genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22001785--22001810	12	2.2	12	100	0	52	73	7	0	19	1.07
22001802--22001849	7	6.4	8	83	9	57	72	14	8	4	1.23
22001802--22001849	15	3.2	15	85	8	71	72	14	8	4	1.23
22001805--22001849	22	2.0	22	91	0	72	73	13	8	4	1.23
22011136--22011208	27	2.7	27	75	8	76	43	20	12	23	1.85
22011242--22011288	24	2.0	24	91	8	78	23	4	19	53	1.63
22011626--22011680	28	2.0	27	86	10	76	10	20	34	34	1.87
22020597--22020871	132	2.1	132	93	1	471	27	23	19	29	1.98
22020774--22020959	88	2.1	88	91	2	302	27	23	20	27	1.99
22020862--22021201	132	2.6	132	92	1	574	28	23	18	29	1.98
22020623--22021091	220	2.1	220	91	0	767	27	24	18	29	1.98
22052592--22052648	27	2.1	27	96	0	105	45	8	24	21	1.80
22058707--22058762	7	8.8	6	79	16	60	17	5	0	76	0.96
22058708--22058762	18	2.9	19	84	15	62	18	5	0	76	0.97
22058706--22058780	14	5.6	13	77	15	64	20	4	1	74	1.05
22063582--22063640	21	2.8	20	75	12	57	47	3	1	47	1.29
22070355--22070433	41	1.9	41	89	0	122	20	6	22	50	1.70
22075449--22075682	121	1.9	120	95	0	423	42	0	5	51	1.30
22080345--22080557	107	2.0	107	98	0	408	35	12	13	38	1.82
22081170--22081208	16	2.4	16	82	0	51	33	17	7	41	1.79
22081250--22081288	20	2.0	19	85	5	51	61	17	0	20	1.34
22081458--22081501	19	2.2	20	84	4	54	38	2	4	54	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22082087--22082123	19	1.9	19	94	0	65	64	0	0	35	0.94
22099626--22099688	30	2.1	30	87	0	90	26	1	12	58	1.43
22099810--22099840	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
22102122--22105018	579	5.0	578	92	0	4821	35	22	13	29	1.92
22105545--22105667	20	6.2	20	72	6	97	40	20	26	13	1.88
22105561--22105667	39	2.7	39	79	4	117	40	20	27	12	1.88
22110889--22111056	92	1.8	92	90	0	273	18	41	20	19	1.90
22111323--22111357	18	2.0	18	88	5	54	80	0	11	8	0.92
22112329--22112403	3	25.3	3	72	12	57	33	5	2	58	1.34
22112328--22112403	20	3.7	19	73	14	55	32	6	2	57	1.38
22112348--22112398	23	2.2	23	85	0	66	37	1	1	58	1.20
22129192--22130388	29	43.7	29	77	13	834	33	1	22	42	1.63
22129192--22130388	52	21.8	57	75	13	760	33	1	22	42	1.63
22129329--22129384	23	2.4	23	93	0	94	25	1	26	46	1.63
22129439--22129484	23	2.0	23	91	0	74	30	2	19	47	1.61
22129246--22130381	28	41.7	28	77	14	805	33	1	22	42	1.63
22129442--22129493	23	2.3	23	79	0	59	34	1	19	44	1.62
22129475--22129544	34	2.1	34	86	0	95	41	0	20	38	1.52
22129488--22129592	34	3.2	35	76	16	100	31	0	28	39	1.63
22129583--22129628	23	2.0	23	91	0	74	30	2	19	47	1.61
22129599--22130388	131	5.9	132	82	8	843	34	1	21	43	1.61
22130114--22130166	23	2.3	21	100	0	70	37	0	18	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22132381--22132414	14	2.3	15	90	5	52	67	2	0	29	1.05
22132611--22132652	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
22132624--22132682	30	2.0	30	96	0	109	32	0	35	32	1.58
22132602--22132704	52	2.0	51	84	5	136	33	0	32	33	1.65
22132653--22132723	22	3.2	22	90	7	108	36	1	28	33	1.66
22136865--22136932	25	2.7	24	79	16	75	50	1	7	41	1.39
22141332--22141358	6	4.5	6	100	0	54	14	0	14	70	1.17
22145845--22145998	77	2.0	77	97	0	290	28	20	29	21	1.98
22152880--22152927	25	1.9	24	83	8	60	52	2	4	41	1.32
22166194--22166328	33	4.1	33	98	1	254	42	37	6	14	1.71
22167281--22167726	224	2.0	224	97	0	847	33	20	17	28	1.95
22168673--22168711	21	1.9	20	84	5	51	46	7	17	28	1.76
22168680--22168722	16	2.8	16	78	3	52	46	9	16	27	1.77
22168858--22168893	16	2.2	17	90	9	58	52	0	0	47	1.00
22176136--22176168	9	3.7	9	88	12	50	57	12	0	30	1.35
22179456--22179484	9	3.3	9	95	4	51	72	0	6	20	1.07
22180930--22180964	9	3.9	9	88	11	54	88	8	2	0	0.61
