genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28887870--28887895	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
28888241--28888332	19	4.8	19	94	0	166	36	8	16	38	1.79
28888241--28888355	38	2.9	38	93	5	185	36	7	16	39	1.78
28888534--28888582	23	2.1	23	84	0	62	22	0	14	63	1.30
28893802--28893887	38	2.2	41	85	6	115	58	2	0	39	1.11
28893801--28893876	17	4.1	19	71	20	54	61	1	0	36	1.04
28894182--28894219	20	1.9	20	84	10	51	47	13	2	36	1.56
28894453--28894478	6	4.3	6	100	0	52	34	15	0	50	1.45
28901464--28901522	15	3.8	14	77	16	55	76	6	15	1	1.07
28901473--28901517	16	2.9	14	81	18	54	75	8	15	0	1.03
28901460--28901516	23	2.5	22	82	8	60	75	8	14	1	1.11
28901459--28901523	10	6.4	10	74	13	53	76	7	13	1	1.06
28909008--28909048	17	2.4	17	84	15	50	70	7	21	0	1.11
28909926--28910001	40	1.9	40	86	5	109	27	21	19	31	1.97
28911615--28911650	18	2.1	17	89	5	54	55	13	5	25	1.60
28911744--28911823	32	2.5	31	78	20	94	25	31	0	43	1.55
28921170--28921215	23	2.0	23	100	0	92	56	13	13	17	1.67
28922814--28922871	28	2.1	28	100	0	116	48	0	25	25	1.52
28925272--28925329	26	2.3	26	84	3	73	43	5	20	31	1.74
28925266--28925329	25	2.5	25	79	2	74	42	4	21	31	1.74
28930201--28930234	15	2.3	15	89	0	50	20	2	0	76	0.92
28930716--28930779	25	2.5	26	87	5	94	37	9	15	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28931886--28932109	35	6.3	36	78	5	215	35	16	21	25	1.94
28931878--28932109	71	3.3	71	90	1	360	36	16	21	26	1.94
28933212--28933415	110	1.9	110	83	4	268	36	14	8	40	1.77
28934224--28934258	18	2.0	18	88	5	54	37	0	5	57	1.23
28934356--28934740	126	3.0	126	77	9	337	30	19	20	29	1.97
28934483--28934888	139	2.9	139	84	3	507	32	20	19	28	1.97
28938771--28938922	35	4.3	35	84	0	169	16	10	26	46	1.79
28940919--28941231	138	2.3	139	86	4	438	39	9	5	45	1.61
28975568--28975642	28	2.6	28	89	2	114	20	30	37	12	1.89
28986834--28986870	18	2.2	16	90	9	56	21	45	0	32	1.52
28988133--28988428	148	2.0	148	95	0	529	27	21	31	20	1.98
29000749--29000813	30	2.2	29	79	12	80	26	12	10	50	1.72
29000842--29000908	31	2.1	32	91	2	109	19	28	7	44	1.77
29001759--29001816	27	2.0	28	87	9	82	32	1	1	63	1.14
29001769--29001829	29	2.2	27	82	5	68	37	1	1	59	1.17
29004526--29004577	20	2.6	19	76	8	50	3	34	5	55	1.42
29011282--29011315	16	2.1	16	88	0	50	44	2	2	50	1.32
29014068--29014099	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
29014052--29014113	12	5.9	10	75	18	56	27	3	4	64	1.29
29026754--29027077	44	7.5	43	72	10	209	29	20	22	27	1.98
29026754--29027159	218	1.9	214	82	5	469	30	20	21	27	1.98
29038608--29038763	78	2.0	78	93	0	267	23	21	17	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29047183--29047217	6	5.8	6	100	0	70	34	14	0	51	1.42
29048448--29048499	22	2.3	22	83	9	61	57	5	3	32	1.40
29052088--29052131	22	2.0	21	83	12	54	36	20	2	40	1.65
29056007--29056117	54	2.1	54	98	0	213	41	22	5	30	1.76
29059084--29059116	17	2.0	17	94	5	59	12	0	18	69	1.18
29060187--29060217	16	1.9	16	93	0	53	45	22	12	19	1.84
29065683--29067370	662	2.6	645	89	3	2546	29	16	15	38	1.89
29066972--29067002	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
29069399--29069456	28	2.1	28	100	0	116	43	13	13	29	1.83
29069145--29069778	317	2.0	317	100	0	1268	29	14	24	32	1.94
29069716--29069773	28	2.1	28	100	0	116	43	13	13	29	1.83
29071392--29071429	15	2.6	14	84	15	51	15	26	2	55	1.54
29071392--29071429	14	2.6	14	84	15	51	15	26	2	55	1.54
29086389--29086436	20	2.4	22	86	13	68	43	2	12	41	1.54
29086764--29086794	16	1.9	16	93	0	53	38	9	3	48	1.52
29089400--29089465	33	2.0	33	100	0	132	27	9	12	51	1.69
29091617--29091679	25	2.5	25	92	0	99	15	15	23	44	1.86
