genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724847--725002	41	3.7	41	69	9	118	30	21	20	28	1.98
724722--725011	83	3.5	83	84	4	300	32	21	20	25	1.97
726386--726456	3	24.0	3	97	2	135	33	0	0	66	0.92
729321--729403	3	28.0	3	74	16	75	28	6	2	62	1.31
735479--735522	18	2.4	19	81	7	56	61	0	2	36	1.09
740390--740456	21	3.4	20	75	19	61	71	1	22	4	1.12
742686--742780	50	1.9	50	91	4	156	32	20	29	17	1.96
742686--742854	25	6.9	24	75	9	128	36	18	26	18	1.95
744130--744186	29	2.0	29	96	0	105	56	7	5	31	1.49
745670--746207	244	2.2	244	81	5	635	41	14	13	30	1.85
749981--750015	16	2.2	16	95	5	63	28	0	0	71	0.86
751157--751222	27	2.5	26	72	2	60	18	28	4	48	1.67
752748--752797	16	3.4	16	71	21	54	48	16	14	22	1.81
752747--752810	28	2.3	28	88	0	101	48	15	12	23	1.79
753413--753556	63	2.3	63	86	3	200	28	27	20	24	1.99
756482--756528	20	2.4	19	76	13	51	59	0	10	29	1.31
758998--759042	22	2.0	22	82	0	54	35	20	8	35	1.84
760423--760465	14	3.2	13	80	9	50	76	4	4	13	1.10
771365--771438	11	7.3	11	73	23	65	39	2	0	58	1.13
771349--771427	37	2.1	38	97	2	151	37	2	0	59	1.11
779555--779648	26	3.6	26	81	11	95	26	24	15	32	1.96
783630--783680	20	2.5	20	75	18	50	50	1	1	45	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807489--807523	3	11.7	3	88	11	54	68	0	2	28	1.04
809466--809501	12	2.9	12	88	8	54	69	0	0	30	0.89
809466--809500	13	2.8	13	91	4	54	68	0	0	31	0.90
817727--817813	39	2.2	41	87	4	124	37	2	5	54	1.37
817844--817886	10	4.3	10	82	11	61	20	2	18	58	1.50
818970--819004	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
819098--819141	16	2.8	16	80	16	56	50	0	0	50	1.00
822358--822412	28	2.0	28	92	0	92	63	5	29	1	1.27
826534--826586	21	2.5	21	84	9	63	62	5	0	32	1.19
828684--828724	13	3.2	13	83	12	50	63	0	2	34	1.08
829848--829896	3	16.3	3	79	8	55	30	6	2	61	1.32
830025--830104	35	2.2	36	80	12	94	36	8	2	52	1.46
830329--830366	20	2.1	19	85	14	53	31	5	5	57	1.43
842737--843017	46	6.5	45	71	14	189	31	20	20	27	1.97
842737--843072	44	7.8	43	72	13	178	30	21	21	26	1.98
843008--843147	72	2.0	72	85	7	196	34	18	23	23	1.96
843079--843392	174	1.8	170	81	8	393	31	19	22	27	1.98
844828--844999	3	57.3	3	95	2	310	32	1	0	65	1.04
845128--845207	35	2.2	36	80	12	94	36	7	2	53	1.43
845432--845469	20	2.1	19	85	14	53	31	5	5	57	1.43
846771--846850	31	2.5	32	77	8	81	32	11	22	33	1.89
846801--846885	33	2.6	33	76	10	95	34	10	23	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851765--851798	4	8.5	4	93	0	59	26	0	26	47	1.53
856287--856330	23	1.9	23	86	9	63	50	4	2	43	1.35
860676--861156	240	2.0	240	97	0	899	24	21	27	26	1.99
861704--861748	7	6.4	7	100	0	90	13	0	57	28	1.36
863494--863685	93	2.1	93	85	5	255	31	11	22	34	1.90
868628--868659	17	1.9	16	93	6	55	18	6	0	75	1.01
887386--887420	17	2.1	17	88	0	52	68	2	0	28	1.04
895625--895667	17	2.4	19	76	15	54	55	4	11	27	1.55
895637--895670	17	2.0	17	100	0	68	52	5	5	35	1.50
897542--897635	23	4.1	23	83	5	127	48	4	24	22	1.68
902049--902142	23	4.1	23	83	5	127	48	4	24	22	1.68
904270--904842	204	2.8	203	97	0	1074	39	7	10	42	1.67
907603--907628	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
908361--908395	16	2.2	16	94	0	61	5	2	28	62	1.32
914580--914636	28	2.0	28	100	0	114	49	10	7	33	1.64
918204--918243	19	2.1	19	85	0	53	30	2	2	65	1.19
918255--918298	21	2.1	21	87	8	63	22	2	9	65	1.32
921591--921620	16	1.9	16	93	6	53	23	0	3	73	0.98
