genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28093791--28093837	24	1.9	25	86	4	69	25	36	0	38	1.56
28111784--28111826	20	2.2	20	87	4	61	34	6	11	46	1.67
28115369--28115416	25	1.9	25	86	0	69	39	12	14	33	1.84
28117076--28117143	27	2.5	27	78	4	84	26	13	23	36	1.92
28131083--28131127	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
28131785--28131827	9	4.6	9	81	18	52	37	0	0	62	0.95
28133985--28134030	24	1.9	24	86	0	65	45	15	26	13	1.82
28137891--28137932	22	1.9	22	85	0	57	38	7	33	21	1.81
28137913--28138417	132	3.8	132	91	1	798	28	18	24	28	1.98
28138525--28138987	232	2.0	232	99	0	917	32	21	19	25	1.97
28138983--28139067	19	4.5	19	79	5	82	41	9	11	37	1.74
28138976--28139067	38	2.4	38	92	0	148	40	9	13	36	1.77
28138991--28139093	19	5.1	21	78	5	74	39	6	14	38	1.73
28149993--28150089	42	2.3	41	80	7	106	31	20	22	24	1.98
28152037--28152114	39	2.0	39	82	9	97	47	1	0	51	1.09
28154269--28154309	4	10.0	4	84	5	55	68	4	0	26	1.10
28155014--28155092	3	26.3	3	100	0	158	67	0	0	32	0.91
28156078--28156111	13	2.4	14	90	9	52	58	0	2	38	1.13
28186496--28186533	18	2.1	18	100	0	76	31	21	18	28	1.97
28192548--28192599	24	2.0	27	82	10	65	34	17	7	40	1.78
28193992--28194027	18	2.0	18	100	0	72	55	0	11	33	1.35
28194339--28194387	24	2.0	24	88	0	71	38	30	10	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28199120--28199147	8	3.5	8	100	0	56	75	0	0	25	0.81
28201155--28201690	50	10.6	50	86	1	653	23	29	20	26	1.99
28201702--28201783	42	2.0	41	82	2	101	26	23	20	29	1.99
28214416--28214607	51	3.8	51	77	4	174	23	17	28	30	1.97
28214423--28214607	102	1.8	101	85	3	264	23	18	27	30	1.98
28214833--28214864	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
28228422--28228577	64	2.5	63	83	5	183	27	5	30	36	1.79
28236352--28236445	20	4.7	20	82	0	107	28	37	6	27	1.81
28236819--28236882	28	2.2	29	83	2	76	39	12	23	25	1.90
28260137--28260314	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
28260138--28260293	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28260134--28260314	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28268327--28268504	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
28268328--28268483	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28268324--28268504	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28278667--28278727	21	2.9	20	72	18	61	14	26	18	40	1.89
28282027--28282187	74	2.2	74	87	2	225	37	2	24	35	1.69
28282392--28282440	26	2.1	22	82	17	55	30	16	10	42	1.81
28284260--28284530	138	2.0	138	85	2	366	42	12	9	35	1.75
28284838--28284890	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
28285498--28285544	22	2.1	22	84	7	60	42	6	4	46	1.48
28288540--28288599	25	2.4	25	81	8	68	31	5	0	63	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28288543--28288598	26	2.2	26	83	3	69	30	3	0	66	1.09
28289162--28289206	16	2.8	16	86	3	63	40	26	2	31	1.68
28293084--28293165	26	3.1	27	63	16	64	32	25	12	29	1.92
28293082--28293188	51	2.1	51	94	0	187	34	26	11	28	1.90
28293873--28293928	20	2.9	19	71	7	60	50	14	5	30	1.65
28295492--28295554	14	4.4	14	76	4	54	58	0	3	38	1.14
28303220--28303443	43	5.3	42	78	10	222	28	31	17	22	1.97
28303220--28303423	83	2.4	83	81	4	230	25	31	18	24	1.97
28303280--28303462	43	4.3	42	74	8	138	28	30	18	22	1.97
28303787--28303844	21	2.8	21	91	0	89	3	44	15	36	1.63
28304800--28304919	9	14.2	9	76	13	121	32	1	18	47	1.58
28304804--28304919	25	4.6	25	86	0	169	32	1	18	46	1.60
28304800--28304919	50	2.4	50	91	0	195	32	1	18	47	1.58
28304800--28304946	50	2.9	49	84	4	170	30	2	17	49	1.58
28304968--28305030	12	5.2	12	72	1	54	28	3	17	50	1.61
28305199--28305273	29	2.6	29	97	0	141	28	2	22	46	1.65
