genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14542509--14542562	18	2.9	19	66	17	51	42	0	0	57	0.98
14544397--14544761	181	2.0	181	95	0	649	32	14	21	30	1.94
14545171--14545264	43	2.2	43	90	3	145	43	11	9	35	1.74
14550757--14550788	16	2.0	16	100	0	64	37	37	12	12	1.81
14551011--14551052	20	2.1	20	86	8	59	9	21	14	54	1.68
14569133--14569174	15	2.8	15	82	10	50	47	11	0	40	1.40
14569814--14569880	22	3.0	22	88	4	98	67	1	4	26	1.19
14571150--14571183	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
14572789--14572838	21	2.4	21	79	0	55	44	30	24	2	1.65
14577400--14577432	17	1.9	17	88	11	50	78	0	18	3	0.87
14585080--14585118	20	2.0	20	85	10	53	64	2	5	28	1.28
14588711--14588785	10	7.2	11	74	15	54	48	0	1	50	1.09
14588711--14588784	6	12.8	6	68	23	52	47	0	1	51	1.09
14588715--14588784	14	5.3	14	72	16	51	47	0	1	51	1.09
14588720--14588774	10	5.7	10	72	23	55	47	0	1	50	1.11
14588727--14588785	14	4.2	14	70	23	52	49	0	1	49	1.11
14592157--14592189	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
14601208--14601243	7	5.1	7	93	0	63	72	0	0	27	0.85
14608810--14608871	22	2.7	23	82	12	74	19	1	12	66	1.33
14610592--14610653	22	2.7	23	82	12	74	19	1	12	66	1.33
14615402--14615435	17	2.0	17	88	11	52	58	0	0	41	0.98
14616438--14616624	43	4.4	42	76	10	175	25	27	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14616460--14616643	43	4.3	41	79	9	149	29	29	17	23	1.97
14617121--14617307	43	4.4	42	76	10	175	25	27	18	28	1.98
14617143--14617326	43	4.3	41	79	9	149	29	29	17	23	1.97
14616309--14617683	683	2.0	684	99	0	2743	34	21	17	27	1.95
14617663--14617720	21	2.8	21	97	0	107	5	44	12	37	1.64
14617663--14617775	21	5.4	21	86	0	100	5	41	15	37	1.70
14617751--14617917	66	2.5	65	84	4	210	13	24	19	42	1.87
14632081--14632277	41	4.8	41	86	0	259	34	25	25	14	1.94
14632357--14632432	40	1.9	40	83	5	100	17	30	23	28	1.97
14635737--14635801	30	2.2	30	83	5	78	46	3	1	49	1.27
14636251--14636534	114	2.5	115	81	5	319	27	16	23	31	1.97
14637209--14637270	28	2.2	28	85	5	81	24	1	41	32	1.64
14637222--14637273	7	7.4	7	85	8	70	23	1	46	28	1.63
14637466--14637512	15	3.1	16	84	9	62	21	0	40	38	1.53
14637363--14637619	135	1.9	135	95	1	471	22	3	32	41	1.72
14639316--14639371	30	2.0	29	82	10	71	30	3	14	51	1.59
14639292--14639616	177	1.8	177	91	3	539	29	7	11	51	1.65
14640272--14640313	20	2.0	21	86	13	61	40	0	2	57	1.12
14640271--14640356	33	2.6	34	80	9	97	43	1	2	53	1.21
14640505--14640581	40	1.9	40	97	0	145	46	19	5	28	1.71
14640579--14640617	20	2.0	20	94	0	69	53	5	5	35	1.45
14640623--14640688	25	2.6	25	90	4	89	50	19	3	27	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14640632--14640744	41	2.8	41	79	5	129	48	19	1	30	1.59
14640610--14640700	16	5.6	16	73	17	71	46	21	2	29	1.64
14640648--14640728	25	3.2	25	78	13	87	45	19	2	32	1.64
14640705--14640744	16	2.5	16	88	8	55	52	17	0	30	1.45
14640773--14640816	16	2.8	15	83	10	52	59	15	0	25	1.37
14646071--14646138	21	3.2	21	91	0	109	33	17	44	4	1.69
14646587--14646961	85	4.4	84	83	6	470	27	20	20	30	1.98
14646524--14646964	42	10.4	42	75	9	324	26	19	21	31	1.97
14646639--14646963	169	1.9	168	88	3	492	27	20	20	32	1.97
14649548--14649590	23	2.0	22	90	9	70	20	6	4	67	1.33
14660485--14660524	18	2.2	18	100	0	80	22	15	5	57	1.57
14661494--14661609	13	9.1	13	75	11	105	35	6	7	50	1.56
14661492--14661602	40	3.0	37	86	6	154	36	5	9	49	1.57
14661494--14661609	27	4.5	26	73	11	105	35	6	7	50	1.56
14661570--14661620	27	2.0	26	84	7	68	35	5	7	50	1.55
14663420--14663694	123	2.2	125	92	1	455	30	18	21	29	1.97
14665812--14666011	43	4.7	43	87	0	274	31	25	18	25	1.98
14669150--14669175	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
