genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
529415--529463	26	1.9	25	83	4	62	0	30	2	67	1.02
530043--530124	31	2.6	31	88	0	110	30	14	10	43	1.80
535440--535534	23	4.1	23	88	0	136	22	28	4	45	1.71
537509--537540	13	2.5	13	94	0	55	6	25	46	21	1.74
541207--541272	31	2.2	31	86	10	93	43	1	1	53	1.19
541273--541315	22	1.9	23	85	4	61	51	0	0	48	1.00
541261--541362	27	3.7	27	65	17	66	49	0	1	48	1.19
541337--541390	23	2.3	23	72	12	56	51	3	0	44	1.19
541360--541394	17	2.0	18	88	5	54	51	8	0	40	1.33
543439--543478	12	3.3	12	96	0	71	40	5	0	55	1.22
543462--543516	27	2.1	27	89	3	85	29	0	3	67	1.08
543467--543524	27	2.2	27	81	3	64	39	0	3	56	1.16
543980--544013	18	1.9	18	88	5	52	8	8	5	76	1.15
543990--544042	21	2.7	19	80	8	61	15	5	1	77	1.04
550901--550995	23	4.1	23	87	0	127	44	4	29	22	1.71
556427--556499	27	2.8	25	75	20	62	52	1	1	45	1.18
559103--559146	21	2.1	21	95	0	79	29	40	9	20	1.83
559727--559970	83	2.9	83	83	6	298	27	22	21	28	1.99
563162--563232	15	4.7	15	76	13	65	32	9	1	56	1.41
568925--568974	7	7.3	7	76	19	52	68	0	16	16	1.22
568930--568961	13	2.5	13	100	0	64	68	0	15	15	1.21
568925--568974	20	2.4	21	81	18	61	68	0	16	16	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
568919--568974	13	4.2	13	86	4	58	71	0	14	14	1.15
570273--570683	43	9.5	43	76	2	264	29	20	24	25	1.99
570310--570735	44	9.8	44	79	3	378	30	19	25	25	1.98
570219--570556	131	2.6	130	87	4	452	29	20	23	25	1.99
570305--570750	174	2.6	174	92	0	766	29	19	24	25	1.99
571154--571584	132	3.3	132	88	2	625	31	22	22	22	1.98
571600--574036	88	27.8	88	97	0	4373	27	17	28	26	1.98
571124--574380	44	74.6	43	74	7	501	28	18	27	25	1.98
573715--574085	86	4.3	85	82	3	411	29	21	24	25	1.99
574057--574390	127	2.6	127	95	0	589	32	22	20	24	1.97
575603--575844	44	5.5	44	70	9	145	30	20	23	25	1.98
575509--575832	132	2.5	132	90	0	504	30	20	23	25	1.98
578736--578774	18	2.2	18	85	0	51	43	2	10	43	1.52
585013--585217	42	4.6	43	73	18	143	27	20	20	31	1.97
585018--585207	97	2.0	97	87	2	274	28	20	20	31	1.97
585625--585695	21	3.4	21	88	0	106	4	40	19	35	1.71
590934--590988	28	2.0	28	92	0	92	32	5	7	54	1.51
592457--592500	23	1.9	23	81	9	54	54	9	2	34	1.44
591809--592691	388	2.3	382	89	4	1365	42	22	5	29	1.75
593203--593930	117	6.3	114	88	4	968	31	25	18	24	1.98
593211--593930	347	2.1	341	87	4	1018	31	25	18	24	1.98
593847--594014	84	2.0	84	90	2	266	35	26	20	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
593734--594209	195	2.4	197	94	1	823	35	26	18	19	1.95
594042--594293	84	3.0	84	95	0	441	36	28	19	15	1.92
597038--597114	29	2.5	31	87	12	106	40	12	7	38	1.73
598930--598999	23	3.0	23	81	8	70	32	0	1	65	1.01
598973--599030	18	3.3	16	75	15	53	31	0	5	63	1.16
598972--599041	35	2.0	34	81	8	79	35	0	4	60	1.17
599315--599476	61	2.7	60	78	6	152	38	13	22	24	1.91
602599--602769	3	57.0	3	100	0	342	66	0	0	33	0.92
602802--602864	30	2.1	31	82	5	76	68	4	11	15	1.36
604253--605008	133	5.7	133	86	5	951	26	23	19	29	1.98
604904--605118	107	2.0	107	93	1	369	27	20	22	28	1.99
604775--605247	240	2.0	240	87	4	695	27	23	20	29	1.98
605014--605335	133	2.4	132	86	5	452	28	22	18	29	1.98
606010--606060	15	3.3	15	76	10	57	68	0	5	25	1.12
607696--607889	44	4.4	43	66	11	124	26	26	18	28	1.98
607615--609025	132	10.7	132	90	3	1916	27	24	19	28	1.99
608472--608916	44	10.1	44	63	12	142	27	25	20	26	1.99
