genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  50  of  210  ( 25174 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17665261--17665336	20	3.8	20	71	0	62	34	19	32	13	1.90
17665261--17665425	60	2.8	60	86	0	213	32	20	33	13	1.91
17665238--17665345	40	2.7	40	80	0	108	34	20	33	12	1.89
17670054--17670145	40	2.3	40	90	3	141	35	18	32	13	1.89
17670036--17670149	20	5.7	20	69	17	76	36	20	31	11	1.88
17679552--17679700	43	3.5	43	86	1	219	24	19	24	32	1.98
17680772--17680906	41	3.3	41	86	0	207	28	17	28	25	1.97
17684394--17684420	6	4.5	6	100	0	54	55	0	29	14	1.40
17690671--17691196	262	2.0	262	99	0	1036	39	14	12	33	1.83
17697208--17697315	42	2.6	43	79	2	121	17	22	15	44	1.86
17701707--17701765	27	2.1	28	87	3	84	35	28	16	18	1.93
17709526--17709715	90	2.1	88	88	1	272	29	12	22	36	1.90
17716209--17716246	18	2.0	20	90	10	62	34	0	10	55	1.34
17728403--17728484	41	2.0	41	90	0	128	48	15	4	30	1.66
17728521--17728558	19	2.0	19	94	0	67	42	13	5	39	1.66
17735539--17736123	293	2.0	290	94	2	1039	32	15	14	37	1.87
17736649--17736708	28	2.2	26	80	16	68	76	0	5	18	0.96
17738527--17738590	30	2.1	30	94	0	110	17	25	34	23	1.96
17738537--17738600	30	2.1	30	91	0	101	14	21	35	28	1.92
17744161--17744220	20	3.0	20	70	0	57	33	21	25	20	1.97
17744119--17744237	40	3.0	40	75	2	114	38	19	21	20	1.93
17755455--17755544	25	3.6	25	79	5	83	26	20	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17755533--17755632	41	2.4	41	83	0	128	22	17	32	29	1.96
17760112--17760255	50	2.9	50	82	0	189	22	27	22	27	1.99
17764491--17764536	24	1.9	24	86	0	65	28	21	19	30	1.98
17767760--17767895	40	3.5	39	81	4	166	17	22	19	40	1.91
17767740--17767895	78	2.0	80	84	2	208	18	23	19	39	1.93
17767786--17767932	79	1.9	78	81	7	181	19	23	19	38	1.93
17768753--17768815	11	5.9	11	75	14	60	42	3	0	53	1.16
17768690--17768815	41	3.1	39	83	12	121	37	3	0	59	1.13
17768711--17768813	52	2.0	52	88	7	156	39	2	0	57	1.14
17772979--17773043	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
17778152--17778201	22	2.3	22	79	6	57	46	16	20	18	1.85
17778221--17778283	32	2.0	32	96	0	117	38	17	22	22	1.93
17779844--17779925	24	3.4	24	83	5	94	43	18	8	29	1.79
17779859--17779977	24	5.0	24	81	4	114	43	21	7	27	1.79
17780050--17780137	27	3.3	27	87	1	124	25	22	18	34	1.96
17782826--17783037	27	7.9	27	86	1	246	42	17	17	21	1.89
17782827--17783037	81	2.6	81	88	3	291	43	18	17	21	1.88
17783393--17783480	28	3.2	27	93	1	140	22	25	25	27	2.00
17787381--17787412	10	3.0	11	90	9	57	46	0	34	18	1.49
17792868--17792897	12	2.6	12	94	5	53	30	10	26	33	1.89
17796424--17796484	28	2.2	28	91	2	97	29	24	22	22	1.99
17796598--17796684	26	3.3	26	83	1	111	37	17	24	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17796596--17796697	52	2.0	52	86	3	143	37	18	23	20	1.94
17796848--17796918	27	2.6	27	84	6	90	21	19	19	39	1.93
17798061--17806696	618	14.0	618	87	2	11868	32	22	17	26	1.96
17807019--17808222	618	1.9	618	88	1	1804	32	23	17	26	1.97
17829352--17832583	618	5.2	619	87	2	4657	32	22	17	27	1.97
17832736--17848998	618	26.4	619	88	2	21324	32	22	17	27	1.97
17846284--17846327	22	2.0	22	100	0	88	40	36	9	13	1.76
17848993--17852667	617	6.0	617	91	0	5964	32	23	17	26	1.97
17855277--17855338	32	1.9	32	83	0	79	29	12	17	40	1.87
17856760--17856795	17	2.1	17	89	0	54	16	36	22	25	1.94
17866335--17866416	18	4.6	18	79	0	74	36	23	9	30	1.87
17866335--17866416	36	2.3	36	78	0	92	36	23	9	30	1.87
17868792--17868843	21	2.5	21	96	0	95	55	11	23	9	1.64
17871714--17871838	39	3.3	39	64	26	95	42	16	16	24	1.88
17871691--17871843	76	2.0	76	97	2	290	41	16	14	27	1.87