22180930--22180963	17	1.9	18	94	5	61	88	8	2	0	0.62
22181005--22181073	27	2.6	27	90	0	102	23	31	28	15	1.95
22181348--22181383	17	2.2	16	90	5	54	30	0	2	66	1.06
22182114--22182158	18	2.5	18	85	0	63	28	4	46	20	1.69
22184537--22184565	14	2.1	14	100	0	58	55	0	6	37	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22185658--22185722	28	2.4	28	87	7	98	47	0	10	41	1.38
22185758--22185798	19	2.2	19	90	0	64	70	4	0	24	1.06
22185758--22185809	19	2.7	19	87	0	59	67	7	0	25	1.17
22186513--22186633	22	6.0	22	73	15	86	0	33	0	66	0.98
22186486--22186642	10	15.9	10	68	16	87	0	31	0	67	0.95
22186586--22186659	14	5.1	14	72	22	55	0	31	0	68	0.89
22186542--22186656	28	4.1	28	69	14	67	0	33	0	66	0.98
22186481--22186650	76	2.3	75	82	11	188	1	32	0	66	0.99
22186486--22186662	10	16.7	10	66	16	63	0	31	0	67	0.95
22186486--22186650	38	4.3	38	80	12	162	0	32	0	67	0.96
22186620--22186662	22	1.9	23	85	4	61	0	30	0	69	0.88
22186582--22186663	28	2.7	30	75	19	89	0	32	0	67	0.91
22186561--22186676	42	2.9	40	80	10	105	0	36	0	63	0.94
22186711--22186787	27	2.9	27	88	0	100	15	28	27	28	1.96
22192658--22192704	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
22199544--22199719	96	1.8	96	90	0	280	34	13	17	34	1.89
22207546--22207609	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
22207824--22208348	41	12.8	41	97	1	973	27	22	21	29	1.99
22215682--22215795	41	2.8	41	90	1	174	24	28	21	25	1.99
22217593--22217617	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
22220727--22220804	39	2.0	39	85	5	104	73	0	24	2	0.96
22238031--22238073	23	2.0	22	86	9	61	41	4	9	44	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22238155--22238225	26	2.6	27	84	8	81	66	5	26	1	1.22
22239078--22239157	25	3.3	25	86	5	112	17	27	18	36	1.94
22239090--22239181	22	4.0	22	79	10	96	17	27	17	38	1.92
22240735--22240792	20	2.8	21	76	10	66	36	22	10	31	1.88
22242983--22243015	17	1.9	17	88	11	50	45	0	3	51	1.16
22244286--22244354	32	2.2	32	94	0	120	14	17	26	42	1.87
22249125--22249181	29	2.0	29	82	0	69	17	29	26	26	1.97
22249269--22249393	63	2.0	63	88	0	187	26	25	27	20	1.99
22249269--22249417	63	2.4	63	84	4	176	24	27	28	19	1.99
22254982--22255012	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22259572--22259630	21	2.8	21	71	19	68	45	13	20	20	1.84
22259572--22259715	42	3.4	41	81	3	153	44	15	19	20	1.86
22261558--22261631	28	2.6	28	84	2	103	29	10	25	33	1.90
22263109--22263157	13	4.2	12	80	17	50	77	4	0	18	0.92
22263109--22263157	6	8.3	6	76	19	50	77	4	0	18	0.92
22263268--22263329	31	2.0	32	84	9	83	27	14	20	37	1.92
22265100--22265139	21	1.9	21	85	10	55	52	2	35	10	1.48
22265168--22265227	3	20.0	3	96	0	111	68	0	31	0	0.90
22265440--22265494	19	2.9	18	77	17	58	74	0	16	9	1.06
22265452--22265489	20	1.9	20	94	0	67	76	0	13	10	1.02
22267844--22267925	18	4.4	19	76	13	50	34	14	3	47	1.62
22267878--22267926	18	2.7	18	83	0	71	40	16	0	42	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22275493--22275540	24	2.0	24	95	0	87	31	16	10	41	1.82
22280865--22280961	22	4.4	21	74	14	72	15	26	19	38	1.92
22283337--22283366	15	1.9	16	93	6	53	26	3	0	70	1.03
22283700--22283733	16	2.1	16	94	0	59	35	0	0	64	0.94
22286689--22286756	32	2.1	32	83	0	82	30	10	10	48	1.71
22286963--22287014	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
22292062--22292113	26	2.0	26	100	0	104	42	7	11	38	1.70
22295096--22295136	22	1.9	22	90	5	66	24	14	26	34	1.94
22295713--22295772	20	3.0	20	80	4	59	31	26	8	33	1.86
22299212--22299895	18	42.3	18	61	22	216	46	26	0	27	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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