14669279--14669360	38	2.2	38	88	0	119	57	8	12	21	1.61
14670191--14670274	39	2.2	40	84	4	109	21	20	17	40	1.91
14670592--14670867	97	2.8	97	99	0	543	44	28	0	26	1.54
14670893--14670925	15	2.3	15	94	5	59	33	33	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14671181--14671329	41	3.7	41	87	7	232	30	26	22	20	1.98
14672732--14672852	49	2.5	49	97	0	224	44	8	3	43	1.50
14672985--14673032	21	2.3	22	79	17	57	12	16	41	29	1.85
14673273--14673315	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
14685941--14685973	15	2.1	16	88	5	50	30	0	12	57	1.35
14702370--14702425	16	3.5	16	90	0	85	37	3	30	28	1.74
14702407--14702499	44	2.1	44	92	6	152	33	4	25	36	1.76
14702658--14702692	18	2.0	18	94	5	63	62	0	0	37	0.95
14702612--14702728	55	2.1	54	81	7	128	52	4	0	42	1.27
14702968--14703013	23	2.0	24	100	0	78	52	13	0	34	1.40
14704356--14704414	29	2.0	29	96	0	109	32	22	15	30	1.94
14708291--14708319	14	2.1	14	93	6	51	6	6	17	68	1.34
14717699--14717825	57	2.2	56	84	4	173	47	5	19	27	1.72
14719507--14719570	21	3.4	21	64	28	61	35	3	9	51	1.50
14719498--14719569	35	2.1	35	94	0	126	37	2	11	48	1.53
14723079--14723145	30	2.2	31	86	2	91	19	17	13	49	1.80
14723568--14723619	16	3.3	16	75	5	61	57	9	11	21	1.62
14726137--14726164	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
14731324--14731400	13	5.9	13	90	0	127	24	7	29	37	1.84
14731989--14732032	22	2.0	21	91	4	70	40	4	13	40	1.65
14732016--14732086	22	3.2	22	63	21	58	38	7	12	42	1.70
14732011--14732104	44	2.1	44	100	0	188	42	6	13	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14732027--14732114	44	2.0	43	84	4	115	43	9	14	32	1.77
14734630--14734661	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
14745368--14745402	18	1.9	18	94	0	61	37	20	17	25	1.94
14748173--14748199	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
14748231--14748432	100	2.0	99	84	4	264	41	3	3	50	1.39
14751277--14751330	28	2.0	27	85	3	72	57	5	0	37	1.22
14751436--14751489	20	2.7	20	82	0	63	25	9	22	42	1.83
14751495--14751740	134	1.8	134	79	3	289	30	14	14	40	1.86
14753807--14753855	20	2.5	18	81	15	53	59	4	12	24	1.50
14759226--14759341	27	4.3	27	75	5	101	19	21	18	39	1.92
14759210--14759558	180	1.9	181	82	6	431	21	20	17	39	1.92
14759405--14759508	27	3.8	27	77	6	102	18	19	19	43	1.89
14760344--14760410	32	2.1	32	94	0	116	34	22	13	29	1.92
14768967--14769070	52	2.0	52	92	0	172	30	13	15	40	1.86
14774416--14774494	30	2.6	30	85	0	95	30	21	8	39	1.84
14774479--14774610	30	4.4	30	77	7	115	21	23	12	42	1.87
14774480--14774636	60	2.6	60	86	3	192	22	24	12	40	1.89
14774536--14774645	30	3.7	29	74	13	98	26	24	11	37	1.90
14780887--14780977	29	3.1	29	85	6	123	25	25	12	37	1.90
14782856--14783117	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
14791953--14792214	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
14793918--14794471	274	2.0	276	95	0	986	36	16	12	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14797009--14797063	20	2.8	20	83	10	78	49	10	7	32	1.65
14798964--14799015	20	2.7	20	80	11	63	51	5	13	28	1.64
14804399--14804446	25	1.9	25	87	8	71	27	10	8	54	1.63
14804398--14804460	25	2.7	23	79	13	65	28	12	7	50	1.68
14805715--14805747	16	2.1	16	94	0	57	57	3	0	39	1.14
14805882--14805927	3	15.3	3	93	0	74	63	0	2	34	1.07
14810179--14810212	13	2.6	13	90	0	50	17	29	26	26	1.98
14826355--14826448	29	3.2	29	72	11	93	41	9	25	23	1.84
14830382--14830514	70	1.9	67	84	4	176	41	14	13	30	1.84
14831283--14831317	7	5.0	7	89	0	52	2	14	51	31	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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