17880956--17880989	14	2.5	14	90	4	52	50	0	14	35	1.44
17885879--17885908	12	2.5	12	94	0	51	20	6	6	66	1.38
17885872--17885913	17	2.3	19	84	8	52	21	7	7	64	1.43
17886040--17886072	16	2.1	16	94	0	57	39	9	12	39	1.74
17887777--17887882	40	2.6	39	89	2	149	17	26	18	36	1.94
17889948--17890022	19	3.8	19	93	6	132	37	10	16	36	1.83
17892291--17892339	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17896043--17896189	29	4.9	30	79	5	165	40	14	26	19	1.89
17896073--17896265	30	6.4	30	76	8	117	37	12	27	22	1.90
17896014--17896235	90	2.5	89	87	1	309	38	14	27	20	1.91
17897362--17897391	12	2.5	12	94	0	51	30	40	23	6	1.80
17905538--17905673	50	2.7	52	86	5	206	29	29	16	24	1.97
17913004--17913578	44	13.5	44	72	12	239	28	22	21	28	1.99
17913222--17913540	163	2.0	162	91	0	521	29	22	20	27	1.99
17913426--17913536	43	2.5	44	78	9	120	31	21	18	27	1.97
17934014--17934060	4	11.8	4	100	0	94	51	23	0	25	1.49
17934868--17934905	19	2.0	19	100	0	76	15	0	21	63	1.31
17940476--17940525	26	1.9	26	95	0	91	22	20	34	24	1.97
17940435--17940565	67	2.0	67	89	3	201	29	19	28	23	1.98
17940502--17940605	41	2.5	42	88	1	147	34	15	25	25	1.95
17940611--17940759	42	3.6	41	79	7	156	23	16	23	36	1.94
17955255--17955538	138	2.1	138	92	1	471	46	5	7	40	1.56
17955576--17955626	20	2.4	21	80	9	59	35	7	7	49	1.61
17959096--17959346	136	1.8	136	84	1	342	33	25	19	21	1.97
17965496--17965544	25	2.0	25	100	0	98	44	2	8	44	1.45
17965607--17965880	138	2.0	139	89	3	419	46	5	7	40	1.54
17965857--17965999	74	1.9	75	88	4	218	31	15	9	43	1.79
17977602--17977651	24	2.0	27	88	11	79	36	0	14	50	1.43
17977607--17977660	24	2.2	24	80	12	56	33	1	18	46	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17981096--17981160	22	3.0	21	77	4	58	41	16	21	20	1.90
17981172--17981418	32	7.7	32	80	5	223	36	23	21	18	1.95
17981179--17981388	96	2.2	96	82	1	251	37	25	20	17	1.93
17981418--17981491	26	2.8	26	91	0	121	35	27	24	13	1.93
17981595--17981673	24	3.3	23	84	5	86	46	25	7	20	1.76
17981695--17982082	27	14.4	27	84	2	352	23	19	20	35	1.96
17981714--17982100	81	4.8	81	81	3	395	23	18	21	36	1.95
17983444--17983473	15	1.9	16	93	6	53	50	0	50	0	1.00
17986339--17986368	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
17990294--17990336	20	2.2	20	86	0	59	6	37	20	34	1.80
17990325--17990554	60	3.8	60	77	2	212	14	28	19	36	1.92
17993802--17993864	22	2.6	25	76	14	62	44	0	0	55	0.99
18003496--18003554	11	5.5	11	76	8	50	22	37	1	38	1.64
18005226--18005386	50	3.1	50	83	8	180	22	31	19	26	1.98
18014371--18014892	50	10.7	50	85	4	697	25	20	33	21	1.97
18014643--18014823	90	2.0	90	91	0	290	22	19	35	22	1.96
18014593--18014867	140	2.0	140	86	1	381	23	20	33	22	1.97
18016939--18016988	21	2.4	21	79	0	55	52	0	30	18	1.46
18020853--18020980	42	3.0	42	78	15	145	22	18	27	31	1.97
18022099--18022147	2	24.5	2	95	0	89	46	0	0	53	1.00
18025907--18025972	27	2.4	29	75	12	75	50	9	7	33	1.62
18028919--18028987	31	2.2	31	97	0	129	27	14	14	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18034082--18034152	26	2.7	26	95	2	124	42	9	0	47	1.36
18034206--18034272	27	2.5	27	90	0	107	28	28	26	16	1.97
18034316--18034465	4	37.0	4	69	16	87	66	0	32	0	0.97
18034322--18034453	38	3.6	37	75	14	114	66	0	33	0	0.92
18034307--18034499	40	4.7	42	71	19	151	65	0	33	0	0.97
18034313--18034501	70	2.6	70	78	15	174	66	0	33	0	0.96
18034307--18034529	82	2.9	79	81	13	225	65	0	33	0	0.96
18034305--18034527	39	5.7	40	72	17	148	66	0	33	0	0.96
18035343--18036085	162	4.6	158	71	15	519	49	7	13	29	1.69
18035502--18035992	160	3.1	157	71	14	462	49	7	13	30	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210