28305165--28305276	16	7.2	16	65	15	74	29	3	23	43	1.70
28306039--28306079	19	2.1	20	95	4	75	53	0	0	46	1.00
28306698--28306770	28	2.6	29	93	4	130	52	26	6	15	1.67
28307454--28307551	47	2.0	49	88	7	148	41	1	8	48	1.39
28308071--28308100	13	2.3	13	94	0	51	13	10	0	76	1.01
28308073--28308119	19	2.5	19	75	3	51	14	6	2	76	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28308466--28308511	23	2.0	23	86	0	65	30	47	2	19	1.61
28309264--28309417	41	3.8	41	85	1	211	30	25	21	22	1.99
28309459--28309532	39	1.9	38	83	8	96	22	22	20	33	1.97
28309459--28309609	40	3.8	39	73	12	112	22	22	20	34	1.97
28310826--28310970	47	3.1	47	100	0	290	51	4	4	40	1.40
28313680--28313719	16	2.5	16	87	0	53	42	2	15	40	1.60
28314488--28314687	98	2.0	98	85	5	271	31	20	15	34	1.93
28314596--28314980	44	8.8	44	71	9	142	28	21	18	31	1.97
28314588--28314999	218	1.9	219	89	1	639	27	21	18	31	1.97
28316213--28316252	16	2.5	16	87	0	53	42	2	15	40	1.60
28317021--28317220	98	2.0	98	85	5	271	31	20	15	34	1.93
28317330--28318293	87	11.1	86	73	11	646	27	20	20	31	1.98
28317266--28317520	46	5.7	46	69	12	156	27	21	20	30	1.98
28317129--28318814	44	38.8	42	69	12	367	28	21	19	31	1.97
28317124--28318639	174	8.7	173	78	7	1235	28	20	19	31	1.97
28317939--28318592	302	2.2	300	82	4	769	28	21	19	30	1.98
28318088--28318835	346	2.2	347	88	3	1105	28	21	19	30	1.97
28318498--28318768	129	2.1	128	90	0	434	29	19	19	30	1.97
28320932--28320966	15	2.2	16	95	5	63	2	17	0	80	0.84
28320976--28321043	25	2.6	26	84	13	79	4	13	5	76	1.12
28325488--28325527	16	2.5	16	87	0	53	42	2	15	40	1.60
28325520--28325562	21	2.0	21	95	0	77	65	9	2	23	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28329576--28329633	4	14.5	4	96	0	107	48	25	1	24	1.61
28331984--28332038	21	2.6	21	97	0	101	18	9	18	54	1.69
28332065--28332090	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
28332983--28333052	29	2.3	29	85	9	88	24	14	14	47	1.81
28333959--28334011	27	2.0	27	85	7	72	16	28	28	26	1.97
28335591--28335615	13	1.9	13	100	0	50	56	36	0	8	1.29
28336375--28336539	43	3.9	43	78	7	140	32	25	17	24	1.97
28336375--28336539	86	1.9	84	82	10	201	32	25	17	24	1.97
28337859--28337912	22	2.5	22	78	3	56	27	0	9	62	1.25
28341198--28341231	15	2.3	15	89	0	50	73	2	0	23	0.97
28341440--28341480	19	2.0	21	86	9	59	68	4	9	17	1.35
28341647--28341723	19	3.8	19	89	6	91	38	15	7	37	1.77
28341673--28341733	19	3.3	18	88	4	61	37	16	11	34	1.85
28342520--28342895	44	8.7	44	81	6	401	29	24	17	28	1.97
28342520--28342855	126	2.6	126	87	3	467	28	25	17	29	1.97
28342581--28342895	170	1.9	170	86	1	452	29	23	18	28	1.98
28342895--28343384	88	5.6	88	86	0	593	22	24	26	26	2.00
28343107--28343319	44	4.8	44	66	9	137	21	26	25	25	2.00
28345593--28345645	25	2.2	25	86	10	74	62	5	11	20	1.49
28345593--28345660	25	2.7	23	82	11	55	60	5	11	22	1.52
28349267--28349382	52	2.3	49	78	12	121	56	7	6	29	1.51
28349641--28349674	3	11.3	3	87	12	52	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28349640--28349674	18	2.0	18	94	5	63	62	0	0	37	0.95
28349641--28349690	21	2.4	21	83	9	59	66	2	0	32	1.03
28350089--28350146	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
28350102--28350199	19	4.8	19	85	9	106	38	16	8	36	1.78
28350136--28350198	21	3.1	21	90	9	112	38	14	9	38	1.78
28351042--28351068	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
28355109--28355185	30	2.5	29	80	16	84	74	5	18	2	1.13
28358372--28358476	37	2.8	37	88	5	151	17	16	30	36	1.91
28359428--28359490	25	2.5	25	82	5	74	22	26	33	17	1.96
28360228--28360281	25	2.2	25	82	0	63	25	14	22	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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