genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26035490--26035550	22	2.8	22	87	5	88	31	14	13	40	1.84
26053922--26054023	52	2.0	52	98	0	195	31	35	16	16	1.92
26054232--26054353	60	2.0	60	98	0	235	22	28	13	35	1.92
26058252--26058289	17	2.2	18	85	4	51	68	5	0	26	1.11
26063377--26063416	20	2.0	20	100	0	80	55	10	15	20	1.68
26080307--26080349	11	3.8	11	85	14	61	46	0	37	16	1.47
26080473--26080535	28	2.2	28	88	0	90	33	6	28	31	1.82
26083400--26083478	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
26083597--26083976	47	8.1	47	92	0	607	27	29	9	33	1.88
26087391--26087573	40	4.6	40	80	6	194	24	26	22	26	2.00
26087881--26087959	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
26089855--26089934	38	2.1	38	86	6	110	26	30	18	25	1.98
26090053--26090481	47	9.1	47	93	0	687	28	30	9	32	1.88
26094453--26094521	34	2.0	34	88	0	102	36	4	13	46	1.62
26094577--26094659	23	3.7	22	75	4	85	33	12	18	36	1.87
26097250--26097297	22	2.2	23	88	7	73	41	12	14	31	1.83
26097281--26097352	23	3.1	23	79	0	81	33	15	13	37	1.87
26097339--26097877	105	5.2	105	95	1	933	32	7	17	42	1.76
26098266--26098688	36	11.7	36	69	5	190	24	21	21	32	1.98
26098359--26098696	72	4.7	72	81	1	336	24	22	22	31	1.99
26098266--26098483	110	2.0	108	82	7	262	22	22	22	31	1.98
26107197--26107235	21	1.9	20	84	5	51	48	15	12	23	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26110893--26110939	24	2.0	24	83	8	60	65	2	27	4	1.22
26112908--26113002	49	1.9	49	91	0	154	25	21	21	32	1.98
26116881--26117058	98	1.8	98	100	0	356	46	14	4	35	1.64
26117552--26117641	43	2.1	44	85	2	119	41	11	17	30	1.84
26130562--26130609	25	2.0	25	83	4	62	52	2	2	43	1.24
26137010--26137041	15	2.2	14	94	5	55	37	0	31	31	1.58
26144249--26144279	16	1.9	16	93	0	53	45	0	29	25	1.54
26144366--26144425	30	2.0	31	83	9	79	41	1	36	20	1.62
26144639--26144675	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
26144724--26144761	18	2.1	18	95	0	67	31	18	15	34	1.92
26150892--26150926	18	1.9	18	94	0	61	14	31	28	25	1.95
26164482--26164572	27	3.4	27	80	8	114	36	16	13	34	1.87
26164451--26164570	54	2.2	55	85	5	156	35	15	15	33	1.89
26164482--26164587	54	2.0	51	87	8	151	34	15	13	36	1.86
26169121--26169189	35	2.0	34	94	0	111	26	23	23	26	1.99
26170660--26170724	33	2.0	33	90	0	103	44	4	16	33	1.69
26171793--26171940	27	5.5	27	86	1	208	32	17	14	35	1.91
26172216--26172292	34	2.3	33	86	6	111	27	24	23	24	2.00
26173690--26173728	19	2.1	19	85	4	53	30	7	7	53	1.57
26177072--26177137	24	2.9	22	80	8	87	22	19	16	40	1.91
26177119--26177204	45	1.9	44	80	2	100	30	19	16	33	1.94
26178198--26178248	18	2.8	18	82	5	50	1	15	7	74	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26179004--26179039	18	2.1	18	89	5	56	52	0	0	47	1.00
26179121--26179154	15	2.2	15	89	5	50	61	2	0	35	1.11
26181415--26181481	10	6.5	10	73	13	55	62	1	1	34	1.13
26181430--26181474	22	2.1	22	84	12	58	68	0	0	31	0.89
26188127--26188300	48	3.5	46	80	10	161	24	16	28	31	1.96
26194594--26194624	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
26203542--26203683	62	2.3	63	83	1	178	28	27	21	22	1.99
26204360--26204618	126	2.1	125	92	2	439	54	11	18	15	1.70
26206875--26206909	6	5.8	6	93	0	61	45	2	0	51	1.16
26207089--26207163	37	2.1	36	92	2	123	49	20	4	26	1.66
26208747--26208919	94	1.8	95	81	7	219	38	11	12	36	1.80
26209246--26209398	77	2.0	77	84	2	200	43	14	13	28	1.84
26213776--26214131	195	1.8	195	82	4	459	43	13	10	32	1.78
26214676--26214789	60	1.9	60	88	0	174	26	12	27	34	1.92
26215872--26215921	26	1.9	26	95	0	91	38	12	8	42	1.71
26215979--26216025	13	3.6	13	72	11	51	51	12	6	29	1.65
