genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24771059--24771106	21	2.3	21	81	0	60	45	8	14	31	1.74
24775433--24775477	3	15.0	3	95	0	54	24	0	42	33	1.55
24778229--24778280	18	2.9	17	77	8	59	21	3	0	75	0.97
24791890--24791918	15	1.9	15	100	0	58	55	0	17	27	1.42
24793801--24793984	50	3.7	49	80	2	215	26	18	21	33	1.97
24793798--24793983	100	1.9	100	91	0	309	26	19	21	32	1.97
24805524--24805630	43	2.5	44	80	7	121	28	16	22	32	1.96
24807902--24808149	115	2.2	115	100	0	496	27	14	17	39	1.89
24818348--24818402	26	2.1	25	80	12	58	36	9	14	40	1.78
24822576--24822783	100	2.1	100	97	0	389	28	22	12	35	1.92
24824440--24824483	21	2.1	21	83	8	54	36	2	22	38	1.67
24824852--24825067	49	4.4	48	73	10	159	18	25	21	35	1.95
24824852--24825067	25	8.8	26	75	11	129	18	25	21	35	1.95
24824818--24824969	50	3.1	49	73	9	128	19	23	19	38	1.93
24824830--24825040	49	4.3	49	73	12	157	18	23	21	36	1.94
24824824--24825040	99	2.2	99	81	5	235	18	23	20	37	1.94
24825001--24825115	25	4.6	25	74	9	85	22	22	20	33	1.97
24839597--24839632	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
24839826--24839943	41	2.8	41	88	2	164	27	16	20	34	1.95
24845865--24845894	15	2.1	15	93	6	53	60	26	0	13	1.34
24848991--24849049	30	2.0	30	96	0	109	45	13	11	28	1.79
24858444--24858494	21	2.4	21	96	0	93	19	0	47	33	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24859914--24859960	22	2.1	22	96	0	85	40	2	12	44	1.54
24867132--24867179	21	2.3	21	88	0	69	31	20	45	2	1.63
24867596--24867691	42	2.3	43	90	1	149	28	17	23	30	1.97
24867612--24867990	42	9.0	42	85	3	424	27	20	20	31	1.97
24867613--24867992	127	3.0	127	85	5	457	27	20	20	31	1.97
24867611--24867998	85	4.6	84	81	8	405	28	20	19	31	1.97
24869919--24869954	17	2.1	17	94	0	63	25	13	16	44	1.85
24880315--24880348	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
24883150--24883190	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
24885096--24885129	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
24890300--24890335	18	2.0	18	88	0	54	44	0	2	52	1.15
24894868--24894901	5	6.8	5	96	0	50	0	5	41	52	1.25
24903007--24903043	9	4.1	9	86	13	58	32	10	10	45	1.74
24906382--24906492	41	2.7	41	86	4	136	36	18	21	23	1.95
24906403--24906492	41	2.2	42	89	2	137	32	21	21	25	1.98
24906907--24906972	21	3.1	21	86	0	87	6	48	15	30	1.69
24923368--24923480	44	2.6	43	79	10	113	31	19	19	29	1.96
24926744--24926798	28	2.0	28	92	0	92	32	5	7	54	1.51
24927878--24927921	23	1.9	23	81	9	54	54	9	2	34	1.44
24937482--24937513	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
24937672--24937842	43	4.0	43	78	13	192	31	28	17	22	1.96
24937674--24937831	84	1.9	84	84	7	214	30	28	18	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24939085--24939458	113	3.3	114	88	4	538	30	27	18	23	1.98
24939375--24939626	84	3.0	84	97	0	459	35	28	19	16	1.93
24939459--24939824	198	1.8	198	92	1	626	33	26	19	20	1.96
24939258--24939942	282	2.4	284	92	2	1166	32	26	19	20	1.97
24939657--24939907	84	3.0	84	94	2	443	35	27	19	16	1.94
24939906--24940005	40	2.5	40	78	4	112	15	21	21	43	1.88
24939906--24939985	39	2.0	40	85	2	108	16	21	21	41	1.90
24942389--24942452	22	3.0	22	73	13	62	48	7	1	42	1.41
24951541--24952319	2	389.5	2	100	0	1558	50	0	49	0	1.00
24960176--24960211	17	2.1	18	89	5	56	55	0	0	44	0.99
24961919--24962054	40	3.4	40	78	7	134	40	22	19	18	1.91
24962094--24962279	41	4.5	42	78	5	211	23	21	23	31	1.98
24962107--24962279	83	2.1	81	83	4	213	24	21	23	30	1.99
24963417--24963444	10	2.8	10	100	0	56	57	0	0	42	0.99
24969764--24970057	42	6.9	43	83	3	344	22	17	29	30	1.96
24970148--24970190	22	2.0	22	95	0	77	46	27	16	9	1.77
