genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18723290--18723348	11	5.5	10	83	15	73	22	30	0	47	1.51
18723731--18723763	16	2.1	16	94	0	57	30	24	15	30	1.95
18724530--18724565	7	5.1	7	100	0	72	27	0	13	58	1.36
18724530--18724572	21	2.0	20	91	8	68	27	0	13	58	1.37
18725189--18725232	18	2.4	18	84	0	52	20	25	9	45	1.80
18725473--18725520	21	2.3	21	81	0	60	33	37	18	10	1.85
18728934--18729202	126	2.1	126	90	0	421	27	20	17	34	1.95
18729237--18729555	95	3.3	98	82	5	382	40	16	3	39	1.66
18729586--18729642	27	2.0	29	86	6	82	47	36	0	15	1.46
18731448--18731643	100	2.0	101	85	1	268	32	17	17	32	1.94
18731819--18731858	16	2.4	18	76	23	52	45	0	0	55	0.99
18731968--18732002	17	2.1	17	94	0	61	42	2	0	54	1.15
18735245--18735292	23	2.1	23	84	7	62	47	8	4	39	1.53
18736790--18736837	23	2.1	23	84	7	62	47	8	4	39	1.53
18737492--18737532	19	2.1	19	86	4	55	43	0	2	53	1.13
18742126--18742802	174	3.9	174	87	1	872	29	23	17	29	1.97
18746388--18746527	26	5.5	26	66	20	80	43	2	4	50	1.34
18746547--18746808	145	1.8	145	92	1	445	47	2	3	46	1.33
18746959--18747007	16	3.1	16	87	0	71	22	30	6	40	1.78
18747870--18747929	22	2.7	22	69	21	52	45	0	0	55	0.99
18748785--18748838	26	2.1	26	86	6	74	40	3	22	33	1.71
18760280--18760491	106	2.0	106	98	0	406	36	23	20	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18768089--18768170	20	3.9	23	72	23	74	56	2	1	40	1.20
18768125--18768176	20	2.7	19	79	5	59	59	1	1	36	1.19
18768066--18768176	39	2.8	41	78	10	115	56	1	0	40	1.16
18768223--18768260	20	1.9	20	89	10	60	68	0	0	31	0.90
18771837--18771870	17	2.0	17	94	0	59	26	11	32	29	1.92
18773156--18773222	32	2.1	32	83	5	82	49	7	4	38	1.51
18773593--18773622	15	1.9	16	93	6	53	26	6	0	66	1.16
18777500--18777542	23	1.9	22	85	4	59	58	27	4	9	1.49
18777492--18777545	23	2.5	21	77	11	56	59	24	5	11	1.53
18782144--18782174	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
18783504--18783642	25	5.7	23	71	14	84	46	17	2	33	1.61
18783576--18783697	61	2.0	59	84	3	154	40	18	3	37	1.67
18787316--18787359	15	2.9	15	79	0	52	43	0	0	56	0.99
18787300--18787438	62	2.3	57	84	7	161	44	0	1	53	1.14
18787575--18787644	16	4.4	16	76	7	61	31	25	2	40	1.70
18793240--18793292	26	2.0	26	100	0	106	43	18	15	22	1.87
18793286--18793390	54	1.9	56	90	3	169	43	18	14	23	1.86
18813299--18814104	44	18.6	44	74	12	387	30	19	22	28	1.98
18813336--18814011	217	3.1	217	88	3	916	30	19	21	27	1.98
18813510--18814011	89	5.8	85	70	13	265	31	19	20	27	1.97
18813596--18813969	45	8.5	45	75	14	275	31	18	21	27	1.97
18813596--18814108	261	2.0	261	90	2	807	31	19	21	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18827349--18827416	32	2.1	33	88	2	102	25	14	23	36	1.93
18827451--18827678	114	2.0	114	97	0	429	30	26	13	29	1.94
18836092--18836130	13	3.0	12	85	14	51	2	35	0	61	1.10
18841432--18841535	44	2.4	44	77	11	106	58	1	3	35	1.27
18843446--18843489	21	2.1	21	87	8	63	36	0	13	50	1.42
18843460--18843508	23	2.2	21	78	7	53	40	2	12	44	1.53
18846492--18846566	27	2.8	27	81	0	87	24	22	17	36	1.95
18848767--18848953	101	1.8	102	93	3	324	23	17	27	31	1.97
18848873--18848953	26	3.2	26	65	28	73	22	14	29	33	1.94
18848759--18848953	51	3.8	52	82	7	249	23	16	28	30	1.97
18848960--18849047	46	2.0	44	82	8	106	23	17	23	35	1.95
18854065--18854183	49	2.4	49	81	4	141	23	23	20	32	1.98
18854065--18854351	50	5.6	50	79	3	254	22	27	21	28	1.99
18857322--18857383	32	1.9	32	96	0	115	38	9	14	37	1.79
18857469--18857658	91	2.1	90	82	5	226	32	14	22	31	1.93
18867852--18867904	20	2.7	20	78	0	70	5	18	15	60	1.54
18875293--18875334	16	2.6	16	96	0	75	45	7	0	47	1.30
