genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8938814--8938885	29	2.4	29	83	2	90	41	16	8	33	1.78
8960214--8960270	24	2.3	25	81	6	71	49	1	0	49	1.11
8966573--8966612	14	2.7	15	84	7	55	37	5	0	57	1.21
8966622--8966685	29	2.2	29	83	5	76	45	3	0	51	1.17
8969008--8969047	21	2.0	21	85	5	55	45	25	0	30	1.54
8970525--8970560	17	2.1	17	89	0	54	72	5	0	22	1.05
8971193--8971278	43	2.0	43	88	0	127	30	29	16	24	1.96
8976944--8977078	40	3.4	39	84	3	171	37	20	18	23	1.94
8977156--8977470	41	7.7	41	85	3	427	15	20	28	34	1.94
8977157--8977470	165	1.9	165	89	2	488	15	20	28	34	1.94
8977931--8978011	21	3.8	22	73	15	73	19	0	43	37	1.52
8983401--8983431	15	2.1	15	93	0	53	48	0	32	19	1.49
8983677--8983710	16	2.1	16	88	0	50	35	0	8	55	1.31
8983784--8983966	43	4.3	41	81	5	159	25	15	28	30	1.96
8984194--8984244	25	2.0	26	88	3	77	39	1	5	52	1.37
8984267--8984332	20	3.2	19	81	14	62	43	3	1	51	1.26
8984275--8984332	20	2.9	19	80	15	64	44	1	1	51	1.21
8984546--8984583	20	2.0	20	89	5	60	68	5	0	26	1.11
8984541--8984597	19	3.1	18	76	14	53	68	3	0	28	1.06
8986691--8986738	25	1.9	25	100	0	96	58	0	8	33	1.28
8987473--8987501	15	1.9	15	100	0	58	34	3	34	27	1.74
8987525--8987569	16	2.8	16	86	3	63	64	4	26	4	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8987525--8987566	17	2.5	17	88	3	59	64	4	26	4	1.33
8987700--8987820	41	3.0	41	88	0	170	23	21	20	34	1.97
8990271--8990320	6	8.3	6	81	0	55	74	2	6	18	1.12
8990271--8990320	18	2.8	17	84	6	64	74	2	6	18	1.12
8990452--8990486	12	2.9	12	91	0	52	80	11	8	0	0.92
9003338--9003450	61	1.9	59	85	3	154	38	4	4	53	1.41
9006992--9007030	20	1.9	21	94	5	71	35	23	5	35	1.77
9018913--9018949	13	2.7	14	83	8	58	40	5	13	40	1.67
9022417--9022450	17	2.0	17	100	0	68	41	23	23	11	1.87
9024527--9024564	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
9024998--9025403	203	2.0	203	100	0	812	33	16	14	35	1.89
9026567--9026656	41	2.1	43	88	8	132	23	18	15	42	1.89
9029629--9029807	76	2.4	76	86	0	241	27	21	19	31	1.97
9032411--9032448	18	2.2	18	85	4	51	10	13	44	31	1.77
9034718--9034796	33	2.4	34	91	6	128	16	15	2	65	1.37
9036829--9037010	50	3.6	50	87	1	231	23	30	21	23	1.99
9036829--9037009	100	1.8	100	85	2	256	23	30	22	23	1.99
9043388--9043429	22	1.9	22	90	0	66	42	16	7	33	1.75
9047886--9047953	27	2.6	26	83	4	75	32	19	22	26	1.97
9056510--9056544	18	2.0	17	88	5	52	65	0	0	34	0.93
9058571--9058620	20	2.5	20	90	0	82	28	18	10	44	1.81
9065260--9065302	20	2.0	22	86	8	63	58	0	2	39	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9065981--9066006	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
9065737--9066017	105	2.7	106	75	12	281	49	7	7	35	1.58
9066064--9066109	19	2.3	20	92	3	76	34	0	0	65	0.93
9066585--9066626	19	2.2	19	86	4	57	40	2	0	57	1.12
9066701--9066725	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
9077273--9077471	41	4.9	41	80	4	213	18	21	25	34	1.96
9077444--9077496	25	2.1	25	89	0	79	16	18	24	39	1.91
9079560--9079613	27	1.9	29	82	14	69	68	1	7	22	1.24
9083004--9083123	41	3.0	38	70	22	109	55	2	4	37	1.32
9083060--9083119	21	2.9	21	78	11	70	61	0	1	36	1.06
9083061--9083104	19	2.4	18	80	3	52	61	0	2	36	1.09
9083376--9083418	7	6.0	7	82	15	52	30	0	2	67	1.03
9083378--9083425	22	2.2	22	85	7	62	29	0	2	68	1.01
9083447--9083484	8	4.9	8	90	3	60	39	0	0	60	0.97
9083375--9083484	16	7.4	15	70	20	56	36	0	3	60	1.15
9083845--9083901	25	2.2	27	81	6	64	57	1	3	36	1.26
9084414--9084445	15	2.0	17	88	11	50	65	0	0	34	0.93
