genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54455728--54455951	24	9.1	24	68	14	68	36	19	24	20	1.95
54455858--54455918	26	2.3	26	80	5	70	44	21	16	18	1.87
54455921--54455981	30	2.0	30	90	6	97	32	16	24	26	1.96
54459981--54460115	40	3.4	40	81	6	152	37	22	17	21	1.94
54460151--54460432	41	6.9	41	90	1	424	17	21	30	30	1.96
54460799--54460835	14	2.6	14	91	0	65	24	0	29	45	1.53
54461037--54461087	14	3.8	13	77	15	50	17	0	45	37	1.49
54461133--54461177	7	6.4	7	84	0	54	22	0	44	33	1.53
54465714--54465804	43	2.1	43	87	2	130	35	10	9	43	1.73
54466080--54466391	43	7.3	43	83	5	325	23	17	29	29	1.97
54466124--54466391	127	2.1	129	87	4	382	22	17	30	28	1.97
54466857--54466899	20	2.2	19	87	4	59	55	2	11	30	1.48
54467648--54467683	18	2.0	18	94	0	63	44	13	16	25	1.85
54469322--54469381	19	3.2	19	85	4	77	56	5	0	38	1.21
54469372--54469424	25	2.1	26	82	10	65	58	3	0	37	1.16
54470871--54470912	22	2.0	22	90	4	68	33	4	16	45	1.69
54471391--54471428	6	6.3	6	100	0	76	34	50	0	15	1.45
54473087--54473148	30	2.1	29	82	11	72	50	3	0	46	1.17
54485956--54485999	21	2.1	21	87	8	63	45	2	2	50	1.27
54485956--54486014	22	2.7	21	82	12	66	45	1	1	50	1.21
54486084--54486183	10	9.8	10	70	19	57	40	1	2	57	1.17
54486086--54486137	21	2.5	20	81	6	59	38	0	1	59	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54488076--54488138	26	2.4	27	79	15	69	36	6	0	57	1.24
54488438--54488623	30	6.2	30	77	8	134	31	23	5	39	1.78
54488456--54488621	59	2.8	58	76	10	142	33	22	5	38	1.77
54489164--54489212	4	12.5	4	79	16	50	79	0	20	0	0.73
54489161--54489240	11	7.2	11	78	18	69	81	0	16	2	0.80
54489161--54489240	9	8.7	9	77	12	58	81	0	16	2	0.80
54489167--54489236	13	5.8	12	74	14	63	82	0	14	2	0.77
54489161--54489240	22	3.5	23	83	13	103	81	0	16	2	0.80
54489158--54489240	28	3.2	26	80	13	75	80	0	16	2	0.81
54489169--54489236	35	1.9	35	88	5	102	82	0	14	2	0.79
54489336--54489375	20	2.0	20	90	5	62	65	15	17	2	1.39
54490313--54490977	80	8.5	78	88	6	687	28	15	20	36	1.93
54490313--54490977	157	4.3	157	82	8	655	28	15	20	36	1.93
54490630--54491090	79	6.0	74	84	7	394	26	17	21	33	1.96
54491246--54491401	30	5.2	29	76	7	120	33	23	4	38	1.75
54491972--54492031	4	15.5	4	77	19	65	78	0	21	0	0.75
54491965--54492066	23	4.6	23	84	12	133	78	0	19	1	0.85
54492164--54492203	20	2.0	20	90	5	62	65	15	17	2	1.39
54492949--54492981	15	2.1	16	94	5	59	30	18	6	45	1.73
54492963--54493178	18	12.2	18	70	11	142	28	14	11	45	1.79
54493028--54493109	35	2.3	35	85	0	101	29	15	10	43	1.81
54492963--54493215	18	14.3	17	71	8	132	30	13	10	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54492963--54493178	53	4.1	53	74	9	172	28	14	11	45	1.79
54493066--54493162	35	2.8	33	78	9	104	28	13	10	47	1.75
54498743--54498802	9	6.7	9	76	14	52	81	10	6	1	0.93
54498744--54498821	20	3.8	20	75	9	68	79	7	10	2	1.02
54499687--54500097	74	5.4	76	90	4	616	28	14	18	38	1.90
54504945--54505004	9	6.7	9	76	14	52	81	10	6	1	0.93
54504946--54505023	20	3.8	20	75	9	68	79	7	10	2	1.02
54505999--54506283	151	1.9	145	81	9	336	27	16	21	34	1.95
54505909--54506401	79	6.3	77	84	8	516	28	15	18	36	1.92
54506510--54506695	30	6.2	30	73	12	125	32	22	3	41	1.71
54506532--54506700	59	2.8	58	77	10	162	34	23	4	37	1.74
54507227--54507303	21	3.8	19	78	10	73	80	0	16	2	0.82
54507233--54507303	25	2.8	25	80	4	81	81	0	15	2	0.80
54507236--54507303	9	7.8	9	74	12	54	82	0	14	2	0.79
54507236--54507293	8	7.0	8	84	5	62	82	0	13	3	0.79
54507236--54507299	17	3.9	15	76	17	56	82	0	14	3	0.78
54507404--54507439	18	1.9	19	94	5	65	61	13	19	5	1.52
