genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.142.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

This is table  142  of  187  ( 22379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42946867--42947097	102	2.3	102	91	0	372	20	18	28	32	1.96
42946997--42947208	76	2.8	75	91	0	334	22	19	27	31	1.98
42947072--42947413	102	3.2	103	77	11	370	21	19	26	32	1.97
42946941--42947511	285	2.0	285	100	0	1142	22	19	26	31	1.97
42947282--42947493	76	2.8	75	91	0	334	22	19	27	31	1.98
42948927--42949163	33	6.8	33	72	19	153	21	19	27	31	1.98
42948820--42949050	102	2.3	102	91	0	372	20	18	28	32	1.96
42948950--42949161	76	2.8	75	91	0	334	22	19	27	31	1.98
42955163--42955200	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
42960095--42960133	17	2.3	17	86	8	53	41	0	17	41	1.50
42960727--42960782	20	2.8	20	77	0	67	10	30	17	41	1.84
42962318--42962365	15	3.3	14	80	8	51	52	12	0	35	1.40
42967500--42967675	50	3.5	49	73	6	147	21	17	25	36	1.94
42967496--42967767	100	2.8	100	79	5	265	22	18	25	33	1.96
42967856--42968206	44	7.5	44	64	19	124	27	20	17	33	1.96
42967854--42968270	142	2.9	142	93	1	705	27	20	17	34	1.95
42968177--42968299	44	2.8	44	79	7	142	29	21	18	30	1.97
42968388--42968621	130	1.8	130	88	0	360	24	23	22	29	1.99
42970656--42970700	6	7.5	6	92	0	63	17	0	13	68	1.20
42978505--42978848	27	12.8	27	79	7	360	43	16	14	25	1.86
42979073--42979140	26	2.6	26	80	0	91	17	17	25	39	1.91
42979254--42979329	30	2.6	29	87	4	100	22	27	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42979254--42979342	30	3.0	30	78	3	92	22	25	20	31	1.98
42984965--42985309	27	12.8	27	77	8	301	42	19	15	23	1.89
42984965--42985309	81	4.3	80	80	5	399	42	19	15	23	1.89
42984965--42985309	54	6.4	54	77	6	351	42	19	15	23	1.89
42985519--42985573	26	2.1	26	86	0	74	21	21	21	34	1.97
42985668--42985751	30	2.9	29	85	3	98	22	22	20	34	1.97
42985697--42985775	30	2.6	30	81	0	86	22	24	22	30	1.99
42989814--42989853	19	2.0	21	85	9	57	47	2	0	50	1.14
42989848--42989889	12	3.7	12	75	12	52	30	0	0	69	0.89
42989854--42989899	10	4.4	10	84	10	56	30	0	0	69	0.89
42996052--42996166	46	2.5	46	92	0	194	41	24	18	15	1.89
42996370--42996612	27	9.0	27	79	6	226	23	15	17	44	1.86
43002176--43002206	16	2.0	15	93	6	53	38	32	16	12	1.86
43002174--43002266	38	2.4	38	83	3	125	39	30	17	12	1.87
43002235--43002276	22	1.9	22	95	0	75	42	33	14	9	1.78
43002235--43002288	22	2.5	22	87	0	72	44	29	14	11	1.80
43002197--43002309	60	1.9	60	87	3	165	43	26	16	13	1.85
43005536--43005580	23	2.0	23	81	0	54	62	4	4	28	1.34
43006604--43006659	27	2.0	28	93	3	96	12	10	17	58	1.61
43006607--43006666	27	2.1	28	87	6	86	13	11	16	58	1.63
43007552--43007789	44	5.2	44	70	13	165	26	21	19	33	1.97
43007515--43007784	142	1.9	142	92	0	459	26	20	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43016413--43016458	19	2.4	19	85	7	58	41	10	23	23	1.86
43019998--43020048	27	1.9	26	84	11	68	54	13	9	21	1.67
43020317--43020361	23	2.0	23	81	0	54	62	4	4	28	1.34
43021022--43021093	36	2.0	36	94	0	126	50	8	8	33	1.63
43029015--43029154	75	1.9	76	87	1	210	36	26	20	16	1.94
43029133--43029174	16	2.6	16	96	0	75	33	28	26	11	1.92
43029015--43029161	38	3.9	38	89	1	206	36	26	21	16	1.94
43031898--43031965	25	2.7	25	83	0	82	30	26	17	25	1.97
43031883--43031977	25	3.8	25	69	15	70	30	24	20	25	1.98
43034259--43034302	22	2.0	22	100	0	88	40	13	9	36	1.76
43038896--43038976	23	3.5	23	64	21	60	43	1	20	34	1.60
43038880--43038974	47	2.0	47	100	0	190	45	2	16	35	1.60
43038977--43039024	24	2.0	24	100	0	96	33	16	0	50	1.46
43041246--43041304	20	2.9	21	77	10	68	38	1	5	54	1.33
43041948--43041996	25	1.9	26	88	12	75	53	10	4	32	1.54
