genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27190841--27190966	43	2.9	43	78	11	141	22	16	31	29	1.96
27190861--27190982	43	2.8	42	80	4	127	23	17	29	29	1.97
27204715--27204739	13	1.9	13	100	0	50	20	0	32	48	1.50
27222955--27223193	52	4.6	52	96	0	424	35	13	22	28	1.92
27223157--27223229	36	2.0	36	94	0	128	36	13	20	28	1.91
27230101--27230176	29	2.7	29	79	2	91	57	2	6	32	1.38
27233688--27233731	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
27233830--27233951	23	5.3	23	91	0	190	33	25	18	22	1.97
27234398--27234455	29	2.0	30	82	3	73	29	25	3	41	1.72
27239751--27239785	3	11.7	3	100	0	70	0	34	0	65	0.93
27251357--27251409	16	3.4	15	71	19	54	50	11	1	35	1.49
27251366--27251443	40	2.0	40	85	5	106	52	12	2	32	1.53
27255298--27255375	38	2.0	39	95	2	140	30	1	7	60	1.33
27256496--27256533	12	2.8	13	88	11	51	52	0	2	44	1.14
27260089--27260165	36	2.1	36	83	4	93	28	20	18	32	1.96
27260121--27260322	76	2.6	75	82	3	242	25	19	21	33	1.97
27268717--27268771	28	2.0	28	92	0	92	58	1	10	29	1.43
27279839--27279890	27	1.9	27	92	0	86	19	5	28	46	1.73
27281255--27281297	23	1.9	23	90	4	70	32	2	2	62	1.20
27281256--27281305	22	2.2	23	82	10	59	36	4	2	58	1.29
27282013--27282070	21	2.8	21	89	0	80	39	8	22	29	1.84
27282464--27282503	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27282452--27282518	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
27284467--27284522	27	2.1	27	100	0	112	32	7	28	32	1.84
27287294--27287726	44	9.8	44	86	0	551	27	22	21	28	1.99
27287786--27287921	44	3.1	43	72	8	130	21	26	27	25	1.99
27287732--27287858	44	2.9	45	70	3	114	24	23	25	26	2.00
27287732--27287999	88	3.1	87	84	3	324	23	25	25	26	2.00
27287938--27288042	43	2.4	44	75	3	104	23	29	22	23	1.99
27287782--27288042	87	3.0	86	81	6	204	22	27	25	23	2.00
27289297--27289333	19	1.9	20	88	5	58	16	10	0	72	1.10
27294256--27294315	29	2.1	28	82	14	70	63	3	3	30	1.27
27294256--27294315	28	2.1	29	84	9	79	63	3	3	30	1.27
27296636--27296665	12	2.4	13	94	5	53	33	0	6	60	1.23
27302042--27302144	23	4.5	23	77	1	109	22	18	26	33	1.97
27302042--27302144	46	2.3	46	86	1	145	22	18	26	33	1.97
27303321--27303509	49	3.9	49	92	0	297	25	13	28	32	1.94
27311083--27311132	25	2.0	25	85	14	68	58	6	0	36	1.23
27315716--27315744	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
27318516--27318571	24	2.3	25	78	9	62	33	7	17	41	1.77
27318801--27318843	21	2.1	21	83	12	54	44	25	4	25	1.73
27323562--27323611	25	2.0	25	85	14	68	36	0	6	58	1.23
27329790--27329846	24	2.3	24	82	8	71	40	26	5	28	1.77
27334750--27334966	70	3.1	68	86	5	290	41	20	13	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27334852--27334993	48	3.0	47	76	15	123	44	18	13	23	1.85
27334770--27334991	23	9.5	22	75	12	167	42	18	14	24	1.88
27334770--27334991	47	4.7	47	72	15	176	42	18	14	24	1.88
27335722--27335788	28	2.4	28	92	0	107	32	25	11	29	1.92
27336576--27336631	12	4.1	14	71	19	55	41	1	0	57	1.09
27338508--27338570	29	2.2	29	82	5	74	31	28	15	23	1.96
27346817--27346865	23	2.1	23	100	0	98	55	8	4	32	1.48
27352364--27352391	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
27353367--27353553	59	3.0	60	77	19	218	46	11	3	39	1.56
27354248--27354287	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
27358252--27358366	40	2.9	40	84	3	144	34	25	23	16	1.95
27358423--27358826	41	9.9	41	94	1	659	21	21	29	27	1.98
27359154--27359190	14	2.6	14	86	0	56	24	0	29	45	1.53
27359340--27359471	68	2.0	69	85	10	184	31	1	18	48	1.57
27360096--27361196	550	2.0	550	99	0	2184	23	14	20	40	1.90
27365559--27365855	43	6.7	43	77	7	195	24	17	28	29	1.97
