genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  57  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20002100--20002600	224	2.2	223	83	3	596	33	20	18	26	1.96
20003152--20003181	8	3.8	8	90	0	51	40	0	0	60	0.97
20003146--20003186	16	2.6	16	92	0	73	39	0	0	60	0.96
20020123--20020204	41	2.0	41	95	0	128	37	21	18	21	1.94
20020151--20020256	52	2.0	52	96	0	194	40	17	16	24	1.90
20020207--20020293	41	2.1	41	84	0	111	35	22	18	22	1.95
20020125--20020293	93	1.8	93	89	2	268	36	22	18	22	1.95
20023297--20023325	13	2.1	14	93	6	51	0	20	0	79	0.74
20024045--20024153	29	3.8	29	90	1	157	52	5	20	22	1.67
20037084--20037123	18	2.3	17	82	4	53	55	0	0	45	0.99
20041520--20041600	24	3.3	24	76	8	83	37	20	24	17	1.94
20044312--20044347	18	2.0	18	88	0	54	8	19	5	66	1.38
20047686--20047823	47	2.9	47	78	6	161	38	15	7	37	1.77
20047686--20047823	49	2.9	48	79	6	163	38	15	7	37	1.77
20047633--20048604	159	6.1	159	99	0	1880	39	15	7	37	1.76
20047845--20047982	49	2.9	48	79	6	163	38	15	7	37	1.77
20048004--20048141	49	2.9	48	79	6	163	38	15	7	37	1.77
20048163--20048300	49	2.9	48	79	6	163	38	15	7	37	1.77
20048318--20048459	47	2.9	47	78	8	151	38	15	7	38	1.76
20048484--20048599	47	2.4	47	83	7	162	37	17	6	37	1.76
20059678--20059721	19	2.2	19	88	12	61	56	4	0	38	1.20
20059696--20059762	29	2.5	28	77	20	79	59	4	0	35	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20080928--20081057	67	2.0	66	89	1	197	29	33	16	20	1.95
20092284--20092316	13	2.5	13	85	14	50	0	15	0	84	0.61
20100968--20101175	2	104.0	2	100	0	416	0	50	0	50	1.00
20102005--20102035	16	1.9	16	93	0	53	77	3	0	19	0.90
20102547--20102586	21	1.9	21	100	0	80	45	10	7	37	1.66
20102887--20102921	17	2.1	16	89	10	52	62	5	2	28	1.32
20102891--20102959	28	2.5	29	81	6	72	65	1	5	27	1.24
20102886--20102959	29	2.6	29	79	8	73	63	2	5	28	1.30
20110322--20110379	3	19.7	3	96	3	109	34	0	0	65	0.93
20114879--20114923	23	2.0	22	86	4	63	11	13	11	64	1.50
20116306--20116347	14	2.8	15	82	7	50	23	9	0	66	1.21
20116975--20117019	16	2.9	16	78	21	51	60	0	0	40	0.97
20116970--20117028	26	2.3	26	82	11	68	61	0	0	38	0.96
20118166--20118190	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
20119607--20119652	24	1.9	24	82	8	58	45	6	6	41	1.56
20123019--20123078	28	2.1	28	82	11	70	6	26	8	58	1.52
20125202--20125229	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
20126149--20128497	87	26.9	87	97	1	4319	26	24	19	30	1.98
20128482--20128645	44	3.9	43	74	13	137	34	25	13	26	1.93
20128393--20128645	132	2.0	126	85	4	335	31	24	15	28	1.95
20128571--20128648	37	2.1	38	82	2	95	32	25	15	26	1.95
20131863--20131915	7	7.7	7	79	12	56	15	18	1	64	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20131863--20131915	21	2.6	21	82	8	65	15	18	1	64	1.38
20132809--20132849	20	2.0	20	90	9	66	65	4	14	14	1.42
20134718--20134757	19	2.0	20	85	4	55	47	7	20	25	1.75
20136213--20136292	3	25.7	3	73	12	63	67	1	3	27	1.15
20136213--20136292	19	4.1	19	79	4	88	67	1	3	27	1.15
20136213--20136291	16	5.3	14	75	11	52	68	1	3	26	1.14
20136852--20136886	10	3.5	10	85	14	54	82	0	0	17	0.66
20136943--20137002	28	2.1	28	82	11	70	6	26	8	58	1.52
20139743--20139789	24	2.0	24	86	0	67	46	8	4	40	1.54
20150489--20150548	31	1.9	31	90	6	95	26	21	13	38	1.90
20150579--20150701	59	2.1	59	80	4	133	42	17	17	23	1.89
20150886--20150929	18	2.4	18	88	7	63	63	2	0	34	1.07
20150886--20150929	17	2.4	18	81	11	54	63	2	0	34	1.07
20162326--20162350	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
20162736--20162769	1	34.0	1	93	0	59	97	0	2	0	0.19
20165477--20165507	15	2.1	15	93	0	53	25	25	12	35	1.92
