genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1621565--1621659	39	2.4	40	77	5	95	40	22	21	16	1.92
1621698--1622122	41	10.4	41	76	2	397	15	22	22	39	1.92
1621697--1622122	82	5.2	81	94	1	645	15	23	22	39	1.92
1622689--1622726	15	2.5	15	83	8	51	23	0	42	34	1.55
1624320--1624356	10	3.7	10	92	0	65	43	0	13	43	1.44
1624424--1624475	27	1.9	27	88	0	77	40	0	9	50	1.35
1625665--1625701	11	3.4	11	96	0	65	37	2	5	54	1.38
1625973--1626080	56	1.9	56	96	0	198	48	12	0	38	1.47
1626019--1626064	22	2.1	22	91	0	74	47	13	0	39	1.42
1626051--1626327	9	29.8	9	69	22	71	49	11	0	38	1.43
1625953--1626191	93	2.6	90	88	7	351	48	10	1	38	1.46
1626112--1626157	22	2.1	22	95	0	83	47	10	0	41	1.38
1626086--1626429	56	6.1	56	79	14	390	47	13	0	38	1.45
1626159--1626213	22	2.6	21	88	11	85	49	10	0	40	1.38
1626172--1626429	112	2.3	110	98	0	462	46	13	0	39	1.47
1626239--1626271	16	2.1	16	100	0	66	45	24	0	30	1.53
1626220--1626272	25	2.1	25	80	16	56	47	16	0	35	1.48
1626284--1626325	22	1.9	22	95	0	75	47	11	0	40	1.40
1626321--1626398	25	3.3	22	70	24	52	44	15	1	38	1.55
1626312--1626384	9	8.6	9	75	17	66	45	16	1	36	1.56
1626351--1626383	16	2.1	16	100	0	66	45	24	0	30	1.53
1626122--1626365	34	7.3	34	73	19	101	47	13	0	38	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1629807--1630406	300	2.0	300	96	0	1092	31	15	25	27	1.96
1634359--1634566	43	4.8	43	80	1	211	22	18	31	27	1.97
1634359--1634566	86	2.4	86	81	0	236	22	18	31	27	1.97
1634360--1634609	129	1.9	129	80	0	293	23	20	29	26	1.99
1634557--1634737	43	4.2	42	79	4	182	32	34	16	17	1.92
1634560--1634737	86	2.1	86	90	2	277	32	33	16	17	1.92
1639014--1639150	47	2.9	48	72	11	122	24	10	20	44	1.83
1651994--1652034	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1661151--1661206	26	2.2	26	83	6	69	48	7	7	37	1.58
1661158--1661207	26	1.9	26	88	8	75	50	6	4	40	1.46
1663501--1663537	6	6.0	6	87	6	56	18	16	13	51	1.76
1664943--1664979	13	2.7	14	91	4	58	40	10	5	43	1.63
1668851--1668917	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
1668866--1668905	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
1668845--1668921	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
1671668--1671774	40	2.7	40	86	0	151	29	19	24	26	1.98
1671573--1671894	156	2.1	154	88	1	473	31	17	23	27	1.97
1671734--1672004	116	2.3	118	84	1	332	30	15	24	29	1.95
1672129--1672196	22	3.1	22	75	8	68	23	0	23	52	1.47
1672209--1672261	14	3.8	14	87	5	72	18	0	30	50	1.47
1672221--1672260	7	5.7	7	81	0	53	17	0	32	50	1.47
1672209--1672260	21	2.5	21	83	0	68	19	0	30	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1672419--1672578	7	23.1	7	74	8	78	18	1	32	47	1.57
1672419--1672481	19	3.2	19	82	13	74	14	0	34	50	1.43
1672419--1672578	14	11.6	14	71	16	104	18	1	32	47	1.57
1672518--1672577	29	2.1	29	84	6	77	20	0	33	46	1.51
1672526--1672567	22	1.9	22	90	0	66	19	0	30	50	1.48
1672463--1672574	36	3.1	35	75	6	102	21	1	29	47	1.61
1673709--1673797	43	2.1	43	82	4	108	33	14	22	29	1.94
1673732--1674001	43	6.3	43	82	5	296	25	17	25	31	1.97
1677917--1677967	23	2.2	23	86	10	77	39	7	1	50	1.42
1677977--1678011	12	2.9	12	86	0	52	40	14	0	45	1.45
1678497--1678870	188	2.0	186	82	4	448	29	15	16	38	1.89
1679857--1680296	221	2.0	221	93	0	745	41	21	5	30	1.77
1680745--1680808	20	3.2	20	76	14	60	37	12	32	17	1.87
1684511--1684549	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
1684775--1684850	23	3.3	23	92	0	125	22	21	27	28	1.99
1685035--1685234	100	2.0	100	91	0	319	36	7	19	37	1.80
