genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8064328--8064442	33	3.6	32	71	14	85	54	5	1	38	1.33
8064382--8064458	25	3.2	24	82	8	86	59	5	0	35	1.20
8066134--8066432	44	6.9	44	72	13	199	28	23	18	29	1.98
8066439--8066945	99	5.1	100	89	0	750	25	21	21	30	1.98
8066439--8066946	50	10.2	50	67	5	258	25	21	21	30	1.98
8068178--8068237	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
8068458--8068512	9	6.1	9	91	0	92	29	12	12	45	1.79
8068565--8068595	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
8070552--8070617	25	2.6	25	83	9	71	57	6	15	21	1.59
8075947--8076023	25	3.2	24	80	12	79	61	5	0	33	1.19
8079439--8079489	13	3.9	13	78	0	57	41	17	7	33	1.79
8093011--8093124	58	2.0	58	83	10	144	50	5	0	42	1.30
8094605--8094710	45	2.4	45	81	0	131	35	17	22	23	1.95
8094684--8094803	45	2.6	46	83	6	154	44	15	21	19	1.87
8101032--8101126	45	2.1	45	86	0	136	26	14	23	35	1.93
8105462--8105586	23	5.4	23	75	9	94	9	19	28	42	1.82
8105462--8105602	46	3.1	46	85	4	142	10	19	26	42	1.84
8105486--8105617	23	5.7	23	79	3	131	12	18	25	42	1.86
8105486--8105617	69	1.9	69	82	3	167	12	18	25	42	1.86
8105577--8105631	23	2.4	23	78	0	56	16	18	27	38	1.92
8107775--8107872	47	2.1	47	98	1	189	32	8	16	42	1.77
8111253--8111321	28	2.4	29	79	11	79	57	4	2	34	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8113609--8113764	72	2.2	72	81	4	190	55	13	5	25	1.58
8114205--8114270	18	3.7	18	93	0	114	40	12	12	34	1.80
8116887--8116968	19	4.0	19	76	17	83	52	20	25	1	1.54
8116902--8116950	25	2.0	25	91	0	80	51	24	22	2	1.59
8117245--8117313	28	2.5	27	83	9	86	23	8	5	62	1.46
8119295--8119452	80	2.0	80	89	0	244	25	28	22	22	1.99
8120071--8120216	40	3.7	40	84	3	195	34	17	28	19	1.95
8120080--8120143	20	3.2	20	67	8	58	29	14	32	23	1.94
8124443--8124472	11	2.7	11	89	0	51	20	6	6	66	1.38
8127945--8128003	26	2.2	26	81	6	64	44	8	5	42	1.57
8128744--8128778	17	2.1	17	94	0	61	22	0	14	62	1.31
8128747--8128784	17	2.3	17	86	4	51	21	0	18	60	1.36
8130522--8130563	20	2.0	21	86	4	59	14	7	0	78	0.95
8130522--8130563	21	2.0	20	86	13	59	14	7	0	78	0.95
8132175--8132518	172	2.0	173	93	0	582	34	10	13	40	1.80
8143417--8143450	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
8146252--8146292	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
8148198--8148231	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
8152577--8152631	22	2.5	22	76	8	58	29	9	3	58	1.46
8152701--8152743	16	2.7	16	79	13	52	41	2	0	55	1.12
8152780--8152839	26	2.2	27	85	5	77	31	3	3	61	1.28
8153443--8153474	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8162008--8162046	6	6.5	6	93	0	69	38	0	12	48	1.42
8163049--8163079	15	2.1	15	100	0	62	12	6	38	41	1.69
8163511--8163596	42	2.0	44	88	4	131	30	22	22	25	1.99
8163620--8163855	43	5.5	43	81	6	237	25	27	17	30	1.98
8163544--8163855	86	3.7	86	75	4	290	26	27	17	29	1.97
8163742--8163870	42	3.1	43	83	5	131	28	24	16	31	1.96
8164278--8164323	21	2.2	21	84	0	56	4	34	17	43	1.69
8164186--8164460	87	3.2	87	87	0	415	13	26	15	44	1.83
8170045--8170124	33	2.4	32	81	8	90	43	6	0	50	1.27
8170050--8170133	36	2.3	37	76	13	95	44	5	0	50	1.26
8171832--8171889	30	1.9	30	89	6	91	60	1	3	34	1.24
8171872--8171917	21	2.1	22	84	4	58	67	2	2	28	1.14
8175271--8175303	9	3.9	9	84	15	52	9	9	0	81	0.87
8175271--8175302	16	1.9	17	93	6	57	9	9	0	81	0.88
8175184--8175471	140	2.0	144	91	4	478	25	10	5	58	1.52
8175629--8175678	26	2.0	25	84	4	64	32	10	2	56	1.44
8175759--8175788	5	6.2	5	92	7	53	20	0	0	80	0.72