9087334--9087366	3	11.0	3	100	0	66	33	0	66	0	0.92
9087824--9087873	13	3.8	13	75	19	59	36	0	16	48	1.46
9087829--9087878	26	1.9	26	87	0	73	38	0	16	46	1.47
9100267--9100311	23	2.0	23	100	0	90	46	26	17	8	1.78
9100270--9100338	23	2.9	23	82	6	75	46	21	18	13	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9104527--9104710	40	4.6	40	90	1	271	17	29	17	35	1.93
9104523--9104667	20	7.2	20	65	6	87	17	31	17	33	1.94
9117576--9117764	36	5.3	36	73	5	168	23	22	21	32	1.98
9117576--9117810	36	6.6	35	70	8	143	22	22	21	32	1.98
9117584--9117905	71	4.5	70	79	5	315	24	22	20	32	1.98
9117584--9117906	142	2.3	142	80	3	355	24	22	21	32	1.98
9118101--9118158	28	2.0	29	86	3	82	36	8	13	41	1.76
9119959--9120005	23	2.0	23	87	0	67	17	4	25	53	1.62
9120108--9120172	27	2.4	27	83	14	82	20	24	23	32	1.98
9120126--9120178	27	2.0	27	81	7	63	22	26	20	30	1.98
9120216--9120439	32	7.0	32	72	7	141	22	20	19	37	1.94
9120215--9120415	64	3.1	64	76	1	170	21	20	20	37	1.95
9120235--9120415	96	1.9	96	82	2	229	22	20	20	37	1.95
9126825--9126860	17	2.1	18	94	5	65	19	27	30	22	1.98
9131705--9131763	3	19.7	3	92	0	100	1	30	0	67	1.00
9134075--9134121	22	2.1	22	96	0	85	14	19	51	14	1.77
9134229--9134270	22	1.9	22	95	0	75	16	19	50	14	1.79
9135150--9135184	18	1.9	19	88	11	56	17	8	5	68	1.35
9138637--9138675	15	2.5	16	83	8	53	82	2	15	0	0.79
9139072--9139106	6	5.8	6	96	0	61	37	0	11	51	1.38
9149946--9149985	16	2.5	17	80	19	50	35	5	0	60	1.19
9150491--9150548	11	5.2	11	85	2	71	22	31	1	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9150491--9150545	22	2.4	23	87	6	85	23	29	1	45	1.63
9150526--9150625	51	2.0	51	86	4	139	26	25	3	46	1.67
9151025--9151058	7	5.0	7	89	7	52	38	0	2	58	1.13
9151019--9151058	13	3.0	13	88	3	53	35	0	2	62	1.09
9151038--9151096	28	2.1	28	83	0	73	32	0	0	67	0.91
9153246--9153771	22	25.0	21	81	8	547	43	29	0	26	1.60
9153225--9153278	27	2.0	27	96	0	99	40	35	0	24	1.55
9153225--9153771	43	12.9	43	80	8	572	43	29	0	25	1.60
9153396--9153426	14	2.2	14	94	0	53	41	41	0	16	1.48
9159756--9159784	3	9.7	3	100	0	58	0	0	65	34	0.93
9171414--9171560	74	2.0	74	95	0	267	25	15	19	39	1.91
9172101--9172127	7	3.9	7	100	0	54	29	29	11	29	1.91
9172507--9172547	21	2.0	21	85	0	55	12	46	2	39	1.54
9176343--9176411	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
9176343--9176411	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
9176392--9176482	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
9176647--9176681	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
9176767--9176801	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
9176630--9177089	120	3.8	120	96	0	771	48	5	1	44	1.35
9177197--9177229	14	2.3	15	89	5	50	75	6	0	18	1.00
9177576--9177725	59	2.6	58	85	3	212	37	22	18	21	1.94
9181730--9181756	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9182321--9182406	43	2.0	43	86	8	122	26	17	1	54	1.50
9182788--9182830	16	2.6	17	78	17	54	41	13	0	44	1.44
9183082--9183123	19	2.3	19	87	4	59	30	14	0	54	1.40
9184387--9184417	10	3.0	10	95	4	53	29	0	3	67	1.06
9196934--9196970	17	2.1	18	90	5	58	29	24	0	45	1.53
9197701--9197753	9	6.2	9	86	8	67	81	7	0	11	0.88
9197689--9197748	17	3.3	18	84	11	70	81	5	0	13	0.84
9197686--9197748	27	2.3	28	78	15	85	79	6	0	14	0.92
9197765--9197803	13	3.1	12	85	10	51	84	2	12	0	0.72
9198601--9198639	8	4.6	8	93	6	60	76	0	12	10	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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