genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7818741--7819032	50	5.7	50	80	6	259	23	27	20	28	1.99
7824070--7824132	32	2.0	32	84	6	83	28	0	6	65	1.17
7825161--7825290	67	1.9	67	96	0	242	27	33	18	20	1.96
7829907--7829993	25	3.5	25	76	6	77	31	19	27	21	1.98
7829936--7830019	25	3.4	25	75	6	71	30	20	28	20	1.97
7831555--7831624	22	3.2	21	76	15	70	14	25	20	40	1.90
7833836--7833976	42	3.4	41	84	2	174	43	15	21	19	1.88
7833793--7833991	21	9.5	21	64	10	66	42	16	23	17	1.88
7833793--7833997	84	2.4	84	80	6	245	41	15	23	18	1.89
7834086--7834147	24	2.6	24	89	0	97	17	29	9	43	1.81
7834207--7834294	45	2.0	45	90	0	140	43	15	3	37	1.64
7841153--7841250	47	2.1	47	100	0	196	15	41	2	40	1.58
7844928--7845023	42	2.3	42	85	8	124	40	0	30	29	1.57
7844951--7845040	42	2.1	42	89	0	135	34	1	27	36	1.65
7845122--7845193	32	2.2	32	85	9	94	30	2	40	26	1.70
7849754--7849779	11	2.4	11	100	0	52	46	7	38	7	1.61
7854094--7854120	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7856653--7856701	25	2.0	25	100	0	98	36	18	20	24	1.94
7859316--7859344	12	2.3	13	94	5	51	72	3	0	24	1.00
7861160--7861231	28	2.8	24	82	17	76	0	23	5	70	1.08
7874434--7874466	16	2.1	16	94	0	57	45	6	24	24	1.75
7874704--7874741	20	1.9	20	100	0	76	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7874647--7874788	57	2.5	57	78	11	148	51	3	1	43	1.27
7883663--7883926	87	3.1	86	81	6	322	29	21	23	25	1.99
7883936--7884289	131	2.7	130	85	3	441	31	21	22	24	1.98
7884377--7884478	44	2.3	44	83	3	125	30	22	17	29	1.97
7884406--7885260	142	6.0	142	95	0	1460	32	19	21	27	1.97
7884690--7885242	44	11.9	43	67	19	231	32	19	20	26	1.97
7885339--7885616	50	5.6	50	76	2	254	34	23	17	23	1.96
7885339--7885616	99	2.8	99	86	1	367	34	23	17	23	1.96
7886432--7886456	10	2.5	10	100	0	50	64	8	12	16	1.49
7897081--7897135	28	2.0	27	82	10	67	60	0	3	36	1.15
7903126--7903165	14	2.9	14	84	0	53	40	2	12	45	1.56
7907856--7907901	23	2.0	23	87	8	67	39	6	17	36	1.76
7909750--7909802	25	2.2	25	93	3	90	37	22	22	16	1.94
7916209--7916244	3	12.0	3	87	0	54	27	0	0	72	0.85
7923865--7923907	15	2.9	15	82	6	52	69	0	13	16	1.19
7926956--7927035	39	2.1	39	95	0	142	27	27	12	32	1.93
7930276--7930318	22	2.0	21	86	4	59	30	23	13	32	1.93
7936730--7936759	13	2.3	13	100	0	60	20	6	13	60	1.55
7937639--7937948	157	2.0	157	94	0	539	47	4	3	44	1.40
7938078--7938145	16	4.2	16	94	0	118	38	33	0	27	1.57
7938185--7938218	16	2.1	16	100	0	68	26	0	35	38	1.57
7938434--7938475	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7938443--7938484	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
7938549--7938595	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
7938673--7938724	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
7938793--7938844	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
7938437--7938969	120	4.4	120	97	0	989	50	5	2	42	1.36
7939010--7939057	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
7938965--7939193	92	2.5	92	83	8	236	47	3	3	44	1.38
7944240--7944280	21	2.0	21	100	0	82	19	4	36	39	1.73
7945689--7945741	23	2.3	23	96	0	97	45	22	7	24	1.78
7945727--7945772	22	2.1	21	88	4	65	60	17	4	17	1.51
7946639--7946702	33	1.9	34	87	6	96	34	4	17	43	1.69
7949698--7949767	18	3.7	19	69	11	63	37	0	2	60	1.12
7949700--7949774	37	2.1	36	82	7	89	38	0	4	57	1.18
7949769--7949802	12	2.7	13	86	9	52	67	0	0	32	0.91
7949785--7949832	26	1.9	25	87	8	71	60	0	2	37	1.09
7954077--7954108	16	2.0	16	93	0	55	40	12	21	25	1.88
7955260--7955320	12	4.8	12	86	9	68	80	0	19	0	0.72
