	52	1.68
19313238--19313276	17	2.3	17	90	0	60	23	5	10	61	1.48
19313364--19313525	17	9.2	17	73	11	114	29	10	10	49	1.71
19313364--19313525	34	4.6	33	74	12	146	29	10	10	49	1.71
19313359--19313530	70	2.4	71	82	6	199	30	10	9	48	1.70
19313335--19313530	35	5.5	36	71	13	115	32	10	10	47	1.71
19313941--19313981	21	2.0	21	90	0	64	14	21	7	56	1.63
19320902--19320934	14	2.4	14	100	0	66	33	30	18	18	1.94
19322788--19322979	98	2.0	98	91	2	314	27	10	24	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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