genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21445374--21445432	28	2.1	28	81	3	66	57	8	11	22	1.61
21446437--21446483	23	2.0	23	87	0	67	25	6	23	44	1.77
21449450--21449524	39	1.9	39	81	5	89	26	4	2	66	1.22
21449443--21449512	9	7.4	9	73	12	52	22	4	2	70	1.19
21456278--21456313	15	2.5	14	91	8	63	44	5	0	50	1.25
21464240--21464282	4	11.0	4	95	5	79	48	0	0	51	1.00
21474170--21474432	27	9.9	27	79	8	222	44	20	16	19	1.87
21474170--21474432	54	4.9	54	80	4	257	44	20	16	19	1.87
21474163--21474432	81	3.4	79	81	6	296	44	20	16	19	1.87
21480620--21480866	27	9.2	26	79	9	230	43	18	17	20	1.88
21480620--21480866	54	4.6	53	84	4	284	43	18	17	20	1.88
21480620--21480866	81	3.1	79	82	5	284	43	18	17	20	1.88
21481041--21481115	26	2.9	26	86	4	89	18	21	20	40	1.92
21481227--21481293	27	2.4	28	85	9	102	28	22	19	29	1.98
21481227--21481301	27	2.7	27	85	6	80	29	21	20	29	1.98
21482309--21482416	43	2.5	42	81	1	126	40	17	24	17	1.90
21482385--21482451	21	3.2	21	73	12	66	40	13	22	23	1.89
21488044--21488128	28	3.1	28	93	6	156	24	21	12	41	1.88
21488043--21488128	26	3.2	26	91	6	145	24	20	12	41	1.87
21493380--21493543	78	2.0	81	80	13	180	43	15	7	34	1.74
21511389--21511674	151	1.9	151	91	2	470	43	4	10	41	1.59
21513678--21513709	16	2.0	16	100	0	64	25	12	0	62	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21513949--21514123	51	3.5	50	78	7	183	29	26	18	25	1.98
21513935--21514119	101	1.8	102	87	3	275	29	25	18	25	1.98
21513933--21514150	101	2.1	102	80	5	246	28	27	16	26	1.97
21515062--21515089	13	2.2	13	100	0	56	42	7	17	32	1.77
21516911--21516992	42	2.0	42	83	9	105	30	24	13	31	1.93
21519989--21520189	51	4.0	51	75	10	196	29	28	16	24	1.97
21519998--21520181	101	1.8	102	86	3	273	30	27	17	24	1.97
21519993--21520212	101	2.2	103	76	8	236	29	29	15	25	1.96
21521010--21521065	28	2.0	28	96	0	103	35	19	14	30	1.91
21530017--21530154	40	3.5	38	77	11	120	41	21	18	19	1.91
21530194--21530347	41	3.8	41	92	0	245	19	20	27	32	1.97
21531595--21531627	15	2.3	15	89	5	50	60	0	0	39	0.97
21531670--21531737	21	3.2	21	75	10	66	23	0	39	36	1.55
21531818--21531916	50	2.0	50	93	0	171	21	2	34	42	1.64
21535490--21535546	27	2.2	26	81	9	62	28	7	0	64	1.19
21535793--21535936	43	3.4	43	91	3	220	27	18	31	21	1.97
21535993--21536036	22	2.0	22	90	0	70	43	25	20	11	1.85
21539364--21539432	30	2.3	30	80	14	79	68	1	21	8	1.25
21540401--21540495	42	2.3	42	94	0	163	22	18	21	37	1.94
21540951--21540987	18	2.1	18	100	0	74	56	5	5	32	1.45
21564033--21564090	21	2.6	22	83	8	73	44	18	17	18	1.87
21564006--21564099	22	4.3	22	78	8	86	40	17	24	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21568053--21568084	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
21572959--21573036	36	2.2	36	97	0	147	23	35	23	17	1.95
21582702--21582729	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
21582816--21582882	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
21586328--21586400	37	1.9	37	84	13	96	32	23	1	42	1.63
21586388--21586431	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
21586476--21586569	45	2.1	45	91	0	152	30	22	18	28	1.97
21588373--21588445	37	1.9	37	84	13	96	32	23	1	42	1.63
21588433--21588476	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
21588521--21588614	45	2.1	45	91	0	152	30	22	18	28	1.97
21597207--21597231	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
21598918--21598980	16	4.0	15	74	13	56	41	14	22	22	1.89
21609808--21609842	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21609926--21609962	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
21609884--21610192	59	5.2	59	68	12	227	48	5	3	42	1.43
21609795--21610203	120	3.4	120	97	0	766	47	5	2	43	1.41