7955272--7955328	6	9.2	6	86	7	78	77	0	21	1	0.86
7956747--7957577	44	19.2	44	69	13	264	30	20	22	26	1.98
7956747--7957568	217	3.8	217	93	0	1335	30	20	21	26	1.98
7957373--7957610	128	1.9	128	79	7	277	30	21	21	27	1.98
7957785--7957897	19	5.8	19	85	4	163	38	10	15	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7957786--7957892	40	2.7	40	92	2	173	39	11	14	34	1.82
7959176--7959372	98	2.0	98	94	0	349	27	10	24	37	1.88
7962840--7962880	21	2.0	21	90	0	64	36	12	12	39	1.80
7964121--7964226	42	2.5	42	82	0	122	16	24	17	41	1.89
7965461--7965555	9	10.2	9	84	6	84	42	26	8	23	1.82
7965514--7965569	11	5.2	11	79	12	71	50	26	3	19	1.64
7965525--7965564	21	2.0	21	90	5	64	42	30	5	22	1.75
7969432--7969590	54	3.1	52	78	19	197	35	10	7	47	1.66
7978394--7978431	17	2.1	19	85	14	53	36	0	18	44	1.50
7983859--7983910	24	2.1	25	82	10	63	26	1	1	69	1.10
7983860--7983910	19	2.8	18	77	16	52	27	1	1	68	1.11
7983859--7983903	19	2.3	19	85	11	56	26	2	0	71	0.98
7993432--7993466	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7993576--7993610	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7993772--7993866	45	2.1	45	86	1	129	33	25	4	36	1.75
7996692--7996721	14	2.1	14	100	0	60	16	6	43	33	1.74
7997181--7997219	2	19.5	2	94	0	69	0	51	0	48	1.00
7999138--7999181	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
7999137--7999192	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
7999171--7999215	23	2.0	23	86	4	65	40	2	17	40	1.62
8003849--8003890	15	2.9	15	79	13	52	61	14	2	21	1.43
8009213--8009242	16	1.9	15	93	6	51	63	6	3	26	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8009424--8009488	23	2.7	22	81	11	58	49	0	1	49	1.10
8009448--8009496	14	3.6	14	71	20	50	48	0	0	51	1.00
8014857--8014967	27	4.1	27	88	0	168	24	22	27	26	2.00
8014875--8014992	54	2.2	54	85	0	146	24	22	29	23	1.99
8018205--8018238	18	1.9	18	94	5	61	67	0	5	26	1.13
8020816--8020934	60	2.0	60	94	0	211	53	12	0	33	1.39
8021039--8021090	3	18.3	3	88	7	74	0	28	0	71	0.87
8021028--8021090	9	7.1	9	84	8	67	0	26	0	73	0.84
8021034--8021095	12	5.1	12	80	9	72	0	29	0	70	0.87
8021028--8021091	18	3.6	17	85	10	85	0	28	0	71	0.86
8027041--8027072	13	2.5	13	100	0	64	34	6	18	40	1.76
8028425--8028624	41	4.9	41	88	1	258	21	18	24	36	1.95
8029711--8029805	43	2.2	43	84	0	127	30	17	26	25	1.98
8030401--8030532	69	1.9	69	93	0	228	25	15	17	40	1.89
8033125--8033180	20	2.6	22	86	8	71	42	0	0	57	0.99
8033119--8033174	5	11.6	5	75	21	57	42	0	0	57	0.99
8033409--8033444	16	2.2	16	90	0	54	63	0	36	0	0.94
8034406--8034457	18	2.7	20	74	17	56	59	0	3	36	1.16
8034469--8034555	33	2.7	33	78	1	95	47	17	9	26	1.77
8034535--8034601	34	1.9	35	87	3	100	46	11	7	34	1.69
8035157--8035208	21	2.3	23	80	12	72	15	23	26	34	1.94
8035527--8035564	18	2.1	18	85	9	51	50	0	13	36	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8037340--8037391	5	10.4	5	89	6	79	38	0	1	59	1.08
8038432--8038511	41	2.0	41	85	5	108	37	0	25	37	1.56
8041561--8041649	32	2.7	34	75	10	103	43	12	7	35	1.71
8044372--8044526	62	2.5	63	83	5	172	27	7	33	31	1.84
8045614--8045693	41	2.0	41	85	5	108	37	0	25	37	1.56
8048743--8048831	32	2.7	34	75	10	103	43	12	7	35	1.71
8051554--8051708	62	2.5	63	83	5	172	27	7	33	31	1.84
8061134--8061192	29	2.0	29	96	0	109	30	3	8	57	1.45
8062527--8062564	13	2.9	13	100	0	76	39	15	7	36	1.77
8063226--8063595	185	2.0	185	100	0	740	40	14	13	31	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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