genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19567332--19567418	35	2.5	35	84	0	111	33	18	20	27	1.96
19582874--19582922	24	2.0	24	84	4	62	44	2	4	48	1.33
19582923--19582971	19	2.5	20	84	12	59	40	0	2	57	1.10
19585908--19585964	28	2.0	28	100	0	114	28	28	17	26	1.98
19591748--19591818	14	4.8	14	71	19	63	73	5	4	16	1.19
19591755--19591838	23	3.7	22	76	16	73	71	4	8	15	1.27
19591755--19591831	22	3.4	23	80	16	81	70	5	7	16	1.30
19593846--19594450	131	4.6	131	90	1	928	30	20	23	25	1.99
19594022--19594450	44	9.9	42	65	14	147	30	20	23	25	1.99
19594407--19594585	90	2.0	91	87	1	261	31	21	21	25	1.98
19594420--19594567	47	3.3	43	70	8	125	29	24	22	23	1.99
19594455--19594585	44	2.9	45	74	7	122	32	19	22	25	1.98
19594589--19595157	97	5.8	97	90	2	861	32	22	20	24	1.98
19594589--19595157	195	2.9	196	90	1	885	32	22	20	24	1.98
19600905--19601072	50	3.3	49	75	8	158	24	19	23	32	1.98
19601127--19601233	36	2.8	37	73	7	90	28	27	23	21	1.99
19601244--19601492	44	5.8	42	79	7	200	28	21	20	29	1.98
19601341--19601445	41	2.6	41	100	0	210	36	20	20	22	1.95
19601476--19601585	43	2.5	44	71	8	116	28	21	22	27	1.99
19601705--19601829	44	2.8	44	86	2	162	28	25	15	31	1.95
19601705--19602135	44	9.8	44	70	7	155	25	23	19	31	1.98
19601748--19602338	175	3.4	173	85	3	763	25	24	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19601774--19602026	131	1.9	130	82	4	312	25	22	19	32	1.98
19602109--19602222	44	2.6	44	83	5	133	28	27	19	25	1.99
19602153--19603010	131	6.5	131	91	0	1331	25	23	20	30	1.98
19614751--19614797	24	1.9	25	83	12	62	29	4	0	65	1.11
19615277--19615322	18	2.5	19	76	16	51	28	4	0	67	1.10
19616159--19616200	21	2.0	21	81	9	50	40	7	7	45	1.59
19618043--19618094	26	2.0	26	96	0	95	40	3	25	30	1.73
19620319--19620515	34	5.7	34	77	5	164	18	24	24	32	1.97
19623094--19623152	12	5.0	12	76	17	52	38	0	1	59	1.08
19623121--19623164	12	3.8	12	84	3	54	40	0	4	54	1.21
19623086--19623139	24	2.3	23	81	15	65	35	0	1	62	1.06
19623097--19623172	35	2.2	35	79	9	84	40	0	3	55	1.18
19623217--19623268	23	2.3	23	83	6	61	42	1	0	55	1.10
19624042--19624081	20	2.0	20	90	0	62	50	7	10	32	1.64
19624030--19624096	34	1.9	35	84	3	91	46	10	8	34	1.70
19631262--19631313	24	2.2	24	96	0	95	53	7	1	36	1.41
19632875--19632929	23	2.4	23	93	0	92	14	21	18	45	1.85
19635454--19635611	85	1.9	85	90	0	253	54	10	15	19	1.70
19640022--19640227	45	4.6	45	81	4	184	21	17	17	43	1.88
19640021--19640184	90	1.8	90	82	0	211	22	19	15	42	1.89
19641102--19641536	215	2.0	215	96	0	807	40	15	6	37	1.74
19651566--19651596	3	10.3	3	100	0	62	32	35	0	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19660157--19660193	18	2.0	18	89	5	56	37	0	2	59	1.12
19660426--19660592	87	1.9	87	86	4	239	32	19	10	37	1.86
19660742--19660796	20	2.7	21	83	10	62	60	0	1	38	1.08
19661119--19661244	9	13.4	10	70	16	83	25	0	2	71	1.03
19661107--19661146	20	2.0	20	85	9	55	27	2	7	62	1.35
19661107--19661152	20	2.2	21	81	11	51	28	2	6	63	1.31
19661184--19661244	17	3.4	17	80	15	70	26	0	0	73	0.83
19661119--19661244	19	6.7	19	72	13	93	25	0	2	71	1.03
19664612--19664663	15	3.7	14	80	7	61	1	17	0	80	0.80
19664613--19664647	8	4.5	8	89	7	54	0	20	0	80	0.72
19667198--19667227	6	4.8	6	95	4	51	33	0	3	63	1.11
19667257--19667302	9	5.3	9	84	5	60	21	0	0	78	0.76
19667231--19667296	27	2.5	26	80	12	71	28	0	3	68	1.05
19671581--19672495	229	4.0	229	100	0	1830	35	16	16	31	1.92
19683938--19683967	14	2.1	14	100	0	60	33	46	13	6	1.69
19689071--19689102	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
19696095--19696138	14	3.1	14	83	0	61	29	15	27	27	1.96