921909--921963	27	2.2	24	84	15	67	45	5	9	40	1.59
924267--924309	22	2.0	22	90	9	70	48	0	0	51	1.00
924264--924309	24	2.0	22	87	8	65	50	0	0	50	1.00
925746--925792	9	5.2	9	92	7	78	76	2	0	21	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
925736--925792	8	6.6	8	84	7	60	71	1	0	26	0.95
925731--925792	19	3.4	17	85	12	79	70	1	0	27	0.96
936190--936234	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
937421--937463	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
938510--938561	22	2.4	22	90	0	77	48	15	1	34	1.56
939286--939319	10	3.5	10	92	4	52	70	2	5	20	1.21
944246--944283	16	2.3	17	81	4	51	76	2	7	13	1.11
945300--945352	26	2.1	25	86	10	72	58	0	3	37	1.16
950503--950546	20	2.1	21	84	12	56	34	2	0	63	1.07
950842--950886	18	2.3	20	85	11	58	71	2	0	26	0.98
951692--951728	6	6.2	6	100	0	74	35	64	0	0	0.94
953423--953457	17	2.1	17	88	0	52	37	2	2	57	1.29
956429--956482	25	2.2	25	93	0	90	31	1	1	64	1.14
956761--956815	25	2.2	25	83	0	65	23	3	16	56	1.56
959134--959181	17	2.8	17	81	9	53	64	2	4	29	1.23
959539--959581	19	2.3	19	95	0	77	67	2	4	25	1.22
959631--959779	3	48.7	3	72	10	79	61	2	6	28	1.35
959654--959779	11	11.8	11	66	20	54	63	3	4	28	1.30
959903--959933	16	1.9	16	93	0	53	51	3	6	38	1.44
959996--960051	30	2.0	29	82	10	71	55	0	8	35	1.31
960037--960093	15	3.9	15	73	11	55	59	3	7	29	1.40
961159--961193	17	2.1	17	89	5	54	8	2	37	51	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
970274--970332	17	3.1	20	79	18	72	44	0	1	54	1.10
972294--972344	24	2.1	24	88	0	75	25	19	11	43	1.85
980146--980269	33	3.8	33	95	0	221	29	41	9	18	1.82
981190--981413	113	2.0	113	99	0	439	37	11	22	29	1.89
992925--993165	117	2.1	117	98	0	464	37	15	18	28	1.91
993921--993983	33	2.1	30	85	14	85	42	14	11	31	1.80
997038--997095	28	2.1	28	96	0	107	34	13	18	32	1.91
1002342--1002382	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1004288--1004321	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
1006417--1006474	28	2.1	28	96	0	107	31	13	18	36	1.90
1014258--1014373	46	2.5	46	88	5	164	21	20	28	29	1.98
1019278--1019326	22	2.3	22	96	3	91	53	22	8	16	1.69
1021425--1021608	94	2.0	94	91	0	296	13	23	17	45	1.84
1026086--1026134	15	3.3	15	78	18	50	71	4	0	24	1.03
1026083--1026134	25	2.0	26	89	10	81	73	3	0	23	1.00
1028073--1028117	22	2.1	21	83	4	54	26	4	0	68	1.08
1028131--1028199	10	7.2	10	74	11	56	24	1	2	71	1.09
1028628--1028710	24	3.5	24	70	20	66	49	1	2	46	1.22
1028637--1028717	26	3.2	26	72	13	87	50	1	2	45	1.22
1028637--1028745	50	2.1	50	83	5	128	52	1	1	44	1.22
1030408--1030459	20	2.7	20	88	5	63	5	28	3	61	1.37
1030420--1030459	20	2.0	20	100	0	80	5	30	5	60	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1037929--1037986	26	2.2	26	82	11	66	32	1	6	58	1.35
1048072--1048115	15	2.7	16	86	13	63	29	0	4	65	1.12
1048211--1048239	12	2.4	12	100	0	58	37	0	0	62	0.96
1051388--1051767	190	2.0	190	97	0	724	45	13	13	27	1.81
1053028--1053133	54	1.9	57	84	9	148	41	3	5	49	1.44
1059615--1059730	57	2.0	57	100	0	232	54	6	10	28	1.60
1068854--1068911	30	2.0	29	89	3	89	37	12	6	43	1.69
1069648--1069672	13	1.9	13	100	0	50	0	16	4	80	0.87
1071523--1071555	14	2.4	14	90	10	50	27	3	3	66	1.21
1071783--1071813	14	2.2	14	94	0	53	70	0	0	29	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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