genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24172966--24173169	9	24.7	9	67	18	95	45	21	2	30	1.65
24173012--24173136	34	3.8	34	74	18	138	44	23	1	30	1.63
24172988--24173115	63	2.0	62	89	7	197	45	23	3	28	1.68
24173075--24173171	25	3.9	24	73	16	90	45	20	0	34	1.52
24173026--24173165	16	8.7	16	70	13	81	45	22	1	30	1.61
24174232--24174379	66	2.2	66	87	2	208	40	17	25	16	1.90
24174257--24174408	66	2.3	67	83	3	182	40	17	26	15	1.89
24174752--24175091	44	7.9	42	83	6	351	28	21	25	24	1.99
24174752--24175091	87	3.9	86	78	7	314	28	21	25	24	1.99
24174750--24175089	131	2.6	126	84	6	387	28	21	25	24	1.99
24180982--24181019	7	5.4	7	100	0	76	28	0	28	42	1.56
24182571--24182595	13	1.9	13	100	0	50	40	4	32	24	1.73
24186347--24186376	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
24188157--24188190	17	1.9	18	88	5	52	26	2	0	70	1.01
24194727--24194755	15	1.9	15	100	0	58	41	6	17	34	1.76
24195016--24195072	24	2.4	24	85	5	71	47	10	5	36	1.61
24207579--24207614	15	2.4	15	100	0	72	22	33	0	44	1.53
24222236--24222269	16	2.2	16	89	5	52	14	2	5	76	1.09
24223972--24224004	16	2.0	17	88	5	50	81	3	0	15	0.80
24224454--24224514	20	3.2	18	78	17	61	3	21	6	68	1.27
24225512--24225589	28	2.8	28	80	7	95	32	10	1	56	1.41
24236527--24236775	43	5.8	43	84	4	324	24	18	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24236527--24236773	129	1.9	129	87	3	363	24	17	25	32	1.97
24238509--24239939	44	31.7	44	68	14	440	29	20	17	32	1.96
24238509--24239939	92	15.8	88	72	12	508	29	20	17	32	1.96
24238863--24239941	45	23.9	44	68	16	407	29	21	17	32	1.96
24239143--24239583	137	3.2	137	88	0	648	29	19	17	33	1.95
24239372--24239807	181	2.4	181	88	1	615	29	21	16	31	1.95
24240841--24240897	1	57.0	1	75	0	51	0	10	1	87	0.61
24240811--24240897	30	2.9	30	78	11	83	0	16	1	82	0.72
24240834--24240895	16	3.8	16	83	10	72	0	12	1	85	0.67
24240811--24240895	26	3.2	25	79	20	86	0	16	1	82	0.73
24240809--24240885	6	13.0	6	75	15	54	0	18	1	80	0.78
24240811--24240886	7	10.9	7	81	8	84	0	17	1	81	0.76
24240810--24240897	9	9.8	9	78	20	87	0	15	1	82	0.72
24244432--24244467	18	2.1	17	89	5	54	69	0	2	27	1.02
24245766--24245816	20	2.6	20	84	9	61	27	3	1	66	1.20
24249515--24249541	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
24254005--24254030	12	2.2	12	100	0	52	42	7	26	23	1.81
24277801--24277851	3	17.3	3	75	4	50	35	1	3	58	1.28
24291324--24291357	17	1.9	17	88	5	50	41	0	2	55	1.15
24294736--24294771	6	6.0	6	90	0	54	47	30	19	2	1.64
24296303--24296329	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
24301583--24301641	31	1.9	31	85	0	82	57	3	8	30	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24302130--24302228	49	2.0	49	100	0	198	53	6	12	28	1.61
24302513--24302609	51	1.9	51	82	0	122	40	7	11	41	1.69
24302852--24302934	29	2.8	29	78	15	89	48	4	15	31	1.66
24313261--24313285	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
24333272--24333319	24	2.0	24	100	0	96	20	16	20	41	1.90
24334414--24334480	34	1.9	35	84	3	91	47	11	7	32	1.68
24345680--24345746	34	2.0	34	100	0	134	46	17	14	20	1.84
24345868--24345911	15	2.6	17	79	17	56	50	2	2	45	1.27
24346490--24346573	42	2.0	43	92	2	143	36	0	4	58	1.19
24347342--24347419	32	2.4	33	80	6	97	46	6	23	24	1.75
24351853--24351929	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
24365986--24366015	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
24373837--24373951	42	2.7	43	82	1	133	32	27	16	23	1.96
24375425--24375559	37	3.4	40	77	9	116	25	17	23	33	1.96
24377003--24377073	5	14.6	5	74	21	62	38	1	4	56	1.28
24377031--24377073	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