18875308--18875363	23	2.5	23	85	2	78	46	1	0	51	1.11
18879759--18879886	64	2.0	64	80	3	141	22	19	20	37	1.94
18879980--18880079	25	4.0	25	72	5	78	21	23	18	38	1.94
18881024--18881120	42	2.3	42	83	0	113	18	28	32	19	1.96
18889533--18889609	39	2.0	39	84	2	102	31	10	16	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18899956--18900003	21	2.3	20	80	16	53	25	6	2	66	1.26
18900032--18900067	11	3.1	12	88	8	56	30	0	5	63	1.17
18901577--18901610	13	2.5	13	90	4	50	85	0	11	2	0.71
18902285--18902314	1	30.0	1	93	0	51	0	96	0	0	0.05
18902785--18902820	19	1.9	18	94	5	63	27	25	16	30	1.97
18912300--18912339	15	2.6	15	84	4	53	67	2	2	27	1.16
18923461--18923507	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
18926670--18926716	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
18929879--18929925	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
18936417--18936546	53	2.4	52	84	7	163	41	0	31	26	1.56
18937081--18937105	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
18937266--18937317	9	5.8	9	95	0	95	36	30	9	23	1.87
18942352--18942381	13	2.3	13	94	0	51	16	13	10	60	1.59
18945055--18945116	24	2.6	24	84	0	70	30	17	27	24	1.97
18948642--18948684	21	2.0	21	86	0	59	30	11	4	53	1.57
18949954--18950004	16	3.2	16	91	0	84	35	3	33	27	1.75
18956268--18956460	71	2.6	73	89	5	302	36	15	17	30	1.91
18961194--18961237	5	8.6	5	85	5	61	40	0	18	40	1.50
18961385--18961435	24	2.1	24	82	7	59	45	0	11	43	1.40
18961579--18961626	25	2.0	25	87	4	71	14	27	20	37	1.92
18961684--18961750	26	2.6	26	86	9	100	14	23	23	37	1.93
18961783--18961863	24	3.4	23	77	6	74	19	30	18	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18964711--18964795	41	2.1	41	93	0	143	20	18	23	37	1.94
18966662--18966726	17	3.6	18	73	17	53	33	0	0	66	0.92
18979189--18979230	21	2.0	21	85	4	57	35	2	0	61	1.09
18979734--18980002	35	8.0	34	84	6	325	18	22	18	40	1.91
18979729--18980002	67	4.0	66	89	5	336	18	22	17	41	1.90
18979729--18979992	102	2.6	100	91	4	413	18	23	18	40	1.91
18982803--18982847	20	2.1	22	84	12	58	13	11	8	66	1.44
18990586--18990629	23	1.9	23	85	0	61	61	6	2	29	1.34
18991048--18991085	3	12.7	3	100	0	76	34	31	0	34	1.58
18992332--18992447	61	1.9	61	89	0	178	43	3	6	47	1.45
18992338--18992440	31	3.4	31	70	12	95	40	3	5	49	1.45
18993374--18993420	24	2.0	24	83	8	60	34	0	4	61	1.15
18996611--18996712	43	2.4	42	79	14	95	67	2	2	26	1.19
18996649--18996735	37	2.3	36	75	7	84	70	2	3	24	1.15
18996957--18996981	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19000292--19000325	14	2.4	14	86	13	52	55	0	5	38	1.24
19008445--19008487	20	2.2	20	83	8	52	34	0	6	58	1.25
19020328--19020369	18	2.4	17	88	4	57	16	2	2	78	0.96
19020320--19020369	4	12.8	4	77	12	50	18	2	4	76	1.04
19020327--19020374	23	2.1	23	88	3	71	18	2	2	77	0.97
19022310--19022368	26	2.3	26	85	5	75	33	1	15	49	1.55
19025333--19025492	43	3.7	43	79	11	143	29	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19028127--19028183	9	6.2	9	82	11	71	42	28	10	19	1.84
19028327--19028356	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
19041349--19041402	22	2.5	22	96	0	99	18	7	16	57	1.62
19055178--19055219	20	2.1	20	86	0	57	7	19	11	61	1.52
19055241--19055302	19	3.2	20	73	17	67	37	8	11	43	1.70
19056642--19056733	22	4.1	22	74	13	89	61	6	13	18	1.52
19067906--19067949	19	2.3	19	84	7	54	59	2	13	25	1.46
19068893--19068934	21	2.0	22	85	4	59	33	16	9	40	1.81
19070916--19071171	125	2.1	124	85	3	345	29	14	23	32	1.94
19076363--19076403	21	2.0	21	90	0	64	26	12	19	41	1.87

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