genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27488686--27488713	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
27495210--27495545	50	6.7	49	72	6	255	25	19	22	32	1.97
27495203--27495549	100	3.5	99	88	6	495	25	19	22	32	1.97
27497120--27497154	8	4.4	8	92	0	61	11	8	0	80	0.92
27500000--27500043	20	2.1	21	83	4	54	11	22	11	54	1.68
27510420--27510480	28	2.1	29	87	3	88	16	27	0	55	1.41
27513332--27513370	16	2.4	16	86	0	51	69	7	2	20	1.26
27520075--27520235	25	6.4	25	72	7	76	24	13	24	37	1.91
27520075--27520461	100	3.9	99	79	4	303	22	15	25	36	1.93
27520099--27520332	25	9.4	25	68	7	107	22	16	24	35	1.95
27520075--27520461	50	7.7	49	76	4	274	22	15	25	36	1.93
27520488--27520535	25	1.9	25	95	0	87	29	16	18	35	1.93
27521793--27521850	27	2.2	26	84	6	80	68	8	8	13	1.37
27525605--27525640	19	1.9	19	88	5	56	61	0	0	38	0.96
27526874--27526904	15	2.1	15	100	0	62	54	6	12	25	1.62
27527782--27527824	21	2.0	23	81	9	54	44	11	11	32	1.77
27530602--27530739	69	2.0	69	88	5	208	43	14	22	19	1.87
27530589--27530735	34	4.3	34	73	11	138	44	13	22	19	1.86
27530775--27530815	19	2.2	19	95	0	73	36	0	17	46	1.48
27531030--27531068	13	2.9	13	81	7	51	41	12	5	41	1.65
27532695--27532809	34	3.4	34	77	10	126	18	25	13	42	1.87
27533866--27534047	35	5.3	34	84	6	224	16	25	15	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27536851--27536895	21	2.1	22	84	12	58	13	6	6	73	1.24
27536851--27536895	20	2.1	20	84	12	54	13	6	6	73	1.24
27541194--27541232	13	2.9	14	92	7	64	46	5	12	35	1.65
27541230--27541272	22	2.0	21	86	4	59	51	4	6	37	1.50
27543345--27543432	43	2.0	43	91	4	142	32	25	0	42	1.55
27555892--27555924	17	2.0	17	88	5	50	6	21	0	72	1.05
27558644--27558799	50	3.2	50	77	1	145	31	21	10	36	1.88
27565481--27565526	19	2.4	19	77	19	51	43	2	15	39	1.59
27569006--27569056	25	2.0	25	92	0	84	39	21	17	21	1.93
27569539--27569573	17	2.0	18	94	5	63	2	5	5	85	0.81
27589575--27589607	6	5.5	6	100	0	66	51	33	0	15	1.43
27591754--27591801	13	3.7	13	94	0	87	25	8	27	39	1.84
27593701--27593752	26	2.0	26	100	0	104	26	30	23	19	1.98
27594236--27594296	30	2.0	30	87	6	88	44	16	36	3	1.64
27594696--27594725	14	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
27605657--27605740	44	1.9	44	92	0	141	28	20	20	30	1.97
27605763--27606045	44	6.5	43	68	18	126	28	20	20	30	1.98
27606071--27606192	44	2.7	45	78	15	119	27	23	18	30	1.98
27605914--27606209	147	2.0	147	91	0	475	26	23	19	30	1.98
27606209--27606320	44	2.5	44	84	2	136	29	20	21	28	1.98
27624852--27625443	139	4.3	139	73	12	497	27	20	21	31	1.98
27625050--27625444	126	3.0	126	81	8	382	27	19	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27624955--27625442	266	1.8	265	88	1	753	27	19	21	31	1.97
27625180--27625444	140	1.9	140	88	1	397	26	20	21	31	1.98
27628222--27628813	139	4.3	139	73	12	497	27	20	21	31	1.98
27628420--27628814	126	3.0	126	81	8	382	27	19	21	31	1.97
27628325--27628812	266	1.8	265	88	1	753	27	19	21	31	1.97
27628550--27628814	140	1.9	140	88	1	397	26	20	21	31	1.98
27631592--27632183	139	4.3	139	73	12	497	27	20	21	31	1.98
27631790--27632184	126	3.0	126	81	8	382	27	19	21	31	1.97
27631695--27632182	266	1.8	265	88	1	753	27	19	21	31	1.97
27631920--27632184	140	1.9	140	88	1	397	26	20	21	31	1.98
27634962--27635553	139	4.3	139	73	12	497	27	20	21	31	1.98
27635160--27635554	126	3.0	126	81	8	382	27	19	21	31	1.97
27635065--27635552	266	1.8	265	88	1	753	27	19	21	31	1.97
27635290--27635554	140	1.9	140	88	1	397	26	20	21	31	1.98
27642705--27643132	148	2.9	146	84	3	556	25	21	15	37	1.93
27642708--27643132	73	5.8	73	84	3	559	25	21	15	37	1.92
