genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22845530--22845727	107	1.9	107	88	3	301	34	19	17	29	1.94
22846516--22846540	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
22847262--22847286	13	1.9	13	100	0	50	72	8	4	16	1.24
22847697--22847751	27	2.0	28	82	10	69	12	1	34	50	1.51
22848064--22848664	44	13.6	45	65	15	141	26	24	17	31	1.97
22848043--22848764	132	5.5	132	93	0	1151	26	23	18	31	1.97
22848195--22848667	44	10.8	44	66	13	204	26	24	18	30	1.98
22849262--22850375	298	3.7	298	82	4	1234	24	21	22	30	1.99
22849278--22850375	398	2.8	396	87	1	1484	24	22	23	30	1.99
22849262--22850375	100	11.2	100	83	4	1164	24	21	22	30	1.99
22850385--22850745	50	7.5	50	75	9	331	26	22	20	30	1.99
22850203--22850754	95	5.8	95	86	2	615	24	22	22	30	1.99
22855693--22855916	90	2.5	90	83	4	265	32	16	24	26	1.96
22857378--22857408	13	2.4	13	94	0	53	41	3	6	48	1.45
22857989--22858058	35	2.0	35	100	0	140	54	2	2	40	1.30
22860356--22860414	29	2.1	27	93	6	100	27	3	0	69	1.04
22860839--22860938	50	2.0	50	100	0	200	22	16	6	56	1.62
22864192--22864242	22	2.4	22	93	3	86	43	0	25	31	1.55
22868571--22868604	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
22870146--22870195	21	2.4	21	80	6	57	16	20	14	50	1.78
22870165--22870262	41	2.4	41	81	5	108	21	16	14	47	1.81
22870248--22870341	42	2.2	42	83	3	118	15	22	18	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22872616--22872650	16	2.3	15	90	5	52	48	11	0	40	1.39
22873946--22873987	22	1.9	22	90	0	66	50	9	11	28	1.70
22879038--22879142	25	4.2	25	71	11	72	33	20	28	17	1.95
22879077--22879156	25	3.2	24	73	15	74	31	23	30	15	1.95
22879482--22879513	13	2.5	13	100	0	64	46	12	6	34	1.67
22893471--22893504	16	2.1	16	88	0	50	17	23	2	55	1.55
22913914--22914017	52	2.0	52	96	0	190	29	27	18	24	1.98
22914354--22914448	48	2.0	48	97	0	181	31	20	18	29	1.96
22914777--22914871	49	1.9	49	93	0	163	38	16	23	21	1.92
22923215--22923298	39	2.1	39	93	2	141	35	21	35	7	1.81
22931804--22931955	76	2.0	76	98	0	295	23	9	20	47	1.78
22934267--22934315	25	2.0	24	88	4	71	22	4	20	53	1.63
22936146--22936186	17	2.5	16	88	4	55	56	0	0	43	0.99
22936162--22936209	22	2.4	19	75	21	53	54	0	0	45	0.99
22940908--22940950	22	2.0	22	90	0	68	23	16	9	51	1.73
22943505--22943613	47	2.2	50	82	6	134	20	13	31	34	1.91
22943505--22943631	47	2.6	46	80	8	121	22	13	30	33	1.92
22944175--22944236	25	2.5	25	89	0	88	20	22	17	38	1.93
22944186--22944296	22	4.9	22	80	5	89	18	23	18	39	1.92
22957296--22957325	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
22957517--22957777	100	2.6	100	97	0	486	23	13	28	34	1.92
22960450--22960493	21	2.1	21	100	0	88	43	31	15	9	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22962791--22963535	379	2.0	379	99	0	1481	41	17	16	24	1.89
22968645--22968687	23	2.0	23	81	9	54	65	2	0	32	1.06
22968927--22968979	21	2.5	21	87	0	79	30	37	7	24	1.83
22970320--22970364	14	3.1	14	83	3	54	31	17	0	51	1.46
22970333--22970368	14	2.5	15	90	4	56	30	13	0	55	1.39
22976831--22977056	92	2.5	90	84	7	293	30	8	21	38	1.84
22978274--22978783	169	3.0	169	90	1	774	24	18	32	24	1.97
22980343--22980403	19	3.3	18	78	13	61	67	8	0	24	1.18
22980522--22980607	10	9.0	9	72	14	66	61	5	2	30	1.32
22980500--22980571	21	3.3	21	77	9	65	59	5	2	31	1.35
22980524--22980607	19	4.4	18	75	12	71	63	5	2	28	1.31
22980492--22980608	19	5.9	19	71	20	55	60	5	1	32	1.28
22996439--22997005	113	5.2	103	79	9	512	34	18	17	28	1.94
22997535--22997629	47	2.0	47	100	0	190	31	25	4	38	1.75
23000699--23000739	19	2.2	19	87	12	59	70	2	7	19	1.22
23001149--23001184	19	1.9	18	88	5	54	47	30	0	22	1.52
23003237--23003278	6	7.0	6	100	0	84	16	33	33	16	1.92
