genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2713949--2714490	229	2.4	228	81	7	607	30	19	22	28	1.98
2714803--2714836	7	4.7	7	89	7	50	14	0	38	47	1.45
2715206--2715269	24	2.7	24	81	13	62	48	0	1	50	1.10
2715894--2715983	44	2.0	44	89	0	135	24	31	8	35	1.86
2717612--2717673	19	3.4	19	66	20	60	32	3	1	62	1.20
2717614--2717701	35	2.5	35	96	0	158	32	4	2	60	1.30
2717737--2717794	16	3.8	16	75	13	68	48	13	0	37	1.43
2717721--2717798	9	8.7	9	70	16	54	44	14	1	39	1.53
2718055--2718118	12	5.3	12	92	0	110	48	15	0	35	1.46
2718055--2718117	24	2.6	24	100	0	126	47	15	0	36	1.46
2718145--2718206	25	2.5	23	80	14	70	56	19	0	24	1.42
2718172--2718207	16	2.2	16	95	0	63	52	19	0	27	1.46
2723665--2723722	21	2.8	21	89	0	80	31	22	43	3	1.70
2724182--2724414	126	1.8	127	83	6	312	24	24	23	28	1.99
2724182--2724446	42	6.2	42	83	4	268	23	24	23	29	1.99
2725954--2726025	31	2.3	29	84	13	83	47	9	20	22	1.79
2727027--2727066	3	13.3	3	100	0	80	32	35	0	32	1.58
2730542--2730593	27	2.0	26	92	7	88	42	7	0	50	1.31
2731114--2731154	14	2.9	14	92	3	64	56	2	7	34	1.40
2731984--2732012	14	2.1	14	100	0	58	37	6	0	55	1.27
2733970--2734015	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
2737948--2738630	132	5.2	131	91	1	1096	28	18	22	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2743909--2743990	43	1.9	43	92	0	137	28	28	15	28	1.96
2750094--2750341	43	5.8	43	100	0	496	37	4	11	46	1.60
2750338--2751225	59	15.1	59	91	0	1321	46	3	4	44	1.42
2750535--2750572	19	2.0	20	89	5	60	57	5	0	36	1.21
2750332--2751225	294	3.0	294	91	0	1412	46	3	4	44	1.42
2753909--2754031	51	2.4	51	83	2	140	27	20	21	30	1.98
2754077--2754879	132	6.1	132	85	5	1017	26	25	18	29	1.98
2755478--2755502	12	2.1	12	100	0	50	36	8	32	24	1.84
2773072--2773360	132	2.2	133	88	1	438	25	25	20	29	1.99
2773153--2773784	44	14.5	43	67	15	162	26	24	19	28	1.99
2773462--2773878	44	9.6	44	71	14	226	26	23	20	28	1.99
2773216--2773892	217	3.1	218	91	1	1065	26	23	20	28	1.99
2784947--2785205	130	2.0	130	95	0	464	29	13	15	41	1.85
2789828--2789891	31	2.1	31	100	0	128	46	6	12	34	1.67
2790638--2790806	88	1.9	88	86	0	239	26	20	27	26	1.99
2791002--2791592	50	11.8	50	69	1	349	28	21	24	25	1.99
2791012--2791618	100	6.1	100	88	0	815	29	20	24	25	1.99
2793041--2793130	3	28.3	3	72	18	67	30	3	4	62	1.31
2793272--2793347	30	2.7	28	80	9	82	36	6	2	53	1.41
2793312--2793355	22	2.0	23	86	4	63	38	2	4	54	1.33
2793298--2793366	32	2.2	30	84	7	84	37	8	2	50	1.48
2795358--2795646	132	2.2	133	88	1	438	25	25	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2795439--2796070	44	14.5	43	67	15	162	26	24	19	28	1.99
2795748--2796164	44	9.6	44	71	14	226	26	23	20	28	1.99
2795502--2796178	217	3.1	218	91	1	1065	26	23	20	28	1.99
2807669--2807716	15	3.2	15	81	0	60	56	2	6	35	1.36
2807964--2808001	20	1.9	19	89	5	58	68	0	7	23	1.16
2807933--2808002	24	2.9	25	70	18	67	67	0	8	24	1.19
2809847--2809986	42	3.4	41	79	3	154	29	20	15	35	1.93
2815141--2815185	10	4.6	10	91	5	74	75	2	0	22	0.91
2816043--2816092	21	2.4	21	96	3	93	34	0	4	62	1.14
2816043--2816098	21	2.7	21	91	2	69	39	0	3	57	1.16
2818015--2818054	16	2.5	17	84	11	50	55	35	5	5	1.44
2821428--2821474	19	2.5	19	86	6	60	25	19	10	44	1.82
2822758--2822858	8	11.9	8	73	17	53	80	3	5	9	1.01
2822767--2822803	9	4.2	9	86	6	58	86	2	0	10	0.67
2822756--2822825	26	2.7	25	83	12	88	80	5	0	14	0.89
2822756--2822815	21	2.7	21	82	12	66	83	5	0	11	0.80
2822830--2822868	8	4.8	8	90	3	60	87	0	12	0	0.55
