genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8377482--8377627	75	2.0	72	89	4	220	31	20	23	24	1.98
8378324--8378433	54	2.0	54	87	0	157	32	24	17	25	1.96
8396652--8396693	22	1.9	22	90	0	66	42	16	2	38	1.61
8399737--8399851	58	2.0	58	92	0	194	34	16	22	26	1.95
8399954--8400005	26	2.0	26	92	0	86	28	23	11	36	1.90
8401991--8402035	21	2.0	22	83	8	56	40	0	20	40	1.52
8402425--8402523	50	2.0	51	84	6	130	23	27	18	31	1.97
8402425--8402497	25	2.9	25	77	4	76	23	30	15	31	1.95
8405181--8405394	68	3.4	61	74	17	211	50	4	4	40	1.42
8405483--8405578	43	2.2	43	83	1	120	28	16	23	31	1.96
8407923--8407957	17	2.1	17	100	0	70	34	11	11	42	1.77
8408945--8408972	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
8410325--8410376	24	2.2	24	92	0	86	44	1	30	23	1.64
8417420--8417532	20	5.8	19	72	20	72	54	6	18	20	1.64
8417409--8417521	36	3.0	37	81	10	113	53	7	18	20	1.67
8417456--8417521	21	3.2	20	77	14	71	57	4	18	19	1.57
8417455--8417544	41	2.1	43	83	4	121	54	7	18	18	1.67
8417584--8417640	20	2.8	22	74	15	59	64	8	3	22	1.37
8421261--8421403	50	2.9	50	84	0	187	27	21	28	21	1.99
8424139--8424172	6	5.7	6	92	0	50	82	0	14	2	0.79
8426147--8426174	13	2.2	13	100	0	56	28	14	0	57	1.38
8426368--8426438	34	2.1	34	97	0	133	30	5	9	53	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8429263--8429308	13	3.5	13	77	11	58	30	19	13	36	1.90
8429263--8429315	26	2.0	26	96	0	97	32	20	11	35	1.88
8429892--8429928	17	2.2	17	95	0	65	54	5	18	21	1.64
8431764--8431810	19	2.5	19	89	3	69	17	8	21	53	1.70
8434257--8434296	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
8440692--8440857	84	2.0	84	86	0	233	36	5	34	22	1.78
8448786--8448835	23	2.2	23	100	0	100	48	18	8	26	1.75
8449929--8449987	24	2.6	23	84	10	68	44	13	0	42	1.44
8453674--8453721	25	1.9	25	83	8	62	16	27	25	31	1.97
8453690--8453758	26	2.7	25	78	8	68	14	26	26	33	1.94
8453726--8453829	48	2.1	49	77	13	108	21	23	22	33	1.97
8453799--8453892	25	3.8	25	77	6	84	23	22	18	36	1.95
8465134--8465863	363	2.0	363	95	0	1316	35	14	20	29	1.92
8468318--8468378	23	2.7	23	89	0	95	29	24	21	24	1.99
8472229--8472264	18	2.0	18	94	0	63	47	0	13	38	1.44
8472418--8472508	21	4.3	21	72	8	69	15	20	17	46	1.84
8479407--8479471	24	2.6	25	85	2	87	44	7	23	24	1.79
8484296--8484364	35	1.9	36	82	8	88	46	17	11	24	1.81
8484431--8484505	30	2.5	30	80	6	82	32	4	21	42	1.71
8487874--8487954	27	3.0	27	80	5	101	22	30	16	30	1.95
8489268--8489331	29	2.2	29	81	8	76	34	6	14	45	1.70
8496002--8496063	26	2.3	27	83	8	83	19	30	16	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8499317--8499390	37	2.0	37	84	5	96	59	1	5	33	1.29
8499665--8499697	15	2.1	16	88	5	50	60	3	0	36	1.12
8504421--8504505	32	2.8	29	79	13	89	31	27	12	28	1.93
8504633--8504699	35	1.9	35	93	0	116	29	23	20	25	1.99
8514042--8514085	22	2.0	22	90	4	70	0	25	2	72	0.96
8516711--8516745	11	3.2	11	91	0	52	2	22	25	48	1.64
8516766--8516857	25	3.7	25	92	0	148	1	23	26	48	1.57
8519622--8519669	18	2.7	18	93	0	78	35	14	12	37	1.84
8520098--8520264	72	2.3	72	86	5	232	24	5	13	56	1.59
8523318--8523360	21	2.0	21	86	0	59	39	9	13	37	1.78
8523298--8523371	19	3.8	19	77	7	85	37	12	16	33	1.85
8524679--8524875	98	2.0	98	92	0	331	26	9	26	37	1.86
8528628--8529088	230	2.0	230	100	0	922	39	15	13	32	1.85
8529069--8529108	20	2.0	20	100	0	80	40	20	5	35	1.74
8530789--8530813	11	2.3	11	100	0	50	84	8	0	8	0.79
8533714--8533754	21	2.0	21	85	9	57	34	0	4	60	1.18
8538464--8538504	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
