genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16422189--16422240	21	2.4	22	80	6	70	21	0	40	38	1.53
16422733--16422814	28	2.9	29	78	3	78	26	0	35	37	1.57
16422751--16422797	14	3.4	14	81	0	58	25	0	42	31	1.55
16422793--16422976	89	2.1	90	82	3	228	26	1	27	45	1.63
16422957--16423008	21	2.4	22	80	6	70	21	0	40	38	1.53
16421931--16423466	768	2.0	768	100	0	3072	35	5	20	38	1.76
16423640--16423797	76	2.1	76	84	7	203	43	14	11	30	1.81
16424418--16425058	282	2.2	287	88	3	938	21	18	19	40	1.91
16425528--16425570	21	2.0	21	86	9	59	41	39	2	16	1.61
16427339--16427474	43	3.2	43	85	4	193	25	18	29	26	1.98
16430856--16430920	14	4.9	14	71	19	50	43	1	0	55	1.09
16430857--16430922	25	2.7	24	73	19	64	42	1	0	56	1.08
16436967--16437459	249	2.0	246	91	1	797	16	22	13	46	1.82
16442297--16442898	300	2.0	300	99	0	1195	32	12	18	36	1.88
16443776--16443973	41	4.9	41	86	1	272	21	21	27	29	1.98
16443793--16443973	81	2.2	82	88	3	267	22	21	26	29	1.99
16444336--16444368	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
16444423--16444595	74	2.2	74	82	7	193	28	0	24	46	1.57
16444555--16444620	27	2.4	27	75	10	62	21	1	34	42	1.62
16444605--16444644	8	5.1	8	93	3	64	25	0	27	47	1.52
16444627--16444702	21	3.5	21	73	10	64	23	1	34	40	1.63
16444685--16444714	15	2.0	15	93	0	51	20	3	40	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16444997--16445187	23	7.7	24	74	16	167	53	0	5	40	1.27
16444990--16445187	50	4.0	50	93	1	335	53	0	5	40	1.27
16445138--16445205	35	1.9	35	93	0	118	52	1	4	41	1.30
16449387--16449575	86	2.2	84	80	6	204	24	13	26	34	1.93
16449385--16449575	43	4.5	43	79	5	185	24	13	27	34	1.93
16450615--16450764	67	2.2	65	79	12	162	44	2	2	50	1.30
16453225--16453294	37	1.9	35	83	11	88	41	2	4	51	1.36
16455364--16455617	86	3.0	86	82	1	294	30	25	18	25	1.98
16455359--16455671	129	2.4	129	83	2	362	30	27	18	24	1.98
16455359--16455619	43	6.1	43	79	0	263	29	27	18	24	1.98
16455474--16455638	86	1.9	85	86	1	231	30	25	17	26	1.97
16456028--16456118	43	2.1	43	87	2	130	45	9	10	34	1.73
16461682--16461760	7	11.0	7	73	10	52	41	40	0	17	1.50
16461738--16461784	24	1.9	25	91	4	78	36	44	0	19	1.51
16461779--16461827	14	3.4	14	83	5	62	46	30	0	22	1.52
16462316--16462435	41	2.9	41	86	0	168	30	29	20	20	1.97
16463111--16463305	96	2.1	93	86	8	270	44	4	2	48	1.37
16463295--16463321	13	2.1	13	100	0	54	77	0	0	22	0.76
16463300--16463338	19	2.1	18	85	4	51	76	0	5	17	0.96
16463481--16463642	59	2.7	60	82	0	191	25	16	12	45	1.82
16471167--16471307	73	2.0	71	90	2	219	34	17	19	29	1.94
16471677--16471715	12	3.2	12	85	0	51	41	0	10	48	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16471678--16471715	16	2.4	16	100	0	76	39	0	10	50	1.37
16471690--16471890	85	2.4	86	78	5	185	50	1	8	39	1.42
16471944--16472036	3	29.7	3	71	10	62	60	0	6	33	1.22
16473518--16473832	44	7.1	44	68	17	156	29	20	17	33	1.95
16473461--16473904	225	2.0	224	87	4	635	28	19	18	33	1.95
16476044--16476246	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
16475978--16476246	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
16476210--16476355	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
16477007--16477503	44	11.1	44	69	8	263	23	21	23	30	1.99
16476988--16477503	89	5.8	89	83	4	608	23	21	24	30	1.99
16476955--16477503	178	3.1	178	85	2	701	23	22	24	30	1.99
16484192--16484246	27	2.0	27	100	0	110	58	3	7	30	1.43
16485009--16485056	12	4.3	11	76	12	53	29	27	0	43	1.55
16485009--16485054	22	2.1	22	84	8	58	28	28	0	43	1.55
16485016--16485115	51	2.0	50	82	11	123	27	25	1	47	1.59
16485111--16485161	10	4.9	10	79	9	57	35	0	0	64	0.94
16485112--16485151	21	1.9	21	100	0	80	40	0	0	60	0.97