2823640--2823665	7	3.7	7	100	0	52	76	0	11	11	1.01
2824952--2825157	87	2.4	87	86	0	277	27	19	26	26	1.99
2825201--2827476	44	51.7	46	67	15	842	31	18	21	29	1.97
2825295--2827544	175	12.8	175	89	3	2648	31	18	20	29	1.97
2825607--2825806	92	2.2	92	99	0	391	32	20	21	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2825432--2825951	269	1.9	267	91	1	853	32	19	20	26	1.97
2832416--2832457	21	1.9	22	85	9	59	66	9	11	11	1.44
2840331--2840445	44	2.6	45	86	8	157	38	16	17	27	1.91
2844306--2844412	57	2.0	51	82	12	126	29	17	8	43	1.79
2851645--2851693	14	3.5	14	77	0	53	32	10	24	32	1.89
2851653--2851705	14	3.8	14	78	7	54	32	11	20	35	1.88
2854577--2854612	18	1.9	19	88	5	56	44	0	19	36	1.51
2856804--2857203	51	7.9	51	79	3	441	22	17	28	30	1.97
2856808--2857196	102	3.8	102	97	1	710	22	17	28	31	1.97
2857118--2857198	26	3.2	26	64	22	62	22	14	29	33	1.94
2857200--2857294	45	2.1	45	84	3	129	28	18	21	31	1.97
2863610--2863664	27	2.0	28	96	3	103	20	21	29	29	1.98
2863741--2863867	33	3.5	33	69	25	105	18	20	25	35	1.95
2863773--2863991	33	5.5	43	68	27	169	23	19	25	31	1.98
2863735--2864027	76	3.8	76	92	3	426	22	20	25	31	1.98
2871043--2871112	33	2.1	32	82	15	81	57	2	1	38	1.23
2879540--2879720	93	1.9	93	97	0	344	48	7	13	30	1.70
2881117--2881489	50	7.5	50	70	1	289	24	25	20	29	1.99
2881119--2881490	100	3.7	100	93	1	577	24	25	20	29	1.99
2881354--2881508	50	3.1	50	67	7	143	25	25	20	28	1.99
2881503--2882541	132	7.9	132	90	2	1471	27	24	18	29	1.98
2883887--2883933	22	2.1	22	88	7	69	14	14	0	70	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2884842--2884879	20	1.9	20	88	0	58	63	7	15	13	1.51
2888381--2888450	22	3.3	21	73	15	56	45	11	7	35	1.68
2888281--2888491	103	2.1	102	94	0	368	48	7	11	32	1.68
2889973--2890031	25	2.4	25	82	2	66	30	23	11	33	1.91
2891377--2891411	15	2.3	15	90	0	52	60	8	2	28	1.41
2895418--2895442	8	3.1	8	100	0	50	36	64	0	0	0.94
2895448--2895508	30	2.0	31	90	6	99	19	45	0	34	1.51
2895612--2895650	19	2.0	20	85	14	55	23	28	0	48	1.51
2896792--2896837	24	1.9	24	86	8	67	34	2	0	63	1.07
2900030--2900067	16	2.3	17	86	9	60	15	0	13	71	1.16
2901461--2901560	49	2.0	49	98	0	191	28	12	7	53	1.64
2920699--2920776	39	2.0	39	97	0	147	34	20	17	26	1.95
2921656--2922115	206	2.3	198	87	5	620	46	14	10	28	1.78
2921656--2922192	206	2.7	199	83	4	560	45	14	11	28	1.79
2926021--2926054	10	3.3	10	87	4	50	47	2	0	50	1.16
2926180--2926254	2	37.0	2	72	2	51	40	5	8	46	1.56
2926218--2926252	6	5.8	6	93	0	61	37	0	11	51	1.38
2926214--2926254	12	3.4	12	93	0	73	39	0	9	51	1.35
2926722--2926754	17	2.0	17	88	5	50	54	3	0	42	1.15
2932607--2932665	29	2.1	29	84	6	77	23	23	32	20	1.98
2935349--2935470	43	2.8	44	83	3	158	18	18	26	36	1.94
2947192--2947414	40	5.6	39	82	5	216	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2947190--2947414	80	2.8	79	82	6	240	27	28	20	24	1.99
2947192--2947414	120	1.9	119	83	4	288	27	27	20	24	1.99
2954470--2954699	90	2.5	90	83	3	300	34	26	15	23	1.94
2961841--2961905	31	2.0	33	85	11	91	41	6	9	43	1.61
2964311--2964360	23	2.2	23	82	7	57	36	14	12	38	1.83
2965957--2966040	28	3.0	28	87	0	114	34	13	17	34	1.89
2965990--2966066	28	2.7	28	83	2	91	28	18	22	31	1.97
2967933--2967958	5	5.2	5	100	0	52	38	0	19	42	1.51
2968235--2968332	25	4.0	25	80	10	87	24	25	16	33	1.96
2977135--2977310	43	4.1	43	77	3	176	18	30	30	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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