genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19348981--19349153	70	2.5	70	88	2	251	32	13	19	35	1.90
19349864--19349923	25	2.4	25	88	0	93	40	28	3	28	1.72
19352406--19352665	138	1.9	138	95	0	475	41	15	12	31	1.84
19353738--19353778	15	2.7	16	77	11	50	48	0	7	43	1.30
19354048--19354115	16	4.3	16	67	9	50	61	5	2	29	1.34
19354107--19354140	16	2.0	18	88	11	54	44	2	5	47	1.42
19355899--19355938	16	2.5	17	80	19	50	25	2	2	70	1.13
19357353--19357402	18	2.9	17	75	13	57	34	10	0	56	1.33
19358384--19358415	15	2.0	17	88	11	50	0	21	56	21	1.43
19358383--19358436	18	2.9	18	76	13	56	3	22	55	18	1.58
19358963--19359014	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
19360359--19360404	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
19361980--19362050	31	2.3	31	90	0	106	25	12	19	42	1.87
19374435--19374787	184	1.9	184	86	0	499	33	13	18	34	1.90
19377195--19377247	11	4.9	11	82	13	74	73	0	24	1	0.93
19377193--19377254	23	2.7	22	85	7	79	75	0	22	1	0.88
19377521--19377641	47	2.6	47	79	3	131	29	7	23	39	1.82
19377830--19377952	41	3.0	41	85	4	167	20	11	10	57	1.62
19377879--19377976	20	4.7	22	75	12	91	23	13	9	54	1.67
19377883--19377993	20	5.5	19	75	11	78	23	14	9	52	1.71
19378156--19378222	21	3.2	21	72	8	73	19	7	14	58	1.60
19378164--19378231	21	3.2	21	75	8	66	22	10	11	55	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19378237--19378279	20	2.2	20	86	0	59	27	13	9	48	1.73
19378315--19378405	36	2.6	36	89	8	136	31	26	6	35	1.82
19381837--19381899	27	2.3	27	78	5	74	17	38	33	11	1.85
19382826--19382882	27	2.1	27	93	0	96	17	24	36	21	1.94
19382960--19383012	22	2.3	23	81	12	65	66	1	28	3	1.20
19386041--19387280	620	2.0	620	99	0	2471	23	22	24	28	1.99
19387038--19388584	774	2.0	774	99	0	3085	30	22	19	27	1.98
19389372--19389413	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
19389450--19389531	38	2.2	38	97	0	155	39	2	3	54	1.31
19389565--19389686	60	2.0	60	85	3	165	54	14	0	30	1.47
19389727--19389919	27	7.8	25	78	17	199	54	14	1	29	1.47
19389731--19389921	49	3.9	49	91	4	314	55	14	1	28	1.46
19389732--19389921	97	2.0	97	94	0	335	55	14	1	28	1.46
19389727--19389805	19	4.6	19	70	20	66	51	12	1	34	1.48
19389963--19390045	19	4.2	19	79	8	94	56	12	0	31	1.36
19389996--19390043	22	2.2	22	96	0	87	64	8	0	27	1.22
19389958--19390050	41	2.4	38	81	5	96	56	11	0	31	1.35
19391244--19391287	21	2.1	21	86	0	61	20	0	9	70	1.14
19391245--19391287	23	2.0	21	90	9	68	18	0	9	72	1.11
19393596--19393745	73	2.0	73	80	5	167	20	13	13	52	1.73
19395803--19395845	23	1.9	23	90	4	70	60	2	0	37	1.10
19396453--19396504	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19404045--19404096	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
19404611--19404648	19	2.0	19	94	0	67	57	2	5	34	1.35
19405712--19405743	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
19413641--19413679	17	2.3	17	86	0	51	46	2	5	46	1.38
19413727--19413823	10	10.7	9	69	19	51	54	1	3	41	1.23
19413718--19413850	18	7.3	19	69	14	59	54	0	3	40	1.23
19413724--19413875	71	2.2	72	85	5	204	51	1	3	43	1.29
19413979--19414129	70	2.2	69	83	5	198	43	4	3	48	1.40
19414097--19414132	17	2.2	17	90	5	56	41	2	0	55	1.14
19414353--19414391	17	2.3	17	95	0	69	51	0	2	46	1.14
19414352--19414432	42	2.0	41	82	7	101	45	2	1	50	1.22
19414140--19414432	146	2.0	152	81	5	355	42	5	2	50	1.36
19424129--19424667	106	5.1	106	91	0	846	31	17	17	32	1.94
19425208--19425239	15	2.1	15	100	0	64	12	15	18	53	1.73
19429511--19429555	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
19434112--19434156	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
19435788--19435838	24	2.1	24	100	0	102	47	3	37	11	1.59
19440604--19441323	44	16.7	44	68	14	304	30	21	21	25	1.98