27645627--27645717	43	2.2	44	82	13	120	17	16	27	38	1.91
27647786--27647839	27	2.0	27	100	0	108	29	14	7	48	1.71
27655154--27655262	42	2.6	42	94	0	182	14	37	26	21	1.92
27657174--27657230	28	2.0	28	90	6	89	40	14	17	28	1.88
27663553--27663596	9	4.9	9	82	0	61	43	20	11	25	1.85
27674575--27674605	16	1.9	16	93	0	53	25	6	16	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27680413--27680451	16	2.4	16	86	0	51	46	2	10	41	1.51
27680385--27680439	22	2.5	22	81	0	65	50	1	3	43	1.30
27680421--27680454	16	2.1	16	94	0	59	44	0	8	47	1.34
27680443--27680585	68	2.1	67	93	2	252	41	4	9	44	1.57
27680527--27680554	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
27680651--27680694	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
27685695--27685722	13	2.2	13	100	0	56	28	14	7	50	1.69
27685698--27685731	13	2.6	13	90	0	50	35	11	2	50	1.54
27692645--27692745	48	2.1	48	90	3	159	10	12	8	67	1.42
27692641--27692764	49	2.7	44	81	12	151	10	13	9	66	1.45
27693316--27693374	31	1.9	31	86	6	84	40	6	13	38	1.71
27693316--27693382	31	2.2	31	83	5	82	38	8	14	37	1.78
27694712--27694907	100	2.0	100	90	4	315	45	6	1	46	1.36
27696617--27696685	28	2.5	28	77	15	72	39	2	0	57	1.13
27696668--27696714	8	5.4	8	83	16	58	40	0	2	57	1.11
27711300--27711347	24	2.0	24	100	0	96	20	29	0	50	1.49
27713930--27713993	28	2.2	29	86	5	94	46	18	4	29	1.69
27714341--27714382	13	3.3	13	83	9	52	30	2	2	64	1.19
27714819--27714882	33	1.9	33	81	6	76	26	6	39	28	1.80
27715050--27715074	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
27721245--27721286	21	2.0	21	86	13	59	40	4	4	50	1.45
27722914--27723019	27	3.9	27	78	9	108	28	24	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27724180--27724299	42	2.8	43	87	8	160	51	7	6	34	1.56
27734669--27734706	8	5.0	8	84	12	53	63	0	2	34	1.09
27734676--27734741	22	3.0	22	90	0	96	66	3	7	22	1.31
27734800--27734860	24	2.4	26	84	10	74	47	1	9	40	1.46
27737023--27737465	131	3.4	131	87	1	593	26	23	18	30	1.98
27737728--27737782	24	2.3	24	96	0	101	27	25	12	34	1.92
27738593--27738691	43	2.3	42	84	3	126	27	24	14	34	1.94
27738767--27738835	10	6.5	11	80	14	74	0	17	1	81	0.77
27738768--27738837	33	2.1	33	86	5	97	0	15	1	82	0.73
27738768--27738836	16	4.2	16	83	7	86	0	15	1	82	0.74
27743530--27743580	20	2.3	24	87	12	74	54	0	5	39	1.24
27743652--27743714	26	2.4	27	81	5	76	46	1	11	41	1.49
27743786--27743838	3	17.3	3	96	3	97	66	0	1	32	1.03
27744574--27744611	5	7.8	5	82	5	51	78	2	2	15	0.97
27744574--27744600	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
27746841--27746888	25	1.9	25	86	0	69	27	8	29	35	1.86
27746945--27746989	13	3.7	13	77	17	60	48	6	0	44	1.29
27746947--27746996	23	2.2	23	96	0	91	52	8	0	40	1.31
27759373--27759412	21	1.9	21	89	0	62	40	0	20	40	1.52
27759874--27760047	74	2.4	75	78	8	171	19	23	20	36	1.95
27764912--27764940	15	1.9	15	100	0	58	62	6	10	20	1.50
27765755--27765808	25	2.2	25	80	12	58	46	5	1	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27766390--27766431	18	2.3	18	100	0	84	50	26	0	23	1.50
27766364--27766464	51	2.0	51	84	3	132	49	16	5	27	1.69
27766408--27766517	33	3.3	33	83	3	159	46	14	7	31	1.72
27769546--27769928	120	3.2	120	98	0	739	43	2	5	48	1.37
27769674--27769871	66	3.2	66	68	21	208	43	3	5	47	1.42
27769758--27769793	18	2.1	18	89	5	56	38	0	0	61	0.96
27769877--27769911	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27770076--27770166	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
27770147--27770215	16	4.2	16	90	3	111	36	36	1	26	1.66
27771809--27771838	3	10.0	3	92	0	51	63	0	33	3	1.11

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