genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23092459--23092487	8	3.6	8	100	0	58	10	0	0	89	0.48
23092945--23093107	50	3.3	50	76	3	175	21	23	24	30	1.99
23092911--23093107	100	2.0	101	85	5	274	22	23	22	31	1.98
23093100--23093201	44	2.3	43	73	20	111	29	19	16	34	1.94
23093120--23093756	131	4.9	131	86	3	804	24	23	21	30	1.99
23093120--23093581	44	10.6	45	64	16	150	24	22	21	31	1.98
23093224--23093754	258	2.0	262	89	2	820	24	23	21	30	1.99
23093725--23094023	44	6.8	44	88	3	431	29	27	16	26	1.97
23094064--23094557	88	5.6	88	86	0	614	23	25	25	26	2.00
23094083--23094401	44	7.3	43	65	4	116	22	26	24	26	2.00
23094143--23094550	44	9.3	44	66	4	169	23	25	25	25	2.00
23094064--23094549	264	1.8	264	86	1	706	23	25	25	26	2.00
23097540--23097578	6	6.5	6	100	0	78	0	15	33	51	1.44
23109157--23109204	25	1.9	25	86	0	69	47	14	25	12	1.79
23112473--23112521	18	2.8	17	87	6	62	67	0	4	28	1.09
23112456--23112529	10	8.0	9	73	16	62	62	1	4	32	1.22
23113472--23113514	21	2.0	22	86	4	61	39	0	20	39	1.53
23114113--23114225	25	4.6	25	76	3	113	19	26	19	34	1.96
23114535--23114582	23	2.1	23	100	0	96	20	12	16	50	1.78
23116492--23116672	52	3.5	52	91	2	285	29	14	28	28	1.95
23118851--23118892	19	2.3	19	84	8	52	19	2	4	73	1.12
23122370--23122433	33	1.9	34	87	9	96	54	0	1	43	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23134063--23134129	28	2.3	28	85	10	82	37	17	32	11	1.87
23134079--23134154	28	2.7	29	83	6	93	38	15	31	14	1.88
23134091--23134154	29	2.2	28	86	2	83	37	17	31	14	1.89
23137501--23137586	44	1.9	45	88	6	131	27	31	16	24	1.96
23137683--23137741	28	2.1	28	100	0	118	20	16	11	50	1.76
23141047--23141124	40	2.0	40	94	0	138	53	19	12	14	1.72
23141112--23141371	127	2.0	127	96	0	484	46	14	10	28	1.78
23142140--23142354	41	5.3	41	77	5	213	23	16	20	40	1.91
23142140--23142340	81	2.5	81	80	10	214	24	16	19	39	1.92
23146045--23146104	30	2.0	31	83	3	77	41	0	38	20	1.52
23146315--23146360	9	5.1	9	91	0	65	28	8	15	47	1.74
23146414--23146444	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
23150615--23150733	41	3.0	40	80	7	134	31	26	20	21	1.97
23156993--23157064	7	10.4	7	73	8	58	23	2	27	45	1.66
23157000--23157050	20	2.5	20	83	3	66	21	0	31	47	1.51
23162372--23162486	56	2.0	58	85	10	155	35	10	17	36	1.84
23176772--23176894	49	2.5	49	82	2	158	23	17	30	27	1.97
23179016--23179066	20	2.5	20	83	0	57	33	21	11	33	1.90
23179505--23179542	19	2.0	20	89	5	60	39	39	5	15	1.70
23179537--23179601	21	3.1	21	76	6	62	50	26	1	21	1.57
23182516--23182551	17	2.1	17	100	0	72	41	0	16	41	1.48
23182807--23182837	15	2.1	15	100	0	62	19	16	25	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23183336--23183371	18	2.0	18	94	0	63	30	0	36	33	1.58
23185409--23185457	15	3.2	16	75	13	50	46	0	0	53	1.00
23195058--23195094	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
23197620--23197661	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
23203887--23203978	47	2.0	47	100	0	184	39	14	10	35	1.81
23213227--23213253	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
23214654--23214848	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
23214826--23214924	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
23214881--23214914	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
23214886--23214933	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
23214974--23215008	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23214954--23215233	144	1.9	143	88	3	389	47	2	3	46	1.34
23215118--23215152	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23215389--23215447	21	2.8	21	100	0	118	37	37	0	25	1.56
23215935--23216137	45	4.5	45	82	4	241	43	12	19	24	1.86