24377083--24377116	17	2.0	17	94	0	59	79	0	17	2	0.86
24377083--24377116	9	3.9	9	84	7	52	79	0	17	2	0.86
24378074--24378188	44	2.6	45	85	2	151	35	13	22	27	1.92
24387218--24387290	31	2.4	31	90	0	110	38	8	8	45	1.64
24388125--24388351	124	1.8	124	87	3	341	30	12	22	33	1.92
24388273--24388643	84	4.4	84	98	0	706	23	19	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24395189--24395244	28	2.0	29	92	3	96	60	1	0	37	1.07
24395286--24395327	22	1.9	22	90	0	66	33	0	30	35	1.58
24395329--24395420	22	4.2	23	84	13	122	42	0	27	30	1.56
24406882--24406930	26	1.9	25	83	4	62	16	28	24	30	1.96
24406979--24407027	24	2.0	24	88	0	71	24	24	14	36	1.93
24409666--24409932	104	2.6	103	90	4	419	17	20	31	30	1.96
24412048--24412123	9	8.4	9	84	5	84	42	23	7	26	1.81
24412122--24412196	37	2.0	37	89	0	114	44	13	5	37	1.66
24412329--24412402	38	1.9	39	94	2	132	18	2	25	52	1.59
24412391--24412420	13	2.3	13	94	0	51	16	0	43	40	1.48
24413191--24413272	25	3.3	25	86	3	112	32	20	29	17	1.95
24417038--24417098	30	2.0	30	96	0	113	18	19	14	47	1.82
24422613--24422655	20	2.2	19	87	4	59	65	4	6	23	1.37
24423857--24423921	30	2.2	31	88	5	98	56	4	1	36	1.29
24425437--24425501	27	2.4	28	92	2	105	43	10	0	46	1.38
24425836--24425873	20	1.9	20	89	10	60	52	7	5	34	1.53
24426126--24426184	19	3.2	19	82	4	84	40	10	0	49	1.37
24426260--24426318	19	3.2	19	80	4	84	38	11	0	49	1.40
24426111--24426474	134	2.7	134	99	0	710	44	7	4	43	1.52
24426394--24426452	19	3.2	19	80	4	84	38	11	0	49	1.40
24449655--24449691	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
24449825--24449852	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24449852--24449879	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
24450339--24450432	47	2.0	47	97	0	179	36	13	17	32	1.89
24451443--24451483	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
24454563--24454719	80	2.0	79	93	1	269	26	17	16	38	1.91
24454674--24454723	23	2.2	23	82	13	59	20	30	14	36	1.91
24457530--24457582	14	3.7	13	75	22	52	32	1	0	66	1.03
24461939--24462094	79	2.0	79	96	0	285	50	3	8	37	1.51
24470285--24470406	61	2.0	61	100	0	244	37	16	14	31	1.89
24472655--24473021	103	3.6	102	90	3	531	18	20	29	31	1.96
24477399--24477440	22	1.9	22	90	0	66	16	52	9	21	1.72
24482280--24482357	25	3.2	25	80	5	88	33	24	23	19	1.97
24482420--24482613	105	1.8	105	85	0	271	31	22	26	19	1.98
24487948--24487982	6	5.8	6	93	0	61	17	2	0	80	0.84
24492652--24492689	3	13.7	3	89	10	55	73	0	26	0	0.83
24493577--24493655	31	2.5	31	87	4	106	46	17	8	26	1.77
24496199--24496281	31	2.7	31	80	10	82	40	3	4	50	1.41
24496230--24496310	30	2.6	30	84	9	92	40	4	3	50	1.42
24498387--24498411	11	2.3	11	100	0	50	40	12	16	32	1.84
24500941--24500989	26	1.9	26	91	4	82	12	22	22	42	1.86
24501035--24501109	24	3.1	24	81	7	98	21	24	21	33	1.97
24501573--24502281	363	2.0	363	91	0	1159	28	13	20	36	1.91
24504901--24505187	42	7.5	41	73	19	289	33	27	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24504788--24505222	75	5.8	75	96	0	771	32	27	18	22	1.97
24506314--24506347	11	2.8	12	91	8	52	35	8	11	44	1.72
24511061--24511104	21	2.2	19	84	8	52	38	6	6	47	1.57
24511134--24511177	22	2.0	22	86	8	63	38	6	13	40	1.71
24511460--24511517	28	2.1	28	90	6	91	56	0	3	39	1.16
24511665--24511717	24	2.2	24	86	6	72	0	20	0	79	0.74
24511980--24512091	6	18.2	6	76	12	86	0	22	0	76	0.84
24511993--24512091	17	5.8	17	73	16	89	0	23	0	76	0.78
24512018--24512076	4	16.8	4	84	13	53	0	25	0	74	0.82
24512420--24512563	29	4.9	29	78	6	121	43	6	18	31	1.76

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