54507712--54507763	8	6.4	8	84	4	59	82	0	13	3	0.80
54507874--54507909	18	1.9	19	94	5	65	61	13	19	5	1.52
54511340--54511697	74	4.8	73	88	4	457	25	18	23	32	1.97
54511881--54511979	30	3.4	30	88	5	132	32	25	3	39	1.71
54512688--54512720	15	2.1	16	94	5	59	30	18	6	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54512702--54512916	18	12.2	18	74	11	169	29	13	10	45	1.78
54512713--54512913	53	3.8	54	78	10	200	28	13	10	46	1.77
54514597--54514629	16	2.1	16	88	5	50	45	27	12	15	1.81
54518707--54518736	13	2.3	13	100	0	60	36	6	10	46	1.64
54523275--54523322	21	2.3	21	82	7	62	33	22	22	20	1.97
54530054--54530087	12	2.9	11	91	8	50	67	17	14	0	1.23
54534872--54534905	12	2.7	13	90	4	52	17	0	11	70	1.16
54547172--54547224	27	2.0	25	82	7	61	32	3	5	58	1.39
54550054--54550093	21	1.9	21	84	0	53	50	12	5	32	1.62
54550522--54550588	31	2.2	31	91	0	107	32	11	14	40	1.83
54551858--54552349	243	2.0	243	95	0	885	24	23	18	33	1.97
54561536--54561597	9	7.1	9	71	20	51	69	0	3	27	1.04
54561535--54561597	25	2.4	27	78	7	85	69	0	3	26	1.03
54561535--54561791	10	26.8	9	65	26	54	59	3	2	33	1.28
54562448--54562561	10	11.9	10	65	24	50	40	2	0	56	1.19
54562416--54562564	9	15.4	9	67	18	61	36	2	2	57	1.27
54563541--54563587	19	2.3	21	85	7	62	59	4	0	36	1.17
54563541--54563579	20	1.9	20	89	5	60	58	2	0	38	1.12
54566200--54566242	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
54566350--54566425	9	8.4	9	83	11	93	26	10	22	40	1.86
54566358--54566425	27	2.5	26	92	4	109	26	11	22	39	1.88
54578779--54579030	46	5.5	46	92	1	393	28	23	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54581672--54581793	23	5.3	23	84	0	172	31	26	19	22	1.98
54581679--54581791	46	2.5	46	95	0	208	31	26	20	21	1.98
54591552--54591703	78	1.9	78	95	0	277	32	15	28	23	1.95
54591774--54591971	99	2.0	99	97	0	378	28	14	16	41	1.87
54593745--54593845	14	6.9	15	68	14	52	19	0	30	49	1.49
54593770--54594018	22	10.8	22	69	14	144	18	0	29	51	1.47
54593745--54593808	29	2.2	29	83	8	78	23	0	31	45	1.53
54593792--54593859	7	9.4	7	76	6	55	13	0	29	57	1.37
54593808--54593873	29	2.3	29	86	2	89	15	0	28	56	1.40
54593812--54593881	29	2.4	29	79	9	72	14	0	31	54	1.40
54593859--54594101	51	5.1	51	78	13	232	20	0	29	49	1.49
54593771--54594191	94	4.6	93	81	7	414	19	0	29	50	1.54
54593979--54594091	7	15.6	7	69	17	61	19	0	30	50	1.48
54593959--54594047	29	3.3	28	73	20	91	19	0	29	51	1.47
54594008--54594191	22	8.5	22	75	3	167	20	2	28	48	1.61
54593980--54594103	15	7.9	16	67	22	75	20	0	29	50	1.49
54593876--54594140	44	5.7	49	79	14	285	19	0	30	50	1.51
54594777--54594814	18	2.1	18	90	0	58	42	7	28	21	1.81
54595932--54597135	602	2.0	602	100	0	2408	28	25	18	28	1.98
54597318--54597369	11	4.6	12	84	15	67	44	0	30	25	1.54
54598014--54598069	11	5.0	11	75	16	53	44	0	30	25	1.54
54598013--54598068	22	2.5	23	88	8	80	42	0	32	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54598247--54598324	40	2.0	40	81	0	93	19	34	24	21	1.96
54602323--54602360	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
54602484--54602547	19	3.1	21	71	15	62	40	0	3	56	1.15
54606905--54607584	44	15.7	44	68	16	237	27	23	20	28	1.99
54606910--54607595	217	3.2	217	94	0	1156	27	23	20	28	1.99
54608399--54608453	27	2.1	28	87	12	82	63	10	10	14	1.52
54622701--54622745	19	2.4	18	85	3	54	64	4	2	28	1.25
54624407--54624447	21	2.0	21	85	0	55	51	0	4	43	1.23
54626879--54626908	12	2.5	12	94	0	51	53	16	3	26	1.59
54641085--54641388	151	2.0	152	96	3	556	45	10	6	37	1.65

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