genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3475--3641	83	2.0	83	98	0	325	35	13	15	35	1.86
3926--3967	13	3.2	13	77	12	50	57	0	0	42	0.99
4579--4603	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
20733--20768	7	5.1	7	93	0	63	44	11	0	44	1.39
23970--24030	27	2.2	30	77	16	69	32	8	9	49	1.66
28776--28847	31	2.4	31	80	11	80	23	13	6	55	1.63
29522--29598	34	2.4	31	78	16	77	35	1	2	61	1.18
35761--35947	61	3.1	61	68	17	190	48	7	2	41	1.43
35710--35955	120	2.0	122	96	1	451	48	6	2	42	1.40
35828--35874	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
46970--47118	30	5.0	29	74	11	124	32	23	4	39	1.73
46986--47118	30	4.5	29	74	12	128	33	25	3	37	1.74
46948--47078	59	2.2	60	81	6	142	34	20	3	41	1.71
47627--47685	4	15.5	4	74	22	56	76	0	23	0	0.79
47627--47689	11	6.0	11	83	5	78	77	0	22	0	0.76
48686--48832	18	7.7	18	72	17	109	32	12	8	46	1.72
48687--48758	35	2.1	34	89	2	108	30	11	8	50	1.67
48757--48812	20	2.8	20	87	12	89	35	12	10	41	1.78
55797--55835	19	2.1	18	85	4	51	64	5	2	28	1.28
65171--65308	40	3.5	40	76	1	134	39	18	20	22	1.93
69624--69669	24	1.9	24	86	8	67	32	4	2	60	1.28
71882--71932	16	2.9	18	70	24	54	23	7	1	66	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75905--75949	22	2.0	22	100	0	90	26	8	17	46	1.78
82651--82675	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
82915--82949	3	11.7	3	100	0	70	0	34	0	65	0.93
93343--93371	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
94542--94603	30	2.0	31	87	9	92	43	1	4	50	1.33
101210--101241	15	2.1	16	94	5	57	43	3	0	53	1.16
102057--102104	22	2.2	21	85	10	62	43	0	2	54	1.12
107466--107606	61	2.3	60	84	7	178	26	22	9	40	1.85
110820--110893	29	2.5	29	78	12	78	27	13	10	48	1.75
111995--112060	33	2.0	33	96	0	123	39	7	24	28	1.82
112264--112996	365	2.0	365	96	0	1351	34	11	19	35	1.88
112951--113005	21	2.5	23	77	17	62	34	5	16	43	1.71
113789--114061	143	1.9	143	96	1	503	38	20	15	25	1.91
115336--115381	16	2.9	16	86	0	65	28	0	28	43	1.55
120718--120853	63	2.2	63	86	2	184	32	8	32	27	1.86
122508--122586	22	3.7	20	79	17	79	60	3	0	35	1.15
122691--122735	15	3.2	14	84	9	56	77	4	0	17	0.92
123358--123446	43	2.0	44	91	2	144	50	3	10	35	1.53
126301--126385	33	2.5	33	92	1	143	54	1	0	44	1.07
128447--128498	25	2.1	25	96	0	95	46	1	34	17	1.59
129214--129244	15	2.0	16	93	6	55	32	9	19	38	1.84
130696--130755	30	2.0	31	83	9	79	35	5	8	51	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140719--140752	13	2.6	13	85	0	50	52	2	0	44	1.16
141163--141196	2	16.5	2	87	6	50	50	0	2	47	1.16
146462--146514	16	3.4	15	75	17	54	33	1	0	64	1.05
156426--156477	26	2.1	25	82	7	61	38	0	0	61	0.96
159965--159989	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
170000--170057	9	6.4	9	91	0	89	24	6	22	46	1.76
172812--172970	18	8.8	18	84	2	194	30	23	13	32	1.93
172812--172970	54	2.9	54	87	1	230	30	23	13	32	1.93
172810--172972	36	4.5	36	89	1	220	30	22	14	32	1.94
186279--186319	6	7.0	6	88	5	57	17	4	43	34	1.70
186279--186319	18	2.4	17	88	8	64	17	4	43	34	1.70
195999--196109	18	6.4	18	81	10	90	46	11	12	28	1.77
195999--196109	35	3.2	34	80	8	109	46	11	12	28	1.77
195999--196091	18	5.4	17	86	8	109	49	10	12	26	1.74
195974--196109	18	7.9	17	77	11	66	44	10	11	34	1.74
196139--196217	19	3.9	18	67	20	50	46	10	13	29	1.76