8175859--8175892	12	2.8	12	86	0	50	17	17	0	64	1.29
8182195--8182237	20	2.2	20	83	8	52	44	4	2	48	1.36
8186560--8186691	66	2.0	66	100	0	264	39	10	13	36	1.80
8188483--8188511	15	1.9	15	100	0	58	27	24	6	41	1.80
8199328--8199352	12	2.1	12	100	0	50	28	8	8	56	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8202252--8202282	13	2.3	14	94	5	55	0	22	0	77	0.77
8202317--8202373	26	2.4	25	81	18	68	29	5	1	63	1.27
8202332--8202380	26	1.9	25	87	4	71	36	4	0	59	1.17
8202955--8202980	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
8218244--8218279	18	2.0	18	88	0	54	55	5	16	22	1.62
8218308--8218430	57	2.2	57	98	0	237	26	11	14	47	1.78
8220246--8220343	43	2.3	41	82	3	115	53	5	5	36	1.45
8221684--8221708	6	4.2	6	100	0	50	48	36	0	16	1.46
8222924--8222952	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
8225907--8225946	21	1.9	21	85	10	55	52	15	0	32	1.43
8229957--8230000	18	2.5	17	82	17	54	59	2	2	36	1.23
8234946--8234988	22	2.0	22	100	0	86	55	20	9	13	1.66
8236595--8236631	9	4.2	9	89	6	58	75	0	0	24	0.80
8237383--8237420	4	9.5	4	83	11	51	23	2	0	73	0.95
8239589--8239639	26	2.0	26	96	0	93	47	21	3	27	1.68
8250806--8250937	41	3.3	41	76	4	117	34	15	26	22	1.95
8251130--8251196	17	3.9	17	74	20	50	40	17	2	38	1.65
8254477--8255052	285	2.0	286	92	1	969	33	16	11	38	1.85
8257036--8257119	25	3.4	25	71	15	66	35	3	0	60	1.14
8263427--8263487	25	2.3	26	86	5	79	36	0	1	62	1.05
8264846--8264906	25	2.4	25	78	10	61	39	1	1	57	1.18
8271827--8271870	20	2.4	17	76	20	52	47	13	15	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8271833--8271880	20	2.4	20	92	0	78	43	16	12	27	1.84
8278332--8278371	16	2.6	16	84	4	55	47	12	7	32	1.69
8278332--8278366	15	2.3	15	90	5	52	48	8	8	34	1.64
8280199--8280224	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
8284814--8284844	2	15.5	2	93	0	53	0	54	0	45	0.99
8287939--8287989	27	1.9	26	84	11	68	52	13	3	29	1.58
8295114--8295150	17	2.2	17	90	0	56	29	13	8	48	1.71
8300220--8300320	50	2.0	51	98	1	195	50	7	21	19	1.73
8303227--8303337	24	4.5	24	70	10	73	35	22	25	17	1.95
8303200--8303337	73	1.9	75	83	8	185	34	22	23	18	1.96
8310190--8310278	42	2.1	42	97	0	169	35	11	21	31	1.89
8310802--8310836	18	1.9	18	88	0	52	22	5	22	48	1.72
8312136--8312273	42	3.3	43	85	5	167	27	21	21	30	1.98
8314947--8315007	26	2.3	26	80	0	68	42	0	4	52	1.23
8322770--8322809	21	1.9	21	90	10	64	55	15	10	20	1.68
8331890--8331992	44	2.3	45	84	3	127	30	21	13	34	1.92
8331912--8331997	46	1.9	44	90	4	136	29	23	13	33	1.93
8332337--8332394	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
8332964--8333002	17	2.2	19	86	9	55	2	12	2	82	0.89
8333006--8333078	5	14.6	5	76	20	64	56	4	0	39	1.19
8333007--8333049	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
8333013--8333077	24	2.6	25	80	9	71	58	4	0	36	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8333956--8334017	22	2.8	22	85	2	79	50	1	1	46	1.20
8333993--8334032	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
8334021--8334163	68	2.1	67	93	2	252	41	4	9	44	1.57
8334105--8334132	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
8334229--8334273	24	1.9	24	86	4	65	64	2	0	33	1.06
8339089--8339134	9	5.1	9	94	0	83	30	10	13	45	1.77
8350719--8350776	29	2.0	29	93	0	98	20	6	41	31	1.79
8351628--8351694	34	1.9	35	87	3	100	31	7	13	47	1.70
8358583--8358643	22	2.8	22	75	9	54	50	1	0	47	1.10
8369299--8369357	2	29.5	2	82	0	73	3	52	0	44	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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