genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5962360--5962390	16	1.9	16	93	0	53	51	6	0	41	1.27
5963231--5963270	19	2.1	19	86	13	55	17	12	2	67	1.33
5964550--5964582	10	3.3	10	95	0	57	51	0	0	48	1.00
5968516--5968542	12	2.2	12	100	0	54	77	0	0	22	0.76
5968560--5968584	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
5968607--5968785	38	4.7	39	69	12	106	64	2	6	26	1.32
5968618--5968689	18	3.8	18	81	7	90	65	2	5	26	1.28
5968593--5968725	9	13.8	10	67	13	55	63	2	5	28	1.28
5968591--5968762	58	3.0	53	76	15	134	63	2	6	27	1.30
5968970--5969023	18	2.8	20	75	13	60	38	0	0	61	0.96
5968917--5968998	30	2.6	30	83	14	96	41	0	2	56	1.13
5971664--5971877	115	1.9	115	87	2	313	24	23	18	33	1.97
5971968--5972723	50	15.2	50	73	4	611	24	21	21	32	1.98
5971968--5972729	300	2.6	299	92	3	1227	25	21	21	32	1.98
5971968--5972729	100	7.7	100	87	0	1041	25	21	21	32	1.98
5974527--5974556	14	2.1	14	100	0	60	33	0	6	60	1.23
5975167--5975251	21	4.0	21	71	0	62	40	18	27	14	1.89
5975171--5975306	42	3.2	41	80	2	128	41	16	23	17	1.89
5975238--5975301	21	3.0	20	71	8	56	45	15	18	20	1.86
5980486--5980523	3	12.7	3	94	0	67	34	28	0	36	1.58
5984766--5984870	37	2.9	37	90	2	160	24	22	17	35	1.95
5984834--5985004	46	3.6	46	84	9	225	27	22	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5984877--5984990	52	2.2	52	90	4	176	27	22	13	36	1.91
5991265--5991311	19	2.6	18	75	24	53	34	6	0	59	1.23
5991747--5991804	28	2.0	28	83	9	73	67	3	3	25	1.22
5992620--5992646	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
5995957--5996006	19	2.7	18	75	9	55	14	4	6	76	1.13
5996342--5996396	26	2.1	26	83	6	67	38	3	5	52	1.42
6000198--6000236	16	2.4	17	91	4	62	38	0	2	58	1.12
6000229--6000283	29	2.0	27	82	7	65	32	0	10	56	1.34
6000437--6000461	9	2.8	9	100	0	50	72	8	8	12	1.29
6000636--6000676	21	2.0	21	85	0	55	19	9	19	51	1.74
6008068--6008105	18	2.1	19	85	5	51	52	0	2	44	1.14
6008098--6008151	25	2.2	24	83	6	72	53	0	1	44	1.11
6010170--6010254	32	2.7	32	96	0	152	36	11	14	37	1.82
6017205--6017316	43	2.6	43	89	1	161	33	25	14	25	1.94
6022338--6022371	13	2.6	13	100	0	68	55	8	8	26	1.59
6023455--6023501	22	2.1	22	88	0	67	27	46	17	8	1.76
6025826--6025879	25	2.2	25	83	9	67	48	1	0	50	1.11
6025862--6025886	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
6030163--6030213	20	2.4	22	74	6	61	13	35	29	21	1.92
6036600--6036637	15	2.5	15	91	8	60	50	2	7	39	1.46
6042475--6042522	24	2.0	23	88	4	69	62	2	0	35	1.07
6048601--6048637	9	4.1	9	89	0	56	27	10	13	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6048601--6048637	18	2.1	18	94	0	65	27	10	13	48	1.75
6054521--6054545	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
6059209--6059247	20	2.0	20	90	5	62	23	5	23	48	1.70
6068381--6070256	187	10.0	187	96	0	3322	31	15	24	28	1.95
6078547--6078586	19	2.1	19	85	0	53	55	7	2	35	1.42
6079063--6079113	12	4.1	12	72	18	50	47	1	1	49	1.24
6079069--6079110	21	2.0	21	85	0	57	42	2	2	52	1.27
6082020--6082112	46	2.0	46	87	6	136	43	27	5	23	1.76
6084903--6084943	3	13.7	3	94	0	73	65	0	34	0	0.93
6096711--6096902	96	2.0	96	93	0	330	19	30	15	34	1.93
6116835--6117222	192	2.0	192	89	3	602	38	14	16	31	1.88
6119282--6119333	21	2.4	21	81	9	52	40	23	25	11	1.88
6121736--6121779	17	2.5	18	88	3	63	79	2	4	13	0.98
6122936--6123151	45	4.8	45	83	3	247	43	16	21	19	1.88
6123246--6123292	11	4.3	11	78	10	60	40	6	10	42	1.65
6128461--6128520	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