609098--609142	17	2.6	17	96	0	81	17	26	13	42	1.86
610354--610394	14	2.9	15	82	10	50	12	17	2	68	1.31
614565--614624	27	2.3	27	97	2	113	43	6	13	36	1.70
614732--614837	3	35.3	3	94	0	185	64	0	2	33	1.08
614870--614931	29	2.1	30	81	3	72	67	4	11	16	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
615017--615297	143	2.0	143	98	0	544	39	20	22	17	1.92
618128--618179	22	2.4	22	87	6	70	42	5	1	50	1.37
618163--618196	17	1.9	18	88	5	52	44	0	2	52	1.16
623262--623395	62	2.2	62	82	5	157	38	18	9	33	1.84
628225--628271	21	2.4	19	85	7	58	46	17	23	12	1.82
630837--630908	31	2.5	30	82	10	87	31	2	5	59	1.35
631004--631054	26	2.0	25	81	7	59	27	1	9	60	1.39
631130--631179	22	2.3	22	79	6	57	22	12	4	62	1.46
640039--640072	13	2.6	13	85	0	50	32	35	20	11	1.89
640509--640779	135	2.0	135	100	0	542	42	13	10	33	1.78
641135--641204	21	3.3	21	84	4	88	45	15	24	14	1.83
644474--644553	3	26.3	3	76	7	63	58	2	5	33	1.33
654942--654972	13	2.5	13	94	5	55	35	12	9	41	1.76
656916--656967	20	2.4	22	76	20	56	61	1	7	28	1.34
657647--657680	14	2.5	14	95	4	61	14	0	35	50	1.44
658951--659021	33	2.2	33	89	0	106	38	12	4	45	1.62
663526--663573	24	2.0	24	83	0	60	39	18	22	18	1.92
665365--665398	15	2.4	14	90	5	50	5	17	0	76	0.98
666006--666033	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
666086--666116	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
668034--668061	13	2.2	13	100	0	56	32	28	17	21	1.96
671267--671344	9	8.2	10	72	18	60	65	0	1	33	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
671302--671395	29	3.2	30	82	5	86	58	3	1	37	1.21
671652--671723	29	2.5	28	79	4	81	36	2	2	58	1.27
671626--671704	41	1.9	41	80	14	92	36	2	3	56	1.31
671811--672066	88	2.9	88	80	6	273	33	10	21	35	1.87
672809--672841	16	2.1	16	88	11	50	63	0	27	9	1.24
676933--676978	23	2.0	23	100	0	92	69	13	13	4	1.33
679051--679089	14	2.8	14	84	0	51	33	2	7	56	1.41
680831--680876	19	2.4	20	76	20	53	26	21	8	43	1.81
684893--684931	14	2.8	14	84	0	51	56	7	2	33	1.41
687069--688451	132	10.5	132	94	0	2289	27	18	25	28	1.98
693004--693177	35	4.9	35	68	11	111	28	23	24	23	2.00
694668--694713	21	2.2	21	84	7	58	73	0	19	6	1.04
701165--701238	29	2.4	32	76	10	75	25	5	8	60	1.46
704773--704808	18	2.1	17	89	5	54	41	2	13	41	1.59
706112--706159	22	2.2	22	84	0	60	62	8	6	22	1.46
706120--706167	22	2.2	22	81	7	53	62	6	10	20	1.49
715278--715321	23	1.9	23	95	0	79	22	11	20	45	1.83
716423--716479	27	2.1	27	100	0	114	64	12	10	12	1.49
717137--717199	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
721295--721382	21	4.4	20	67	16	67	75	2	12	10	1.15
721299--721383	20	4.4	19	66	19	59	74	2	14	9	1.17
721313--721362	25	2.0	26	84	4	66	76	4	6	14	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721289--721406	58	2.1	58	93	1	202	72	4	12	10	1.24
722344--722424	7	11.7	7	94	2	146	71	1	13	13	1.21
723730--724541	44	18.6	44	80	3	726	30	20	24	24	1.99
723861--724869	219	4.7	219	87	4	1144	31	21	23	24	1.98
723686--724879	175	6.9	175	78	7	614	31	21	23	24	1.98
724476--724869	43	9.5	42	74	9	247	32	22	21	24	1.98
724516--724877	83	4.4	83	85	5	364	32	22	20	24	1.98
723946--724878	131	7.3	126	77	8	661	31	21	23	24	1.98
723733--724877	44	26.6	43	76	10	507	31	21	23	24	1.98
724386--725000	209	2.9	206	82	6	650	31	21	21	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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