21610046--21610082	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
21609836--21610143	61	5.1	61	68	12	267	47	7	3	42	1.48
21610185--21610425	47	5.3	46	69	20	157	47	3	2	46	1.34
21610142--21610425	91	3.0	93	87	6	362	48	2	2	45	1.31
21610244--21610386	44	3.2	43	71	20	139	48	2	2	46	1.25
21610219--21610425	91	2.3	91	95	0	369	46	3	2	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21613505--21613567	23	2.7	24	76	16	78	52	20	7	19	1.70
21613534--21613579	22	2.1	22	84	8	58	58	17	4	19	1.55
21613477--21613706	107	2.1	107	99	0	451	44	23	6	25	1.77
21613612--21613674	23	2.7	24	79	16	87	52	22	7	17	1.70
21613641--21613686	22	2.1	22	84	8	58	58	19	4	17	1.55
21615066--21615134	34	2.1	33	83	2	84	53	4	10	31	1.54
21615229--21615279	24	2.1	24	85	7	68	64	7	0	27	1.21
21616011--21616052	15	2.9	14	83	13	50	76	2	2	19	1.01
21616390--21616427	14	2.5	15	87	8	51	7	15	28	47	1.74
21616925--21617024	44	2.3	44	89	0	155	32	25	19	24	1.98
21617188--21617331	44	3.3	44	68	7	121	23	23	27	25	2.00
21617216--21617353	43	3.2	43	65	8	107	19	25	27	27	1.99
21617166--21618039	88	9.9	88	86	0	1111	22	25	24	27	2.00
21617364--21617499	44	3.1	44	64	8	114	27	27	20	23	1.99
21617382--21617518	44	3.1	43	67	8	114	26	27	21	25	1.99
21617392--21617527	43	3.1	43	67	8	112	25	27	22	25	1.99
21623127--21623171	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
21623215--21623239	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
21623755--21623856	41	2.5	42	90	4	154	29	20	24	25	1.99
21623832--21623899	34	2.0	34	94	0	118	26	17	26	29	1.98
21627248--21627330	36	2.4	34	77	6	85	55	4	9	30	1.53
21627427--21627478	3	17.3	3	76	7	52	67	3	0	28	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21627425--21627478	18	3.1	17	83	5	63	66	3	0	29	1.09
21628408--21628432	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
21629689--21629731	24	1.9	22	86	13	61	46	13	20	18	1.83
21630672--21630753	41	2.0	41	95	0	146	42	8	10	37	1.71
21630932--21630973	22	2.0	21	81	13	50	45	2	2	50	1.27
21636011--21636049	20	2.0	20	100	0	78	51	15	5	28	1.64
21640059--21640102	23	1.9	23	85	0	61	61	6	2	29	1.34
21640464--21640493	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
21641740--21641774	16	2.2	16	89	0	52	2	2	14	80	0.95
21645755--21645801	2	23.5	2	100	0	94	0	0	48	51	1.00
21646795--21647091	124	2.4	123	86	4	413	46	7	17	29	1.74
21651613--21651757	49	2.9	49	78	5	148	23	16	28	31	1.96
21651925--21651961	10	3.6	10	85	7	56	43	0	18	37	1.51
21656353--21656410	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
21657699--21657736	11	3.5	11	92	0	67	55	0	0	44	0.99
21661930--21661957	9	3.1	9	100	0	56	78	0	10	10	0.96
21662965--21662999	13	2.6	13	86	4	52	48	17	17	17	1.81
21663439--21663474	17	2.1	18	89	5	56	13	44	27	13	1.82
21665598--21665645	21	2.3	21	81	0	60	14	27	31	27	1.95
21666190--21666242	21	2.5	21	81	0	70	18	28	28	24	1.98
21673542--21673593	21	2.5	21	96	0	95	28	7	28	34	1.85
21688519--21688563	23	1.9	24	82	13	58	46	2	2	48	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21690202--21690244	22	1.9	23	90	4	70	55	2	0	41	1.12
21698327--21698780	229	2.0	226	97	1	863	29	12	15	42	1.84
21703024--21703112	8	10.8	8	73	15	56	28	4	4	62	1.34
21703024--21703112	17	5.4	16	74	12	56	28	4	4	62	1.34
21704118--21704152	16	2.2	16	89	0	52	31	0	0	68	0.90
21708175--21708355	45	4.0	45	75	11	172	31	18	13	37	1.89
21715671--21715725	14	3.4	16	70	14	51	0	10	7	81	0.86
21715747--21715790	3	14.7	3	100	0	88	65	0	34	0	0.93
21716144--21716226	4	21.2	4	91	4	98	28	2	25	43	1.67
21722406--21722443	17	2.1	18	85	9	51	47	7	7	36	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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