19440559--19441239	85	7.9	84	69	12	330	31	21	21	26	1.98
19440551--19441325	129	6.0	129	88	1	1106	30	21	21	26	1.98
19441252--19441369	44	2.7	44	78	2	121	27	21	23	27	1.99
19441462--19441600	66	2.1	67	82	1	172	32	17	28	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19442025--19442065	22	2.0	20	85	9	55	75	17	2	4	1.08
19443463--19444000	106	5.1	106	93	0	882	31	17	17	33	1.93
19443463--19444000	211	2.5	212	91	0	900	31	17	17	33	1.93
19445494--19445947	77	5.9	78	92	1	720	55	11	8	25	1.62
19446148--19446204	12	5.0	12	70	25	52	22	15	47	14	1.82
19446145--19446254	32	3.4	32	93	1	175	24	14	46	14	1.82
19446161--19446224	19	3.7	20	67	32	65	21	15	50	12	1.77
19446860--19447121	132	2.0	132	96	0	488	40	17	12	29	1.87
19448393--19448435	18	2.4	18	92	0	68	65	6	2	25	1.30
19448459--19448841	101	3.7	103	88	5	526	55	14	1	28	1.46
19448448--19448841	206	1.9	202	85	6	535	56	14	1	28	1.46
19448654--19448701	23	2.1	23	84	0	60	62	18	0	18	1.33
19449039--19449157	60	2.0	60	89	0	184	52	12	0	34	1.45
19452826--19452872	18	2.7	18	75	15	53	21	0	6	72	1.07
19453225--19453272	16	2.9	16	75	6	51	81	2	4	12	0.93
19459281--19459306	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
19460823--19460889	34	1.9	35	84	3	91	44	11	10	32	1.75
19460858--19460897	14	2.9	14	84	0	53	42	15	7	35	1.75
19468883--19468926	19	2.3	19	88	0	61	43	2	13	40	1.57
19481270--19481296	8	3.4	8	100	0	54	88	0	0	11	0.50
19488382--19488407	11	2.4	11	100	0	52	38	23	7	30	1.83
19491219--19491245	4	6.8	4	100	0	54	22	25	51	0	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19495852--19495917	22	3.0	22	81	18	68	33	3	0	63	1.10
19499000--19499044	24	1.9	23	90	4	72	55	0	6	37	1.26
19500452--19500579	44	2.9	43	78	6	132	21	25	21	30	1.99
19500669--19501104	87	5.0	87	90	1	669	24	23	22	29	1.99
19502812--19502848	6	5.7	7	84	15	53	8	0	13	78	0.96
19502818--19502859	19	2.3	19	84	12	52	7	4	9	78	1.08
19505598--19505743	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
19505707--19505975	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
19505750--19505969	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
19505707--19505975	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
19508368--19508445	39	2.0	39	94	0	138	20	19	8	51	1.73
19508948--19508981	16	2.2	15	89	5	50	11	32	0	55	1.36
19510141--19510185	21	2.1	22	87	4	65	35	0	6	57	1.25
19517010--19517308	156	1.9	156	86	2	422	37	12	21	29	1.90
19518933--19519107	59	3.0	59	87	1	244	52	8	5	33	1.56
19521286--19521431	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
19521395--19521663	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
19521438--19521657	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
19521395--19521663	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
19530696--19531502	132	6.1	132	94	0	1296	29	19	22	28	1.98
19531462--19531569	44	2.5	44	90	3	173	29	15	25	28	1.96
19532164--19532267	20	5.3	20	69	4	95	50	8	19	22	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19532150--19532270	39	3.1	39	96	0	215	50	8	19	21	1.74
19533027--19533069	18	2.4	18	92	0	77	34	11	0	53	1.37
19534803--19534837	16	2.2	16	90	10	54	37	5	20	37	1.76
19535962--19536006	22	2.0	23	84	16	60	44	8	2	44	1.47
19538155--19538288	35	3.8	36	84	1	155	40	32	11	14	1.83
19538154--19538310	35	4.4	35	80	4	113	41	32	11	14	1.82
19543854--19543992	46	3.0	45	86	4	188	35	8	25	30	1.86
19550742--19550879	46	3.0	46	86	0	186	35	8	26	29	1.86
19555978--19556021	22	1.9	24	90	9	74	40	11	0	47	1.39
19565533--19565654	56	2.1	58	93	3	212	47	4	18	28	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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