8540410--8540443	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
8548745--8548796	25	2.1	25	85	7	70	32	17	25	25	1.97
8548911--8548963	24	2.2	24	82	3	61	32	24	24	18	1.97
8557236--8557437	102	2.0	102	97	0	377	27	26	17	28	1.98
8559394--8559510	58	2.0	57	98	1	225	34	15	15	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8569608--8569635	8	3.5	8	100	0	56	42	0	0	57	0.99
8573201--8573241	11	3.6	11	90	3	64	39	4	0	56	1.21
8573245--8573288	22	2.0	22	87	12	65	34	0	2	63	1.07
8582173--8582251	31	2.6	32	80	9	94	41	2	5	50	1.38
8583556--8583641	26	3.3	25	91	6	136	33	12	11	41	1.80
8592314--8592358	21	2.1	21	84	8	56	71	6	4	17	1.25
8593157--8593213	22	2.4	24	83	13	66	47	0	3	49	1.18
8593702--8593739	19	2.1	18	85	14	51	57	0	0	42	0.98
8595065--8595103	16	2.5	15	83	4	51	51	0	2	46	1.14
8595070--8595113	16	3.1	14	78	15	54	50	0	2	47	1.13
8595859--8595899	21	2.0	21	90	0	64	60	2	2	34	1.23
8601237--8601293	10	5.6	10	78	17	64	38	1	1	57	1.19
8601360--8601428	32	2.2	31	85	10	88	46	23	8	21	1.79
8601466--8601507	21	2.0	21	90	0	66	28	23	23	23	2.00
8601573--8601608	3	12.0	3	93	0	63	66	0	30	2	1.06
8609691--8609746	19	2.8	19	84	7	67	28	3	1	66	1.19
8614772--8614808	18	2.0	19	89	5	58	43	2	0	54	1.14
8630372--8630400	10	2.9	10	100	0	58	51	6	0	41	1.28
8637497--8637532	18	2.0	18	94	0	63	38	19	22	19	1.93
8642147--8642413	104	2.6	104	93	1	446	30	31	20	18	1.96
8642742--8642805	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
8642749--8642805	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8643933--8643987	27	2.0	27	89	0	83	36	18	27	18	1.94
8644274--8644310	15	2.4	15	95	4	65	43	5	24	27	1.76
8648467--8648514	3	16.0	3	86	0	51	35	8	0	56	1.30
8648467--8648514	15	3.2	15	84	0	60	35	8	0	56	1.30
8651114--8651185	21	3.4	22	74	16	71	37	25	22	15	1.93
8651692--8651762	36	2.0	36	94	0	124	36	16	12	33	1.87
8652530--8652582	5	10.6	5	95	0	97	58	0	1	39	1.09
8654407--8654447	15	3.0	14	86	13	59	43	0	19	36	1.51
8655515--8655617	54	1.9	54	90	4	163	21	21	19	37	1.94
8657746--8658006	100	2.6	100	96	0	477	33	29	14	22	1.94
8670429--8670463	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
8670839--8670889	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
8672070--8672097	13	2.2	13	100	0	56	46	14	0	39	1.44
8672207--8672245	19	2.0	20	95	5	71	15	25	5	53	1.62
8680285--8680333	17	2.8	18	78	9	57	20	20	30	28	1.98
8681844--8681902	21	2.8	21	89	0	82	16	30	25	27	1.97
8681850--8681919	21	3.3	21	86	4	79	15	34	22	27	1.95
8696166--8696463	46	6.6	45	91	4	476	27	21	16	34	1.95
8696166--8696463	91	3.3	91	93	2	530	27	21	16	34	1.95
8701097--8701163	35	1.9	35	84	0	89	26	26	20	25	1.99
8702237--8702267	5	6.2	5	100	0	62	80	19	0	0	0.71
8702277--8702344	6	10.7	6	74	12	55	73	7	1	17	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8702277--8702332	24	2.5	22	80	11	69	75	5	1	17	1.09
8705040--8705388	174	2.0	174	92	0	581	30	23	12	33	1.92
8710931--8711046	13	8.9	13	68	16	62	50	11	12	25	1.74
8712393--8712486	19	4.8	19	84	5	134	38	9	14	37	1.79
8712393--8712486	38	2.4	39	92	3	154	38	9	14	37	1.79
8712393--8712512	19	5.9	21	79	11	92	37	8	15	38	1.78
8718167--8718282	41	2.8	41	93	0	187	22	26	21	29	1.99
8723571--8723674	12	8.5	13	72	19	57	47	8	16	27	1.76
8723612--8723684	22	3.2	22	75	17	85	52	8	13	26	1.68
8723599--8723707	47	2.3	48	83	13	145	48	9	14	27	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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