genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27773979--27774037	22	2.6	22	78	2	64	61	15	10	13	1.57
27778278--27778341	33	1.9	34	90	3	103	45	1	3	50	1.27
27780736--27780951	109	2.0	109	100	0	432	25	18	18	37	1.94
27780945--27781042	48	2.0	48	98	0	187	23	28	8	39	1.83
27781899--27781944	20	2.4	19	89	7	67	26	15	10	47	1.78
27782745--27782794	27	2.0	26	84	11	68	56	0	14	30	1.39
27789134--27789747	69	8.9	69	78	6	421	37	20	21	19	1.94
27791090--27791185	31	3.1	31	93	3	165	45	13	10	30	1.77
27796712--27796834	46	2.7	46	88	5	187	11	13	8	65	1.46
27796712--27796829	44	2.6	45	89	2	166	9	14	9	66	1.43
27797349--27797444	31	3.1	31	93	3	165	46	12	9	31	1.73
27800507--27800536	2	15.5	2	93	6	53	50	50	0	0	1.00
27803455--27803495	16	2.6	17	81	14	52	39	2	0	58	1.11
27805802--27805839	15	2.4	16	82	4	51	71	2	0	26	1.00
27809390--27809596	68	3.0	68	97	0	378	49	1	2	46	1.25
27814563--27814684	56	2.2	56	91	2	192	42	7	13	36	1.72
27814678--27814762	23	3.7	23	95	0	125	32	0	18	48	1.49
27814730--27814910	29	6.2	29	93	0	317	28	0	29	42	1.56
27814730--27814992	58	4.3	58	85	11	366	28	0	28	43	1.55
27814678--27814820	23	5.7	23	77	18	106	31	0	22	46	1.52
27814685--27814992	29	11.8	24	71	24	150	29	0	25	44	1.54
27814895--27814921	11	2.5	11	100	0	54	18	0	44	37	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27814866--27815021	42	4.1	40	74	19	145	28	0	27	44	1.55
27814837--27815019	69	2.6	69	86	5	242	28	0	27	43	1.55
27814808--27814992	98	1.9	98	94	0	325	28	0	28	43	1.55
27814980--27815005	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
27816238--27816268	7	4.4	7	95	0	53	61	12	0	25	1.32
27817354--27817416	29	2.1	30	91	2	101	65	0	1	33	1.03
27817452--27817501	22	2.3	22	82	6	57	40	0	28	32	1.57
27817461--27817502	22	1.9	22	90	0	66	38	0	30	30	1.58
27817507--27817551	22	2.0	22	95	0	81	40	0	33	26	1.57
27823218--27823286	25	2.8	25	93	0	120	18	28	17	34	1.94
27830976--27831079	35	3.0	34	90	4	154	18	18	26	36	1.94
27833406--27833559	75	2.1	75	88	0	227	27	13	18	40	1.88
27833751--27834268	73	7.2	73	76	8	411	24	21	15	38	1.92
27833794--27834191	108	3.7	108	78	8	348	25	21	16	36	1.94
27833751--27834238	35	13.5	36	76	11	398	24	21	15	38	1.92
27833751--27834263	38	14.2	36	77	9	406	24	21	15	38	1.92
27836821--27836908	32	2.6	33	78	5	88	51	3	4	40	1.39
27843889--27843930	16	2.6	17	85	7	52	57	4	2	35	1.33
27849133--27849172	20	2.0	20	100	0	80	35	5	10	50	1.58
27853310--27853353	21	2.1	21	87	8	63	50	0	6	43	1.29
27853343--27853388	3	15.3	3	95	0	83	65	0	2	32	1.05
27854920--27854973	6	8.8	6	81	2	54	57	0	22	20	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27854920--27854974	18	3.0	18	83	2	74	58	0	21	20	1.40
27854920--27854966	12	3.9	12	83	5	60	57	0	21	21	1.41
27858342--27858397	27	2.1	27	89	0	85	30	7	14	48	1.70
27862487--27862664	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27862488--27862643	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27862484--27862664	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27871566--27871792	42	5.5	42	84	3	246	28	22	18	30	1.97
27871566--27871792	84	2.7	83	85	4	271	28	22	18	30	1.97
27888766--27888807	21	2.0	21	100	0	84	38	19	9	33	1.84
27889619--27889807	51	3.7	50	81	8	231	30	27	16	24	1.97
27889621--27889805	101	1.8	101	91	3	309	30	26	17	25	1.97
27894913--27894962	18	2.7	19	81	6	57	42	10	12	36	1.76
27897720--27897768	21	2.5	19	76	6	53	32	2	20	44	1.63
27898160--27898210	24	2.1	24	89	7	77	21	25	19	33	1.97
27904766--27904804	20	1.9	21	89	5	62	25	0	20	53	1.45
27908017--27908087	26	2.7	26	84	2	88	25	30	14	29	1.94
27909710--27909754	16	2.9	17	78	18	53	37	2	20	40	1.65