29091752--29091843	25	3.6	25	81	8	98	16	27	22	33	1.95
29091746--29091819	26	2.9	26	80	8	89	18	22	22	35	1.96
29091846--29091907	25	2.5	25	75	15	65	22	20	20	35	1.96
29093836--29093909	17	4.3	17	78	10	60	16	16	29	37	1.90
29093867--29093909	18	2.5	17	92	3	68	18	13	27	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29098706--29098799	47	2.0	47	89	0	143	32	11	25	29	1.91
29100798--29100839	21	2.0	21	95	0	75	30	11	14	42	1.81
29102322--29102398	38	2.0	38	95	5	138	23	10	10	55	1.64
29107197--29107227	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
29108007--29108185	76	2.4	76	97	0	331	26	26	18	27	1.99
29109976--29110005	16	1.9	16	93	6	53	66	0	6	26	1.16
29113003--29113081	27	2.9	27	69	12	72	34	3	2	59	1.29
29119150--29119533	97	4.0	97	90	5	609	40	2	18	38	1.65
29119609--29120024	126	3.3	126	92	0	681	33	18	19	28	1.96
29123588--29123629	18	2.3	18	87	0	57	45	7	28	19	1.76
29123686--29123779	30	3.1	30	81	0	107	10	15	43	29	1.81
29124450--29124490	20	2.1	20	82	13	50	39	9	7	43	1.65
29125403--29125452	22	2.3	22	82	0	64	46	2	24	28	1.64
29125417--29125454	11	3.5	11	88	0	58	42	0	26	31	1.56
29125978--29126009	11	2.9	11	95	0	55	28	31	0	40	1.57
29125972--29126016	22	2.0	22	83	8	56	26	31	2	40	1.68
29126892--29127083	95	2.0	96	92	1	323	40	18	2	38	1.65
29129277--29129387	19	5.8	19	85	0	159	39	10	13	36	1.80
29129284--29129387	38	2.7	38	95	0	181	40	10	12	36	1.78
29133074--29133107	10	3.5	10	92	4	52	91	2	5	0	0.51
29133072--29133114	17	2.5	17	92	3	68	88	2	9	0	0.60
29133075--29133120	17	2.7	17	83	12	67	86	4	8	0	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29135062--29135087	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
29135061--29135092	17	1.9	16	93	6	55	90	0	9	0	0.45
29136899--29137009	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
29136906--29137009	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
29151787--29151816	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
29152426--29152522	47	2.1	47	100	0	194	16	24	6	52	1.66
29159938--29159968	16	1.9	16	93	0	53	41	25	19	12	1.87
29161389--29161788	200	2.0	200	99	0	791	26	25	14	34	1.94
29163834--29164021	23	8.2	22	72	11	110	31	4	22	40	1.73
29163812--29164005	46	4.2	46	80	4	176	31	4	23	40	1.73
29164550--29164645	45	2.2	44	88	5	140	38	23	4	33	1.74
29164624--29164695	16	4.5	16	87	0	108	27	25	6	40	1.81
29166911--29167011	48	2.1	48	88	0	148	38	11	17	31	1.86
29173571--29173600	14	2.1	14	93	0	51	46	10	10	33	1.71
29175225--29175299	38	2.0	38	97	0	141	36	24	8	32	1.84
29176085--29176212	25	5.2	25	78	9	136	29	20	25	25	1.99
29176085--29176224	50	2.8	50	82	9	162	30	20	25	25	1.99
29188346--29188399	24	2.2	25	78	15	60	11	22	3	62	1.43
29200726--29200820	25	3.8	25	82	6	113	30	21	23	25	1.99
29211215--29211260	15	3.0	16	75	12	60	21	26	6	45	1.76
29211210--29211288	25	2.9	28	85	14	119	24	25	7	43	1.80
29215857--29215916	30	2.0	31	90	3	95	26	23	6	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29215891--29215941	25	2.0	25	92	7	86	23	15	7	52	1.68
29216441--29216745	137	2.2	139	91	3	494	43	6	8	42	1.59
29216667--29216827	82	2.0	82	93	2	279	40	6	8	44	1.60
29216528--29217137	220	2.8	220	94	0	1031	42	5	9	42	1.61
29216887--29217045	82	1.9	82	92	0	264	40	5	10	44	1.60
29221004--29221210	101	2.0	101	93	0	351	38	21	11	28	1.88
29224313--29224453	70	2.0	70	95	2	257	36	8	12	42	1.73
29227110--29227185	37	2.1	37	100	0	152	25	10	15	48	1.77
29228647--29228688	9	4.8	9	77	16	52	42	2	0	54	1.13
29228637--29228700	26	2.4	25	80	12	74	39	3	1	56	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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