6128631--6128691	30	2.1	30	81	3	70	42	1	37	18	1.60
6128733--6128769	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
6130057--6130111	20	2.8	20	83	10	60	36	1	9	52	1.44
6131331--6131398	31	2.3	30	87	5	102	45	10	10	33	1.72
6133373--6133417	19	2.4	19	85	7	56	17	8	6	66	1.40
6133679--6133743	3	21.0	3	72	12	51	38	0	3	58	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6139348--6139388	16	2.6	16	88	3	57	70	0	2	26	0.99
6144591--6144946	6	59.3	6	100	0	712	50	0	0	50	1.00
6145016--6145070	18	3.1	18	75	12	60	47	1	0	50	1.11
6145037--6145123	40	2.1	43	85	8	117	43	4	1	50	1.30
6145204--6145231	7	4.0	7	100	0	56	42	0	14	42	1.45
6145841--6145898	28	2.1	28	87	6	82	43	5	0	51	1.24
6145954--6146013	27	2.2	26	83	13	77	30	21	30	18	1.97
6145963--6146019	27	2.1	27	93	6	98	31	24	26	17	1.97
6146443--6146505	19	3.3	19	68	0	63	46	3	9	41	1.52
6146481--6146848	99	3.7	99	99	0	727	40	6	9	43	1.63
6147379--6147465	27	3.2	27	90	3	131	16	29	21	32	1.95
6147519--6147582	27	2.4	27	89	0	92	46	1	14	37	1.53
6152356--6152411	27	2.1	27	100	0	112	46	14	21	17	1.84
6154371--6154439	22	3.1	22	80	0	84	18	21	15	43	1.88
6158367--6158420	27	2.0	27	92	0	90	53	9	3	33	1.50
6163061--6163146	21	4.1	21	74	5	75	32	6	17	43	1.76
6171393--6171576	20	9.2	20	66	11	108	33	18	30	17	1.95
6171382--6171576	40	4.9	40	89	0	291	34	17	29	17	1.94
6176788--6176839	21	2.5	21	83	0	68	32	5	15	46	1.70
6177718--6177742	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
6194502--6194557	29	1.9	29	88	0	85	46	19	7	26	1.76
6201494--6201583	44	2.0	44	95	0	162	36	16	8	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6221103--6221163	26	2.4	26	83	8	72	16	4	1	77	1.03
6226718--6226796	18	4.4	17	74	12	68	12	6	6	74	1.20
6233128--6233175	24	2.0	24	95	0	87	58	2	4	35	1.29
6233419--6233498	25	3.2	25	77	7	81	58	5	6	30	1.44
6246625--6246724	51	2.0	51	93	0	173	29	22	16	33	1.95
6249012--6249050	11	3.5	11	86	6	60	0	23	0	76	0.78
6252125--6252171	19	2.5	20	86	6	62	42	6	19	31	1.76
6252627--6252661	16	2.2	16	89	0	52	48	22	11	17	1.79
6256591--6256670	25	3.2	25	84	7	92	30	20	20	30	1.97
6256591--6256693	25	4.1	25	78	9	84	29	21	20	29	1.98
6258932--6259008	38	2.0	38	97	0	145	44	20	14	20	1.86
6284224--6284255	14	2.3	14	94	0	55	46	0	15	37	1.46
6286984--6287028	21	2.1	21	87	0	63	37	4	0	57	1.19
6290804--6290890	40	2.2	39	83	6	104	37	21	22	17	1.93
6290898--6291101	113	1.8	113	87	1	275	27	23	23	25	2.00
6291070--6291175	41	2.6	40	83	5	140	19	25	24	30	1.98
6292164--6292261	20	4.8	20	71	14	65	10	1	39	48	1.44
6293301--6293343	18	2.3	19	84	4	61	32	44	2	20	1.65
6295814--6295943	56	2.3	56	89	1	197	48	7	3	40	1.50
6295884--6295984	37	2.7	37	93	0	175	48	8	5	36	1.59
6295929--6296093	57	2.9	57	91	0	269	45	9	4	40	1.58
6296073--6296247	9	19.9	9	77	6	180	45	18	1	33	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6295814--6296098	150	1.9	150	86	2	403	47	8	4	39	1.55
6299905--6299960	29	1.9	29	88	0	85	16	32	16	35	1.90
6299949--6300020	30	2.4	30	83	0	90	25	26	11	37	1.89
6300009--6300079	29	2.4	29	88	2	106	18	28	11	42	1.84
6300068--6300142	31	2.5	31	86	6	109	22	24	12	41	1.87
6306728--6306796	30	2.3	30	83	11	97	26	24	13	36	1.92
6317947--6318010	32	2.0	32	100	0	128	28	28	6	37	1.81
6319069--6319119	26	2.0	26	92	0	84	43	1	25	29	1.66
6319712--6319842	66	2.0	66	86	0	181	27	29	18	25	1.98
6321276--6321318	22	2.0	22	90	0	68	48	20	18	11	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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