27912449--27912563	48	2.4	47	86	2	158	17	19	26	37	1.93
27913024--27913096	37	1.9	38	94	2	130	31	1	19	47	1.58
27918350--27918574	40	5.7	40	87	5	305	24	22	28	25	1.99
27918350--27918607	119	2.2	119	82	6	301	25	21	27	25	1.99
27920409--27920520	27	4.1	28	86	6	133	18	15	20	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27921441--27921480	18	2.2	19	86	8	57	70	5	25	0	1.08
27923182--27923226	23	2.0	23	90	0	72	60	0	2	37	1.09
27925606--27925645	18	2.2	19	86	8	57	70	0	25	5	1.08
27929636--27929703	25	2.8	25	90	2	111	32	25	22	20	1.98
27931476--27931563	44	2.0	44	100	0	176	36	20	11	31	1.88
27934650--27934679	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
27941752--27941820	35	2.0	35	88	0	102	43	13	13	30	1.81
27946058--27946084	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
27947913--27947978	31	2.1	31	85	0	87	62	1	3	33	1.20
27952727--27952846	51	2.4	50	81	5	136	28	20	5	45	1.72
27954280--27954385	46	2.3	44	78	9	113	47	27	14	11	1.78
27954312--27954385	23	3.3	22	77	9	69	48	27	13	10	1.75
27957201--27957254	27	2.0	27	96	0	99	42	11	16	29	1.83
27960047--27960111	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
27963255--27963322	32	2.1	32	91	5	111	0	13	11	75	1.06
27963256--27963332	9	8.8	9	72	15	54	1	12	11	74	1.15
27963898--27963962	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
27964976--27965031	19	2.9	20	78	7	62	53	3	5	37	1.41
27970568--27970611	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
27970755--27970941	51	3.7	49	78	7	205	29	27	17	24	1.97
27970753--27970937	101	1.8	101	89	5	293	30	27	17	24	1.97
27973880--27974033	28	5.5	28	95	1	256	33	27	11	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27977217--27977361	73	2.0	72	95	0	254	26	29	19	23	1.98
27984566--27984638	28	2.6	29	89	6	105	28	30	13	27	1.94
27992900--27993268	104	3.6	105	84	6	477	18	21	29	30	1.97
27994557--27994925	186	2.0	185	95	0	648	31	16	25	26	1.96
28003937--28003962	6	4.3	6	100	0	52	34	0	50	15	1.45
28014449--28014510	27	2.3	26	74	15	65	43	6	3	46	1.45
28019592--28019643	23	2.3	23	80	10	61	55	0	5	38	1.24
28019761--28019803	17	2.6	16	82	10	50	65	0	2	32	1.06
28019765--28019803	14	2.8	14	92	0	60	64	0	2	33	1.08
28021583--28021611	9	3.2	9	100	0	58	41	0	0	58	0.98
28023092--28023129	15	2.6	15	87	4	51	52	2	2	42	1.29
28025339--28025384	24	2.0	23	91	4	74	23	8	2	65	1.32
28025429--28025466	13	3.0	13	88	11	53	36	0	2	60	1.11
28025833--28025884	18	2.8	19	79	5	61	50	1	1	46	1.23
28031444--28031493	21	2.4	21	75	18	50	20	2	2	76	0.99
28040164--28040193	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
28045646--28045695	21	2.4	21	87	9	68	46	8	0	46	1.32
28046166--28046199	16	2.1	16	94	0	59	58	0	14	26	1.36
28046418--28046477	31	1.9	31	86	0	84	41	3	3	51	1.35
28045517--28047229	885	1.9	883	94	1	3029	38	14	10	36	1.82
28049819--28049855	17	2.2	17	100	0	74	43	16	5	35	1.71
28056601--28056720	41	2.9	41	92	0	186	30	23	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28057246--28057270	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
28062258--28062318	30	2.1	30	84	3	79	52	13	3	31	1.56
28068396--28068457	30	2.1	30	87	0	88	48	9	8	33	1.65
28078690--28078741	22	2.4	22	87	6	70	48	3	11	36	1.58
28081775--28081816	17	2.5	17	96	0	75	33	9	19	38	1.84
28082495--28082571	39	2.0	39	92	5	129	25	10	36	27	1.89
28087627--28087821	51	3.8	50	80	4	203	31	27	15	25	1.96
28087626--28087819	102	1.9	102	82	4	248	31	27	15	25	1.96
28091687--28091718	14	2.3	14	94	0	55	12	9	15	62	1.54
28093046--28093120	27	2.8	26	84	8	80	25	20	17	37	1.94

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