16485111--16485163	11	5.0	11	81	6	65	35	0	0	64	0.94
16487302--16487422	56	2.2	56	95	0	215	48	2	8	40	1.46
16488086--16488123	11	3.6	11	79	13	53	10	42	21	26	1.85
16488085--16488123	20	2.0	20	100	0	78	10	43	20	25	1.83
16489931--16490465	124	4.3	125	96	0	896	29	21	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16489931--16490465	249	2.2	248	92	1	892	29	21	17	31	1.96
16491149--16491283	9	14.7	9	67	16	53	59	2	2	35	1.25
16491131--16491186	18	2.9	19	80	17	71	58	3	0	37	1.15
16491661--16491767	27	3.7	28	76	9	81	62	0	2	33	1.16
16491674--16491758	10	8.9	10	73	10	54	64	1	3	30	1.17
16491689--16491768	28	2.9	27	76	9	81	63	1	3	31	1.20
16491963--16492034	36	2.0	36	84	7	94	33	4	2	59	1.31
16492063--16492113	19	2.7	19	75	0	57	39	5	0	54	1.24
16492176--16492233	26	2.2	27	87	3	82	25	10	10	53	1.66
16492301--16492334	4	8.5	4	86	0	50	70	23	5	0	1.09
16492986--16493015	16	1.9	15	93	6	51	73	0	0	26	0.84
16493139--16493223	9	9.0	9	72	10	53	34	3	3	58	1.32
16494488--16494526	19	2.2	18	86	9	53	61	0	2	35	1.10
16497821--16497871	19	2.7	19	87	0	66	19	31	19	29	1.97
16506277--16506402	45	2.8	45	88	0	180	45	8	19	26	1.79
16513593--16513635	21	2.0	21	83	16	54	53	16	0	30	1.43
16517050--16517238	35	5.4	35	81	3	202	37	27	16	18	1.92
16526024--16526103	37	2.2	37	84	6	101	42	31	12	13	1.82
16526035--16526157	37	3.3	37	76	6	106	43	26	12	17	1.85
16536465--16536505	21	2.0	21	85	0	55	24	4	14	56	1.58
16536924--16536949	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
16537374--16537446	31	2.1	34	76	21	89	49	16	8	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16537388--16537451	31	2.1	31	100	0	128	48	15	6	29	1.70
16537390--16537508	37	3.4	37	87	6	160	51	13	5	29	1.64
16540081--16540111	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
16541773--16541834	31	2.0	31	81	3	72	40	12	12	33	1.82
16544096--16544411	96	3.3	96	86	3	415	37	17	2	42	1.64
16545639--16545681	22	2.0	21	86	4	59	11	0	34	53	1.37
16545803--16546108	126	2.4	125	87	2	427	32	17	21	28	1.96
16546206--16546305	51	2.0	51	86	4	139	44	2	27	27	1.65
16546265--16546314	11	4.5	11	80	9	57	40	2	30	28	1.68
16546741--16546765	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
16552897--16552944	25	1.9	25	82	0	60	31	22	25	20	1.98
16553432--16553464	6	5.8	6	96	3	52	36	27	0	36	1.57
16553431--16553472	12	3.8	11	84	12	59	38	23	0	38	1.55
16555627--16555751	61	2.0	61	95	0	223	24	16	15	43	1.87
16556062--16556243	83	2.2	83	100	0	364	46	13	9	31	1.74
16561623--16561959	95	3.6	96	79	2	360	40	16	2	40	1.64
16562171--16562226	18	2.8	21	71	20	57	46	3	1	48	1.30
16565752--16566090	169	2.0	170	97	0	644	25	23	16	34	1.95
16572062--16572184	40	3.1	39	81	6	151	40	23	16	19	1.91
16572232--16572432	41	4.9	41	90	0	285	21	22	26	29	1.99
16573516--16573571	7	8.1	7	80	4	51	17	1	41	39	1.60
16573982--16574029	24	2.0	25	83	4	62	35	4	2	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16574247--16574333	41	2.1	41	93	0	147	28	17	16	37	1.91
16574875--16574908	17	2.0	17	88	0	50	55	20	20	2	1.56
16578066--16578173	43	2.5	43	87	3	146	23	14	30	31	1.94
16580574--16580648	37	2.0	37	100	0	150	26	18	5	49	1.69
16583601--16583699	41	2.4	41	91	0	153	29	21	19	30	1.97
16590413--16590471	29	2.0	29	90	0	91	57	1	5	35	1.31
16594012--16594115	37	2.7	39	72	10	97	31	22	19	26	1.97
16601348--16601427	40	2.0	41	92	5	135	46	13	3	36	1.62
16602447--16602477	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
16611631--16611683	19	3.0	18	73	10	56	41	0	5	52	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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