24972731--24972774	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
24972730--24972785	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
24972743--24972808	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
24972774--24972818	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
24972992--24973030	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
24976366--24976417	26	2.0	26	96	0	95	51	11	17	19	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24978063--24978097	15	2.3	15	100	0	70	48	22	22	5	1.72
24998138--24998187	24	2.1	24	88	7	75	22	10	26	42	1.84
24998590--24998960	123	3.0	123	94	1	627	42	22	12	22	1.88
24999341--24999390	24	2.1	24	100	0	100	42	4	22	32	1.72
25010012--25010066	27	2.0	27	100	0	110	36	25	3	34	1.74
25010749--25011145	185	2.2	187	87	4	576	27	21	14	36	1.92
25015792--25016084	94	3.3	89	76	13	246	23	16	25	34	1.96
25016099--25016164	13	5.1	13	88	0	96	27	9	27	36	1.87
25026631--25026834	41	5.0	41	87	2	293	25	25	19	30	1.98
25026625--25026841	82	2.6	82	91	1	346	24	25	18	30	1.98
25029485--25029591	40	2.7	39	82	5	135	33	8	14	42	1.76
25031135--25031185	23	2.2	23	85	3	66	62	5	0	31	1.19
25031533--25031637	45	2.5	44	82	13	114	51	1	2	43	1.27
25031603--25031650	19	2.5	20	80	10	64	37	0	6	56	1.25
25045258--25045307	21	2.5	20	83	6	66	26	2	4	68	1.18
25048178--25048239	31	2.0	31	96	0	115	17	9	17	54	1.69
25048181--25048231	15	3.3	15	70	24	52	17	7	17	56	1.63
25048182--25048232	16	3.2	16	68	15	52	17	7	15	58	1.60
25052598--25052638	21	2.0	21	90	9	66	31	9	7	51	1.62
25058564--25059180	113	5.5	112	86	2	718	30	17	23	28	1.97
25061400--25061602	89	2.3	89	95	0	370	20	13	23	42	1.87
25061586--25061616	13	2.4	13	94	0	53	6	9	25	58	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25061815--25061868	21	2.6	21	90	0	81	37	14	40	7	1.74
25061833--25061901	33	2.1	33	88	0	102	39	17	37	5	1.74
25061865--25061904	21	1.9	21	94	0	71	37	17	40	5	1.72
25062290--25062396	43	2.5	44	83	6	114	31	20	22	25	1.98
25062378--25062619	42	5.7	42	88	4	337	26	21	21	30	1.98
25062335--25062625	126	2.3	127	88	3	408	26	21	21	31	1.98
25064606--25064642	12	3.1	12	92	0	65	56	0	8	35	1.29
25065803--25065843	19	2.2	18	86	4	55	53	0	21	24	1.46
25067252--25067345	49	1.9	49	93	4	163	44	7	24	23	1.79
25069430--25069467	7	5.6	7	84	6	51	28	0	2	68	1.03
25074603--25074661	28	2.1	28	80	0	64	35	20	0	44	1.52
25080359--25080397	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
25088159--25088214	21	2.7	21	97	0	103	28	39	8	23	1.85
25100922--25101001	39	2.1	39	97	0	151	22	16	12	48	1.79
25105230--25105283	26	2.0	26	82	7	63	50	1	1	46	1.23
25106464--25106517	20	2.7	20	82	0	54	55	3	7	33	1.45
25107305--25107353	19	2.6	19	77	3	55	61	6	0	32	1.21
25107328--25107377	25	2.0	25	88	0	73	54	8	0	38	1.30
25109390--25109541	43	3.5	43	74	11	116	25	17	26	30	1.97
25112446--25112470	7	3.6	7	100	0	50	56	0	16	28	1.41
25116098--25116488	97	4.0	97	99	0	766	31	13	16	38	1.87
25130251--25130345	37	2.6	37	88	1	147	38	31	12	16	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25132764--25132795	16	2.0	16	93	0	55	68	3	0	28	1.04
25138955--25139018	25	2.5	26	84	2	76	32	17	23	26	1.96
25153470--25153505	17	2.1	18	94	5	65	19	5	0	75	1.00
25154704--25154741	18	2.1	19	90	5	60	26	5	7	60	1.46
25169334--25169649	109	2.9	109	94	1	546	33	18	17	30	1.94
25169940--25169999	15	3.9	15	70	12	50	51	1	6	40	1.38
25170217--25170258	3	14.0	3	94	0	75	66	2	0	30	1.04
25171445--25171484	21	2.0	21	85	5	55	57	0	0	42	0.98
25175495--25175552	28	2.1	28	93	0	98	39	13	13	32	1.85
25178144--25178176	3	11.7	3	87	12	52	30	0	0	69	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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