196178--196220	18	2.4	18	88	7	61	46	6	13	32	1.71
196198--196373	79	2.2	78	86	4	237	45	13	13	28	1.80
196205--196373	43	4.1	42	75	16	138	46	13	13	26	1.81
196249--196332	35	2.4	36	87	2	125	46	13	14	26	1.81
196249--196331	18	4.7	18	75	14	82	45	13	14	26	1.81
196303--196352	26	1.9	27	92	8	86	50	16	10	24	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196250--196419	17	10.2	17	67	18	99	43	12	11	32	1.78
196284--196373	44	2.1	44	91	6	148	47	13	12	26	1.78
196328--196419	35	2.6	35	81	6	116	42	10	10	35	1.75
196235--196408	79	2.2	79	90	2	271	43	13	12	31	1.81
196470--196518	17	2.8	17	85	11	64	44	8	16	30	1.76
197308--197397	6	14.3	6	82	9	92	1	21	0	77	0.83
197344--197394	21	2.5	20	84	9	59	1	23	0	74	0.92
197532--197570	17	2.2	17	86	9	51	2	15	15	66	1.36
197957--198055	30	3.4	28	77	13	83	39	1	22	37	1.61
197984--198108	30	4.2	28	80	10	124	40	3	21	34	1.69
197969--198101	59	2.2	60	79	10	139	40	2	24	32	1.68
212044--212633	295	2.0	295	100	0	1180	41	15	21	22	1.90
213087--213116	6	5.0	6	100	0	60	16	0	50	33	1.46
219110--219217	42	2.6	42	86	0	153	28	28	17	25	1.97
221819--221875	26	2.2	26	81	6	62	21	19	24	35	1.96
221838--221892	26	2.2	26	93	3	94	14	21	21	41	1.89
228111--228143	15	2.2	15	94	0	57	75	0	24	0	0.80
235418--235461	17	2.5	17	88	3	61	54	4	2	38	1.33
235469--235526	19	3.0	19	73	9	55	63	0	1	34	1.04
235718--235774	20	2.6	22	83	10	64	40	0	0	59	0.97
235742--235785	15	2.9	15	79	3	52	34	0	0	65	0.93
235770--235803	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236171--236204	10	3.6	10	92	7	54	35	0	0	64	0.94
237062--237127	16	4.0	17	73	11	57	57	0	1	40	1.08
239523--239549	10	2.7	10	100	0	54	59	0	0	40	0.98
240010--240177	43	3.9	43	85	4	214	31	32	16	19	1.94
244708--244938	81	2.9	82	85	5	326	31	32	16	19	1.94
244708--244938	41	5.7	41	87	2	315	31	32	16	19	1.94
244994--245025	16	2.0	16	100	0	64	43	25	18	12	1.85
253234--253263	15	2.0	15	93	0	51	63	0	3	33	1.11
254999--255303	87	3.5	87	80	6	391	26	25	21	26	1.99
254998--255381	44	8.8	44	69	7	165	26	26	20	27	1.99
254965--255295	175	1.9	175	90	1	529	25	26	21	27	1.99
255274--255486	44	4.8	44	85	2	268	28	24	16	30	1.96
265031--265090	27	2.2	28	82	8	79	46	8	0	45	1.33
265778--265833	28	2.0	28	82	0	67	51	1	3	42	1.29
265817--265879	19	3.4	19	82	4	92	49	0	11	39	1.38
266334--266369	16	2.2	16	90	0	54	36	8	27	27	1.86
266533--266669	58	2.4	58	82	4	179	54	2	1	42	1.21
268602--268662	31	2.0	31	86	0	86	34	3	13	49	1.58
268619--268701	31	2.7	31	86	3	105	25	4	18	51	1.65
268941--270274	464	3.0	434	85	9	1370	41	11	13	32	1.81
269659--269712	20	2.7	20	80	11	65	70	1	3	24	1.13
269986--270048	27	2.3	27	97	0	117	15	22	34	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271063--271153	45	2.0	44	91	6	148	54	4	7	32	1.49
271804--272032	90	2.5	91	92	4	385	25	3	11	58	1.50
271804--272082	90	3.1	90	88	5	318	26	3	11	58	1.50
272308--272354	20	2.3	20	75	13	51	65	8	2	23	1.31
273681--273996	89	3.6	89	74	9	245	56	13	4	25	1.56
277046--277103	30	2.0	29	82	3	71	44	8	20	25	1.80
291338--293143	903	2.0	903	100	0	3612	31	12	12	43	1.80
293505--293533	14	2.0	15	93	6	51	62	0	6	31	1.22
293929--293971	20	2.2	20	91	0	68	11	27	20	39	1.88
294055--294087	3	11.3	3	87	6	50	69	0	30	0	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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