26218227--26218266	17	2.4	17	91	8	64	15	30	42	12	1.83
26219209--26219278	28	2.5	28	86	2	88	32	20	24	22	1.97
26219602--26219905	27	11.4	26	79	9	256	16	17	22	43	1.88
26219613--26219907	107	2.8	107	84	5	384	15	17	22	44	1.87
26219613--26219905	80	3.7	80	82	4	347	16	17	22	44	1.86
26222172--26222467	98	3.0	96	71	11	269	43	14	10	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26222122--26222581	194	2.4	194	81	2	539	43	13	10	33	1.78
26224491--26224577	39	2.3	38	84	5	106	33	14	13	37	1.86
26224600--26224664	32	2.0	32	87	0	94	27	24	6	41	1.78
26229101--26229164	32	2.0	32	87	0	92	25	25	6	43	1.77
26232632--26232669	17	2.2	17	95	0	67	52	13	0	34	1.40
26235857--26235896	3	13.0	3	89	5	62	65	2	0	32	1.06
26238922--26238978	28	2.0	28	100	0	114	49	7	14	29	1.69
26241595--26241698	52	2.0	52	100	0	208	40	13	17	28	1.87
26243258--26243322	32	2.0	33	90	3	105	61	6	15	16	1.53
26248652--26248696	24	1.9	23	86	4	63	31	8	2	57	1.41
26250881--26250926	24	2.0	23	86	4	65	28	10	2	58	1.43
26251221--26251281	19	3.2	19	80	13	63	36	1	0	62	1.05
26251230--26251281	21	2.6	21	85	11	65	36	1	0	61	1.07
26251343--26251383	21	2.0	21	85	9	57	21	4	2	70	1.18
26255869--26255910	16	2.6	16	88	3	57	57	2	0	40	1.12
26255965--26255994	15	2.0	15	93	0	51	50	0	6	43	1.28
26260941--26260984	19	2.3	19	84	7	54	13	4	18	63	1.46
26263993--26264043	21	2.3	22	80	10	59	54	0	1	43	1.11
26263921--26264078	86	1.8	86	88	8	241	45	3	0	50	1.22
26264661--26264747	40	2.1	41	83	6	106	33	21	18	26	1.96
26267394--26267438	22	2.0	23	91	8	74	33	24	6	35	1.82
26267403--26267474	22	3.3	22	78	3	74	34	20	8	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26267494--26267584	22	4.0	22	74	8	67	32	21	9	35	1.87
26267547--26267597	22	2.3	22	82	0	66	39	19	7	33	1.81
26267528--26267726	103	1.9	103	87	2	292	32	20	11	35	1.89
26267403--26267700	125	2.4	125	80	3	321	33	20	11	35	1.88
26267641--26267698	22	2.6	22	83	0	62	34	29	8	27	1.87
26267552--26267748	103	1.9	103	89	0	304	31	20	12	35	1.90
26267902--26268096	29	6.7	29	86	0	282	33	27	12	26	1.93
26267902--26268097	58	3.4	58	97	0	365	33	27	12	26	1.93
26267880--26268097	87	2.5	87	82	2	285	33	27	12	26	1.93
26275455--26275501	20	2.5	19	75	6	51	40	2	2	55	1.24
26275728--26275791	13	4.9	13	86	0	92	40	25	7	26	1.82
26281828--26281886	27	2.1	28	81	9	68	25	3	6	64	1.34
26281950--26281974	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
26282298--26282343	23	2.0	23	100	0	92	30	4	8	56	1.49
26287138--26287207	19	3.7	19	81	9	72	52	7	0	40	1.29
26287138--26287195	20	3.1	19	85	5	73	51	8	0	39	1.33
26287126--26287196	20	3.5	20	75	9	65	54	8	0	36	1.31
26288385--26288675	144	2.0	144	95	1	530	41	14	14	29	1.86
26292584--26292767	49	3.8	48	73	9	149	28	15	28	26	1.96
26292583--26292772	98	1.9	98	79	4	213	28	15	28	26	1.96
26293017--26293145	48	2.7	48	90	0	204	37	3	19	39	1.70
26293017--26293161	48	3.0	47	82	7	175	35	3	19	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26300435--26300470	15	2.3	16	90	4	56	50	0	2	47	1.15
26300435--26300476	13	2.9	14	86	10	50	45	0	2	52	1.13
26301429--26301454	8	3.2	8	100	0	52	57	0	0	42	0.98
26302113--26302176	21	3.1	20	77	16	60	60	3	1	34	1.22
26302113--26302176	23	3.0	21	82	10	76	60	3	1	34	1.22
26302121--26302168	11	4.3	11	78	5	51	64	4	2	29	1.23
26302106--26302176	9	7.1	9	72	20	52	57	4	1	36	1.27
26312564--26312603	12	3.3	12	96	0	71	40	17	40	2	1.63
26313071--26313254	42	4.3	42	86	2	226	25	21	20	32	1.97
26313071--26313254	85	2.2	85	84	3	228	25	21	20	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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