19698252--19698286	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
19698388--19698442	16	3.4	16	80	12	58	49	0	1	49	1.11
19698139--19698453	156	2.0	157	94	0	560	41	2	6	49	1.42
19698496--19698577	26	3.0	27	75	12	87	52	2	1	43	1.22
19709883--19710178	44	6.6	44	76	12	271	29	20	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19710349--19710491	51	2.8	51	79	0	151	27	23	16	32	1.96
19710469--19710517	21	2.3	21	82	0	62	28	34	2	34	1.69
19710367--19710596	123	1.9	123	80	3	275	29	25	14	30	1.95
19713062--19713224	42	3.9	42	91	0	245	28	28	13	29	1.94
19713300--19713352	22	2.4	22	81	6	63	7	16	0	75	1.02
19713296--19713352	24	2.5	22	81	10	62	7	17	0	75	1.02
19713328--19713404	33	2.3	33	82	4	93	22	3	5	68	1.26
19718222--19718264	15	2.7	16	82	17	54	62	11	4	20	1.46
19720037--19720175	40	3.5	39	77	14	135	25	19	23	30	1.98
19728019--19728112	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
19730534--19730627	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
19732120--19732159	19	2.1	19	85	0	53	47	15	17	20	1.83
19735835--19735997	29	5.6	29	68	12	84	37	10	25	26	1.88
19735857--19736033	29	6.1	29	71	10	103	37	12	25	24	1.91
19740478--19740529	24	2.2	24	85	0	68	51	7	5	34	1.54
19742444--19742489	24	1.9	24	90	0	74	50	8	4	36	1.53
19743329--19743382	20	2.6	21	85	8	67	68	1	3	25	1.16
19747830--19747867	19	2.0	19	100	0	76	36	0	21	42	1.53
19748063--19748114	3	17.3	3	95	0	95	63	0	0	36	0.95
19748492--19748542	23	2.2	23	82	0	57	35	17	21	25	1.95
19752481--19752824	181	1.9	185	82	8	443	31	15	14	38	1.89
19757738--19757774	14	2.6	14	82	0	56	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19760003--19760061	29	2.0	29	96	0	109	47	8	3	40	1.51
19761219--19761280	32	1.9	32	96	0	115	38	0	30	30	1.58
19766669--19766839	40	4.3	40	87	0	243	15	19	29	35	1.93
19771422--19772435	336	3.0	336	94	0	1733	31	22	15	30	1.95
19780288--19780318	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
19781065--19781215	41	3.7	40	71	8	97	23	23	27	25	2.00
19781039--19781191	83	1.8	83	87	2	227	23	26	25	24	2.00
19781039--19781214	83	2.1	83	84	5	223	23	26	26	23	2.00
19791126--19791153	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
19794623--19795063	69	6.5	67	74	15	259	60	2	7	29	1.38
19794624--19795015	69	5.8	68	74	15	291	61	2	6	29	1.35
19794758--19794802	17	2.6	18	83	16	51	66	0	11	22	1.22
19794570--19795063	140	3.6	135	76	12	401	60	2	7	29	1.38
19794842--19794880	20	1.9	20	89	5	60	66	0	5	28	1.12
19794635--19794942	70	4.3	71	81	8	274	61	2	7	28	1.37
19794922--19795046	60	2.1	60	86	0	169	58	1	8	31	1.38
19796603--19796826	44	5.1	44	77	3	202	29	20	16	33	1.95
19796605--19796826	88	2.5	88	81	2	241	29	20	17	32	1.95
19801043--19801099	30	1.9	30	96	0	105	47	14	12	26	1.79
19808880--19808928	26	1.9	25	87	4	71	36	4	0	59	1.17
19809521--19809557	9	4.0	9	89	3	56	40	0	35	24	1.55
19820520--19820549	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19823264--19823326	30	2.1	30	93	0	108	23	4	15	55	1.59
19823455--19823493	16	2.4	17	91	4	62	74	2	0	23	0.94
19823489--19823604	30	3.9	29	81	7	117	31	21	3	43	1.69
19823832--19823889	20	3.0	20	75	9	59	62	0	37	0	0.96
19823837--19823880	20	2.2	20	88	8	63	59	0	40	0	0.98
19823908--19823950	18	2.5	17	78	14	52	23	32	44	0	1.54
19823968--19823995	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
19826033--19826078	20	2.5	19	76	13	51	71	6	0	21	1.08
19826126--19826181	5	11.0	5	75	17	53	62	1	0	35	1.06
19826212--19826319	16	6.4	16	71	19	69	59	2	3	34	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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