20171723--20171767	20	2.2	20	88	0	63	57	2	4	35	1.31
20179225--20179251	13	2.1	13	100	0	54	29	14	22	33	1.94
20180664--20180698	18	1.9	18	88	0	52	51	25	2	20	1.61
20185038--20185095	25	2.3	25	90	0	89	25	22	27	24	2.00
20198182--20198258	31	2.5	31	80	4	93	25	18	11	44	1.84
20203694--20203736	23	1.9	23	90	4	70	25	11	4	58	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20204169--20204229	31	2.0	31	83	0	77	32	13	14	39	1.85
20216788--20216831	24	1.9	23	86	9	63	70	9	4	15	1.30
20216956--20217227	136	2.0	136	99	0	535	30	5	18	44	1.73
20218399--20218438	13	3.1	13	92	0	62	40	25	5	30	1.77
20220407--20220446	11	3.7	11	87	12	57	72	0	0	27	0.85
20232492--20232544	15	3.5	15	79	7	54	67	0	13	18	1.22
20232509--20232548	16	2.4	17	87	4	55	70	0	15	15	1.18
20245309--20245414	30	3.6	30	88	3	153	34	19	5	39	1.76
20245960--20246022	11	5.8	11	75	14	60	79	0	20	0	0.73
20245972--20246011	12	3.2	12	89	3	53	80	0	20	0	0.72
20245960--20246022	21	2.9	21	80	13	65	79	0	20	0	0.73
20246208--20246270	9	6.6	9	84	13	81	84	0	15	0	0.63
20246207--20246262	10	5.6	10	83	8	78	85	0	14	0	0.59
20246208--20246271	19	3.3	19	86	8	85	82	0	17	0	0.66
20246220--20246271	8	6.8	8	80	12	56	80	0	19	0	0.71
20247739--20247782	21	2.1	21	91	8	72	9	4	13	72	1.24
20247742--20247782	11	3.8	11	83	6	57	9	4	14	70	1.30
20251561--20251629	15	4.7	15	75	18	56	47	1	1	49	1.19
20262854--20262906	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
20265093--20265194	22	4.3	24	81	17	117	38	18	25	17	1.93
20265094--20265182	47	2.0	44	82	14	110	38	17	25	17	1.92
20266363--20266487	12	9.8	12	68	14	63	51	7	14	27	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20266371--20266487	25	4.6	25	74	13	94	51	7	14	26	1.69
20266430--20266494	14	4.6	14	75	7	60	55	7	12	24	1.63
20266483--20266521	20	2.0	20	85	10	53	64	7	12	15	1.49
20267635--20267680	23	2.0	23	91	0	74	43	10	4	41	1.59
20274284--20274333	19	2.6	19	87	0	64	54	22	4	20	1.61
20275237--20275276	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
20281673--20281718	2	23.0	2	95	0	83	52	0	47	0	1.00
20286009--20286043	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
20288118--20288182	22	3.0	22	83	0	76	20	26	13	40	1.89
20290166--20290211	16	2.9	16	78	15	51	47	2	8	41	1.46
20291674--20291753	24	3.5	23	77	13	92	40	16	15	28	1.88
20291692--20291779	24	3.8	24	76	11	101	40	17	14	27	1.88
20291675--20291781	46	2.3	46	91	1	169	41	16	14	28	1.87
20294438--20294732	50	5.8	50	82	4	297	26	21	28	23	1.99
20296453--20296551	41	2.4	41	86	3	128	30	29	17	23	1.97
20306470--20306760	46	6.3	46	85	0	402	40	16	13	29	1.86
20306470--20306760	92	3.2	92	90	0	474	40	16	13	29	1.86
20308182--20308332	48	3.1	48	90	0	221	27	17	17	37	1.93
20326491--20326532	11	3.8	11	83	0	57	28	0	4	66	1.12
20330812--20330993	24	7.4	26	68	18	97	36	21	23	18	1.95
20330912--20330993	26	3.3	26	80	8	82	36	21	25	15	1.94
20332000--20332028	13	2.2	13	100	0	58	20	13	0	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20343179--20343217	17	2.4	16	87	8	60	69	7	0	23	1.14
20344665--20344724	3	19.7	3	74	16	52	33	1	3	61	1.22
20344679--20344724	14	3.4	14	83	16	53	32	0	2	65	1.05
20344778--20344819	20	2.1	20	91	8	68	26	0	2	71	0.98
20344810--20344850	8	5.2	8	80	14	50	12	0	4	82	0.81
20344792--20344841	14	3.6	14	83	0	64	20	0	2	78	0.86
20344790--20344850	28	2.1	29	84	3	79	18	0	3	78	0.88
20352186--20352295	10	10.9	10	71	13	73	20	30	13	35	1.92
20352236--20352294	30	1.9	30	89	3	91	25	23	13	37	1.92
20359393--20359496	51	2.0	52	94	3	183	32	25	13	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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