23215937--23216137	89	2.2	90	85	4	264	43	12	18	24	1.86
23216734--23216785	25	2.1	25	96	0	95	15	11	32	40	1.83
23217752--23217834	40	2.1	40	86	6	116	25	21	27	25	1.99
23218601--23218649	20	2.7	18	77	22	57	51	4	0	44	1.20
23221339--23221403	31	2.1	31	100	0	130	29	26	12	32	1.92
23225238--23225277	18	2.2	18	86	0	53	60	0	0	40	0.97
23225772--23225801	5	6.0	5	92	0	51	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23225772--23225800	15	1.9	15	100	0	58	34	0	0	65	0.93
23230572--23230913	180	1.9	180	89	1	533	34	15	18	31	1.92
23238385--23238552	86	2.0	84	85	5	230	31	22	16	30	1.95
23238379--23238553	43	4.1	43	81	6	203	32	21	15	30	1.94
23239615--23239789	87	2.0	87	97	0	332	41	12	12	34	1.80
23241352--23241495	40	3.6	40	81	0	119	29	22	20	27	1.99
23241548--23241684	40	3.5	40	87	1	195	24	22	21	32	1.98
23244328--23244422	48	2.0	47	89	6	147	27	8	8	55	1.58
23247033--23247223	34	5.6	34	84	0	256	30	14	14	40	1.85
23247102--23247161	19	3.4	19	65	25	58	30	10	15	45	1.78
23247155--23247211	15	3.5	15	78	17	69	24	19	15	40	1.90
23247335--23247480	45	3.3	45	78	9	140	28	21	13	35	1.92
23249608--23249648	21	1.9	22	85	14	59	68	0	14	17	1.22
23258284--23258525	126	1.9	126	83	1	315	22	24	26	26	2.00
23258254--23258523	63	4.3	63	72	2	186	24	24	26	24	2.00
23264110--23264158	18	2.7	17	78	12	53	34	20	4	40	1.71
23266873--23266897	13	1.9	13	100	0	50	48	4	24	24	1.68
23273661--23273706	22	2.1	21	84	11	58	41	4	6	47	1.49
23275421--23275478	25	2.3	26	84	3	82	39	3	22	34	1.71
23282734--23282765	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
23284147--23284181	6	5.8	6	100	0	70	85	0	0	14	0.59
23284147--23284189	18	2.4	18	92	0	68	81	2	0	16	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23284226--23284273	22	2.2	21	85	7	69	0	14	10	75	1.06
23287259--23287375	47	2.5	47	81	6	121	22	26	21	29	1.99
23287293--23287474	49	3.7	49	79	7	219	19	30	21	28	1.98
23287293--23287474	99	1.9	97	87	4	267	19	30	21	28	1.98
23287485--23287593	44	2.5	44	87	3	148	24	20	13	41	1.89
23290718--23290768	18	2.8	18	81	0	66	41	1	17	39	1.61
23300355--23300419	25	2.6	25	95	2	114	60	12	15	12	1.60
23300347--23300418	25	2.5	30	72	25	82	59	15	12	12	1.61
23301818--23301877	31	1.9	32	89	3	95	43	10	10	36	1.72
23311867--23311924	5	11.8	5	82	17	77	39	0	0	60	0.97
23311870--23311927	3	21.0	3	75	22	56	39	0	0	60	0.97
23311868--23311935	15	4.7	15	84	12	97	41	0	0	58	0.98
23311870--23311931	10	6.0	10	74	25	58	40	0	0	59	0.97
23311944--23312039	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
23313402--23313513	37	2.9	39	73	8	111	22	20	27	29	1.98
23324525--23324574	12	4.0	13	75	15	52	36	0	40	24	1.55
23325687--23325912	27	8.3	27	85	3	267	46	20	13	19	1.83
23331918--23332123	51	4.0	50	75	9	193	33	25	15	26	1.95
23332463--23332504	22	1.9	22	95	0	75	42	28	4	23	1.74
23338123--23338152	12	2.5	12	100	0	60	43	0	0	56	0.99
23338522--23338721	51	3.9	51	81	5	235	34	28	14	23	1.93
23338526--23338719	102	1.9	102	86	2	273	34	28	13	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23341992--23342215	44	4.9	44	70	15	157	32	19	20	27	1.97
23341852--23342419	142	4.0	142	92	0	913	33	17	20	28	1.95
23342275--23342368	44	2.1	44	84	0	116	29	21	21	27	1.98
23342784--23342817	13	2.6	13	86	13	52	76	2	0	20	0.92
23344388--23344432	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
23354784--23354907	60	2.1	59	84	1	158	23	20	19	36	1.95
23361185--23361227	17	2.6	17	92	3	70	37	18	4	39	1.72
23362070--23362191	61	2.0	61	100	0	244	26	11	11	50	1.72
23362397--23362504	57	1.9	57	96	0	198	28	14	25	30	1.95
23366229--23366908	341	2.0	341	89	1	1040	31	16	15	36	1.90

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