genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22490267--22490345	38	2.0	38	82	4	95	51	6	3	37	1.45
22492510--22492545	17	2.1	17	89	0	54	2	22	2	72	1.11
22502812--22502877	35	1.9	34	84	6	89	46	13	7	31	1.71
22517627--22517651	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
22522600--22522695	13	7.3	13	70	9	52	43	3	17	35	1.65
22524477--22524693	73	3.0	73	97	0	409	25	5	23	45	1.73
22526049--22526265	71	3.1	71	81	4	231	31	21	16	30	1.95
22533385--22533417	15	2.2	15	100	0	66	27	18	30	24	1.98
22534915--22534949	5	7.0	5	100	0	70	40	0	20	40	1.52
22538660--22538712	22	2.4	22	100	0	106	37	22	0	39	1.54
22541673--22541744	30	2.4	30	95	0	126	43	6	12	37	1.70
22546256--22546303	25	2.0	23	88	8	69	35	8	4	52	1.51
22549994--22550045	17	3.1	17	73	15	54	59	0	1	38	1.08
22551189--22551254	28	2.4	28	86	0	87	50	12	9	28	1.70
22551249--22551363	28	4.1	28	73	4	97	38	11	14	35	1.82
22551249--22551363	56	2.1	56	86	0	158	38	11	14	35	1.82
22551319--22551400	42	2.0	42	85	0	110	41	10	14	32	1.81
22553939--22553988	22	2.3	22	80	13	59	32	2	18	48	1.59
22555744--22555804	26	2.3	26	83	5	70	36	14	16	32	1.89
22557445--22557483	19	2.1	19	100	0	78	46	15	12	25	1.81
22558014--22558092	39	2.0	39	97	0	149	48	1	6	44	1.36
22562775--22562831	29	2.0	29	82	0	69	28	12	26	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22563160--22563195	6	6.0	6	93	0	54	16	5	0	77	0.94
22566575--22566691	44	2.7	44	82	5	130	28	25	18	27	1.98
22580667--22580719	29	1.9	26	85	11	70	13	3	7	75	1.15
22586448--22586766	109	2.9	109	81	5	349	35	16	16	31	1.92
22586793--22586838	21	2.2	21	84	7	58	56	4	13	26	1.55
22611635--22612007	125	3.0	125	95	0	658	28	17	21	31	1.96
22614542--22614598	30	1.9	30	88	0	87	33	21	3	42	1.70
22617555--22617602	25	1.9	25	100	0	96	39	14	0	45	1.45
22617517--22617647	70	1.9	70	91	3	219	50	11	0	38	1.39
22617570--22617657	45	2.0	45	88	4	133	51	11	0	37	1.38
22618408--22618432	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
22618603--22618640	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19
22619506--22619642	43	3.2	43	95	0	238	27	33	17	21	1.96
22620836--22620889	24	2.3	24	80	3	65	46	18	14	20	1.84
22623864--22624025	41	4.0	41	83	3	200	30	32	17	18	1.95
22623868--22624018	82	1.8	82	87	2	223	31	31	18	18	1.95
22624058--22624160	40	2.6	40	86	7	140	23	22	18	35	1.95
22624058--22624188	40	3.3	38	80	10	129	24	24	16	34	1.96
22624521--22624575	11	4.9	11	75	20	60	41	1	30	25	1.66
22624521--22624575	22	2.5	22	83	16	69	41	1	30	25	1.66
22628222--22628350	45	2.9	45	77	2	125	42	12	22	22	1.87
22628428--22628540	27	4.2	27	80	4	111	38	8	25	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22628500--22628623	54	2.3	54	81	2	151	42	13	19	24	1.87
22639609--22639827	92	2.3	94	79	9	225	33	11	11	42	1.78
22639934--22639983	20	2.5	20	80	6	57	76	8	0	16	1.02
22640187--22640225	16	2.4	17	86	4	53	25	2	2	69	1.14
22640621--22640668	22	2.2	22	84	0	60	66	8	4	20	1.35
22640827--22640902	27	3.0	25	76	12	66	64	6	2	26	1.31
22640834--22640892	26	2.2	26	81	6	64	62	5	3	28	1.32
22642890--22643126	41	5.8	40	86	3	276	21	19	30	28	1.97
22643592--22643622	8	4.0	8	91	8	55	22	0	38	38	1.54
22643592--22643620	15	1.9	15	100	0	58	20	0	41	37	1.53
22647911--22647945	12	2.9	12	91	0	52	37	2	11	48	1.54
22647901--22647938	20	1.9	20	88	0	58	42	2	10	44	1.52
22649492--22649551	29	2.1	27	84	6	75	70	10	0	20	1.16
22649576--22649638	27	2.3	27	86	0	90	11	30	33	25	1.90
22651083--22651145	27	2.3	27	88	0	90	26	34	28	9	1.88
22651197--22651246	20	2.3	23	83	10	61	14	2	8	76	1.10
22653090--22653145	14	4.0	14	84	6	78	25	0	32	42	1.55