23004232--23004322	43	2.1	43	91	0	146	30	31	15	21	1.94
23006447--23006531	40	2.1	40	84	4	109	49	14	5	30	1.66
23006538--23006791	86	2.9	87	82	3	246	42	15	9	32	1.79
23006607--23006794	86	2.2	85	86	2	268	42	16	7	34	1.76
23009464--23009760	98	3.0	98	99	0	585	30	25	12	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23009903--23009959	28	2.0	28	86	6	80	36	3	5	54	1.40
23010595--23010836	41	5.9	41	86	6	314	28	27	21	21	1.99
23010602--23010831	123	1.9	122	90	6	367	29	28	22	20	1.98
23010854--23010928	39	1.9	39	86	7	109	22	22	20	34	1.96
23010881--23010988	40	2.7	39	80	4	119	22	20	20	37	1.95
23011138--23011198	30	2.0	30	100	0	122	44	16	6	32	1.73
23014816--23014897	30	2.8	30	80	15	107	25	18	23	32	1.97
23022167--23022195	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
23022295--23022349	12	4.6	12	75	8	58	36	1	5	56	1.33
23023131--23023163	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
23024540--23024598	29	2.0	30	83	9	77	35	6	13	44	1.71
23026325--23026436	26	4.1	26	81	13	134	40	8	1	49	1.45
23026325--23026435	29	3.9	29	84	3	138	40	8	1	49	1.43
23026455--23026502	24	2.0	23	84	15	62	58	0	4	37	1.18
23026598--23026630	16	2.0	17	88	5	50	60	3	0	36	1.12
23027458--23027484	7	3.9	7	100	0	54	59	0	11	29	1.32
23028158--23028292	59	2.3	60	82	11	170	38	8	17	36	1.79
23030236--23030684	233	1.9	233	93	0	763	33	12	21	32	1.91
23031569--23031628	30	1.9	32	90	6	97	18	41	0	40	1.50
23031727--23031766	20	2.0	20	85	9	55	22	30	0	47	1.52
23038934--23038976	16	2.6	17	85	7	54	44	2	0	53	1.13
23038934--23038973	17	2.5	16	84	11	55	42	2	0	55	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23039723--23039755	16	2.1	16	94	0	57	54	0	0	45	0.99
23045234--23045287	22	2.5	22	84	3	65	50	14	16	18	1.79
23046307--23046343	19	1.9	19	94	0	65	72	5	2	18	1.15
23046549--23047280	369	2.0	362	94	2	1279	37	12	13	36	1.82
23048625--23048663	20	2.0	20	84	0	51	61	10	10	17	1.55
23048915--23048948	17	2.0	17	88	0	50	38	2	26	32	1.71
23050896--23050929	17	2.0	17	100	0	68	41	29	5	23	1.78
23058684--23058748	24	2.7	24	90	4	105	30	24	23	21	1.99
23062945--23063011	27	2.5	27	80	0	80	32	20	16	29	1.95
23068850--23068961	25	4.6	24	78	6	118	30	23	24	22	1.99
23071135--23071190	25	2.2	25	83	0	67	42	0	0	57	0.99
23071754--23071873	10	12.3	10	68	14	56	66	3	5	25	1.27
23071755--23071807	21	2.7	19	82	8	61	67	5	3	22	1.28
23071794--23071864	30	2.5	29	86	6	92	69	1	5	23	1.18
23071815--23071873	19	3.2	19	81	11	77	69	0	1	28	0.98
23073891--23073920	14	2.1	14	93	0	51	23	23	10	43	1.83
23083110--23083209	44	2.4	41	79	5	110	36	18	16	30	1.92
23083112--23083510	129	3.1	129	92	0	636	31	21	16	30	1.95
23083537--23083938	129	3.1	125	85	5	351	31	23	16	28	1.96
23083114--23084029	302	3.0	302	76	8	759	30	22	16	30	1.96
23083330--23084244	173	5.3	172	75	6	763	28	23	17	30	1.97
23083262--23084182	346	2.7	345	83	2	985	29	23	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23083848--23084466	217	2.9	216	88	3	915	27	24	18	29	1.98
23084092--23084204	44	2.6	44	81	5	122	31	23	18	26	1.97
23083092--23084182	475	2.3	470	83	3	1364	29	23	17	30	1.97
23084383--23084467	44	1.9	44	92	0	143	24	23	18	32	1.97
23084394--23084503	44	2.5	44	86	4	132	23	25	20	30	1.98
23084584--23084693	43	2.5	43	83	4	114	29	23	19	28	1.98
23084602--23084693	43	2.1	43	87	0	130	27	26	17	29	1.97
23086002--23086037	19	1.9	18	88	5	54	11	2	2	83	0.86
23087011--23087071	23	3.0	20	86	11	79	14	4	6	73	1.20
23088170--23088232	25	2.6	25	82	7	76	53	9	15	20	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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