27365531--27365718	86	2.2	86	79	10	197	28	15	27	28	1.96
27368431--27368571	16	8.3	16	73	19	99	42	9	12	34	1.76
27368431--27368563	18	7.8	17	70	17	80	43	10	12	33	1.77
27368448--27368572	17	7.2	18	71	18	79	41	9	13	35	1.77
27368430--27368561	35	3.8	33	77	11	115	43	9	12	34	1.75
27369035--27369060	9	2.9	9	100	0	52	0	11	0	88	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27369106--27369132	14	1.9	14	100	0	54	7	29	37	25	1.83
27369349--27369425	4	19.0	4	75	21	72	0	29	1	68	0.97
27369375--27369425	19	2.6	19	85	14	77	0	27	0	72	0.85
27369347--27369425	27	2.8	28	85	11	99	0	29	1	69	0.96
27369909--27370052	30	4.9	29	80	3	135	40	3	20	35	1.69
27369937--27370052	59	2.0	58	83	6	144	43	3	18	34	1.68
27372547--27372625	27	2.9	27	82	0	95	13	16	37	31	1.88
27373199--27373230	15	2.1	16	88	11	50	21	0	9	68	1.17
27376658--27376739	43	1.9	43	87	0	119	54	1	18	25	1.50
27377629--27377703	30	2.5	30	91	0	123	28	29	29	13	1.94
27382990--27383027	2	19.0	2	100	0	76	50	50	0	0	1.00
27392083--27392417	166	2.0	166	94	0	580	24	13	17	45	1.84
27402171--27402340	81	2.1	81	98	0	331	36	21	21	20	1.95
27402569--27402619	21	2.4	21	96	3	93	41	21	3	33	1.72
27415963--27416001	21	1.9	20	84	5	51	48	10	5	35	1.59
27417139--27417276	20	6.9	20	72	9	77	38	18	28	14	1.90
27419002--27419082	42	1.9	42	100	0	162	43	9	4	41	1.59
27425373--27425471	38	2.6	38	85	1	128	25	23	29	22	1.99
27431442--27431484	7	6.3	7	89	10	63	88	0	11	0	0.52
27431435--27431477	18	2.3	19	96	4	79	88	0	11	0	0.52
27431435--27431484	19	2.5	20	90	9	77	88	0	12	0	0.53
27431411--27431484	19	3.9	18	75	7	67	83	2	10	2	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27433336--27433362	9	3.0	9	100	0	54	44	33	0	22	1.53
27437204--27437243	20	2.0	20	90	9	64	50	30	7	12	1.68
27438342--27438438	25	3.9	25	79	11	83	30	21	23	23	1.99
27444586--27444634	9	5.4	9	85	0	71	24	8	20	46	1.77
27444957--27444992	18	1.9	19	94	5	65	11	8	13	66	1.44
27446811--27446835	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
27447239--27447280	21	2.0	21	90	0	66	23	9	14	52	1.71
27452636--27452689	27	2.0	27	92	0	90	22	25	18	33	1.97
27453642--27453684	20	2.2	19	83	8	50	60	2	2	34	1.22
27454042--27454104	18	3.5	18	76	22	53	68	0	3	28	1.05
27454069--27454104	18	1.9	18	88	5	54	66	0	2	30	1.06
27456796--27456820	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
27458216--27458328	41	2.8	41	93	0	181	21	20	23	34	1.97
27458217--27458341	41	3.1	39	88	3	126	21	20	24	34	1.97
27460709--27460755	6	8.2	6	81	9	53	40	14	27	17	1.89
27461410--27461579	62	2.7	63	78	7	193	25	31	21	22	1.98
27462819--27462855	18	2.0	19	89	5	58	72	2	0	24	0.97
27462919--27462949	15	2.1	15	93	0	53	38	0	6	54	1.26
27462905--27462962	23	2.5	22	75	10	62	43	1	5	50	1.35
27462967--27463018	18	2.9	18	85	0	59	25	5	0	69	1.10
27462977--27463018	9	4.7	9	82	8	50	28	7	0	64	1.20
27463480--27463542	30	2.1	30	93	0	108	23	3	14	58	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27463657--27463696	11	3.5	11	86	3	53	65	0	0	35	0.93
27464576--27464631	20	2.8	21	77	20	66	57	8	0	33	1.30
27464988--27465016	13	2.2	13	100	0	58	41	13	6	37	1.72
27472828--27472946	25	4.7	26	75	4	93	28	19	23	28	1.98
27472836--27472946	50	2.2	51	83	4	145	27	18	24	29	1.98
27473609--27473655	20	2.4	20	79	13	53	59	4	19	17	1.53
27475825--27475908	41	2.0	41	100	0	168	47	14	14	23	1.80
27475828--27475895	23	3.2	23	65	26	67	47	14	14	23	1.82
27480123--27480258	37	3.7	37	79	2	121	18	15	27	38	1.91
27486621--27486704	40	2.1	40	84	4	107	34	17	25	22	1.96

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