43046534--43046574	21	1.9	22	85	5	57	43	2	2	51	1.28
43049134--43049269	37	3.7	35	76	14	121	38	30	13	16	1.88
43049126--43049277	74	2.1	74	84	2	198	41	29	12	16	1.85
43050828--43051146	145	2.2	144	86	0	431	31	23	20	24	1.98
43052181--43052219	14	2.7	15	92	4	62	46	5	0	48	1.24
43052616--43052645	13	2.2	14	94	5	53	26	0	16	56	1.40
43063540--43063657	56	2.1	56	84	3	148	27	25	25	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43064494--43064569	25	3.1	25	77	5	66	34	23	25	17	1.96
43064526--43064630	25	4.2	25	76	2	95	38	17	24	20	1.93
43064772--43064824	20	2.5	22	77	20	60	47	11	5	35	1.63
43067656--43067704	21	2.3	21	96	0	89	16	10	22	51	1.74
43073114--43073323	28	7.5	28	95	1	350	33	27	11	27	1.92
43073770--43073796	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
43077530--43077598	23	3.1	22	85	4	68	42	23	17	17	1.89
43077545--43077600	23	2.4	23	90	0	94	41	21	19	17	1.91
43083362--43083439	26	3.2	26	70	15	76	41	26	11	20	1.87
43083362--43083461	47	2.1	46	85	10	132	40	26	12	22	1.88
43083432--43083471	21	1.9	21	84	0	53	40	25	12	22	1.89
43110100--43110216	62	1.9	59	81	5	135	41	4	5	48	1.45
43112924--43112962	20	2.0	20	89	0	60	17	20	0	61	1.34
43113188--43113351	49	3.3	49	81	5	231	23	22	20	32	1.98
43113183--43113513	50	6.6	50	77	5	287	23	26	20	29	1.99
43113183--43113401	99	2.2	99	99	0	429	23	23	21	31	1.99
43116568--43116806	38	6.3	38	72	10	168	39	18	12	29	1.87
43120544--43120602	29	2.0	29	90	0	91	33	18	18	28	1.95
43120570--43120825	38	6.7	38	78	4	230	39	19	13	26	1.90
43120585--43120792	114	1.8	114	88	0	317	38	21	13	25	1.91
43121440--43121540	44	2.3	44	91	0	157	21	1	22	53	1.56
43131952--43132003	3	16.7	3	76	7	50	63	1	5	28	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43132766--43132805	16	2.4	17	79	4	55	77	0	10	12	0.99
43136857--43136887	15	2.1	15	93	0	53	12	3	3	80	0.95
43138785--43138827	19	2.3	19	84	8	52	25	27	11	34	1.91
43147069--43147099	15	2.1	15	100	0	62	51	19	12	16	1.76
43150791--43150831	21	2.0	20	85	4	55	48	7	7	36	1.59
43152194--43152219	11	2.4	11	100	0	52	38	23	7	30	1.83
43157025--43157049	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
43160754--43160868	27	4.2	28	85	5	164	32	21	22	23	1.98
43161224--43161378	27	5.7	27	86	0	193	18	17	21	42	1.89
43161756--43161819	28	2.3	28	91	2	112	35	21	18	23	1.95
43162173--43162356	27	6.8	27	87	2	244	16	17	25	40	1.91
43163624--43163747	40	3.1	40	88	0	167	36	21	26	15	1.93
43163624--43163720	20	4.8	20	69	9	81	36	22	26	14	1.93
43165150--43165185	18	1.9	19	94	5	65	33	16	5	44	1.71
43165587--43165692	40	2.7	40	96	0	194	29	14	26	30	1.95
43173711--43173934	79	2.8	78	84	6	281	25	27	22	25	2.00
43173711--43173934	40	5.7	40	88	6	289	25	27	22	25	2.00
43184818--43185352	9	58.1	9	69	15	217	45	18	1	34	1.59
43184775--43184895	27	4.4	27	77	9	104	47	16	0	35	1.53
43184963--43185302	47	6.8	47	78	13	299	46	19	1	33	1.58
43184941--43185363	156	2.7	160	88	6	603	45	18	1	34	1.58
43184954--43185352	9	44.0	9	71	15	218	46	19	1	33	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43187995--43188107	21	5.4	21	83	0	145	39	15	41	2	1.62
43188381--43188690	42	7.3	42	81	5	286	25	17	23	32	1.96
43188381--43188686	84	3.6	84	83	4	339	26	17	23	32	1.97
43189137--43189228	9	10.2	9	82	4	105	29	9	19	41	1.83
43196559--43196646	28	3.1	28	73	9	70	40	10	3	45	1.55
43196879--43196946	3	22.7	3	96	0	127	33	0	1	64	1.02
43197051--43197100	20	2.4	21	83	12	68	28	16	2	54	1.53
43197337--43198134	397	2.0	397	100	0	1596	30	18	17	33	1.94
43198515--43198568	26	2.0	27	92	3	92	38	7	14	38	1.75
43200194--43200241	3	16.0	3	78	8	53	33	0	6	60	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187