1691870--1691912	19	2.2	19	87	8	59	30	2	11	55	1.48
1691870--1691916	18	2.4	20	86	10	62	29	2	10	57	1.44
1697127--1697214	38	2.3	38	78	0	104	18	27	30	23	1.97
1699293--1699332	16	2.7	15	88	7	55	55	0	2	42	1.13
1707091--1707131	18	2.3	19	87	8	59	43	0	2	53	1.13
1707913--1707955	17	2.5	18	82	17	56	13	18	34	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1707946--1707994	17	2.9	17	75	0	53	22	18	32	26	1.97
1708760--1708833	31	2.4	31	86	2	96	39	5	10	44	1.62
1715389--1715426	20	1.9	20	100	0	76	26	7	18	47	1.76
1724744--1725570	277	3.0	277	89	2	1191	45	7	20	25	1.77
1725700--1725728	14	2.0	15	93	6	51	68	0	24	6	1.13
1728410--1728434	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
1732993--1733336	171	2.0	173	86	1	485	27	14	20	37	1.92
1733870--1733903	14	2.4	14	90	5	50	44	5	8	41	1.60
1736416--1736446	13	2.4	13	94	0	53	74	0	9	16	1.07
1739183--1739227	12	3.6	13	82	8	58	24	0	8	66	1.20
1741921--1741977	30	1.9	30	92	0	96	61	10	7	21	1.52
1746580--1746692	25	4.6	25	80	4	113	31	20	27	20	1.97
1746996--1747029	15	2.2	16	89	5	52	47	14	0	38	1.45
1747014--1747073	30	2.0	30	96	0	111	38	23	5	33	1.76
1750404--1750471	27	2.5	27	83	4	75	23	17	20	38	1.93
1750436--1750665	27	8.5	27	85	3	268	20	20	16	43	1.89
1750455--1750665	54	3.9	54	89	2	309	20	19	16	43	1.88
1751422--1751464	18	2.3	19	84	4	52	65	18	9	6	1.44
1756701--1756801	50	2.0	50	86	3	141	37	16	26	18	1.93
1756701--1756801	25	4.0	25	79	2	105	37	16	26	18	1.93
1757425--1757505	24	3.4	24	89	0	117	41	27	7	23	1.81
1764931--1764960	9	3.3	9	95	0	51	53	10	0	36	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1770208--1770263	26	2.1	26	86	6	76	35	10	10	42	1.74
1776364--1776398	12	3.2	11	88	11	54	8	25	2	62	1.38
1784414--1784481	34	2.0	35	88	2	102	22	25	22	30	1.99
1784601--1785011	205	2.0	205	99	0	813	35	20	14	29	1.93
1790789--1790987	50	3.8	50	86	4	254	21	29	22	26	1.99
1791082--1791113	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1791325--1791382	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
1793194--1794128	468	2.0	468	99	0	1852	28	24	15	31	1.96
1798142--1798199	30	1.9	30	86	6	82	29	24	5	41	1.76
1800916--1800954	19	2.1	19	85	4	53	33	38	2	25	1.70
1808629--1808751	25	4.9	25	96	0	228	21	26	19	32	1.97
1808751--1808806	22	2.5	22	85	5	78	16	23	16	44	1.86
1810063--1810182	49	2.5	48	85	5	154	26	14	27	31	1.95
1816970--1817006	9	4.1	9	85	0	56	72	0	2	24	0.97
1816966--1817005	18	2.2	19	90	4	64	72	0	2	25	0.97
1825479--1825624	60	2.5	56	75	16	143	21	23	15	39	1.91
1825514--1825724	30	7.1	30	73	13	127	23	23	14	38	1.91
1825596--1825667	29	2.4	30	86	2	101	19	26	11	43	1.84
1825655--1825724	29	2.4	29	85	0	95	24	24	12	38	1.90
1829961--1830061	42	2.4	42	75	9	98	25	23	18	31	1.98
1831513--1831579	27	2.5	27	85	0	80	26	17	16	38	1.91
1831535--1831637	27	3.8	27	88	0	143	22	15	20	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1841428--1841470	21	2.1	20	82	4	50	20	20	32	25	1.97
1847032--1847066	12	3.2	11	88	11	54	62	2	25	8	1.38
1855176--1855205	9	3.3	9	95	0	51	40	0	0	60	0.97
1858785--1858895	42	2.7	43	80	10	115	30	25	18	25	1.98
1859810--1860013	27	7.5	27	85	4	196	28	28	15	26	1.96
1859810--1860013	54	3.8	54	81	6	225	28	28	15	26	1.96
1867874--1868073	27	7.4	27	85	4	188	29	29	15	26	1.96
1867874--1868073	54	3.7	54	81	6	217	29	29	15	26	1.96
1870680--1870735	27	2.1	26	80	9	60	53	7	0	39	1.28
1871596--1871663	30	2.2	30	84	2	82	48	7	19	25	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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