22653090--22653141	7	7.3	7	78	4	59	21	0	32	46	1.52
22653089--22653148	29	2.1	29	93	0	102	23	0	31	45	1.53
22653369--22653428	26	2.2	28	88	5	88	68	0	5	26	1.10
22656760--22656816	22	2.5	22	88	8	80	43	3	31	21	1.69
22656763--22656803	11	3.6	11	90	3	64	43	2	31	21	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22657591--22657640	7	7.0	7	78	13	57	80	0	2	18	0.82
22662665--22662787	57	2.1	57	85	4	167	46	7	17	28	1.75
22666586--22666619	10	3.3	10	91	4	50	23	11	8	55	1.63
22668149--22671096	982	3.0	982	99	0	5887	29	18	23	28	1.98
22672000--22672183	72	2.6	72	99	0	359	41	23	6	27	1.79
22672184--22672227	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
22676556--22676602	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
22695218--22695272	20	2.7	19	78	10	65	38	14	21	25	1.92
22696975--22696999	12	2.1	12	100	0	50	24	28	0	48	1.52
22698102--22698145	18	2.4	18	84	3	52	15	13	4	65	1.41
22699971--22700027	25	2.3	25	84	0	69	40	12	5	42	1.65
22700291--22700359	23	3.0	23	87	4	95	31	20	27	20	1.97
22706991--22707032	22	2.0	21	85	4	57	33	4	9	52	1.55
22712281--22712413	65	2.0	65	94	0	230	24	21	22	30	1.99
22723009--22723057	23	2.2	22	85	3	62	69	0	24	6	1.11
22723024--22723081	29	2.0	30	83	10	75	63	5	27	3	1.31
22723997--22724089	48	1.9	48	86	4	134	41	18	23	16	1.89
22724985--22725040	24	2.3	24	96	0	103	33	12	25	28	1.92
22725548--22725911	89	4.1	89	80	2	345	29	23	20	26	1.99
22725923--22726466	132	4.1	133	90	2	803	28	19	26	25	1.99
22725923--22726466	263	2.1	265	89	2	817	28	19	26	25	1.99
22728672--22728827	78	2.0	78	94	0	276	46	7	9	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22744389--22744446	19	2.9	18	78	14	53	51	0	1	46	1.11
22744781--22744821	21	2.0	21	85	0	55	21	34	12	31	1.91
22753380--22753417	20	1.9	19	85	15	51	28	0	7	63	1.23
22753814--22753843	15	2.0	15	93	0	51	13	3	0	83	0.77
22754434--22754481	15	3.1	15	88	11	62	72	2	0	25	0.95
22756883--22756916	8	3.8	9	88	11	52	44	26	0	29	1.55
22756949--22757200	130	1.9	130	97	0	477	27	15	15	42	1.86
22760333--22760378	22	2.1	22	95	0	83	30	8	28	32	1.87
22766375--22766421	16	2.9	17	75	9	53	21	0	27	51	1.48
22766406--22766725	97	3.3	96	86	6	416	39	2	18	39	1.63
22767348--22767389	16	2.6	17	81	11	52	59	23	0	16	1.37
22774093--22774189	44	2.2	43	80	10	117	28	27	17	25	1.98
22774105--22774188	44	1.9	44	85	9	118	30	29	17	21	1.96
22774833--22774885	25	2.1	26	82	10	65	60	20	0	18	1.36
22778418--22778517	51	1.9	52	87	2	148	31	3	19	47	1.64
22781891--22781977	28	3.1	28	79	9	95	13	27	19	39	1.90
22781891--22781978	29	3.1	29	83	4	99	13	27	19	39	1.89
22787043--22787147	41	2.6	41	86	3	131	29	26	18	25	1.98
22788798--22788822	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
22815609--22815658	24	2.1	24	100	0	100	50	18	12	20	1.78
22821085--22821190	51	2.1	51	94	0	185	32	17	12	37	1.87
22826861--22826923	26	2.3	27	81	13	67	6	22	3	68	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22827947--22827989	19	2.3	18	88	8	59	44	0	2	53	1.13
22828032--22828143	49	2.3	47	75	11	118	54	4	1	39	1.31
22828090--22828155	9	7.4	9	75	13	57	57	4	0	37	1.19
22828100--22828165	18	3.6	19	79	6	73	59	3	0	37	1.13
22828125--22828168	19	2.4	18	81	7	52	59	2	0	38	1.10
22828592--22828677	28	3.1	28	76	17	90	55	1	2	40	1.20
22828606--22828673	29	2.4	29	83	13	81	52	1	2	42	1.25
22834809--22834863	19	2.9	19	83	0	65	21	21	27	29	1.99
22836473--22836596	61	2.0	61	84	6	162	41	13	4	41	1.63
22837474--22837534	31	2.0	31	93	0	104	36	26	14	22	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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